Genoom organisatie en evolutie

Question 1

De toegenomen complexiteit bij de metazoa (eiwitsets slechts 2 à 3x zo groot, opvallend gezien complexere celtypes, multicellulair…): hoe?

Answer 1

WEL:
- toename EW’en met regulariserende rol op functie’s (vb transcriptie, communicatie tss cellen)
- toenemende complexiteit opbouw EW’en

NIET:
- parallel uitbouwen genen- of functiesets

Question 2

intergenische regio’s DNA

Answer 2

1. verspreid herhaalde elementen
   (SINEs en LINEs)
2. tandemrepeats
   (satelieen, micro- (2-6bp over 50-500bp) en mini (15-50bp over 50bp-20kb))
3. spacer DNA
   = non-coding DNA tss genen

Question 3

Conjugatie

Answer 3

man (+) heeft F(ertiliteits)plasmide en vormt F-pilus (cytoplasmatische brug) met vrouw (-). Na replicatie F-plasmide kan deze over de F-pilus naar de vrouw gaan en deze wordt nu (+).
- integratie mogelijk via homologe recombinatie (Hfr-cell)
- Excisie erna van F-plasmide dat oncorrect kan gebeuren en stukken DNA ‘meetrekt’ <=> variatie!!

Question 4

Transformatie

Answer 4

uit omringend milieu: zie p. 9 2e deel
Gebruikt als kloneringsmethode voor DNA-fragment:
- competent gemaakte E. coli (Ca2+) kunnen plasmide uit omgeving opnemen en mee multipliceren
- antibioticum en andere merkers op recombinant plasmide nodig voor selectie achteraf

Question 5

Transductie

Answer 5

via viruspartikels:
- lytische groeicyclus: bacteriofaag injecteert DNA (zonder integratie!!!), virale EW’en worden afgeschreven en uiteindelijk openbarsten en viruspartikels vrij
- lysogene groeicyclus: wel integratie DNA bacteriofaag -> replicatie tot bepaalde stimilus -> excisie en lytische groeicyclus

Question 6

Hoe ontstaan genenclusters?
Pseudogen?

Answer 6

genduplicatie leidt tot kopijen die naast elkaar komen te liggen en eventueel verplaatst kunnen worden via chromosomale translocatie met behoud koppeling (syntenie)
- pseudogen is een niet-fuctionele kopij (mutatie(s)), echter duidelijk verwantschap met functionele gen

Question 7

paraloge en orthologe genen

Answer 7

• homologe genen die afstammen van 1 gen van 1 soort
• homologe genen (vaak gelijkaardige functie) uit gemeenschappelijke voorouder

Question 8

Condensatie genoom

Answer 8

via histonen

1. = core-histon:(=octameer: 2x(H2A, H2B, H3 en H4)
   - N-terminaal lysine (-) -> acetylatie (+) (histon acetylasen)
   => (+) interageert met (-)DNA
   - bepalen graad condensatie & stabiliseren en compact DNA
2. = linker-histon H1: stabiliseren solenoïde

solenoïde=nucleosomen samen in compacte structuur (=’beads-on-a-string’)

Question 9

hetero- vs euchromatine

wanneer karyotypering?

Answer 9

• hetero = zeer sterke condensatie
  eu = zeer zwakke condenatie
• tijdens M-fase (metafase) <-> grootste condensering