RNA maturatie Flashcards
5’ capping
- transport naar cytoplasma
- bescherming tegen 5’ exonuclease
- verhoging translatie-efficiëntie via sterkere ribosoombinding
OPM: enkel mRNA kent 5’ capping!!
-> dmv 5’->5’ fosfodiësterbinding met 7-methylguanosine
3’ polyadenylatie + Torpedo model
- verhoogde mRNA-stabiliteit
- Lokalisatie tov cytoskelet waar EW later functie zal uitoefenen (vb actine)
- koppeling met translatie-initiatie als controle intactheid mRNA
Start: 5’ AAUAAA polyadenylatiesignaal + G/U rijke strook
1. CPSF (Cleavage polyadenylatie specificity factor) bindt AAUAA + CStF (cleavage stimulatory factor)
2. rekrutering bijkomende EW’en
3. PAP (polyadenylatie polymerase) bindt licht downstream AAUAAA <=> hydrolyse fosfodiësterbinding
4. 3’OH wordt verlengt met A-residu’s (BAPII versnelt) tot gemiddeld 250 A-residu’s
Torpedo model zegt dat een snelwerkend 5’->3’ RNase breekt vanaf de verknippingsplaats die ontstaat bij polyadenylatie
mRNA splicing
= verwijderen van intronen uit het primair transcript van RNA, doorgaans na polyadenylatie (tenzij zeer lang transcript)
‘Consensus’ splicing sites:
1. 5’ en 3’ grenzenovergang AG / GU
2. polypirimidine strook in intron (CUT)
3. vertakkingspunt A
-> U1 en U2 snRNA (small nuclear RNA) binden respectievelijk 5’ splicing-site en vertakkingspunt A
<=> spliceosoom zorgt voor afsplitsing intron via transesterificatie:
1. vertakkingspunt A valt aan op 5’ P
2. 5’ OH overhang val 3’P aan
<=> excisie intron
spliceosoom: van begin tot einde intron
Cross-exon recognition complex: EW’en (oaU2AF) bedekken geheel exon
-> probleem hier kan voor exon skipping zorgen
Alternatieve splicing: 2 dichtst bijeengeplaatste splicing-sites gaan aan mekaar koppelen <=> combinatie van exonen <=> 1 gen kan leiden tot meerdere verwante EW’en
mRNA editing
pre-mRNA editing is proces waarbij specifieke basen gewijzigd worden
-> kan celspecifiek
-> nucleair deaminase voert uit
mRNA transport
mRNA moet de nucleus verlaten via de kernenveloppe <=> via nucleaire poriën
- kleine moleculen (EW’en tot 60kDa) kunnen vrij diffunderen door de nucleaire porie
- actief transport doorheen centrale opening voor grotere componenten (matuur mRNA, intacte ribosomen, transcriptiefactoren,…)
-> NLS en NES spelen cruciale rol
Nucleair localisatie signalen
Nucleair export signalen
-> na transport naar cytosol binden veel mRNAs hun doelwit cytosolische structuur: vb’en
- eiwitsecretie naar ER
- actine naar cytoskelet
RNA interferentie
+
hetero- en autosilencing
- synthese pri-miRNA = primair microRNA: deze bevat haarspeldstructuur
- pri-miRNA -> pre-miRNA (=verwijdering haarspeld door Drosha RNase)
- transport naar cytosol door exportin 5
- DICER-enzyme knipt op exact 21 nucleotiden beide strengen (weet waar dankzij PAZ-domein dat bind op 3’ overhang) <=> matuur miRNA
- RISC (RNA-induced silencing complex) bindt miRNA en functioneert als guide RNA want is complementair met doelwit-RNA
<=> complex miRNA-RISC-ArgonautEW - afhankelijk van type RISC-complex mRNA afbraak, translatie-inhibitie of promotor inactivatie
(perfecte basenparing meestal mRNA afbraak en minder perfect inhibitie van translatie)
heterosilencing = miRNAs zullen andere genen silencen
autosilencing = siRNAs zullen dezelfde/gelijkaardige genen silencen
rRNA maturatie
tandemherhalingen gescheiden door spacer DNA
pre-RNA bindt onmiddelijk na synthese EW’en <=> pre-rRNP’s
maturatie rRNA in pre-RNPs:
-wegknippen overgebleven spacer DNA
