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BIOCHIMIE STRUCTURALE > Module 12 > Flashcards

Module 12 Flashcards

1
Q

Quelle est la différence entre les nucléosides et les nucléotides

A

Les nucléotides sont des esters phosphoriques de nucléosides, aussi appelés nucléosides phosphate. À la différence des nucléosides, il peuvent contenir jusqu’à 3 groupement phosphate reliés à l’ose par un lien esther phosphorique.

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Q

Quelles sont les caractéristiques (4) des oses dans les nucléosides et nucléotides?

A

1) Aldopentose
2) Furanose
3) Énantiomère D
4) Anomère β

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Q

Quelle est la différence entre un ribose et un désoxyribose?

A

Le préfixe « désoxy » signifie qu’il n’y a pas de groupement OH en C2 (sur le C anomérique)

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4
Q

Nommer les pyrimidines.

A

1) Cytosine
2) Thymine
3) Uracile

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5
Q

Nommer les purines.

A

1) Adénine

2) Guanine

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6
Q

Quelle est la particularité de cytosine?

A

Un groupement NH2 (amine) en C4.

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7
Q

Quelle est la particularité de thymine?

A

Un groupement C=O (carbonyle) en C4 et un groupement CH3 (méthyle) en C5.

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8
Q

Quelle est la particularité d’uracile?

A

Un groupement C=O (carbonyle) en C4

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9
Q

Quelle est la particularité d’adénine?

A

1) Un groupement NH2 (amine) en C6

2) Une double liaison C=C entre C1 et C6

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10
Q

Quelle est la particularité de guanine?

A

1) Un groupement C=O (carbonyle) en C6

2) Un groupement NH2 (amine) en C2

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11
Q

Quelles sont les propriétés chimiques et physiques (5) des bases azotées?

A

1) Bases faibles
2) Structures planes
3) Insolubles dans l’eau
4) Forment des liens H
5) Absorbent les UV à 260 nm

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12
Q

Comment nommer les nucléosides?

A

1) Pyrimidine: ajouter -idine comme suffixe

2) Purine: ajouter -osine comme suffixe

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13
Q

Comment nommer les nucléotides?

A

De la même façon que les nucléosides, mais en ajoutant à la fin (mono,di ou tri)phosphate

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14
Q

Que faut-il ajouter dans la nomenclature des désoxyribonucléosides/désoxyribonucléotides?

A

Le préfixe désoxy- avant le nom

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15
Q

Pour quelle nucléoside le préfixe désoxy- n’est généralement pas utilisé?

A

Pour la thymidine, qui est presque toujours un désoxyribonucléoside.

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16
Q

Comment sont formés les nucléotides?

A

Par la phosphorylation d’un nucléoside

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17
Q

Quel type d’AMP est le plus fréquent?

A

L’adénosine-5-monophosphate, donc lorsque le phosphate est en 5’ (c’est d’ailleurs sous cette forme que se construit l’AMPc)

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18
Q

Quels liens sont présents entre 2 phosphates d’un nucléotide?

A

Des liens anhydrides phosphoriques

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19
Q

Quelles sont les propriétés physico-chimiques (3) des nucléotides?

A

1) Très riches en énergie
2) Solubles dans l’eau
3) Absorbent les UV

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20
Q

Quel type de lien est présent entre 2 nucléotides dans les acides nucléiques (ADN et l’ARN)?

A

Lien phosphodiester 3’-5’

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21
Q

Quel type de lien est présent dans les dinucléotides?

A

Un lien C-C entre entre la position 5’ de l’ose d’un des nucléotides et la position 5’ de l’autre.

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22
Q

Quelles sont les 3 fonctions des nucléosides, nucléotides, dinucléotides et acides nucléiques?

A

1) Médiateur chimique
2) Source d’énergie
3) Coenzyme

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23
Q

Donner 2 exemples de médiateurs chimiques? Expliquer leurs fonctions.

A

1) L’AMPc qui joue le rôle de second messager dans certaines voies de transduction du signal.
2) L’adénosine qui agit comme hormone dans la régulation du sommeil

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24
Q

Donner un exemple de source d’énergie.

A

Les nucléosides triphosphates (NTPs) sont la source d’énergie chimique par excellence de la cellule, en particulier l’ATP.

Leurs liens anhydrides phosphoriques sont hautement énergétiques. Puisqu’ils en contiennent 2, les NTPs stockent une quantité appréciable d’énergie sous forme de liaison covalente. L’hydrolyse de ces liens permet de libérer l’énergie au moment approprié.

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25
Q

Comment l’ATP agit-il comme coenzyme?

A

L’ATP peut donner un groupement phosphoryle, pyrophosphoryle ou nucléotidyle. L’ATP est donc utilisé comme source de groupement phosphoryle par les kinases (enzymes qui phosphorylent les protéines).

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26
Q

Quel est le nucléotide le plus fréquemment utilisé comme coenzyme?

A

L’ATP

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27
Q

Quelle coenzyme est impliquée dans les réactions de méthylation en pouvant transférer un groupement méthyle?

A

La S-adénosylméthionine

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28
Q

Quelle coenzyme est impliquée dans les réactions de glycosylation en pouvant transférer un groupement glycosyle?

A

L’uridine diphosphate glucose (UDP glucose)

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29
Q

Quelles coenzymes sont utilisées dans la majorité des réactions d’oxydoréduction?

A

Le NAD+, le NADP+, le FMN et le FAD

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30
Q

Quelle est la différence structurale entre le NAD(P)+ et le NAD(P)H?

A

Le NADP+ est la forme oxydée et le NADPH est la forme réduite. Ainsi, le NADP+ contient un seul H sur le haut du nicotinamide et le NADPH en contient 2.

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31
Q

Quelle coenzyme sert de cosubstrat lors des réactions d’acylation en pouvant donner un groupement acyle?

A

La coenzyme A

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32
Q

Où retrouve-t-on l’ADN dans les cellules eucaryotes?

A

L’ADN est principalement situé dans le noyau, mais on retrouve aussi de l’ADN dans des organites comme les mitochondries et les chloroplastes (ADN mitochondrial et ADN chloroplastique)

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33
Q

Vrai ou Faux. Chez la majorité des bactéries, le génome est contenu dans une seule molécule d’ADN.

A

Vrai

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34
Q

Vrai ou Faux. Le génome d’un eucaryote comprend tout l’ADN de l’organisme, y compris l’ADN mitochondrial et l’ADN chloroplastique.

A

Faux. Chez les eucaryotes, le génome est constitué du jeu complet des différentes molécules d’ADN qui sont présentes seulement dans le noyau. Donc par convention, le génome d’un eucaryote ne comprend pas l’ADN mitochondrial et l’ADN chloroplastique.

35
Q

À quoi correspond la structure primaire de l’ADN?

A

À l’ordre des nucléotides dans la séquence.

36
Q

Dans quelle orientation devons-nous TOUJOURS lire et écrire la séquence d’ADN?

A

Dans l’orientation 5’ vers 3’

37
Q

À quoi correspond la structure secondaire de l’ADN?

A

À la double hélice selon le modèle de Watson et Crick!

38
Q

Vrai ou Faux. L’ADN est constitué de 2 chaînes polynucléotidiques qui sont enroulées l’une sur l’autre pour former une hélice régulière. Cette structure hélicoïdale présente un petit et un grand sillon à sa surface.

A

Vrai

39
Q

En quoi consistent les règles de Chargaff?

A

Chaque adénine (A) d’un brin est appariée à une thymine (T) sur l’autre brin via 2 liens H, alors que chaque guanine (G) d’un brin est appariée à une cytosine (C) sur l’autre brin via 3 liens H.

40
Q

Quelle région de l’ADN est hydrophobe?

A

Les paires de bases empilées les unes sur les autres à l’intérieur de la double hélice

41
Q

Quelle région de l’ADN est hydrophile?

A

Le squelette ose-phosphate à l’extérieur

42
Q

Quelles sont les 2 caractéristiques majeures des 2 brins de l’hélice d’ADN?

A

1) Antiparallèle (5’-3’ VS 3’-5’)

2) Complémentaires (les bases s’apparient)

43
Q

Quelle conformation d’ADN correspond au modèle de Watson et Crick?

A

ADN-B

44
Q

Quelle conformation d’ADN est la plus allongée?

A

ADN-Z

45
Q

Quelle conformation d’ADN a la structure la plus compacte?

A

ADN-A

46
Q

Quelle forme d’ADN est rarement retrouvée in vivo?

A

ADN-A et ADN-Z

47
Q

Sous quelle condition retrouve-t-on de l’ADN-A in vivo?

A

Seulement lorsque le taux d’humidité est faible lors de la transcription

48
Q

Sous quelle condition retrouve-t-on de l’ADN-Z in vivo?

A

Seulement lorsque le taux d’humidité est très faible

49
Q

Quelle conformation d’ADN a une hélice gauche?

A

ADN-Z

50
Q

Quelle conformation d’ADN est favorisée par une alternance de purines et de pyrimidines?

A

ADN-Z

51
Q

Quelle conformation d’ADN a une hélice droite?

A

ADN-B et ADN-A

52
Q

Quelle conformation d’ADN est retrouvée lorsque le taux d’humidité est élevé?

A

ADN-B

53
Q

Quelles sont les forces qui stabilisent la double hélice d’ADN?

A

1) Interactions hydrophobes (entre les bases)
2) Forces de Van der Waals (causée par l’empilement des bases)
3) Liaisons H (entre les bases appariées et entre les sucres-phosphates et le milieu aqueux)
4) Interactions ioniques (entre les phosphates et les cations Mg2+)

54
Q

À quoi correspond la structure tertiaire de l’ADN?

A

Au surenroulement

55
Q

À quoi correspond la structure quaternaire de l’ADN?

A

Aux interactions entre l’ADN et des protéines

56
Q

Vrai ou Faux. La composition en bases de l’ADN varie selon l’espèce.

A

Vrai

57
Q

Vrai ou Faux. Dans toutes les espèces dont le génome est composé d’ADN double brin, le ratio purine:pyrimidine est d’approximativement 1:1.

A

Vrai

58
Q

Vrai ou Faux. La taille du génome (nombre de paires de bases) est proportionnelle à la complexité d’un organisme.

A

Faux

59
Q

Qu’est-ce que la dénaturation?

A

Le processus par lequel les 2 brins d’ADN se séparent complètement suite aux bris des liaisons hydrogène et des interactions hydrophobes. C’est la transition entre l’ADN double-brin et l’ADN simple-brin.

60
Q

Quels sont les agents dénaturants qui peuvent dénaturer l’ADN in vitro?

A

1) Chaleur
2) pH élevé
3) Agent chaotropique comme l’urée

61
Q

Vrai ou Faux. La dénaturation n’a jamais lieu dans les cellules.

A

Faux. Certaines régions d’ADN peuvent être dénaturées localement par certains processus biologiques comme la transcription en ARN.

62
Q

Comment peut qualifier le processus de dénaturation?

A

La dénaturation est un processus hautement coopératif.

Les liens H à l’intérieur de la double hélice sont plus stables que les liens H en milieu aqueux parce qu’ils sont à l’intérieur de la zone hydrophobe. Le bris des premières liaisons H entre les 2 brins demande plus d’énergie, mais les suivantes sont beaucoup plus faciles à briser.

63
Q

Quel type de courbe obtient-on lorsqu’on mesure la valeur d’absorbance de l’ADN à 260 nm en fonction de la température?

A

Une courbe sigmoïde due à l’effet coopératif de la dénaturation

64
Q

Lequel de l’ADN double brin (non dénaturé) ou l’ADN simple brin (dénaturé) aura l’absorbance la plus élevée?

A

L’ADN simple brin

Plus l’ADN se dénature, plus l’absorbance UV enregistrée est élevée.

65
Q

À quoi correspond la température de fusion (Tm)?

A

À la température correspondant à la moitié de l’augmentation d’absorbance observée. Autrement dit, à la température pour laquelle 50% de l’ADN est dénaturé.

66
Q

À quel facteur est lié la Tm d’un ADN? Pourquoi?

A

À sa composition en bases (A, T, C et G).

En fait, cette valeur est directement proportionnelle au contenu en G+C. Cela s’explique en partie par le fait que le nombre de liens H est plus important entre les bases G et C qu’entre les bases A et T.

Ainsi, plus le % G+C est élevé, plus les liens H sont nombreux et donc, plus la température de fusion est élevée.

67
Q

Qu’est-ce que la réplication de l’ADN?

A

Le processus par lequel l’ADN est dupliqué avant la division cellulaire

68
Q

Qu’est-ce que la transcription de l’ADN?

A

Le processus permettant de copier différents segments de l’ADN en ARNs.

69
Q

Qu’est-ce que la traduction de l’ADN?

A

Le processus par lequel les molécules d’ARNm sont converties en protéines.

70
Q

Qu’est-ce que la rétrotranscription de l’ADN?

A

La capacité qu’ont certains organismes à transformer leurs ARNs en ADN.

71
Q

Vrai ou Faux. Les séquences d’ARN peuvent être produites à partir d’une matrice protéique.

A

Faux

72
Q

Comment les codons participent-ils à la traduction de l’ARNm?

A

Les codons sont des triplets de nucléotides qui correspondent à un acide aminé spécifique. Ils s’associent à l’ARNm pour le lire et synthétiser la chaîne polypeptidique correspondante.

73
Q

Que signifie le terme « codons synonymes »?

A

Ce terme réfère à 2 ou plusieurs codons codant pour le même acide aminé. Le code génétique est donc dégénéré, puisque plus d’un codon peut coder pour le même acide aminé.

74
Q

Que signifie le terme « codon d’initiation »?

A

C’est le codon, souvent AUG, qui code pour la méthionine et qui initie la traduction.

75
Q

Que signifie le terme «codon stop»?

A

C’est le codon de terminaison qui entraîne l’arrêt de la synthèse de la chaîne polypeptidique.

76
Q

Quelles sont les 4 différences entre l’ARN et l’ADN?

A

1) L’ARN est constitué de ribonucléotides et non pas de désoxyribonucléotides
2) Molécule monocaténaire (un seul brin) à la place de bicaténaire (2 brins)
3) L’ARN est plus court que l’ADN
4) Contrairement à l’ADN qui n’a principalement qu’une seule fonction, les ARNs ont des fonctions très variées

77
Q

Quel type d’ARN est le plus abondant dans une cellule?

A

Les ARN ribosomaux (ARNr), qui constituent 80% des ARNs cellulaires.

78
Q

Quel est le rôle des ARNr?

A

Les ARNr sont des composants structuraux et fonctionnels des ribosomes, qui sont les sites de la synthèse protéique (traduction).

79
Q

Quel est le rôle des ARNt?

A

Interprètent le code génétique. Ils se lient aux acides aminés et les acheminent aux ARNm localisés sur les ribosomes.

80
Q

Comment nomme-ton des ARNt différents qui portent le même acide aminé?

A

ARNt isoaccepteurs

81
Q

Qu’est-ce qu’un ribozyme?

A

Une espèce d’ARNr qui a une activité catalytique.

82
Q

Quel est le rôle des ARNm?

A

Les ARNm sont des copies de segments d’ADN codant pour les protéines. Ils sont traduits par les ribosomes.

83
Q

Quels types d’ARN sont non codants?

A

Les ARNr, les ARNt et les petits ARNs ne sont pas traduits en protéines.

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