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Biochimie structurale > Nucléotides > Flashcards

Nucléotides Flashcards

1
Q

Qu’est-ce qu’un nucléotide?

A

Base azotée + sucre (ribose ou désoxyribose) + phosphate

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Q

Qu’est-ce qu’un nucléoside?

A

Base azotée + sucre (ribose ou désoxyribose)

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3
Q

Quelles sont les purines?

A

Adénosine et Guanosine
(adénine et guanine dans nucléotide)

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4
Q

Quelles sont les pyrimidines?

A

Cytosine (cytidine)
Thymine (thymidine)
Uracile (uradine)

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Q

Comment compter les positions sur une purine?

A

On part du N en haut à gauche sur le cycle à 6 côtés
On tourne dans le sens anti-horaire jusqu’à ce que le 6 soit sur le carbone à droite du 1
On compte le 2e cycle en partant d’en haut et on tourne dans le sens horaire

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6
Q

Comment compter les positions sur une pyrimidine?

A

On commence sur le NH en bas et on tourne dans le sens horaire

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7
Q

Dans quel sens est-ce que l’ADN est polymérisé?

A

De 5’ vers 3’

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8
Q

Les hélices d’ADN sont-elles parallèles ou antiparallèles?

A

Antiparallèles

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9
Q

Comment est-ce que les bases azotées sont appariées?

A

A avec T ou U
C avec G

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10
Q

Comment peut-on mesurer de l’ADN?

A

En paires de bases (pb) ou en microgrammes

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11
Q

Comment peut-on évaluer la concentration de l’ADN avec des rayons UV?

A

Densité optique = 1
Cuvette de quartz 1 cm
longueur d’onde = 260nm
Dans ces conditions, la concentration d’ADN double-brin est de 50ng/microlitre

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12
Q

Est-ce que l’ADN peut se rapparier après avoir été chauffé?

A

Oui, cette technique permet aussi de faire de l’hybridation

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13
Q

Qu’est-ce que le Tm?

A

La température à laquelle la moitié des molécules d’ADN présentes sont dénaturées

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14
Q

À quoi sert l’acide folique dans la synthèse du dTMP à partir de dUMP?

A

Cofacteur de la thymidilate synthase (enzyme)

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15
Q

Que signifie le code R?

A

Purine (A ou G)

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16
Q

Que signifie le code Y?

A

Pyrimidine (C ou T)

17
Q

Que signifie le code M?

A

A ou C (Mac)

18
Q

Que signifie le code W?

A

A ou T (weak)

19
Q

Que signifie le code S?

A

C ou G (strong)

20
Q

Que signifie le code K?

A

G ou T (ressemble à KGB)

21
Q

Que signifie le code B?

A

C, T ou G

22
Q

Que signifie le code D?

A

A, T ou G

23
Q

Que signifie le code H?

A

A, T ou C

24
Q

Que signifie le code V?

A

A, C ou G

25
Q

Que signifie le code N

A

A, T, C ou G

26
Q

Sur quoi doit s’appuyer le bout de la réplication de l’ADN?

A

Sur le bout 3’ de l’amorce pour commencer la synthèse de 5’ vers 3’

27
Q

Quels sont les types d’ARN et quelles sont leurs distinctions?

A

ARNm: Permet la traduction de l’information codante en protéine (séquence codante pouvant être traduite)
ARNr: présent dans les sous-unités ribosomales, sert à la synthèse protéique
ARNt: Apporte les acides aminés aux ribosomes durant la synthèse protéique

28
Q

Qu’est-ce qu’un anticodon?

A

Séquence complémentaire à un codon, présente chez les ARNt pour apporter les bons acides aminés au ribosome en se liant au codon complémentaire à leur anticodon.

29
Q

Comment synthétise-t-on de l’ADN artificiellement?

A

À partir d’une colonne. La synthèse se fait à l’envers, donc élongation du côté 5’
1. Détritylation (enlèvement du groupe sur le 5’ du nucléotide)
2. Activation du prochain nucléotide
3. Ajout du nucléotide activé sur le nucléotide précédent
4. Blocage des nucléotides qui n’ont pas réagi via l’acétylation du 5’
5. Oxydation du groupement phosphite en phosphate
6. Détrytilation 2e base
Répétition jusqu’au bout de la séquence
Ensuite, on décroche la séquence d’ADN et on enlève les groupement protecteurs, souvent avec du NH3 et en chauffant

30
Q

Qu’est-ce qu’une endonucléase?

A

Enzyme pouvant cliver de l’ADN sans avoir à partir du début de la molécule. Reconnaissance d’un site spécifique

31
Q

Qu’est-ce qu’une ligase?

A

Enzyme pouvant relier deux bouts libres d’ADN (5’ PO4 avec 3’ OH)

32
Q

Comment la puromycine agit-elle comme antibiotique/poison? (agit autant sur les procaryotes que sur les eucaryotes)

A

Inhibition compétitive des ARNt pour se lier au site A du ribosome. Entrave la synthèse protéique en empêchant l’élongation du peptide

33
Q

Quelle est la masse d’une paire de base?

A

660 g/mol

34
Q

Environ combien de paires de bases se retrouvent dans un tour d’ADN?

A

10 pb

35
Q

Comment s’effectue la traduction des protéines?

A

L’ARNm est lu par le ribosome et des ARNt apportent consécutivement les acides aminés en s’appariant avec le codon complémentaire à leur anticodon. La formation du lien peptidique est catalysée par le ribosome.

36
Q

Quelles sont les fonctions des sites du ribosome?

A

A (aminoacyl): Un ARNt arrive avec un nouvel acide aminé
P (peptide): Catalyse de la formation du lien peptidique (et transfert du peptide sur l’ARNt en A)
E (exit): L’ARNt nu quitte le ribosome

Biochimie structurale (4 decks)

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