Puces à oligonucléotides

Question 1

Principe

Answer 1

Hybridation de l’ADN par complémentarité des brins.

Les cibles marquées reconnaissent, parmi les sondes de la puce, celles qui leur sont complémentaires.

Question 2

Comment préparer oligonuléotides ?

Answer 2

Fixation d’oligonuléotides synthétisés : immobilisation covalente des sondes

Synthèse d’oligonucléotides in situ :

• par technique du jet d’encre (Agilent)
• adressage photochimique (Affymetrix)

Question 3

Avantage synthèse in situ

Answer 3

Etre sûr de la séquence synthétisée

Question 4

Synthèse par technique du jet d’encre

Principe ?
Avantage ?

Answer 4

• synthèse d’oligonucléotides base par base dans le sens 3’-5’ avec méthode phosphoramidite
• dépôt des nucléotides dans une goutelette délivrée par microbuse à jet d’encre
• 4 buses dans la tête d’impression (une par nucléotide)
• Un seul passage de la tête d’impression par base ajouté

Avantage : Possibilité de synthétiser des oligonucléotides longs

Question 5

Synthèse par adressage photochimique ?

Answer 5

• Synthèse des oligonucléotides dirigée par un rayon lumineux qui déprotège les nucléotides d’une zone précise de la puce et les rend accessibles à l’addition d’une base supplémentaire
• La déprotection est localisée grâce à un jeu de masque qui permet l’illumination de certains spots
• La protection des nucléotides est faite grâce à des groupements photolabiles qui protège la liaison avec le nucléotide suivant