Omics Flashcards
Hvorfor utføres omics analyser?
- for å forstå sykdommers patologi. avdekke genetisk predisponering, studere effekt av ytre påvirkning som miljø og infeksjoner.
- forbedre avl og forstå sykdom hos dyr og mennesker.
Hvilke komponenter analyseres for å gi innsikt i biologiske systemer og sykdommer?
- kromosom, dna, mRNA, proteiner og metabolitter.
Hva er transcriptomics og genomics?
Begge er to grener som fokuserer på ulike aspekter av genetisk informasjon.
Genomics: studerer genomet, som er det komplette settet av DNA i en organisme. Omfatter identifisering av gener i et genom, forstå struktur, funksjon og evolusjon.
Transcriptomics: fokuserer på transkriptom, som er settet av alle RNA.molekyler, inkl mRNA, i en celle eller vev på bestemt tidspunkt. Handler om å analysere uttrykksmønster av gener, for å si hvilke gener som er aktive og hvilket nivå de transkriberes for å produsere mRNA og proteiner.
Mens genomics gir en statisk bilde av den genetiske informasjonen, gir transcriptomics en dynamisk visning av hvordan genene blir uttrykt under forskjellige forhold eller i ulike stadier av utviklingen eller sykdomsprosesser.
Hva er genomics?
Det er studiet av genomer, som er hele DNA sekvensen i en organisme.
Inkluderer analyse av DNAets struktur, funksjon , evolusjon og hvordan det påvirker organismer.
Det identifiserer gener som er involvert i sykdommer. Finne mulige mutasjoner i gener som er predisponert for sykdommer.
Teknikker for å gjøre genomics?
- shotgun sequensering, kvantitativ PCR,Neste-generasjons sekvensering (NGS). Viktig for gentesting og syldomsforskning
Hva består DNA av, altså basene?
- Adenine, Tymin, GUanin, Cytosin.
Hva er transcriptomics?
Det er studiet av RNA, spesielt mRNA som gir et øyeblikksbilde av hvilke gener som er aktive på gitt tidspunkt.
Analysen er kvantitativ gift genomics og gir info om genuttrykket under ulike forhold, som under sykdom.
Hvilke baser består mRNA av?
- adenin, uracil, guanin og cytosin.
Hva varierer transcriptomics med?
Transkriptomet varierer avhengig av ulike faktorer som helsestatus, trening, alder Og så videre.. Gir da innsikt i dynamikken i proteinproduksjonen. Mens Genom er mer stabilt.
Hva er proteomikk?
Proteomikk er studiet av proteomer, som er det komplette settet av proteiner som blir uttrykt av en celle, vev eller organismer.
Den identifiserer:
- hvilke proteiner som er der.
- mengde av hvert protein.
- pTMs: studerer kjemiske endringer som proteiner gjennomgår etter translasjon, som kan påvirke deres funksjon.
- protein interaksjoner
- studere binding mellom protein og andre ligander som påvirker proteinets aktivitet.
Hva er MS basert proteomikk?
- Peptid analyseres med væskekromatografi koblet til MS (LC-MS). LC separerer peptid før de ioniseres og detekteres av MS for å bestemme masse og sekvens.
- Analyseres i data for identifisering og kvantifisering.
Hvordan identifisere et peptid gjennom fragmentering?
- skjer i MS
- bruker framenteringsteknikker som CID og HCD for å generere b og y-ione serier. Mens ETD detekterer c og z-ione serier.
CID/HCD bryter peptidbindinger og lager fragmenter som kan identifisere peptidsekvensen, kan fjerne PTMs noen ganger.
- ETD er skånsomme og holder PTMs på peptidene.
- fragmentene analyserer så i MS, lager massesignaler som korrelerer med peptidenes masse/ladningsforhold.
Hva skjer med peptider som har flere ladninger som +2 og +3? fjern?
- Det kan påvirke massen som detekteres i massespektrometret.
- +2 og +3 ladningene referer til antall protoner som er tilført til peptider under ionisering i MS.
- m/z ladningen kan minke med økende ladning.
- fragmentene kan også ha høyere vekt på slutten enn utgangsforbindelsen.
Hva er metabolomikk?
Det er en gren av omics. Her fokuserer man på å analysere og identifisere metabolitter som er kjemiske forbindelser som er involvert i resultatet av metabolismen av organismer.
dekker både endogene metabolitter og eksogene metabolitter.
hvordan utføres metabolomikk?
NMR - lite sensitivt
MS - brukes mest
- mer sensitiv
