Régulation transcriptionnelle chez les eucaryotes

Question 1

vrai ou faux. La machinerie transcriptionnelle eucaryote est plus élaborée que chez la bactérie

Answer 1

Vrai

Question 2

Par quoi est régulée la transcription par Pol II?

Answer 2

Par des activateurs et des répresseurs

Question 3

En quoi la transcription chez les eucaryotes est plus complexe que chez les procaryotes?

Answer 3

Chez les eucaryotes, l’ADN est entourée autour de nucléosomes, masquant les promoteurs et de nombreux gènes ne peuvent pas être exprimés en l’absence de protéines régulatrices. Il y a ainsi plus de régulateurs et de plus grandes séquences régulatrices

Question 4

vrai ou faux. Chez les eucaryotes, les sites sont plus nombreux et plus rapprochés.

Answer 4

Faux. Ils sont plus éloignés.

Question 5

Sur combien de nucléotides peuvent s’étendre les séquences régulatrices?

Answer 5

1000 nucléotides en amont ou en aval du promoteur

Question 6

Qu’est-ce qu’un enhancer?

Answer 6

Plusieurs sites activateurs regroupés en une seule unité.

Question 7

Étant donné que les sites sont plus éloignés, qu’est-ce qui est nécessaire pour permettre les actions à distances ?

Answer 7

L’intervention de boucles d’ADN facilitant les intéractions entres les protéines.

Question 8

Vrai ou faux. Un activateur lié à un enhancer peut contrôler plusieurs gènes à sa porter.

Answer 8

Vrai

Question 9

Que requiert l’activation à distance?

Answer 9

D’autres séquences régulatrices, comme des isolateurs ou des éléments frontières.

Question 10

Où sont situées les isolateurs ou les éléments frontières?

Answer 10

Entre les enhancers et les promoteurs.

Question 11

Qu’est-ce qui bloque l’activation du promoteur?

Answer 11

La liaison des activateurs à l’enhancer.

Question 12

Nommez 2 domaines fonctionnels présents chez les activateurs transcriptionnels des eucaryotes.

Answer 12

Domaine de liaison à l’ADN (DLA) et un domaine d’activation

Question 13

Quel est l’activateur eucaryote le plus étudié?

Answer 13

Gal4

Question 14

Quel est le rôle de Gal4?

Answer 14

Il active la transcription du gène galactose chez S. cerevisiae

Question 15

Où se lie Gal4?

Answer 15

Lie 4 sites situés 275ob en amont de GAL1

Question 16

Qu’arrive-t-il lorsque Gal4 se retrouve en présence de galactose?

Answer 16

Gal4 active la transcription de GAL1 +1000 fois.

Question 17

Vrai ou faux. Le DLA et le domaine d’activation (DA) sont interchengeables et distincts.

Answer 17

Vrai

Question 18

Est-ce que le DLA seul peut activer la transcription et pourquoi?

Answer 18

Un fragment du gène Gal4 code uniquement pour le tiers N-terminal de la protéine qui peut se fixer à l’ADN, mais qui n’active pas la transcription.

Question 19

Est-ce que le domaine d’activation de Gal4 peut fonctionner même s’il est associé à un autre DLA?

Answer 19

En créant un gène hybride en fusionnant les 3/4 C-terminaux de Gal4 (DA) avec un DLA provenant du répresseur bactérien LexA, il a été vu que la protéine acitve la transcription de lacZ portant des sites LexA, donc le DA de Gal4 peut fonctionner même s’il est attaché à un autre DLA.

Question 20

Vrai ou faux. Un DLA bactérien (LexA) ne peut pas remplacer un DLA eucaryote (GAL4).

Answer 20

Faux. Il peut.

Question 21

Vrai ou faux. La plupart des régulateurs bactériens lient l’ADN sous forme de dimères.

Answer 21

Vrai

Question 22

vrai ou faux. La grande majorité des protéines régulatrices bactériennes utilisent le motif hélice-coude-hélice comme DLA.

Answer 22

Vrai

Question 23

Quel est le premier DLA à être caractérisé?

Answer 23

motif HCH (hélice-coude-hélice)

Question 24

Par qui est découvert le motif HCH?

Answer 24

Par McKay et Steitz (1981) et Pabo et Lewis (1982)

Question 25

Comment est structuré le motif HCH?

Answer 25

Il y a 2 hélices alpha séparé par un court coude. 1er hélice est de reconnaissance, elle s'insère dans le grand sillon et reconnait des pb spécifiques. 2eme hélice crée un contact avec le squelette de l'ADN.

Question 26

Vrai ou faux. Plusieurs régulateurs eucaryotes lient sous forme hétérodimère et parfois monodimère

Answer 26

Vrai

Question 27

Qu'est-ce l'homéodomaine?

Answer 27

La classe de DLA de type HCH

Question 28

À quoi ressemble la structure HCH (homéodomaine)?

Answer 28

Aux HCH bactériens

Question 29

Chez qui est découverte en premier la structure HCH?

Answer 29

Chez la drosophile

Question 30

Quelle est la fonction des homéodomaines chez la drosophile?

Answer 30

L'embryogenèse.

Question 31

Vrai ou faux. L'homéodomaine contient une région très conservée de 60 acides aminés.

Answer 31

Vrai

Question 32

Quelle est la séquence consensus de l'homéodomaine (HD)?

Answer 32

TAATNN

Question 33

Quelles peuvent êtres les 2 fonctions des protéines à homéodomaines?

Answer 33

Activateurs ou répresseurs.

Question 34

Quel est le domaine le plus commun des DLA?

Answer 34

Le domaine à doigtsde Zn

Question 35

Chez qui a été identifié en premier le domaine à doigts de Zn?

Answer 35

Chez TFIIIA

Question 36

De quoi est constitué le domaine à doigts de Zn?

Answer 36

D'environ 30 acides aminés parmi lesquels se trouvent 2 résidus cystéines et 2 résidus histidine. Il y a 12 AA entre les paires cystéines-histidine, et il y a des résidus basiques et hydrophobes. La structure de 30 AA se replie pour former 2 barreaux bêta antiparallèles suivis d'une hélice alpha

Question 37

De quoi est constitué l'activateur Sp1?

Answer 37

De 3 structures en doigts de Zn consécutives

Question 38

Par quoi est coordonn. le Zn?

Answer 38

Par 4 résidus cystéines.

Question 39

Quel est le rôle du Zn dans le DLA?

Answer 39

De stabiliser le DLA (Ressemble au motif HCH mais présente différences structurales)

Question 40

De quoi est constitué le récepteur glucocorticoïde?

Answer 40

De 8 cystéines pouvant lier 2 atomes de zinc

Question 41

Qu'est-ce que la fermeture à glissière de leucines?

Answer 41

motif structurel trouvé dans certains facteurs de transcription qui leur permet à la fois de se dimériser et de se lier à l’ADN.

Question 42

Quels sont les 2 rôles de la fermeture à glissière de leucines?

Answer 42

Dimérisation (permet à 2 protéines de se lier ensemble pour former un dimère) et liaison à l'ADN (liaison du dimère à l'ADN)

Question 43

Par qui a été identifié la fermeture à glissière de leucines?

Answer 43

Steven L.McKinght

Question 44

De quoi est composé la fermeture à glissière de leucines?

Answer 44

🔹 Composée d’une région d’environ 30 acides aminés, chargée positivement. 🔹 Contient une hélice α qui interagit avec le grand sillon de l’ADN. 🔹 Région clé : une séquence de leucines répétées (4 à 6 leucines) séparées par 7 acides aminés chacune.

Question 45

Comment se fait la dimérisation par les leucines?

Answer 45

Les leucines s’alignent sur un même côté de l’hélice α, ce qui favorise leur interaction hydrophobe avec une autre hélice α du même type.

Question 46

Vrai ou faux. Un facteur peut former un homodimère ou un hétérodimère

Answer 46

Vrai

Question 47

Comment se forme la structure coiled-coil?

Answer 47

Quand deux protéines possédant le motif de 7 résidus qui sépare les hélice alpha interagissent, elles s’enroulent l’une autour de l’autre

Question 48

Qu'est-ce que le facteur de transcription GCN4?

Answer 48

Présent chez la levure, il possède une fermture à glissière de leucines lui permettant de former un dimère stable

Question 49

Quelle est la plus grosse similarité entre le motif HCH et le motif fermture-leucine?

Answer 49

Les 2 possèdent des régions basiques essentielles à la liaison à l'ADN et une région permettant la dimérisation.

Question 50

De combien de pb est constitué le site de reconnaissance dans l'ADN?

Answer 50

12 paires de bases inversées répétées ayant une région conservée (boîte E = CAXXXGT)

Question 51

Quel est le rôle de MyoD?

Answer 51

Différenciation cellulaire

Question 52

Quel est le rôle de CBF1/CPF1?

Answer 52

Stabilité des chromosomes

Question 53

Quel est le rôle de CUTE, E12, E47 et PHO4?

Answer 53

Régulation de l'expression

Question 54

Quel est le rôle de myc?

Answer 54

La prolifération cellulaire.

Question 55

Vrai ou faux. Contrairement aux DLA, les régions activatrices n'ont pas de structures définies.

Answer 55

Vrai

Question 56

Pourquoi les régions activatrices n'ont pas de structures définies?

Answer 56

Elles doivent avoir des régions adhérentes capable d'intéragir avec plusieurs surfaces protéiques. Peuvent former des structures en hélice induite par la liaison de l'ADN.

Question 57

Pourquoi la région activatrice de Gal4 est appelée région activatrice acide?

Answer 57

À cause de la prépondérance de AA acides.

Question 58

Nommez 2 types de régions activatrices sans structure définie.

Answer 58

Activateur Sp1 (riche en glutamine) et activateur CTF1 (riche en proline)

Question 59

Quels types de régions sont fortes et fonctionnent dans tout l'organisme des eucaryotes?

Answer 59

Régions activatrices acides.

Question 60

Vrai ou faux. Les régions activatrices non acides sont plus faibles et fonctionnent de façon moins universelle.

Answer 60

Vrai

Question 61

Vrai ou faux. Il est rare pour un activateur d'établir un lien direct avec l'ARN pol. Il recrute la polymérase indirectement.

Answer 61

Vrai

Question 62

Que peuvent faire les activateurs pour aider à l'initiation?

Answer 62

Recruter des modificateurs de nucléosomes.

Question 63

Quel est le rôle général des activateurs?

Answer 63

De recruter des protéines sur le promoteur

Question 64

Vrai ou faux. Les activateurs agissent à distance.

Answer 64

Vrai

Question 65

Donnez un exemple d'activateurs qui agissent à distance.

Answer 65

Une région acide typique d’un activateur peut interagir avec des composants du médiateur et/ou avec sous-unités TFIID

Question 66

Quels sont les 2 types de modificateurs qui aident à activer un gène empaqueté dans la chromatine?

Answer 66

Acétyltransférase des histones (HAT) qui ajoutent des groupements chimiques sur les queues d'histones et les SWI/SNF à activité ATP-dépendante qui remodèlent les nucléosomes.

Question 67

Que permet l'acétylation des queues d'histone?

Answer 67

Rendre la chromatine plus ouverte et aide la liaison d'une machinerie transcriptionnelle par un autre moyen, soit en créant des sites de liaison spécifiques sur les nucléosomes pour les protéines contenant des bromodomaines.

Question 68

Quel facteur contient des bromodomaines?

Answer 68

Un des composant de TFIID (TAD1/TAFii250), permettant de mieux se fixer aux nucléosomes acétylés.

Question 69

Vrai ou faux. Les composants de la machinerie transcriptionnelle sont nécessaires de façon égale à tous les gènes.

Answer 69

Faux. Plus nécessaire à certains gènes qu'à d'autres.

Question 70

Quels sont les 3 composants intéragissant avec Gal4?

Answer 70

Le médiateur, SAGA et TFIID

Question 71

Que fait SAGA?

Answer 71

Il a une activité d'acétylation et est capable d'intéragir avec la machinerie transcriptionnelle.

Question 72

Que contient SAGA et pourquoi est-ce nécessaire?

Answer 72

Des TAFs, nécessaires pour certains promoteurs en remplacement de TFIID

Question 73

Vrai ou faux. SAGA est un coactivateur de Gal4

Answer 73

Vrai

Question 74

À quoi est lié Gal4 ?

Answer 74

À la séquence cible (UAS) par son DLA (DB)

Question 75

Par quoi est bloqué le domaine d'activation de Gal4?

Answer 75

Par Gal80

Question 76

Que se passe-t-il lors d'addition de galactose?

Answer 76

Cela induit l'expression de l'inducteur Gal3, qui modifi le complexe Gal80/Gal4, rendant AD accessible pour recruter SAGA. SAGA recrute TBP à boîte TATA via le domaine SPt3 et active la transcription de Gal1.