Oefenvragen Guyten H3 Flashcards

1
Q

DNA staat voor?

A

Deoxyribonucleïnezuur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

RNA staat voor?

A

Ribonucleïnezuur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Genexpressie omvat wat?

A

Het hele proces van transciptie, translatie tot eiwitten.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hoeveel genen in een cel?

A

30.000

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hoeveel verschillende typen eiwitten kan door deze genen gemaakt worden?

A

Minimaal 100.000 wordt gedacht

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Verklaar waarom verschillende typen eiwitten door genen in de cel gemaakt kunnen worden.

A

Door o.a. alternative splicing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Proteïnen zijn te verdelen in welke twee klassen?

A

Structurele eiwitten en enzymen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Uit welke drie delen onderdelen bestaat DNA?

A

Fosfaatgroep, deoxyribose en een base.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat is een nucleotide en welke zijn er?

A

Fosfaatgroep, deoxyribose en een base, de purines adenine, guanine en de pyrimidines cytosine en thymine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Welke twee types basen zitten tegenover elkaar in DNA?

A

A-T en C-G

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hoe zijn deze twee typen basen gebonden aan elkaar en omschrijf de eigenschap van deze bond.

A

Middels waterstofbruggen, 2 voor A-T en 3 voor C-G.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hoeveel bonds tussen welke basen?

A

2 voor A-T
3 voor C-G

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hoeveel nucleotiden zitten er in een volle omwenteling van de helix?

A

ongeveer 10

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat is een codon?

A

Complementaire triplets op het RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Teken fosforzuur, deoxyribose en de bases

A

Zie boek of samenvatting of doe het als je de mogelijkheid hebt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Teken een deoxy-nucleotide met adenine

A

Zie boek, app of samenvatting en doe het als je de mogelijkheid hebt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hoe heet het proces van DNA > RNA

A

Transciptie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hoe komt RNA in het cytoplasma?

A

Diffusie via nuclear pore

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Noem twee verschillen tussen de structuur van RNA en DNA

A
  1. Ribose vs Deoxyribose
  2. De pyrimidine thymine is vervangen door de pyrimidine uracil
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Wat is de eerste stap van translatie?

A

Activatie van RNA nucleotiden door RNA polymerase. Een nucleotide monophosphate moet worden opgewaardeerd naar een nucleotide triphosphate door ATP. Deze triphosphate staart bevat de energie om nucleotiden aan elkaar te linken. Als dit gebeurt, wordt de nucleotide omgezet in een monophosphate.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Noem eigenschappen (c.q. functies) van RNA polymerase (noem 4 en sub4):

A
  • Activeert RNA nucleotiden
  • Bindt aan promotor op DNA
  • Ontwindt ongeveer twee omwentelingen DNA en splitst de strengen
  • Beweegt over de strand en voegt geactiveerde nucleotiden toe door:
    1. H-Bond te maken tussen nucleotiden.
    2. RNA polymerase breekt twee fosfaatgroepen. De energie die vrijkomt wordt gebruikt om de nucleotide te ligeren aan de vorige. De fosfaatgroep van de nieuwe nucleotide wordt hierbij gekoppeld aan de ribose van de oude nucleotide (5’ > 3’).
    3. Gaat door tot chain terminating sequence op DNA. RNA polymerase laat los.
    4. DNA heeft affiniteit om met zichzelf te binen, RNA chain laat dus z’n H-bruggen los en kan nu naar cytoplasma via poriën..
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Wat betekent het als een nucleotide geactiveerd wordt en waarvoor is dit nodig?

A

Als een nucleotide met een monofosfaat omgezet wordt naar een trisfosfaat middels ATP. De extra energie in de bindingen van de geactiveerde nucleotide wordt gebruikt om het te koppelen aan een reeks van andere nucleotiden, bijvoorbeeld bij translatie. Hierbij worden de twee extra fosfaatgroepen losgekoppeld en wordt de vrijgekomen energie gebruikt om de resterende fosfaatgroep van de nucleotide covalent te binden aan de (deoxy)ribose van de te synthetiseren streng.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Noem 6 typen RNA en geef een korte omschrijving

A
  1. Pre-mRNA: introns eruit geknipt in proces dat splicing heet.
  2. Small nuclear RNA (snRNA): controleert de splicing van pre-mRNA naar mRNA.
  3. mRNA
  4. tRNA
  5. rRNA
  6. miRNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hoeveel codons zijn er en hoeveel aminozuren?

A

4^3=64 codons voor totaal 20 aminozuren (in theorie zouden er 61 (64-3) stopcodons verschillende tRNA’s moeten zijn, maar omdat de laatste positie (wobble base) niet altijd noodzakelijk is, zijn er maar zo’n 30-40 verschillende als je kijkt naar sense-antisense binding. Dit staat niet in Guyton.)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Wat is het startcodon op RNA en waar codeert dit voor?

A

AUG - methionine (chain initiating codon)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Wat is het stopcodon op RNA en waar codeert dit voor?

A

UAA, UAG, UGA, codeert niet voor een aminozuur (chain terminating codon)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Hoeveel nucleotiden is tRNA lang?

A

Ongeveer 80

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Wat is de vorm van tRNA?

A

Klaverblad

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Het aminozuur bindt aan welke kant en aan welke nucleotide op het tRNA?

A

Aan de ribose (dus 3’ end) waar zich de hydrocylgroep bevindt. De laatste positie hier is altijd adenine.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Hoe heet het gedeelte van het tRNA dat het codon op het mRNA herkent?

A

Anticodon

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

Waar bevindt dit gedeelte zich op het tRNA

A

Ongeveer in het midden, onderaan het klaverblad.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Hoe binden de tRNA en mRNA?

A

Middels waterstofbruggen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

De ribosoom bestaat voor hoeveel procent uit rRNA?

A

60%

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

Waar bestaat de rest van het ribosoom uit?

A

Ongeveer 75 verschillende types eiwitten, zowel structurele als enzymen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Wat voor types RNA kan je in een ribosoom aantreffen?

A

tRNA, mRNA, en natuurlijk rRNA, tRNA transporteert de aminozuren naar de ribosoom, mRNA bevat de daadwerkelijke informatie welke aminozuren moeten worden ingebouwd en rRNA is waar de ribosoom uit alsmede zo’n 75 verschillende proteïnen.

36
Q

Op hoeveel verschillende chromosomen ligt de informatie van rRNA opgeslagen?

A

5, erg veel duplicaten van dezelfde genen, zodat zeer veel rRNA in een keer kan worden afgeschreven.

37
Q

Waar wordt rRNA opgeslagen?

A

In de Nucleolus, een gebiedje in de kern die naast de chromosomen ligt.

38
Q

Wanneer is de nucleolus groot?

A

Als de cel veel proteïnen maakt, als een cel amper proteïnen maakt is de nucleolus bijna niet waarneembaar.

39
Q

Wat doet rRNA in de nucleolus en wat gebeurt er vervolgens?

A

Bindt met ribosomale eiwitten en vormt granulaire neerslag die primodiale ribosomale subunits vormen. Deze subunits worden dan losgelaten uit de nucleolus en gaan via de poriën van de nucleus overal naar het cytoplasma. Hier worden ze tot mature, functionele ribosomen gemaakt.

40
Q

Bevat de kern ribosomen?

A

Nee, dus alleen de ‘onderdelen’, maar mature, functionele ribosomen zijn er pas in het cytoplasma, worden dus niet in de kern al gemaakt.

41
Q

Hoe groot is miRNA?

A

21-23 nucleotiden

42
Q

Wat is miRNA?

A

Single strand RNA fragmenten die genexpressie reguleren. Die zijn complementair aan mRNA en blokkeren zo translatie en promoten degradatie.

43
Q

Noem de stappen voor miRNA generatie

A
  1. Transcriptie levert primary precursor miRNA (pri-miRNA)
  2. Microprocessorcomplex in kern bouwnt deze schijt om naar pre-miRNA, een 70 nucleotide stem-loop structuur
  3. Tranport naar cytoplasma
  4. DICER enzym haalt de loop weg en helpt met opbouwen RNA-induced slicing complex (RISC)
  5. RISC zit nu aan een stukje enkelstrengs miRNA dat complementaire mRNA kan binden. Promoot degradatie en blokkeert translatie.
44
Q

Hoeveel nucleotiden is de pre-miRNA stem-loop?

A

±70

45
Q

Afwijkingen in miRNA functies zijn geassocieerd met:

A

Kanker en hartziekten

46
Q

Wat zijn siRNAs?

A

Small interfering, zijn synthetische dubbelstrengs miRNAs die ook het RISC complex activeren. Kan gebruikt worden om genen te slicen.

47
Q

Hoe lang zijn siRNAs?

A

20-25

48
Q

Noem nog een verschil tussen siRNA en miRNA

A

SiRNAs zijn ontworpen om niet door het microprocessorcomplex in de kern behandeld te worden

49
Q

Wat is een polyribosoom?

A

Een complex van meerdere ribosomen (mogelijk 3-10) en een mRNA molecuul. mRNA molecuul kan dus door meerdere ribosomen tegelijk gaan.

50
Q

Is er specifiteit voor ribosomen en mRNA?

A

Nee, elk mRNA molecuul kan door elk ribosoom en dus elk type eiwit kan in elk ribosoom gemaakt worden.

51
Q

Waarom zit een ribosoom vast aan het ER?

A

Omdat de beginnetjes van veel eiwitten direct op receptor sites op het ER passen. De eiwitten gaan zo het ER matrix binnen.

52
Q

Waar eindigen de meeste eiwitten direct na formatie?

A

In het cytosol, slechts een kleiner deel wordt in de ER matrix gedumpt, behalve in glandular cells, waar natuurlijk veel secretoire vesicles worden gemaakt.

53
Q

Benoem de chemische stappen in eiwitsynthese

A
  1. Elk aminozuur wordt geactiveerd, waarbij ATP en AA vormt tot AMP-AA complex (kost twee high energy bonds).
  2. AMP-AA bindt aan specifieke tRNA waarbij AMP loslaat: AA-tRNA complex.
  3. TRNA bindt met anticodon aan codon mRNA in ribosoom, aminozuur wordt gekoppeld aan ander aminozuur door enzym peptidyl transferase: peptidebond wordt gevormd. (Laatste stap kost nogmaals 2 high energy bonds).
54
Q

Wat doet peptidyl transferase?

A

Maakt peptidebond. Enzym is onderdeel van ribosoom. Koppelt zo de aminozuren.

55
Q

Begin peptide is N of C terminus?

A

Begint bij N, aan de C kant wordt de volgende gekoppeld.

56
Q

Teken een peptidebond (twee aminozuren)

A

Zie boek, samenvatting of teken het

57
Q

Hoeveel energie kost het maken van eiwitten, is dit relatief veel of weinig?

A

4 high energy phosphate bonds per aminozuur. Dit is relatief veel, daarom is eiwitsynthese een van de meest energievretende processen in de cel.

58
Q

Welke twee feedbackmechanismen zijn er om biochemische processen onder controle te houden?

A
  1. Genetische regulatie
  2. Enzymatische regulatie
59
Q

Met regulatie van genexpressie wordt bedoeld:

A

Het hele proces van regulatie van transcriptie tot formatie van proteïnen in het cytoplasma. Genregulatie kan plaatsvinden overal van transciptie tot RNA-processing tot translatie.

60
Q

De uiteindelijke maat voor genexpressie is:

A

Of en hoeveel een bepaald genproduct (eiwit) geproduceerd wordt.

61
Q

Transciptie van een gen wordt gereguleerd door de:

A

Promotor

62
Q

Waaruit bestaat de basale promotor?

A

TATA box bestaande uit 7 nucleotiden (TATAAAA). Hieraan kan TATA binding protein binden, alsmede transcription factor IID complex. Ook transcription factor IIB bindt hier DNA en RNA polymerase 2 om te tranleren.

63
Q

Wat kan hier binden?

A

Hieraan kan TATA binding protein binden, alsmede transcription factor IID complex. Ook transcription factor IIB bindt hier DNA en RNA polymerase 2 om te transleren.

64
Q

Heeft ieder eiwit coderend gen een promotor?

A

Ja, hieraan moet de polymerase namelijk binden.

65
Q

Wat is een upstream promotor?

A

Promotor die verder upstream is en positieve of negatieve transcriptiefactoren kan binden, welke een interactie aangaan met eiwitten op de basale promotor.

66
Q

Wat is een enhancer en waar liggen deze?

A

Een ander element dat transcriptiefactoren kan binden. Deze enhancers kunnen veraf van het gen liggen, of zelfs op andere chromosomen (waarbij in gecoilde toestand ze wel dichtbij het gen komen). Deze transcriptiefactoren kunnen binden met transcriptiefactoren om response elements (ook wel proximal promotor elements).

67
Q

Hoeveel enhancers in menselijk genoom?

A

Gedacht wordt zo’n 110.000

68
Q

Wat is een insulator?

A

Een sequentie die evt eiwitten kan binden en genen scheidt en zo een gen beschermt tegen transcriptionele factoren van evt andere genen.

69
Q

Geef het voorbeeld van IGF-2 Gen

A

In zoogdieren insulin like growth factor 2 gen heeft een isolator tussen de enhancer en promotor van het gen waar een repressor aan kan binden. Dit gebeurt in het maternale allel. In paternale allel is de sequence gemethyleerd , zodat de repressor niet kan binden, en IGF-2 komt zo tot expressie van paternale kant.

70
Q

Noem 4 andere mechanismen voor transcriptiecontrole via de promotor.

A
  1. Wat er vaak wordt gezien: regulatoir gen; ergens maakt een regulatoir eiwit dat een ander gen activeert/ inhibeert.
  2. Veel verschillende promotors kunnen door hetzelfde regalutoire eiwit worden gecontroleerd. Voor sommige genen is dit eiwit activerend, voor andere genen is ditzelfde eiwit inhiberend.
  3. Soms wordt er pas gereguleerd halverwege transcriptie ipv aan het begin, soms ook tijdens RNA processing of zelfs op protein formatie niveau gedurende translatie.
  4. Histonen: eu vs heterochromatine. Transcriptiefactors bepalen snelheid translatie.
    Ook externe invloeden zoals hormonen.
71
Q

Genregulatie specifiek belangrijk voor:

A

Regulatie metabole producten (koolhydraat, vet, eiwit).

72
Q

Bij enzymatische regulatie heeft het product vaak invloed op het (eerste/middelste/laatste) enzym in een reeks om een product te maken en waarom?

A

Het product remt dan vaak het eerste enzym in een reeks omdat je anders een ophoping van tussenproducten krijgt wat je niet wil.

73
Q

Hoe kan een product dit effect teweegbrengen?

A

Door allosterisch te binden aan een enzym en zo de conformatie te veranderen en het te inactiveren bv.

74
Q

Enzymatische regulatie belangrijk bij:

A

Intracellulaire concentraties aminozuren, vitaminen, purines, pyrimidines etc.

75
Q

Enzymen die normaal inactief zijn kunnen worden geactiveerd, geef voorbeeld ATP:

A

Bij voldoende energie is phorphorylase inactief (zet glycogeen om in glucose). Pas als ATP concentratie daalt, dan stijgt cAMP concentraties en cAMP activeert phosphorylase.

76
Q

Leg uit, enzymatische regulatie: cross feed tussen purine en pyrimidine enzymen:

A

Een mechanisme om een gelijke hoeveelheid van zowel purine als pyrimidine te houden in de cel. Purines remmen de enzymen die purines maken, maar stimuleren de enzymen die pyrimidines maken. Pyrimidines remmen de pyrimidine makende enzymen, maar stimuleren de purinemakende enzymen.

77
Q

Dus enzymatische regulatie en genregulatie veelal feedback, maar soms ook regulatie van buitenaf mogelijk, noem voorbeeld:

A

Signaal van buiten de cel zoals hormonen.

78
Q

Wat wordt verstaan onder de celcyclus?

A

Periode van celdeling tot celdeling-

79
Q

Hoe snel is deze celcyclus als deze niet geremd is?

A

10-30 uur

80
Q

Celcyclus wordt afgesloten met welk proces?

A

Mitosis

81
Q

Hoe lang duurt mitose?

A

Mitosis duurt zo’n 30 minuten. De cel bevindt zich dus voor minstens 95% niet in de mitosisphase, maar in de interphase wanneer deze z.s.m. groeit.

82
Q

Noem een voorbeeld van snelle celcyclus cellen en langzame:

A

10 uur in gestimuleerde beenmergcellen. Levenslang voor de meeste zenuwcellen.

83
Q

Wanneer begint de replicatie t.o.v. mitose en wanneer is deze klaar?

A

5-10 uur voor de mitose. Replicatie is na 4-8 uur klaar. In de 1-2 uren tussen replicatie en mitose vinden processen plaats die voorbereiden op mitosis.

84
Q

Noem de 6 verschillen tussen DNA en RNA replicatie in tekst:

A
  1. Beide strengen worden gerepliceerd ipv alleen 1
  2. Beide strengen worden eind tot eind gerepliceerd ipv een klein stukje
  3. Een eiwitcomplex: DNA polymerase en daarnaast DNA ligase die nucleotiden ligeert en daarbij de trifosfaatgroepen gebruikt.
  4. Formatie begint in honderden segmenten tegelijkertijd. Deze fragmenten worden middels DNA
  5. Twee helixes zitten omelkaar gecoild, want de nieuwe strengen zitten met waterstofbruggen aan elkaar vast.
  6. DNA helixes in elke chromosome zijn zo’n 6cm lang en hebben miljoenen turns. Een speciaal mechanisme is nodig om de helixes te scheiden. Dit gebeurt door enzymen die regelmatig de hele helix openknippen en ieder segment draait, zodat er separatie optreedt en zo de twee nieuwe helixen scheidt.
85
Q

Wat gebeurt er in de 1-2 uur tussen replicatie en mitose?

A

Proofreading en reparatie van het DNA.

86
Q

Wat gebeurt er tijdens proofreading en repair?

A

DNA polymerase en ligase zijn betrokken bij het verwijderen van stukjes waar een foute nucleotide zit en het vervangen door een juiste nucleotide. Dit heet proofreading.