Semaine 3: Réplication de l'ADN Flashcards
2 choses nécessaires à la réplication de l’ADN
1- dNTPs
2- Jonction amorce-matrice
À quelle extrémité ajoute-t-on les nucléotides?
3’
Quels sont les rôles (3) des 2 ions métalliques de la paume?
- Modifient l’environnement chimique du 3’OH et du dNTP
- Un des ions réduit le 3’OH en 3’O-
- L’autre stabilise les phosphates beta et gamma
Pourquoi doit-on stabiliser les phosphates beta et gamma?
Sinon, il y a compétition entre O- et les phosphates beta et gamme pour le phosphate alpha hydrolysé
Quelles sont les fonctions (2) de la paume?
1- Stabiliser l’échange du phosphate alpha
2- Activité exonucléase (proofreading)
Décrivez l’activité exonucléase de la paume
- Les mésappariements diminuent l’affinité de l’ADN pol pour la jonction amorce-matrice
- Sortie de l’amorce du site actif
- Amorce se lie à exonucléase
- ADN mésapparié est enlevé
Rôles (2) des doigts
Se referment sur le dNTP lors d’un appariement correct
- Rapproche le nucléotide des ions de la paume
- Augment la vitesse catalytique
Induisent une rotation de 90 degrés entre la 1re et la 2e base de la matrice
- Empêche appariement avec la 2e base
Rôles du pouce
- N’aide pas à la catalyse
- Maintient l’amorce et le site actif de la paume en position optimale
- Permet maintien d’une association forte entre ADNpol et le substrat
Dans un tube, on veut répliquer un fragment d’ADN. De quoi a-t-on besoin?
1- dNTP
2- Amorce
3- ADN pol
Que signifie la qualité “processive” de l’ADN pol?
Elle peut catalyser l’ajout de plusieurs nucléotides à chaque liaison à la jonction amorce-matrice.
Quelle est étape limite la vitesse de réaction de l’ADN pol?
Sa liaison à la jonction amorce matrice (1 seconde)
Qu’est-ce que la fourche de réplication?
L’endroit où l’ADN passe de 1 ADN bicaténaire à 2 ADN bicaténaires
Dans quel sens la réplication se fait-elle?
5’ -> 3’
Rôle de la primase
ARN pol qui fait des amorces courtes sur la matrice monocaténaire; se lie faiblement à hélicase toutes les secondes.
ARN*
Rôle de la RNase H
- Dégrade spécifiquement les ARN de l’amorce sauf le dernier ribonucléotide, car il défait seulement les liens entre 2 ribonucléotides
Quelle enzyme enlève le dernier ribonucléotide de l’amorce?
Exonucléase 5’
Quelle enzyme remplit la brèche laissée par RNase H et exonucléase 5’?
ADN pol
Quelle enzyme répare la césure laissée entre l’extrémité 3’-OH d’un brin d’Okazaki et le 5’-P du fragment suivant?
ADN ligase
Caractéristiques de l’hélicase
- Hexamère sous forme d’anneau
- Processive
- Polarité varie selon l’hélicase
- Utilise ATP
Rôle de l’hélicase
Défait les liens H entre les bases (désappariement)
Rôle des SSB
- Protéines liant ADN monocaténaire pour la stabiliser
- Empêchent le réappariement, la dégradation et la formation de boucles
- Liaison d’une SSB favorise la liaison de la prochaine (coopérative)
Qu’est-ce que l’hélicase crée dans le reste du brin bicaténaire en désappariant les nucléotides?
Du surenroulement
Quel est le rôle des topoisomérases dans la réplication?
Elles passent devant l’hélicase et coupent l’ADN pour transformer les surenroulements positifs en négatifs