Proteomics

Question 1

Hva er proteomics?

Answer 1

Proteomics er et systematisk (storskala) studie av proteiner og deres egenskaper for å oppnå et globalt, integrert syn på sykdomsprosesser, cellulære prosesser, og nettverk på proteinnivå: ekspresjonsnivåer, makromolekylære interaksjoner, post-translasjonelle modifikasjoner, og signaliseringsnettverk

Question 2

Hva brukes den primære proteinstrukturen til?

Answer 2

• Identifikasjon av protein/genprodukt
• Sekvensvalidering
• Karakterisering av isoformer/”splice variants”
• Bestemmelse av sekundære modifikasjoner (PTMs)

Question 3

Hva brukes en sekundære proteinstrukturen til?

Answer 3

• Undersøkelse av proteinfoldingsdomener
• Disulfid-bindinger

Question 4

Hva brukes den tertiære proteinstrukturen til?

Answer 4

• Bestemmelse av 3D-struktur
• Studier av proteinstrukturdynamikk

Question 5

Hva brukes den kvartære proteinstrukturen til?

Answer 5

• Identifikasjon av ligandbindingsseter og kinetikk
• Definisjon av protein-protein-interaksjoner

Question 6

Hvilke trinn inngår i proteinidentifikasjon ved massespektrometri?

Answer 6

Proteins -> purification of protein complex -> separation of protein components -> identification of protein components -> functional analysis of identified protein components

Question 7

Hvordan foregår proteinidentifikasjon ved massespektrometri?

Answer 7

Proteiner kan bli fordøyd til peptidfragmenter.
Massene til peptidene kan bestemmes ved massespektrometri.
Det genererte peptidfingeravtrykket (karakteristiske masser) kan være nok til å identifisere proteinet.
Peptider kan videre bli fragmentert (MS/MS) for å gi data som aminosyresekvensen kan bli beregnet ut ifra.

Question 8

Ved hvilke to metoder kan man utføre separasjon av proteiner?

Answer 8

(1) Column chromatography
(2) Gel electrophoresis

Question 9

Hva er et proteom?

Answer 9

Et proteom er et sett av proteiner produsert i en organisme, et system, eller i en biologisk kontekst. Proteomet er ikke konstant: det er ulikt fra celle til celle, og det endrer seg over tid.

Question 10

Hva er massespektrometri?

Answer 10

Massespekrometri er en analytisk metode for å måle mass-to-charge ratio (m/z) av ett eller flere molekyler som er tilstede i en prøve.

Question 11

Hva kan proteomikk brukes til å undersøke?

Answer 11

• Når og hvor proteiner blir uttrykt
• Rater av proteinproduksjon, degradering, og “steady-state abundance”
• Hvordan proteiner blir modifisert
• Bevegelsen av proteiner mellom subcellulære bestanddeler
• Involveringen av proteiner i metabolske reaksjonsveier
• Hvordan proteiner interagerer med hverandre