Expression génique Flashcards
Nommer les étapes de l’expression génique
- transcription (brinADN matrice transcription en ARNm)
- traduction (traduction de ARNm en langage aa)
Citer éléments permettant expression d’un gène (6)
Promoteur (-35/-10)
Site d’initiation transcription (+1)
Site d’attachement ribosome à ARNm (RBS)
Code initiateur traduction + arrêt (fin protéine)
Site de terminaison transcription (fin ARNm)
Polymérases ADN et ARN peuvent discriminer NTPs et dNTPS via : - position 5 du ribose - position 2 du ribose - position 3 du ribose ?
position 2
Vrai ou faux
G:U contribue à la stabilité de l’ARN
FAUX
Nommer structures secondaire dans ARN (2)
hairpin
pseudoknot
Nommer les 5 sous-unités de l’ARN polymérase coeur
- 2 s-u alpha : interaction sqce en amont promoteur + via extrémités N-term et C-term)
- 1 s-u bêta et 1 bêta’ : activité catalytique et fixation sur ADN
- 1 oméga : catalyse mais ne reconnaît pas promoteur
Différence entre ARNpol coeur et ARNpol holoenzyme ?
ARNpol holoenzyme contient facteur sigma permettant reconnaissance promoteur
Quels phosphates sont éliminés lors de la polymérisation?
- β
- γ
- α
- β
- γ
Quelle holoenzyme reconnaît les promoteurs des gènes de ménage?
Quelle est la distance optimale ?
celle possédant facteur σ70
PS: transcription début avec purine
distance optimale 17 Nt
Remettre dans l’ordre
A / relâche de σ et passage à phase élongation
B / initiation et cycles de transcription abortive
C / interaction de σ avec l’holoenzyme
D / terminaison de la transcription
E / interaction ARNpol/promoteur = complexe fermé
F / évasion de l’ARNP du promoteur
G / isomérisation et formation du complexe ouvert
C-E-G-B-F-A-D
Associer sous-unités σ avec son lieu de reconnaissance
σ4, σ2, σ3
proche de β dans canal site actif
proche de β’ + interagit avec région A:T riche du -10 = formation RPc
reconnaît -35 db
4 -> reconnaît -35
2 -> proche de β’ + interaction A:T -10
3 -> proche de β site actif
Définir conséquence de :
1/ séquence -10 étendue / absence -35
2/ élément UP en +
1/ σ3 interagit avec section étendue
2/ UP reconnu par s-u α
Vrai ou Faux
L’isomérisation est le passage du complexe ouvert au complexe fermé
FAUX, c’est l’inverse, grâce à σ2
Quel est le mode d’action de la rifampicine ? A quel moment de la transcription ?
Interaction avec β : bloque synthèse ARN + trappe ARNpol dans complexe initiation
Décrire l’initiation transcription
- arrivée NTP (ATP ou GTP) dans canal secondaire
- interaction avec Nt +1 brin matrice
- 2ème NTP entre + interaction avec +2
- relâche 2 pyrophosphates
Définir transcription abortive
arrêt de la polymérase par la rencontre avec une boucle σ3-2. Induit le relâchement de l’ARN d’env 10 Nt
Trouver l’intrus
Un promoteur fort est :
- une séquence ADN permettant forte interaction avec ARNpol
- séparation rapide des brins d’ADN
- transition rapide de ANRpol en phase d’élongation
- haut taux de transcription abortive
“haut taux de transcription abortive”
=> FAIBLE TAUX
Vrai ou Faux
Le complexe d’élongation est très stable
VRAI
Vrai ou Faux
La transcription processive est facultative
FAUX
Obligatoire. ARNpol ne peut pas quitter matrice ADN sans interrompre irréversiblement la transcription
Qu’induit une pause de l’ARNpol ?
La suite en U dans ARN induit instabilité ARN/ADN => arrêt de l’ARNpol
=> formation structure épingle cheveux
De quelles façons peut se terminer la transcription ? les définir
- terminaison rho-independante
si la structure en épingle induite par la pause peut déstabiliser ARNpol en couvrant Nt ARN/ADN => arrêt - terminaison rho-dépendante
due à interaction protéine rho/sqce C riche ARN
rattrape ARNpol via activité hélicase puis stop
Compléter
La traduction met en jeu …protéines ribosomales + …ARN ribosmaux et …ARNts
53 protéines ribosomes
3 ARNr
86 ARNts
Remettre en ordre
Initiation de la traduction :
A/ entrée de ARNt initiateur avec N-formyl-méthionine + appariement codon initiateur
B/ ajout de 50S
C/ reconnaissance du site RBS par ARN 16S et s-u 30 du ribosome
D/ IF1, IF2, IF3 ajustent la formation du complexe
C-A-D-B
Remettre en ordre
Elongation traduction
A / Catalyse liaison peptidique
B / Entrée ARNt chargé en A
C / Translocation ARNt en A vers P
B-A-C
Remettre en ordre
Terminaison traduction A/ RFE permet relargage ARNM 50S + 30S B/ aucune arrivée ARNt C/ codon stop D/ arrivée de RF1, RF2 : stimule transfert peptide site P sur H2O
C-B-D-A
Décrire la trans-traduction: tmRNA
tmRNA est chargé d’un alanine, arrive au site A, ajoute queue de 10aa à protéine engendrée par ARNm tronqué
Queue reconnue par protéase ClpXP : dégrade protéine tronquée
Décrire phénomène de polarité
survient lorsque traduction prématurée dans le premier gène d’un opéron
induit terminaison par protéine rho
