Proteins: structure Flashcards
پیوند پپتیدی چگونه برقرار میشود و به باقیمانده چه میگویند
بین گروه آمید یک پپتید و گروه کربوکسیل پپتید دیگر آب آزاد میشود باقی مانده: ریشهی آمینو اسیل
نحوهی نام گذاری پلی پپتید
از انتهای آمینو به انتهای کربوکسیل همهی آمینواسیدها -یل- میگیرند جز آخرین
ساختمان الیگوپپتید هورمون آزادکنندهی تیروتروپین؟ TRH
این هورمون از هیپوتالاموس ترشح شده، روی هیپوفیز تأثیر گذاشته و باعث آزاد شدن TSH ساختمان: سه پپتیدکه دو آمینواسید شکل غیرمعمول پیروگلوتامیل -حلقوی شده-، هیستیدیل، پرولیلآمید
ساختمان گلوتاتیون و نقش آن در آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز؟
گلوتاتیون دارای ۳ آمینواسید: گاما گلوتامیل سیستئینیل گلیسین که گلوتامین بهجای آلفا به کربن گاما وصل شده به علت. گروه سولفیدریل نقش آنتی اکسیدانی آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز (دارای سلنیوم در جایگاه فعال ) پراکسید را احیا میکند و با آزاد کردن یک مولکول آب ۲ مولکول گلوتاتیو با پیوند سولفیدی اتصال پیدا میکنند
پراکسید به هیدروکسید تبدیل میشود
سپس آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز با استفاده از
FAD/ NADPH +H+ —–> NADP+
و سپس تبدیل به شکل فعال شده
کمبود NADPH: فاویسم
هر یک ازاین مواد چند پپتید دارند
ADH
گلوگاگون
ACTH همورمون آزاد کننده کوتیکوتروپین
کلسی تونین
انسولین
پاراتورمون
۹
۲۹
۳۹
۳۲
۵۱ -سادهترین پلیپپتید
۸۴
کار تیتین و تعداد اسیدآمینه
۲۷۰۰۰
وزن متوسط هر اسیدآمینه ۱۱۰
در عضله/ تنظیم کننده میزان امتداد عضله
سه پیوند متفاوت را در اسکلت پپتیدی توضیح دهید
یک زاویهی -فی- بین کربن آلفا و نیتروژن-هیدروژن
یک زاویهی -سای- بین کربن آفا و گروه کربونیل
این زوایا محدودیتشان به علت ممانعت فضاییست وگرنه هر زاویهای میتوانستند باشند
چهار اتم نیتروژن-هیدروژن و کربوکسیل با ۲ کربن آلفای در یک پیوند در یک صفحه هستند
پیوند پپتیدی قابلیت چرخش ندارد و یک هیبرید رزونانس به وجود میآید پس طول پیوند کربن کربونیل و نیتروژن از یگانه کمتر و از دوگانه بیشتر
چون قابلیت چرخش ندارد دو کونفیگوراسیون سیس و ترانس
که عموما ترانس هستند به خاطر ممانعت فضایی
آیا تغییر در ساختار پروتئین همیشه بیماری ایجاد می کند؟
خیر به این ساختارها پلیمورفیسم میگویند
مثل هاپتوگلوبین ، سرولوپلاسمین ، ترانسفرین ، آلفا یک آنتیتریپسین
ساختمان انسولین را توضیح دهید
دو زنجیره پلیپپتیدی
A: 21
B: 30
با دو پیوند دی سولفیدی در بین
مراحل شناسایی آمینواسیدها توسط سنگر را توضیح دهید.
اول: جداکردن پیوندهای دیسولفیدی با احیا کردن
دوم: قسمت کردن هر پلیپپتید به پپتیدهای کوچکتر با پپسین، تریپسین و کیموتریپسین
سپس زردکردن انتهای آمینو با اضفه کردن معروف سنگر
1-fleuro2,4-di nitro benzen (DNFB)
و تولید:
2,4- di nitrophil
تشخیص توالی با کروماتوگرافی
دو روش دیگر شناخت توالی پلی پپتید
استفاده از معرف دابسیل و دانسیل کلراید و تجزیهی مشتقات با اسید و سپس کروماتوگرافی / راحتتر چون فلورسانت
برای تشخیص توالی یکی یکی باید کنده شن - روش ادمن با استفاده از
phenyl iso tiosianat (PITS)
دو روش جداکردن پیوند دیسولفیدی
اول: با اکسیداسیون . استفاده از اسید پرفورمیک
دوم: احیا با دو-مرکاپتواتانل
چگونه جای پیوند دیسولفیدی را تشخیص میدهند
بدون جدا کردن پیوند دیسولفیدی پلیپپتید را قطعه قطعه میکنیم و با توالی به دست آمده مقایسه میکنیم. جاهایی که به جای دو مولکول ابتدایی مولکول بزرگتری قرار دارد، پیوند دیسولفیدی
برای جدا کردن مثلا تریپسین
تفاوت انسولین انسان با خوک و گاو؟
pig the closest, B30: pig: Ala , Human: Thr
cow, A8, A10. cow: Val, Ala HUman: Thr, Ile
ساختمان دوم پروتئین چه چیزی را نشان میدهد
توالی آمینواسیدها و موقعیت فضایی در یک بعد.
شکلهای اصلی: مارپیچ آلفا و صفحات بتا
اما در مابین پیچ و قوس هم میتواند باشد
پایدارترین. ساختمان دوم پروتئینی چیست و چرا
مارپیچ آلفا
در هر پیچ ۳.۶ آمینواسید جمعا ۰.۵۴ نانومتر
علت اصلی پیوند هیدروژنی بین
NH, CO
علت بعدی پیوندهای واندروالس به علت نزدیکی زیاد
هر اسیدآمینه ۱۰۰ درجه چرخش
آمینواسیدهای اصلی زنجیر آلفا؟
کرام آمینواسیدها نمیتوانند و چرا
آلانین، لوسین، گلوتامات، متیونین و فنیل آلانین
یک : پرولین / به خاطر اینکه به نتیروژن هیدروژن نچسبیده پس بیوند هیدروژنی نمیتواند برقرار کند و پیوند کربن-نتروژن امکان چرخش ندارد
اگر پرولین باشد خمیدگی ایجاد میشود
دو: گلیسین / ناپایدار چون بیش از حد انعطاف پذیر
محتوای مارپیچ آلفا در آنزیم کیموتریپسین و میو/هموگلوبین ؟
معمولا سطح یا داخل
14% and 75%
سطح
مارپیج آمفیپاتیک چیست؟
وقتی هر ۳ یا ۴ آمینواسید قطبی بعد غیرقطبی. مثل کانالهای غشایی
رشته ها و صفحات بتا را توضیح دهید و پایداری آنرا مقایسه کنید
رشتههای بتا به تنهایی پایدار نیستند اما چندتا از این رشتهها یک صفحه را تشکیل مبدهد که به علت پیوند هیدروژنی پایدار است و در اکثر پروتئینها دیده میشود. اگر انتهای آمید و کربوکسیل هر رشته هم جهت ، صفحه بتا همسو اگر نه ناهمسو
در همسو هر اسید آمینه به دو اسیدآمینهی دیگه متصل و پیوند ضعیف
در ناهمسو پیوند ها ۱-۱ عمودی و قوی
تفاوت و شباهت ساختمان صفحات بتا و مارپیچ آلفا
تفاوت : در صفحات بتا برخلاف مارپیچ آلفا که فشرده است، آمینواسیدها زیگزاگی و امتداد یافته.
طول ریشه در آلفا ۰.۱۵ نانومتر و بتا ۰.۳۵
شباهت: در هر دو سر قطبی بیرون آبگریز درون
پیچ و قوس چیست و کدام آمینواسیدها در آن شرکت میکنند
گلیسین و پرولین در تشکیل آن شرکت میکنند. معمولا آمینواسید ۲ و ۳ در یک پیچ. (۴) پیوند بین گلیسین که انعطافپذیر است و نیتروژن ایمینو پرولین معمولا سیس که امکان چرخش ناگهان را میدهد
معمولا آمینواسیدهای آب دوست
در یک پروتئین ۱/۳ ریشههای آمینواسید. قوسهایی که تا ۵ ریشه را پیچ میگویند