Semaine 1: Structure ADN et ARN Flashcards
Angle entre 2 paires de bases
36 degrés
Nombre de paires de bases / tour
10
Caractéristiques ADN-B
Physiologique
10 pb/tour
Caractéristiques ADN-A
Milieux de faible concentration en eau
11 pb/tour
Grand sillon + étroit
Petit sillon + large et - profond
Caractéristiques ADN-Z
Répétition purines/pyrimidines
Grand et petit sillon se confondent
12 pb/tour
De quoi dépend Tm?
- Contenu en bases GC
- Force ionique de la solution
Si [sels] augmente, Tm…
Augmente
De quelles 2 composantes l’enlacement est-il la somme?
Torsions + Supertours
Supertour plectonémique
Enroulement de l,axe longitudinal sur lui-même
Supertour toroïdal
Enroulement de l’axe longitudinal autour d’un cylindre imaginaire
2 types de supertours
- Plectonémiques
- Toroïdaux
DnaseI
Élimine le surenroulement en coupant 1 lien phosphodiester et en permettant aux 2 brins de tourner l’un autour de l’autre
Quelle enzyme peut modifier le nb d’enlacements?
Topoisomérase
Topoisomérase I…
- Modifie lk d’un facteur 1
- Coupure transitoire d’un seul brin
- Pas d’ATP utilisé
Topoisomérase II…
- Modifie lk de facteur II
- Coupure transitoire des deux brins
- Utilise ATP
Utilités autres de Topoisomérases
- Réplication ADN plasmidique ( type I ou II)
- Séparation des chromatides soeurs (type II)
- Démêlage de noeuds (type II)
Comment topo coupent ADN?
1- Attaque de liaison phosphodiester par tyrosine attaché au site actif de topo
2- Topo se lie via tyrosine à une des 2 extrémités de ADN coupé
3- Groupement phosphotyrosyle conserve énergie du groupe phosphodiester clivé
4- Ressoudage des 2 extrémités
5- Topo libérée
Quelle paire de base existe dans l’ARN et non dans l’ADN?
G : U
Quelles structures d’ordre supérieur un même brin d’ADN peut-il former?
- Épingle à cheveu
- Hernies
- Simples boucles
- Tétra-boucles
- Pseudo-Noeud
Quel triplet de base ARN est possible?
U : A : U
Quel est le nom d’un ARN qui agit comme enzyme?
Ribozyme
Quelle est la fonction de la Rnase P?
Ribonucléase impliquée dans la production des ARNt à partir de longs ARN.
Quel est le rôle de la partie protéique du ribozyme?
Faciliter la liaison substrat-ARN en neutralisant les charges négatives du squelette sucre-phosphate.
Qu’est-ce que le ribozyme à tête de marteau?
Ribonucléase séquence-spécifique de certains agents infectieux des plantes, les viroïdes, qui requièrent leur auto-clivage pour se propager.
Que se passe-t-il avec un viroïde dans une cellule?
Il est répliqué plusieurs fois sous la forme d’un long ARN unique. Les copies isolées sont séparées par clivage par ribozyme à tête de marteau, une séquence près de chaque point de clivage.
De quoi est composé le coeur catalytique du ribozyme?
Trois tiges en double hélice (I,II et III) qui entourent ribonucléotides non-hélicoïdaux.
Que se passe-t-il avec l’ARN à pH élevé?
- Groupements OH-2’ lentement déprotonés
- Attaque nucléophile de O- sur phosphate 3’ adjacent
- Clivage de la chaîne en produisant un groupement cyclique 2’,3’-phosphate sur une extrémité et un groupement libre 5’-OH sur l’autre
