DNA schade en herstelmechanismen

Question 1

purines en pyrimidines

Answer 1

purines: (cGMP en cAMP) (met zijring eraan)
- cytosine
- adenosine

C <-> T = transities

pyrimidines: (geen ring)
- gunanine
- thymine
- uracil

G <-> T = transversies

Question 2

voorbeeld C -> T

Answer 2

= transversie:
eerst methylering C, dan deaminatie tot thmine
=> na replicatie 2 opties:
1. correct herstelt C-G
2. herstelt obv fout <-> T-A

Question 3

Hoe kan een dubbele helix schade oplopen?

Answer 3

1. intercalerende stoffen
   - polycyclische ringen insereren tussen DNA <=> vervorming <=> insertie basepaar
   VB: SYBr, ethiumbromide
2. base analogen
   - vervangen basenpaar

Question 4

mismatch-repair

Answer 4

E. coli:

1. hemi-gemethyleerde dsDNA (Dam methylase heeft dochterstreng nog niet kunnen methyleren)
2. MutS loopt af op fouten
3. vind fout <=> MutL is brug voor MutH
4. knipt (endonuclease) en pol III probeert nogmaals

mens:
enkel MSH = MutS homologs ; herkent nicks

Question 5

base excision repair

Answer 5

1. DNA glycosylase (verbreekt suiker-base=glycosidische)
2. APEI endonuclease (verbreekt deoxyribose-fosfaat)
3. DNA ligase en DNA pol beta herstellen

Question 6

nucleotide excision repair

Answer 6

• 2 UvrA en 1 UvrB scannen op fouten -> buiging
• UvrC knipt voor en na + helicase verwijdert
• ligase en polymerase herstellen

Question 7

NHEJ

Answer 7

• ds-break <=> Ku70/Ku80 maakt ‘dimeer’ van de 2 strengen
• uiteinden worden herstelt
• ligase plakt weer aan elkaar

Question 8

HR

Answer 8

1. 3’ OH overhangs in dsDNA dankzij exonuclease
2. 1 overhang invadeert homoloog dsDNA (zusterchromatide)
3. DNA replicatie tot 3’ uiteinde
4. same voor 2e streng (gelijktijdig => heteroduplex)