Phages à ARNsb Flashcards
Décrire rapidement les caractéristiques génomiques et structurales des leviviridae
Ont un génome ARN simple brin de polarité positive de 3,5 à 4,3 kb. Possède 180 copies de la protéine de capside, et 1 de la protéine A ou M.
Quels sont les deux rôles remplis par la protéine A ?
- Attachement au pilus
- La maturation des particles.
Quel aspect des levivirus entre un peu en conflit avec la définition des virus icosaédriques ?
Pas vraiment symétriques, car présence de la protéine A en un seul exemplaire a un endroit aléatoire de la capside. Il en va de même pour la répartition de l’ARN à l’intérieur de la capside, qui est inégale.
Comment est-ce que le génome du MS2 est structuré ?
Très structuré, avec environ 75% des nucléotides appariés.
Décrire les extrémités 3’ et 5’ du génome ARN de MS2.
En 3’, on trouve une séquence CCAoh et en 5’ une séquence pppGG.
Combien de séquences SD trouve on dans le génome de MS2 et ou ?
On trouve 3 séquences SD, en amont des gènes A, CP et REP.
A quoi est destinée la moitié gauche du génome ?
A coder pour des protéines structurales.
DAns MS2, ou se situe le gène de lyse ?
Dnns une phase de lecture différente et sa traduction nécessite un mécanisme frameshift suivi d’un arrêt de traduction.
Quelle différence entre le génome de MS2 et Qb ?
Qb n’a pas de gène codant pour une protéine de lyse, mais possède une séquence supplémentaire qui code pour un domaine de trasnlecture de la protéine de capside.
De quoi est responsable la présence d’interactions longues distance avec Qb ?
Provoque la formation de pseudonoeuds.
Est ce que dans MS2, la protéine A et la protéine CP et la réplicase sont synthétisées en même temps ?
Non, A est synthétisée en fin de cycle tandis que CP et Rep sont synth en début de cycle.
Comment est-ce que ça se fait qu’il y ait un ordre (d’abord CP puis rep ?)
Sous la conformation initiale de l’ARN génomique viral, seule la séquence SD de la CP est accessible. C’est le passage du ribosome qui ouvre les structures en faisant CP qui permet d’accéder ensuite à la SD de rep.
Quel complexe se charge de la réplication ?
Un complexe dit holoenzyme formé de Rep, S1, EF-Tu Ef-Ts et éventuellement un HF (pour synth -)
Comment agit Hfq ?
Fixe les ARN sb dans les régions riches en A et déroulerait les appariements en 3’ pour favoriser l’ini de la réplication par Ef-Tu.
A part régulation de l’ini de la réplication quelle est la fonction de HFq ?
A un rôle d’inhibition de la traduction.
Comment est-ce que la réplicase se fixe sur le génome ?
La protéine F1 se fixe aux régions S(avant CP) et M (sur REP) . S1 provoque le relargage de tous les ribosomes sur le génome.
Que provoque le recrutement de S1 ?
La libération de IF3 qui est attachée à S1, provoquant un boost de la traduction.
Comment se fait la réplication du brin - ?
Si y’a plus de ribosomes sur la matrice, alors ARNc synthétisé (brin -) en initiant sur l’avant dernier nt. Puis, Rep ajoute un A a l’extrémité de l’ARNc et former un CCAoh.
Comment se fait la réplication en ARN + ?
une fois le brin - fait, seul le complexe TuTsRep est nécessaire pour initier la réplication en partant du A incorporé. Ajoute en décalant un pppG puis réplique. Comme pour le brin +, un A est ajouté àla fin.
Sous quelle formes existent les protéines de capsides ?
Sous la forme de conformères d’interaction A/B ou C/C.
Comment se fait l’encapsidation ?
Fait appel à des dimères de CP qui se fixent sur des sites de haute affinité, puis qui fait des intermédiaires d’assemblage. Puis, la protéine A reconnaît les extrémités de l’ARNviral et permet la finalisation de l’encapsidation.
Quand est-ce que l’expression de la protéine A (MS2) ou A2 (Maturase du Qb) est exprimées et ou ?
Se fait sur les brin d’ARN`+ en cours de synthèse
De quoi dépend la production de la protéine de lyse du MS2, L ?
Il faut que les CP soient traduits, et L est produite à 0,1% des évènements d’initiation et traduction de CP.
Par quels mécanismes est faite L ?
Se fait par mécanisme de réinitiation de la traduction après un FS et d’un arrêt prématuré de CP, ou alors par un mécanisme de réinitiation par les ribosomes sur le codon d’initiation.
Combien de phages sont produits après une infection d’un Levivirus ?
5000-1000.
Est-ce que les mécanismes de lyse par Leviviridae sont dépendants d’une croissance cellulaire active ?
Non, indépendants.
Quelles applications de MS2 dans la biologie ?
Permet de développer des outils permettant de visualiser physiquement les ARN ou chercher des protéines fixant un ARN spécifique, en raison de la forte affinité de CP pour la tige boucle.
Quel est le principe derrière la localisation subcellulaire d’ARN in vivo ?
On ajoute plusieurs hp dont on veut déterminer la localisation, qui sont reconnues par CP du MS2. Puis, on fusionne une GFP à CP et on observe les interactions avec l’ARN au microscope à fluorescence.
C’est quoi le système triple hybride de levure ?
Un système génétique pour montrer interactions ARN Prot.On reconstitue un TF par un ARN chimérique reconnu par deux SU du FT fusionnées à CP de MS2 et la protéine d’intérêt. Si y’a interaction, modification phénotypique de la levure car gène rapporteur activé par le complexe.
