Question de révision - Partie Hugo Flashcards
Est-ce que la région 4p16 est plus grande ou plus petite que l’intervalle 4p17 ?
On ne peut pas savoir a priori.
Est-ce que la région 4p1 est plus grande que 4p16 ?
Oui, 4p16 est une subdivision de 4p1.
Est-ce que le bras P est toujours plus court que le bras Q ?
Non, ils sont égaux/similaires dans le cas des chromosomes métacentriques.
La bande 4p16 d’un chromosome fait partie de combien de molécules d’ADN double-brin dans l’image provenant d’une analyse karotypique ?
Deux
Ce chromosome provient de cellules en quelle phase du cycle cellulaire (caryotype) ?
Mitose
Pourquoi est-ce qu’on doit utiliser des cellules en G2/M pour faire des analyses de karyotype ?
Les chromosomes sont condensés en mitose ce qui facilite leur visualisation.
Comment pourriez-vous détecter une translocation entre deux
chromosomes chez un individu ?
- Analyse karyotypique par SKY ou Giemsa
- Séquençage entier du génome
Comment pourriez-vous détecter une translocation entre deux gènes ?
- Séquençage entier du génome
- FISH avec sondes contre chacun des gènes d’intérêt
Si vous connaissez les gènes impliqués dans une translocation et la région générale de chaque gènes impliqués, comment pourriez-vous déterminer le « breakpoint » entre deux translocations ?
- Séquençage entier du génome (coûteux pour rien)
- PCR avec amorce diagnostiques (une amorce dans chaque gène « partenaires » de la translocation, produit seulement si la translocation est présente)
Vrai ou faux : Un organisme complexe comme la grenouille a plus de chromosomes qu’un organisme plus simple comme une levure unicellulaire (S. cerevisiae) ?
Dans le cas d’une levure diploïde, c’est faux. Le nombre de chromosomes n’a pas de lien direct avec la complexité d’un organisme.
Un organisme multicellulaire a normalement toujours le même nombre de chromosomes dans chacune de ses cellules?
En général, c’est vrai pour les cellules somatiques, mais il existe des exceptions comme les gamètes et certaines cellules avec endoréplication (glandes salivaires des insectes).
La levure haploïde a 16 chromosomes, et peut être maintenue en tant qu’haploïde ou diploïde.
Dans le cas d’une levure haploïde: combien de copie de chaque chromosomes sont présent en phase G1 et en phase G2/M ?
16 en G1 et 32 en G2/M.
La levure haploïde a 16 chromosomes, et peut être maintenue en tant qu’haploïde ou diploïde.
Dans le cas d’une levure diploïde: combien de copie de chaque chromosomes sont présent en phase G1 et en phase G2/M ?
32 en G1 et 64 en G2/M.
La levure haploïde a 16 chromosomes, et peut être maintenue en tant qu’haploïde ou diploïde.
Si une levure diploïde traverse la méïose (sporulation), combien de copie de chaque chromosomes seront présents dans chaque spore ?
16 copie de chaque chromosome.
Combien de copies de chaque chromosome possède un spermatozoïde humain ?
Une copie de chaque chromosome.
Quel est l’impact relatif d’une mutation introduite aléatoirement par l’ADN polymérase sur le génome de levure par rapport à celui de l’humain ?
Une mutation a plus de chances de causer un effet néfaste dans le génome de la levure (dans une protéine ou un ARN), car une grande partie de son génome est codante, comparée à celui de l’humain. La fréquence à laquelle des mutations aléatoires pourraient poser un problème est donc plus grande chez la levure que chez l’humain.
Pourquoi y a-t-il plus de rétrotransposons que de transposons dans le génome humain ?
Les rétrotransposons se répliquent en créant une copie d’eux-mêmes, tandis que les transposons ne font que se déplacer. Le nombre de rétrotransposons peut donc augmenter, alors que celui des transposons n’augmente pas a priori.
La pression sélective pour éviter les mutations dans les transposons actifs est-elle faible ?
Oui, puisque la majorité des transposons n’ont pas de rôle clair. Les individus chez qui un transposon donné est inactivé par des mutations ne présentent pas de défauts de fitness et peuvent donc transmettre ce transposon muté sans problème à leur descendance.
Quelles tendances observe-t-on concernant le nombre de transposons actifs dans le génome sur des temps évolutifs ?
Le nombre de transposons actifs devrait diminuer en raison des mutations aléatoires, sauf pour ceux ayant acquis des fonctions spécifiques, comme la régulation des gènes.
Pourquoi le nombre de gènes encodant des tRNA est-il élevé ?
Une expression élevée de tRNA favorise la synthèse protéique et réduit l’impact des mutations inactivatrices.
Pourquoi les gènes de tRNA sont-ils organisés en clusters ?
Cela permet une co-régulation par modification de la chromatine et favorise leur duplication.
À quelle fréquence s’attend-on à des mutations ponctuelles dans les séquences répétitives LINE1 ?
Les mutations peuvent s’accumuler sans conséquence majeure, donc elles sont fréquentes sur des temps évolutifs.
Quel mécanisme pourrait favoriser l’inactivation des séquences LINE1 intégrées dans le génome ?
La conversion génique entre les LINE1 peut transférer des mutations d’une copie inactive vers une copie active.
Quelles conséquences peuvent découler de la déprotection des extrémités chromosomiques en raison de leur raccourcissement ?
Les extrémités peuvent être reconnues comme des bris d’ADN, menant à des fusions chromosomiques et, lors de la mitose, à des troncations et de l’aneuploïdie.
Une cellule différenciée exprime-t-elle plus ou moins de gènes qu’une cellule pluripotente ?
Les cellules différenciées expriment généralement moins de gènes que les cellules pluripotentes.
Quelles fonctions sont codées par les gènes exprimés dans toutes les cellules ?
Les fonctions de base de la cellule, comme le métabolisme, le cytosquelette, et la membrane plasmique.
Si le gène A donne un produit après 19 cycles dans la condition traitée et 18 cycles dans la condition non-traitée, quelle est la différence relative d’ADN matrice pour le gène A entre ces deux conditions ?
Une différence de 1 cycle équivaut à une division par 2 de l’ADN matrice. Il y a donc deux fois moins d’ADN matrice du gène A dans la condition traitée par rapport à la non-traitée.
En tenant compte des résultats du gène « housekeeping » (21 cycles traité, 20 cycles non-traité), quelle est la différence d’expression du gène A entre les deux conditions après normalisation ?
Le gène « housekeeping » montre deux fois moins de cDNA total dans la condition traitée. Après normalisation, il n’y a donc aucune différence d’expression du gène A entre les conditions traitée et non-traitée.
Comment valider que l’expression du gène housekeeping n’est pas influencée par le traitement ?
Utiliser plusieurs gènes housekeeping pour vérifier la quantité de cDNA.
Vous avez fait un « ChIP » Abf1, qui est lié au site A. Vous analyser les résultats par qPCR avec les amorces A et B.
Dans le cas de votre ChIP Abf1, la paire d’amorce A donne un produit à partir 20 cycles. Selon vous, est-ce que la paire d’amorce B donnera un produit à partir de plus ou moins que 20 cycles?
Puisque Abf1 se lie à la région « A » et pas à « B », il y a plus d’ADN matrice « A » que d’ADN « B » après le ChIP. Donc, nous aurons besoin de moins de cycles de PCR pour détecter un produit avec les amorces « A » que « B ». La paire d’amorces « B » donnera donc un produit après plus de cycles que la paire d’amorces « A ».
Pourquoi y a-t-il tout de même un signal si Abf1 se lie à la région « A » mais pas à la région « B » ?
Cela pourrait être dû à un signal de fond. Idéalement, si le ChIP était parfaitement spécifique, il n’y aurait aucun produit généré par les amorces B. Cependant, des signaux de fond peuvent survenir en raison d’une fixation non spécifique ou d’une contamination.
Vous avez fait une digestion partielle à la DNAseI et vous analyser les résultats par qPCR avec les amorces A et B.
La paire d’amorce A donne un produit à partir 20 cycles. Selon vous, est-ce que la paire d’amorce B donnera un produit à partir de plus ou moins que 20 cycles?
Selon le graphique, la digestion de l’ADN par la DNAse est plus élevée dans la région « B » que dans la région « A ». Donc, après le traitement à la DNAseI, il y a moins de matrice d’ADN « B » que de matrice d’ADN « A ». Le PCR « B » devrait donc donner un signal à partir d’un plus grand nombre de cycles que le PCR « A »
Comment tester si un remodeleur de la chromatine agit sur une région d’intérêt et par quel mécanisme ?
- Faire un essai à la DNAseI dans la lignée WT et KO: on s’attends à une plus grande sensibilité à la DNAseI dans la lignée WT que la lignée KO si le scénario A est favorisé.
- Faire un ChIP suivi d’un qPCR pour le variant d’histone en question et le gène d’intérêt. Le signal devrait être plus fort dans le WT que KO si le scénario B est favorisé.
Comment tester l’action d’une acétyltransférase sur le promoteur d’un gène d’intérêt ?
Créer une lignée KO et réaliser un ChIP pour les histones acétylées dans le promoteur du gène d’intérêt.
Comment générer une lignée où l’acétyltransférase est inactivée (KO) et une lignée contrôle WT ?
Réalisez un ChIP avec des anticorps contre les histones acétylées et des amorces qPCR ciblant le promoteur du gène. Le signal sera plus fort en WT qu’en KO, mais cela reste indirect, car d’autres acétyltransférases pourraient compenser.
Dans la lignée WT, comment réaliser un ChIP avec l’acétyltransférase ciblée et des amorces de qPCR pour le gène d’intérêt et un gène contrôle ?
Effectuez un ChIP avec l’acétyltransférase et des amorces qPCR ciblant le gène d’intérêt et un gène contrôle. Le signal sera plus fort pour le gène d’intérêt. Pour éviter les biais liés au choix du contrôle, un ChIP-seq peut être utilisé pour une analyse génomique complète.
