Post Translational Modifications

Question 1

מה ההבדל בין קינאזות לפוספטאזות מבחינת מיקום הפעולה שלהם, והאנרגיה הנדרשת?

Answer 1

קינאזות מזהים בצורה מאוד ספציפית אתר מסוים בחלבון ומזרחנים אותו, לעומת פוספטאזות שהם לא ספציפיים
קינאזות צריכות ATP ופוספטאזות לא.

Question 2

מהי ברירת המחדל של חלבונים מבחינת זרחון?

Answer 2

ללא זרחון

Question 3

איזה מודיפיקציה שלאחר תרגום רואים הרבה בהקשרי מחלות (וירוסים וסרטן)?

Answer 3

מודיפיקציות של היסטונים שמשפיעות על ביטוי גנים

Question 4

מהו המבנה של נוקלאוזום?

Answer 4

8 היסטוני ליבה (H4, H3, H2B, H2A) שיוצרים את המרכז של הנוקלאוזום.
לכל יחידה של זנב N טרמינלי ללא מבנה מוגדר שפונה כלפי חוץ וחופשי לעשות אינטראקציות.

Question 5

מהן שתי המודיפיקציות שעליהן למדנו בהיסטונים?

Answer 5

מתילציה ואצטילציה של ליזינים בקצה הN טרמינלי של ההיסטונים

Question 6

מהם הכותבים והמוחקים?

Answer 6

אנזימים שמעורבים במודיפיקציות לאחר תרגום של היסטונים:
הכותבים עושים מודיפיקציה והמוחקים מורידים מודיפיקציה.

Question 8

כיצד נקראים הכותבים והמחוקים באצטילציה?

Answer 8

כותבים:
HAT - Histone Acetyl Transferase
מוחקים:
HDAC - Histone Deacetylase

Question 9

איזה סוגים של מתילציה יש?

Answer 9

מונו, די או טרי מתילציה

Question 10

איך נותנים שמות למודיפיקציה?

Answer 10

H(#histone)K(#lysine)(type)(#methyl)
H3K9me3
היסטון 3, ליזין 9 טרימתילציה

Question 11

מה בדרך כלל יהיה התפקיד של מתילציות ואצטילציות?

Answer 11

מתילציות ידכאו גנים (נפוצות בDNA שאינו אקטיבי, הטרוכרומטין) ואצטילציות יאקטבו גנים (מפוות בDNA אקטיבי, אאוכרומטין)

Question 12

כיצד חלבוני שקוראים את הקוד הגנטי יכולים לבצע משוב חיובי\שלילי?

Answer 12

הם יכולים להביא איתם חלבון כותב או מוחק, כך שאם הם קוראים מתילציה ספציפית ויש איתם כותב הוא יצור עוד אחד (משוב חיובי) או או מוחק שימחוק (משוב שלילי)

Question 13

מהם barriers?

Answer 13

חלבונים שהתפקיד שלהם הוא לעצור משוב חיובי שקורה כתוצאה מחלבונים קוראים שעושים אמפליפיקציה
(בתמונה כתוב שזה לא חלבונים אלא קטעי DNA)

Question 14

מתי חלבונים בציטופלזמה ובגרעין יכולים לעבור גליקוזילציה?

Answer 14

הוספה של סוכר בודד מסוג N-acetylglucosamine כן יכולה לקרות על סרין או תריאונין. זה היוצא מן הכלל.

Question 15

מה זה CA125?

Answer 15

חלבון שעבר גליקוזילציה ונמצא על פני תאי אפיתל סרטניים. החלבון הכי גדול אצל בני אדם (22,000 חומצות אמינו ברצף).
מאחר וסוכרים סופחים מים, הם יוצרים מעין מוקוז על פני השטח וזה מבודד את התא מהסביבה.

Question 16

מה עושה ליפידציה של חלבונים?

Answer 16

חלבונים עוברים ליפידציה ודה ליפידציה וכך ניתן לשלוט במיקום שלהם. הליפיד משפיע על לאיזה ממברנה יגיע החלבון.

Question 17

מה הקשר ומה ההבדל בין PDI לליפידציה?

Answer 17

PDI מקשר פוספוליפיד לחלבון דרך שייר סוכרי, כך שהחלבון מעוגן לממברנה, בER. זה אומר שהחלבון הוא לומינלי.
ליפידציה היא גם הוספה של ליפיד לחלבון, אבל היא מאפשרת להיות להיות גלפי הציטופלזמה, כך שהחלבון הוא ציטופלזמטי.

Question 18

מהן הסיבות לעשות דגרדציה לחלבונים?

Answer 18

חלבון לא תקין, שינוי בביטוי גנים, מחזור חלבונים בעקבות מחסור

Question 19

מהם שני המקומות שבהם יש דגרדציה לחלבונים בתא?

Answer 19

ליזוזום ופרוטאוזום

Question 20

מה מאפיין את הליזוזום?

Answer 20

1. דגרדציה לומינלית
2. עיכול החלבון בעקבות pH
3. יעיל אנרגטית - פרוטאזות פועלות ללא שימשו באנרגיה.

Question 21

מה מאפיין את הפרוטאוזום?

Answer 21

1. ציטופלזמטי
2. צורך אנרגיה

Question 22

מה זה cross compartment digestion?

Answer 22

חלבונים ציטופלזמטיים שמגיעים לדגרדציה בליזוזום באמצעות אוטופאגיה, או חלבונים לומינליים שמגיעים לדגרדציה בפרוטאוזום במנגנון ERAD - ER associate degradation (חלבונים שאינם מקופלים כראוי מוצאים החוצה דרך תעלה בעזרת אנרגיה אל הפרוטאוזום)

Question 23

מהו המבנה של הפרוטאוזום?

Answer 23

תעלה סימטרית שבמרכז שלה יש את אזור החיתוך לפפטידים קצרים. המרכז חסום בשני הצדדים על ידי proteasome cap - 19Scap

Question 24

מה נדרש על מנת להעביר חלבונים למרכז הפרוטאזום (הcatalytic core(?

Answer 24

אנרגיה.

Question 25

מהו יוביקוויטין?

Answer 25

חלבון ששם על חלבונים polyubiquitin chain, שמאפשרת לחלבון להיקשר לפרוטאוזום (ל-cap).
לאחר מכן הcap מפרק את השרשרת ומשחרר אותה, והחלבון נכנס פנימה.

Question 26

כיצד החלבון נכנס לפרוטאוזום?

Answer 26

1. ה unfoldase ring עושה Unfolding לחלבון ומכניס אותו

Question 27

כיצד עובדת הunfoldase ring?

Answer 27

הקסמר שבו יש הרבה חזרות על הידרוליזה של ATP שיוצרות שינויים קונפורמטיביים בחלבון עד לקבלת חלבון לא מקופל

Question 27

מה עושה ubiquitin hydrolase?

Answer 27

מוריד את השרשרת יוביקוויטין

Question 28

כמה מולקולות יוביקוויטין צריך כדי שחלבון יעבור דגרדציה?

Answer 28

כמה (לא רק אחת)

Question 29

כיצד מולקולת יוביקוויטין מוצמדת לחלבון?

Answer 29

מולקולות היוביקוויטין נמצאות על carrier.
כאשר החלבון מוכן לדגרדציה נצמד אליו ליגאז שלוקח את היוביקויטין מהcarrier ומצמיד אותו לחלבון.
זה קורה כמה פעמים ואז החלבון יכול להיכנס לפרוטאוזום.

Question 30

?מהםE1, E2, E3

Answer 30

E1 - נשא של יוביקוויטין, אוסף מהציטוזול.
E2 - נשא של יובקוויטין, לוקח אותו מE1, מעביר לE3 (מכיר את שניהם)
E3 - יוביוויקטין ליגאז - נצמד לחלבון ומצמיד לו יוביקוויטין שהנשא מביא לו. ספציפי לחלבון.

לפי האינטרנט היוביקויטין עובר מE2 אל החלבון ישירות, על ידי 3E, אבל היוביקוויטין עצמו לא עובר בE3.

Question 31

האם כל יוביקוויטילציה היא סימן לדגרדציה?

Answer 31

לא, בהיסטונים היא משפיע על דחיסות מבנה הכרומטין, והיא יכולה להשפיע גם על אנודציטוזה

Question 32

איזה סיגנל של יוביקוויטיליציה מסמן proteasomal degradation?

Answer 32

שרשרת של יוביקוויטין שמחוברים זה לזה בליזין 48, כך שנוצר מבנה זוויתי.
אם היוביוויקטין הבא נקשר ב63, זה סימן לתיקון DNA.

Question 33

כיצד יכולה להתבצע רגולציה על ההחלטה האם לבצע יוביקוויטליציה?

Answer 33

יכולה להיות רגולציה על החלבון כך שהוא ישנה צורה רק כשצריך לעשות דגרדציה כך שיהיה זמין לקישור, ויכולה להיות רגולציה על E3 כך שמקבל סיגנל שבעקבותיו הוא מזהה את החלבון שלו.

Question 34

איזה מנגנונים מפעילים את E3?

Answer 34

זרחון ושליחיים שניוניים

Question 35

איזה מנגנונים גורמים לחלבון להיות מוכן לקישור עם E3?

Answer 35

זרחון שגורם לשינוי קונפורמטיבי
Unmasking - אזור קישור לE3 שהוא חבוי נהיה גלוי בעקבות סיגנל

Question 36

מה זהSUMO?

Answer 36

Small ubiquitin related modifier
חלבון קטן שעושה מודפיקציות לחלבונים, הומולג ליוביקוויטין