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biochimie structurale > nucléotides et acides nucléiqus > Flashcards

nucléotides et acides nucléiqus Flashcards

1
Q

ADN

A

reposoir de l’information génétique

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Q

ARN

A

reposoir de l’information génétique chez certains virus
messager entre l’ADN et le reste de la cellule
outil pour l’assemblage des protéines
outil pour la maturation des protéines
outil pour la régulation de l’expression des gènes

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3
Q

quelles sont les 2 caractéristiques structurales de base du matériel génétique

A
  1. capacité de stocker les informations sur un support qui peut être copié sans que le mécanisme de copie ne soit affecté par l’information
  2. capacité de déterminer la fonction de chaque gène et de permettre leur mutation
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4
Q

composition des gènes

A

faits de sous-unités plus petites et le nombre de ces dernières doit être très petit
ce serait l’ordre d’assemblage qui ferait la différence entre les gènes

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5
Q

mutation

A

erreur dans l’assemblage des gènes

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6
Q

acides nucléiques

A

chaîne où alternent un acide phosphorique et un sucre

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7
Q

combien y a t-il de bases azotées

A

4

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8
Q

quels sont les sucres présents dans les nucléotides

A

les pentoses

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9
Q

numérotation du ribose

A

C1 se trouve à droite du O
C5 se trouve sur le groupement éthyle

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10
Q

purine

A

2 cycles
guanine et adénine

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11
Q

pyrimidine

A

1 cycle
cytosine, thymine et uracile

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12
Q

numérotation des purines

A

C1-C6 se trouvent sur l’hexane dans le sens anti-horaire à partir du N en haut à gauche
C7-C9 sur le pentane en sens horaire à partir du N du haut

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13
Q

numérotation des pyrimidines

A

C1-C6 en sens horaire à partir du bas

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14
Q

conformation syn

A

la base est orientée vers le sucre

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15
Q

conformation anti

A

la base est orientée de manière opposée du sucre

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16
Q

nucléoside

A

base azotée et sucre

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17
Q

nucléotide

A

base azotée, sucre, groupement phosphate

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18
Q

quels sont tous les types de nucléosides

A

désoxyadénosine
désoxyguanosine
désoxycytidine
désoxythymidine
adénosine
guanosine
cytidine
uridine

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19
Q

quelle est la molécule souvent utilisée pour le transfert de l’énergie dans une cellule

A

ATP

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20
Q

que permet la formation ou le bris des liens phosphodiesters

A

le stockage et la libération d’énergie chimique

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21
Q

quels sont les ribonucléotides

A

AMP ADP ATP
CMP CDP CTP
GMP GDP GTP
UMP UDP UTP

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22
Q

quels sont les désoxyribonucléotides

A

dAMP dADP dATP
dCMP dCDP dCTP
dGMP dGDP dGTP
dTMP dTDP dTTP

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23
Q

bout 5’ de l’ADN

A

groupement phosphate libre

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24
Q

bout3’ de l’ADN

A

groupement hydroxyle libre

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25
Q

structure du ribose

A

sucre à cinq carbones (pentose) en forme de cycle (furanose) où les carbones 1’, 2’, 3’, et 4’ forment le cycle avec un atome d’oxygène, et chaque carbone porte un groupe hydroxyle (-OH) sauf le carbone 5’, qui est lié à un groupement CH₂OH.

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26
Q

structure du désoxyribose

A

sucre à cinq carbones (pentose) en forme de cycle (furanose) similaire au ribose, mais il manque un groupe hydroxyle (-OH) sur le carbone 2’, qui porte uniquement un hydrogène (-H).

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27
Q

adénine

A

base azotée purique composée d’un double anneau fusionné, comprenant un cycle imidazole et un cycle pyrimidine, avec des atomes d’azote en position 1, 3, 7 et 9, ainsi qu’un groupe amine (-NH₂) en position 6 du cycle pyrimidine.

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28
Q

cytosine

A

base azotée pyrimidique constituée d’un cycle unique à six atomes (pyrimidine), avec des atomes d’azote en position 1 et 3, un groupe cétone (=O) en position 2, et un groupe amine (-NH₂) en position 4.

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29
Q

guanine

A

base azotée purique composée d’un double anneau fusionné, comprenant un cycle imidazole et un cycle pyrimidine, avec des atomes d’azote en position 1, 3, 7 et 9, un groupe cétone (=O) en position 6, et un groupe amine (-NH₂) en position 2 du cycle pyrimidine.

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30
Q

thymine

A

base azotée pyrimidique constituée d’un cycle unique à six atomes (pyrimidine), avec des atomes d’azote en position 1 et 3, des groupes cétone (=O) en position 2 et 4, et un groupe méthyle (-CH₃) en position 5.

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31
Q

structure chimique d’un brin d’ADN

A

chaîne linéaire composée de nucléotides reliés par des liaisons phosphodiester, chaque nucléotide contenant un groupe phosphate, un sucre désoxyribose, et une base azotée (adénine, thymine, cytosine ou guanine), orientée selon une polarité 5’ vers 3’.

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32
Q

vrai ou faux
les brins de l’ADN sont parallèles

A

faux

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33
Q

avec quelle base azotée est-ce que A s’apparie et combien de ponts hydrogènes

A

T-U
2

34
Q

avec quelle base azotée est-ce que C s’apparie et combien de ponts hydrogènes

A

G
3

35
Q

quels sont les 2 moyens de mesurer l’ADN

A

en paires de bases et en microgrammes

36
Q

comment est-ce possible d’évaluer la concentration d’ADN dans une solution

A

avec l’absorbance des rayons UV

37
Q

à quoi correspond une densité optique de 1 avec une longueur d’Onde de 260nm

A

à 50ng/uL d’ADN double brin

38
Q

vrai ou faux
l’ADN se dénature quand il est chauffé et peut se réassocier quand il est refroidi

A

vrai

39
Q

qu’est ce que le Tm d’une séquence d’ADN

A

la température à laquelle 50% des molécules d’ADN sont dénaturées

40
Q

quel acide est essentiel pour la synthèse du dTMP à partir de dUMP

A

l’acide folique

41
Q

A

A

adénine

42
Q

C

A

cytosine

43
Q

G

A

guanine

44
Q

T

A

thymine

45
Q

R

A

purine

46
Q

Y

A

pyrimidine

47
Q

M

A

A ou C

48
Q

W

A

A ou T

49
Q

S

A

C ou G

50
Q

K

A

G ou T

51
Q

B

A

C G T

52
Q

D

A

A G T

53
Q

H

A

A C T

54
Q

V

A

A C G

55
Q

N

A

n’importe quelle base

56
Q

3 premiers types d’ARN découverts

A

ARNm
ARNt
ARNr

57
Q

ARNm

A

transporte l’information génétique de l’ADN vers le ribosome

58
Q

ARNt

A

transporte les a.a. vers le ribosome

59
Q

ARNr

A

principal composant du ribosome

60
Q

vrai ou faux
la réplication d’une molécule d’ADN doit s’appuyer sur le bout 5’ d’une amorce

A

faux
3’

61
Q

conversion du dTMP en dUMP

A

la thymidylate synthase ajoute un groupe méthyle au dUMP pour former le dTMP, en utilisant le N5, N10-méthylènetétrahydrofolate comme donneur de méthyle et de réduction. Ce processus est essentiel pour la synthèse de l’ADN, car le dTMP est le précurseur unique de la thymine dans l’ADN.

62
Q

anticodon

A

séquence de 3 nucléotides sur l’ARNt complémentaire à l’ARNm

63
Q

appariement de l’anticodon au codon

A

par la complémentarité des bases

64
Q

synthèse chimique de l’ADN

A
  1. détritylation
  2. activation du prochain nucléotide
  3. ajout du prochain nucléotide
  4. blocage
  5. oxydation
65
Q

détritylation

A

retrait du DMT pour libérer le OH et le rendre réactif

66
Q

activation du prochain nucléotide

A

activation par un activateur comme le tétrazole

67
Q

ajout du prochain nucléotide

A

attachement du nucléotide activé au bout OH et création d’une liaison phosphite instable

68
Q

blocage

A

blocage des nucléotides non réagis par acétylation en 5’

69
Q

oxydation

A

conversion d’une liaison phosphite instable en liaison phosphodiester stable

70
Q

endonucléase

A

enzyme qui coupe l’ADN au milieu de l’ADN au lien d’aux extrémités

71
Q

ligase

A

enzyme qui recolle l’ADN
se fait seulement sur un brin où le PO4 est libre

72
Q

site de restriction

A

Séquences spécifiques d’ADN reconnues et coupées par des endonucléases. Ces sites sont généralement des séquences palindromiques

73
Q

puromycine

A

agit comme antibiotique en se liant au site A du ribosome et en agissant comme codon stop prématuré
protéine prématurée incomplète

74
Q

masse d’une paire de base

A

660 g/mol

75
Q

combien est-ce qu’il y a de paires de bases par tour d’ADN

A

10

76
Q

traduction des protéines étapes

A

initiation
élongation
terminaison

77
Q

initiation de la traduction

A

La petite sous-unité (40S) reconnaît la coiffe 5’ de l’ARNm grâce au complexe d’initiation formé par plusieurs facteurs :
eIF4E : Se lie à la coiffe 5’ de l’ARNm.
eIF4A : Déroule les structures secondaires de l’ARNm.
eIF4G : Lie les protéines associées à l’ARNm pour former un complexe.
L’ARNt initiateur portant une méthionine est amené au ribosome par eIF2, qui utilise du GTP.
Une fois que le codon AUG est trouvé (après un balayage de l’ARNm), la grande sous-unité ribosomale (60S) s’associe, et les facteurs d’initiation eIF sont libérés.

78
Q

élongation de la traduction

A

eEf1A lie l’ARNt et le GTP pour le positionner correctement. Une fois en place, le GTP est hydrolysé
la fonction amine de l’acide aminé du site A attaque le groupement carbonyle de l’acide aminé du site P
Le ribosome se déplace d’un codon sur l’ARNm grâce à l’hydrolyse de GTP associée à eEF2

79
Q

terminaison de la traduction

A

eRF1, reconnaît tous les codons stop.
Le ribosome se dissocie grâce à des protéines supplémentaires comme RRF (Ribosome Recycling Factor) et des facteurs utilisant l’énergie du GTP

80
Q

fonction du site A

A

Ce site accueille chaque nouvel ARNt chargé

81
Q

fonction du site P

A

Ce site contient l’ARNt porteur de la chaîne polypeptidique en croissance.

82
Q

fonction du site E

A

C’est le site où l’ARNt vide (débarrassé de son acide aminé ou de la chaîne polypeptidique) est déplacé avant de quitter le ribosome.

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