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MCB2992 > Réponse aux stress > Flashcards

Réponse aux stress Flashcards

1
Q

Qu’est la réponse stringente ?

A

permet arrête synthèse ARNr et ARNr lors d’une pénurie pour nutriment essentiel

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Q

Quel est le signal pour déclencher la réponse stringente ?

A

l’utilisation de nucléotides

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3
Q

Nommer le médiateur de la réponse stringente

comment est-il produit ?

A

ppGpp

pppGpp -> transfert 2 phosphates de ATP au GTP -> ppGpp

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4
Q

Réponse stringente, ordonner

A/ aa manquant
B/ synthèse ppGppp
C/ arrivée ARNt non chargé au site A ribosome
D/ conversion en ppGpp

A

A/C/B/D

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5
Q

Comment et par qui est contrôlée concentration ppGpp chez E.coli ? chez B.subtilis ?

A

E.coli : 2 protéines

  • Protéine RelA
  • Protéine SpoT
  • synthétise pppGpp
  • dégrade ppGpp

B.subtilis : 1 protéine aux deux activité
* Protéine RSH

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6
Q

Comment agit le ppGpp ? (3)

A
  • inhibe promoteurs rrn (via faiblesse de complexe ouvert)
  • diminue stabilité complexe ouverts
    => empêche initiation transcription
  • augmente activités facteurs sigma de stress (σH, σE)
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7
Q

Que signifie “agir comme alarmone”?

A

qui signale de changements majeurs dans expression de nombreux gènes seront requis

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8
Q

Vrai ou faux

Une mutation suffit sur le gène relA ou spoT pour inactiver la synthèse du ppGpp

A

Faux

deux mutations sont nécessaires !

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9
Q

Vrai ou faux

Le ppGpp agit seul sur ses cibles dans la réponse stringente

A

Faux

besoin partenaire DksA

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10
Q

Quel est le mode d’action de DksA ?

A

Bloque l’accès au canal secondaire de l’ARNpol

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11
Q

Quelles sont les conséquences d’un double mutant relA spoT ?

A
  • auxotrophe pour 9 aa
  • phénotype semblable aux mutants σS

Remarque: mutant dksA semblable

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12
Q

DksA a un effet positif ou négatif sur ppGpp ?

L’effet du ppGpp est donc direct ou indirect ici ?

A

positif : il augmente son pouvoir négatif sur les promoteurs rrn

Effet ppGpp a effet direct

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13
Q

Associer

A/région AT riche au discriminateur
B/ région CG riche au discriminateur

1/desactivation
2/activation

C/ car stabilisation complexe ouvert ARNpol
D/car complexe ouvert ARNpol déstabilisé

A

A2C

B1D

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14
Q

Donner des exemples de stress

A

osmolarité, température, pH, pénurie nutriments essentiels

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15
Q

La réponse heat shock fait intervenir combien de protéines ? leur nom ?

A

synthèse de 30 protéines Hsps

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16
Q

Vrai ou faux

Réponse au choc thermique est une réponse transitoire

A

Vrai

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17
Q

Nommer des protéines connues appartenant aux Hsps

Quelles sont leur fonction ?

A

GroEL, DnaK, DnaJ, GrpE
= chaperonnes essentielles

dans réponse heat shock = repliement protéines endommagée

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18
Q

Nommer deux protéines Hsps intervenant dans la dégradation de protéines dénaturés

A

Lon et Clp

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19
Q

Quel facteur reconnaît les promoteurs des gènes de la réponse heat shock?

  • σE
  • σH
  • σF
A

σH pour Heat

séquence consensus différente des gènes de ménage

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20
Q

Après choc thermique, σH augmente de … fois et taux de traduction de l’ARNm σH augmente de …fois

A

15 fois σH
10 fois ARNm σH

+ demi-vie σH augmentée

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21
Q

Quel est le rôle de l’ARN thermosenseur dans la réponse heat shock ?

A

Structure secondaire masquant TIR déstabilisée par chaleur, traduction efficace de ARNm σH

Permet réponse rapide

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22
Q

Rappeler le rôle de DnaK

Expliquer son comportement lorsque:

  • température normale
  • température augmente

en utilisant σH

A

Normale: Dnak + σH = empêche activité

Elevée : DnaK se lie aux protéines dénaturées = libère σH

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23
Q

Comment DnaK empêche activité de σH ? (2)

A
  • augmente sensibilité σH à protéase FtsH

- par liaison = aucune disponibilité pour transcription

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24
Q

Différence entre σE, σH et σS ?

A

σH : réponse heat shock

σE : contrôle réponse stress affectant membrane externe + qlq gène pour heat shock

σS : réponse générale au stress (G-)

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25
Combien de gène sont affectés dans la réponse générale au stress chez E.coli : - 305 - 490 - 481 - 500
481
26
Vrai ou faux σS est le régulateurs principale de la réponse au stress chez les Gram +
faux chez les Gram -
27
Vrai ou faux La régulation de σS est stricte
Faux Il y en a peu, niveaux ARNm σS élevés tout long phase exponentielle croissance Régulation post-transcriptionnelle
28
Par qui est régulé σS?
ARNs régulateur DsrA
29
DsrA active la traduction de ARNm σS à haute ou basse température ?
basse température
30
Décrire les 2 modes d'action de ARNs Dsra
*ARNs interagit avec structure masquant TIR Permet traduction ARNm σS DsrA aidée par Hfq (chaperonne) *DsrA réprime traduction de ARNm H-NS = stimule changement expression de gènes dans conditions de stress
31
Comment est régulé la stabilité de σS ?
condition normale σS+RssB -> dégradation stress RssB+Ira -> σS actif
32
ARN 6S séquestre: - σ70 - σS ?
σ70 : libère ARNpol : interagissent avec σS
33
la réponse heat shock avec σ est caractéristique de quelle bactérie : - B.subtilis - E.coli
E.coli
34
Le répresseur HrcA intervient dans quel mécanisme ?
Réponse heat shock chez bactéries autres que E.Coli
35
A basse température, HrcA interagit avec opérateur CIRCE pour : - activer les gènes de réponse heat shock - réprimer les gènes de réponse heat shock ?
HrcA les réprime à basse température CIRCE = controlling inverted repeat of chaperone expression
36
Vrai ou faux Chez autres bactéries, réponse heat shock, la chaperonne DnaK est conservée en tant que thermomètre cellulaire
Faux, c'est GroEL
37
Décrire interaction GroEL/HrcA
Basse température : GroEL replie HrcA Haute température : GroEL replie autres protéines, HrcA libéré -> permet expression gène heat shock
38
``` Dans réponse générale au stress, les bactéries G+ utilisent : - σS - σB - σE ? ```
σB, pour transcrire les gènes induits par le stress
39
Vrai ou faux La réponse générale au stress est commune à celle pour détecter un manque d'énergie et à celle pour détecter un stress environnemental (G+)
FAUX une voie spécifique pour pénurie des ressources et pour stress environnemental (ex: heat shock, pH)
40
``` L'induction de la réponse au stress, chez G+, est induite par : - 1 - 3 - 5 protéines périplasmiques ? ```
5 = Rsb (regulator of σ B) sont des serine ou thréonine kinases => phosphorylation en fonction réponse stress
41
Ordonner, (réponse générale stress G+) A / phosphorylation de RsbS B / relâchement de σB C / RsbRA, RsbRB, RsbRC, RsbRD répondent à stress spé D / relâchement du facteur anti-sigma : RsbW E / activation transcription de plus de 200 gènes pour résister au stress
CADBE RsbS = la plus courte des 5 Rsb
42
Définir la riboregulation.
Riborégulation = ARNs régulateurs jouent rôle dans régulation des systèmes bactériens ARNs fonctionnent en formant paires de bases avec ARN régulé
43
Vrai ou faux La majorité des ARNs régulateurs agissent en cis.
FAUX | la majorité agit en trans, certains en cis
44
D'où provient la différence entre l'action en cis ou en trans des ARNs régulateurs ?
action en cis : ARNs encodés dans le brin opposé du brin matrice séquence 100% complémentaire à ARN cible action en trans : ARNs encodés dans autre région que leur ARN cible séquence n'est pas 100% complémentaire à ARN cible : besoin chaperonne Hfq ont plusieurs cibles différents
45
Comment les ARNs régulateurs agissent en trans avec ARN cible ?
- inhibition traduction en interagissant avec TIR | - stimulation traduction en défaisant structure secondaire du TIR
46
Vrai ou faux Les sARN agissant en cis ont plusieurs cibles Pourquoi ?
FAUX ARNs en trans ont plusieurs cibles Pourquoi ? car ont régions de complémentarité avec ARN cible courtes et interrompues par mauvais appariements
47
Vrai ou faux Tous les ARNs interagissent avec ARN cible
FAUX famille CsrB de ARNs interagissent avec une protéine cible pour réguler son activité
48
Distinguer CsrB / CsrA
CsrA stabilise structure secondaire qui séquestre TIR de ARN CsrB interagit avec plusieurs copies de CsrA pour empêcher interaction CsrA/ARN => traduction possible
49
Définir stress extra-cytoplasmique
réponses à des changements survenants à extérieur du cytoplasme
50
Donner des exemples de stress extra-cytoplasmique
Pression osmotique = changement de concentration en soluté à extérieur de la cellule
51
Vrai ou faux La pression osmotique est normalement plus élevée à l'intérieur qu'à l'extérieur de la cellule.
Vrai
52
``` Choisir la ou les bonne(s) réponse(s) La cellule peut réguler les différences de pression osmotique entre extérieur/intérieur en accumulant ou excrétant : a) ions calcium b) ions potassium c) proline d) méthionine e) glycine bétaine ```
b-c-e
53
Comment les G- équilibrent la pression osmotique ?
par la synthèse de pores dans la membrane externe => porines
54
Corriger Trois sous-unités porines forment un hexamètre dans la membrane externe pour former des hélices alpha presence de canaux au centre pour permettre la sélection du passage de molécules hydrophobes au travers de la membrane externe étant très hydrophile
Trois sous-unités porines forment un TRIMERE dans la membrane externe pour former des FEUILLETS BETA presence de canaux au centre pour permettre la sélection du passage de molécules HYDROPHILES au travers de la membrane externe étant très HYDROPHOBE
55
Nommer les porines principales chez E.coli (2)
OmpC, OmpF pores OmpC < pores OmpF
56
Si pression osmotique élevée, les cellules ont plus d'OmpC ou d'OmpF ?
Pression osmotique élevée : OmpC > OmpF pression osmotique basse : OmpC < OmpF
57
Quels facteurs impactent le ratio OmpC/OmpF ? (6)
températures élevées, pH haut, stress oxydatif, solvants organiques, antibiotique, toxines
58
Quelle est la caractéristique de EnvZ/OmpR
système à 2 composantes, EnvZ = senseur membranaire OmpR = régulateur transcriptionnel Pression osmotique élevée = EnvZ phosphorylé = OmpR-P = active transcription ompC VS pression basse -> OmpR-P = active transcription ompF
59
Vrai ou faux Les mutations envZ ou ompR empêchent la transcription de ompC et ompF
Faux seulement ompC faible niveau expression ompF
60
Expliquer la différence entre la régulation des porines par EnvZ/OmpR et l'ARNs MicF Il y a t-il un lien entre les 2 ?
EnvZ/OmpR : en réponse variation pression osmotique ARNs MicF : en réponse à d'autres formes de stress (multicopy inhibitor of OmpF) Lien : haut niveau OmpR-P peut activer promoteur micF
61
MicF est activateur ou répresseur ?
Répresseur: MicF + Hfq interagissent avec TIR de ARNm ompF => inhibe traduction ``` Remarque : activateurs dépendent du stress ex: SoxS (stress oxydatif) MarA (acides faibles + antibiotique) Rob (peptide antimicrobien) ```
62
Différence MicC / MicF Dans quelle régulation interviennent-ils ?
Interviennent dans régulation synthèse porine MicC => interaction TIR de ARNm ompC (inhibition traduction) MicF => interaction TIR de ARNm ompF (inhibition traduction)
63
CpxA-CpxR répondent à quel stress ? comment ?
stress de l'enveloppe système à 2 composantes: CpxA = senseur CpxR = régulateur CpxA s'autophosphorylent en présence d'éléments extérieurs (ex: pile, curli) CpxR-P activent protéases et chaperonnes pour replier et dégrader ces protéines
64
Rappeler rôle de σE
E.coli utilisé pour exprimer gènes dont produits agissent dans espace périplasmique facteurs sigma de la famille σE sont σECF
65
Ordonner A / membrane externe endommagée B / facteur anti σE : RseA contrôlée par dégradation protéolytique en réponse au stress enveloppe C / Omp s'accumulent dans périplasmes D / Protéase Yael dégrade domaine transmembranaire RseA E / interaction Omp/DegS (protéase) F / DegS clive domaine périplasmique de RseA G / relâche σE H / transcription gènes de la réponse au stress de l'enveloppe
BACEFDGH
66
Nommer les trois systèmes dans la réponse au stress extra-cytoplasmique
- EnvZ/OmpR - CpxA-CpxR - DegS (détection protéines endommagées)

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