Post Translational Modifications Flashcards
מה ההבדל בין קינאזות לפוספטאזות מבחינת מיקום הפעולה שלהם, והאנרגיה הנדרשת?
קינאזות מזהים בצורה מאוד ספציפית אתר מסוים בחלבון ומזרחנים אותו, לעומת פוספטאזות שהם לא ספציפיים
קינאזות צריכות ATP ופוספטאזות לא.
מהי ברירת המחדל של חלבונים מבחינת זרחון?
ללא זרחון
איזה מודיפיקציה שלאחר תרגום רואים הרבה בהקשרי מחלות (וירוסים וסרטן)?
מודיפיקציות של היסטונים שמשפיעות על ביטוי גנים
מהו המבנה של נוקלאוזום?
8 היסטוני ליבה (H4, H3, H2B, H2A) שיוצרים את המרכז של הנוקלאוזום.
לכל יחידה של זנב N טרמינלי ללא מבנה מוגדר שפונה כלפי חוץ וחופשי לעשות אינטראקציות.
מהן שתי המודיפיקציות שעליהן למדנו בהיסטונים?
מתילציה ואצטילציה של ליזינים בקצה הN טרמינלי של ההיסטונים
מהם הכותבים והמוחקים?
אנזימים שמעורבים במודיפיקציות לאחר תרגום של היסטונים:
הכותבים עושים מודיפיקציה והמוחקים מורידים מודיפיקציה.
כיצד נקראים הכותבים והמחוקים באצטילציה?
כותבים:
HAT - Histone Acetyl Transferase
מוחקים:
HDAC - Histone Deacetylase
איזה סוגים של מתילציה יש?
מונו, די או טרי מתילציה
איך נותנים שמות למודיפיקציה?
H(#histone)K(#lysine)(type)(#methyl)
H3K9me3
היסטון 3, ליזין 9 טרימתילציה
מה בדרך כלל יהיה התפקיד של מתילציות ואצטילציות?
מתילציות ידכאו גנים (נפוצות בDNA שאינו אקטיבי, הטרוכרומטין) ואצטילציות יאקטבו גנים (מפוות בDNA אקטיבי, אאוכרומטין)
כיצד חלבוני שקוראים את הקוד הגנטי יכולים לבצע משוב חיובי\שלילי?
הם יכולים להביא איתם חלבון כותב או מוחק, כך שאם הם קוראים מתילציה ספציפית ויש איתם כותב הוא יצור עוד אחד (משוב חיובי) או או מוחק שימחוק (משוב שלילי)
מהם barriers?
חלבונים שהתפקיד שלהם הוא לעצור משוב חיובי שקורה כתוצאה מחלבונים קוראים שעושים אמפליפיקציה
(בתמונה כתוב שזה לא חלבונים אלא קטעי DNA)
מתי חלבונים בציטופלזמה ובגרעין יכולים לעבור גליקוזילציה?
הוספה של סוכר בודד מסוג N-acetylglucosamine כן יכולה לקרות על סרין או תריאונין. זה היוצא מן הכלל.
מה זה CA125?
חלבון שעבר גליקוזילציה ונמצא על פני תאי אפיתל סרטניים. החלבון הכי גדול אצל בני אדם (22,000 חומצות אמינו ברצף).
מאחר וסוכרים סופחים מים, הם יוצרים מעין מוקוז על פני השטח וזה מבודד את התא מהסביבה.
מה עושה ליפידציה של חלבונים?
חלבונים עוברים ליפידציה ודה ליפידציה וכך ניתן לשלוט במיקום שלהם. הליפיד משפיע על לאיזה ממברנה יגיע החלבון.
מה הקשר ומה ההבדל בין PDI לליפידציה?
PDI מקשר פוספוליפיד לחלבון דרך שייר סוכרי, כך שהחלבון מעוגן לממברנה, בER. זה אומר שהחלבון הוא לומינלי.
ליפידציה היא גם הוספה של ליפיד לחלבון, אבל היא מאפשרת להיות להיות גלפי הציטופלזמה, כך שהחלבון הוא ציטופלזמטי.
מהן הסיבות לעשות דגרדציה לחלבונים?
חלבון לא תקין, שינוי בביטוי גנים, מחזור חלבונים בעקבות מחסור
מהם שני המקומות שבהם יש דגרדציה לחלבונים בתא?
ליזוזום ופרוטאוזום
מה מאפיין את הליזוזום?
- דגרדציה לומינלית
- עיכול החלבון בעקבות pH
- יעיל אנרגטית - פרוטאזות פועלות ללא שימשו באנרגיה.
מה מאפיין את הפרוטאוזום?
- ציטופלזמטי
- צורך אנרגיה
מה זה cross compartment digestion?
חלבונים ציטופלזמטיים שמגיעים לדגרדציה בליזוזום באמצעות אוטופאגיה, או חלבונים לומינליים שמגיעים לדגרדציה בפרוטאוזום במנגנון ERAD - ER associate degradation (חלבונים שאינם מקופלים כראוי מוצאים החוצה דרך תעלה בעזרת אנרגיה אל הפרוטאוזום)
מהו המבנה של הפרוטאוזום?
תעלה סימטרית שבמרכז שלה יש את אזור החיתוך לפפטידים קצרים. המרכז חסום בשני הצדדים על ידי proteasome cap - 19Scap
מה נדרש על מנת להעביר חלבונים למרכז הפרוטאזום (הcatalytic core(?
אנרגיה.
מהו יוביקוויטין?
חלבון ששם על חלבונים polyubiquitin chain, שמאפשרת לחלבון להיקשר לפרוטאוזום (ל-cap).
לאחר מכן הcap מפרק את השרשרת ומשחרר אותה, והחלבון נכנס פנימה.
כיצד החלבון נכנס לפרוטאוזום?
- ה unfoldase ring עושה Unfolding לחלבון ומכניס אותו
כיצד עובדת הunfoldase ring?
הקסמר שבו יש הרבה חזרות על הידרוליזה של ATP שיוצרות שינויים קונפורמטיביים בחלבון עד לקבלת חלבון לא מקופל
מה עושה ubiquitin hydrolase?
מוריד את השרשרת יוביקוויטין
כמה מולקולות יוביקוויטין צריך כדי שחלבון יעבור דגרדציה?
כמה (לא רק אחת)
כיצד מולקולת יוביקוויטין מוצמדת לחלבון?
מולקולות היוביקוויטין נמצאות על carrier.
כאשר החלבון מוכן לדגרדציה נצמד אליו ליגאז שלוקח את היוביקויטין מהcarrier ומצמיד אותו לחלבון.
זה קורה כמה פעמים ואז החלבון יכול להיכנס לפרוטאוזום.
?מהםE1, E2, E3
E1 - נשא של יוביקוויטין, אוסף מהציטוזול.
E2 - נשא של יובקוויטין, לוקח אותו מE1, מעביר לE3 (מכיר את שניהם)
E3 - יוביוויקטין ליגאז - נצמד לחלבון ומצמיד לו יוביקוויטין שהנשא מביא לו. ספציפי לחלבון.
לפי האינטרנט היוביקויטין עובר מE2 אל החלבון ישירות, על ידי 3E, אבל היוביקוויטין עצמו לא עובר בE3.
האם כל יוביקוויטילציה היא סימן לדגרדציה?
לא, בהיסטונים היא משפיע על דחיסות מבנה הכרומטין, והיא יכולה להשפיע גם על אנודציטוזה
איזה סיגנל של יוביקוויטיליציה מסמן proteasomal degradation?
שרשרת של יוביקוויטין שמחוברים זה לזה בליזין 48, כך שנוצר מבנה זוויתי.
אם היוביוויקטין הבא נקשר ב63, זה סימן לתיקון DNA.
כיצד יכולה להתבצע רגולציה על ההחלטה האם לבצע יוביקוויטליציה?
יכולה להיות רגולציה על החלבון כך שהוא ישנה צורה רק כשצריך לעשות דגרדציה כך שיהיה זמין לקישור, ויכולה להיות רגולציה על E3 כך שמקבל סיגנל שבעקבותיו הוא מזהה את החלבון שלו.
איזה מנגנונים מפעילים את E3?
זרחון ושליחיים שניוניים
איזה מנגנונים גורמים לחלבון להיות מוכן לקישור עם E3?
זרחון שגורם לשינוי קונפורמטיבי
Unmasking - אזור קישור לE3 שהוא חבוי נהיה גלוי בעקבות סיגנל
מה זהSUMO?
Small ubiquitin related modifier
חלבון קטן שעושה מודפיקציות לחלבונים, הומולג ליוביקוויטין