Phages à ARNsb

Question 1

Décrire rapidement les caractéristiques génomiques et structurales des leviviridae

Answer 1

Ont un génome ARN simple brin de polarité positive de 3,5 à 4,3 kb. Possède 180 copies de la protéine de capside, et 1 de la protéine A ou M.

Question 2

Quels sont les deux rôles remplis par la protéine A ?

Answer 2

• Attachement au pilus

- La maturation des particles.

Question 3

Quel aspect des levivirus entre un peu en conflit avec la définition des virus icosaédriques ?

Answer 3

Pas vraiment symétriques, car présence de la protéine A en un seul exemplaire a un endroit aléatoire de la capside. Il en va de même pour la répartition de l’ARN à l’intérieur de la capside, qui est inégale.

Question 4

Comment est-ce que le génome du MS2 est structuré ?

Answer 4

Très structuré, avec environ 75% des nucléotides appariés.

Question 5

Décrire les extrémités 3’ et 5’ du génome ARN de MS2.

Answer 5

En 3’, on trouve une séquence CCAoh et en 5’ une séquence pppGG.

Question 6

Combien de séquences SD trouve on dans le génome de MS2 et ou ?

Answer 6

On trouve 3 séquences SD, en amont des gènes A, CP et REP.

Question 7

A quoi est destinée la moitié gauche du génome ?

Answer 7

A coder pour des protéines structurales.

Question 8

DAns MS2, ou se situe le gène de lyse ?

Answer 8

Dnns une phase de lecture différente et sa traduction nécessite un mécanisme frameshift suivi d’un arrêt de traduction.

Question 9

Quelle différence entre le génome de MS2 et Qb ?

Answer 9

Qb n’a pas de gène codant pour une protéine de lyse, mais possède une séquence supplémentaire qui code pour un domaine de trasnlecture de la protéine de capside.

Question 10

De quoi est responsable la présence d’interactions longues distance avec Qb ?

Answer 10

Provoque la formation de pseudonoeuds.

Question 11

Est ce que dans MS2, la protéine A et la protéine CP et la réplicase sont synthétisées en même temps ?

Answer 11

Non, A est synthétisée en fin de cycle tandis que CP et Rep sont synth en début de cycle.

Question 12

Comment est-ce que ça se fait qu’il y ait un ordre (d’abord CP puis rep ?)

Answer 12

Sous la conformation initiale de l’ARN génomique viral, seule la séquence SD de la CP est accessible. C’est le passage du ribosome qui ouvre les structures en faisant CP qui permet d’accéder ensuite à la SD de rep.

Question 13

Quel complexe se charge de la réplication ?

Answer 13

Un complexe dit holoenzyme formé de Rep, S1, EF-Tu Ef-Ts et éventuellement un HF (pour synth -)

Question 14

Comment agit Hfq ?

Answer 14

Fixe les ARN sb dans les régions riches en A et déroulerait les appariements en 3’ pour favoriser l’ini de la réplication par Ef-Tu.

Question 15

A part régulation de l’ini de la réplication quelle est la fonction de HFq ?

Answer 15

A un rôle d’inhibition de la traduction.

Question 16

Comment est-ce que la réplicase se fixe sur le génome ?

Answer 16

La protéine F1 se fixe aux régions S(avant CP) et M (sur REP) . S1 provoque le relargage de tous les ribosomes sur le génome.

Question 17

Que provoque le recrutement de S1 ?

Answer 17

La libération de IF3 qui est attachée à S1, provoquant un boost de la traduction.

Question 18

Comment se fait la réplication du brin - ?

Answer 18

Si y’a plus de ribosomes sur la matrice, alors ARNc synthétisé (brin -) en initiant sur l’avant dernier nt. Puis, Rep ajoute un A a l’extrémité de l’ARNc et former un CCAoh.

Question 19

Comment se fait la réplication en ARN + ?

Answer 19

une fois le brin - fait, seul le complexe TuTsRep est nécessaire pour initier la réplication en partant du A incorporé. Ajoute en décalant un pppG puis réplique. Comme pour le brin +, un A est ajouté àla fin.

Question 20

Sous quelle formes existent les protéines de capsides ?

Answer 20

Sous la forme de conformères d’interaction A/B ou C/C.

Question 21

Comment se fait l’encapsidation ?

Answer 21

Fait appel à des dimères de CP qui se fixent sur des sites de haute affinité, puis qui fait des intermédiaires d’assemblage. Puis, la protéine A reconnaît les extrémités de l’ARNviral et permet la finalisation de l’encapsidation.

Question 22

Quand est-ce que l’expression de la protéine A (MS2) ou A2 (Maturase du Qb) est exprimées et ou ?

Answer 22

Se fait sur les brin d’ARN`+ en cours de synthèse

Question 23

De quoi dépend la production de la protéine de lyse du MS2, L ?

Answer 23

Il faut que les CP soient traduits, et L est produite à 0,1% des évènements d’initiation et traduction de CP.

Question 24

Par quels mécanismes est faite L ?

Answer 24

Se fait par mécanisme de réinitiation de la traduction après un FS et d’un arrêt prématuré de CP, ou alors par un mécanisme de réinitiation par les ribosomes sur le codon d’initiation.

Question 25

Combien de phages sont produits après une infection d’un Levivirus ?

Answer 25

5000-1000.

Question 26

Est-ce que les mécanismes de lyse par Leviviridae sont dépendants d’une croissance cellulaire active ?

Answer 26

Non, indépendants.

Question 27

Quelles applications de MS2 dans la biologie ?

Answer 27

Permet de développer des outils permettant de visualiser physiquement les ARN ou chercher des protéines fixant un ARN spécifique, en raison de la forte affinité de CP pour la tige boucle.

Question 28

Quel est le principe derrière la localisation subcellulaire d’ARN in vivo ?

Answer 28

On ajoute plusieurs hp dont on veut déterminer la localisation, qui sont reconnues par CP du MS2. Puis, on fusionne une GFP à CP et on observe les interactions avec l’ARN au microscope à fluorescence.

Question 29

C’est quoi le système triple hybride de levure ?

Answer 29

Un système génétique pour montrer interactions ARN Prot.On reconstitue un TF par un ARN chimérique reconnu par deux SU du FT fusionnées à CP de MS2 et la protéine d’intérêt. Si y’a interaction, modification phénotypique de la levure car gène rapporteur activé par le complexe.