microbiome et sciences omiques Flashcards
quels sont les 4 niveaux d’analyse omique?
génomique, transcriptomique, proteomique, metabolomique
quel niveau d’analyse omique est le plus proche du phénotype ?
metabolomique
quels sont les deux niveaux d’analyse omique qui sont fait avec du séquencage ?
genomic et transcriptomic
quels sont les deux niveaux d’analyse omique qui sont fait avec la spectrométrie de masse?
proteomic et metabolic
quel est le concept général de la génomique?
détecter le monomère à chaque position 1 nucleotides à la fois
comment marche la méthode de Sanger mais avec des nucléotides fluorescents?
salon le pic de fluorescence créer par les nucléotides fluorescents on peut déterminer la séquence d’un gène
comment marche le séquençage de génomes à l’ancienne ?
on clone les vecteurs plusieurs fois pour ensuite les briser en petit morceaux et des rassembler selon leurs séquences qui se chevauche
pourquoi devrions nous s’intéresser au séquencage ?
- voir les différences entre les espèces
- voir les différences dans une meme espèce
-voir les différences dans les cellules humaines provenant du meme corps - decrier les mechanisms cellulaires
quels sont les 4 types d’expériences avec le séquencage et leurs caractéristiques?
- transcriptomics: analyser l’expression des gènes
- miRNomics: étude des micro ARN qui aide à la régulation
- epigenomics: étudie les protéines structurelles
- genomics: détermine les séquences des gènes
quel est un étude de protéomique ?
étude d’un contenu en protéine d’un échantillon
les protéines sont séparer par quel deux facteurs en protéomique?
point isoélectrique et le poids moléculaire
quels sont les deux approches à la protéomique ?
- quantification, digestion, spectromètre de masse
-digérer, séparer, spectromètre de masse
comment preparons-nous les échantillons en protéomique?
extraction de proteines d’un tissu ou des cellules puis on les digère en peptides
quel est une analyse metobolomique?
études des petites molécules dans un fluide biologique ou est-ce qu’on va rechercher des liens entre un phénotype et le métabolisme
la spectrometrie de masse est une méthodes exoerimentale qui permet …..
de mesurer des molecules ou des métabolites dans un échantillon
un spectrometre de masse quantifie les métabolites en fonction de quoi?
masse et charge
la métabolomique ciblée est utiliser pour quoi?
mesurer précisément le nombre de métabolites dans un échantillon
la métabolomique non-ciblée permet quoi?
permet d’avoir une image de l’ensemble des métabolites
quel est la définition de microbiome?
le microbiote et son environnement
vrai ou faux: le microbiote reste pareille dans chaque partie du corps
faux! il diffère selon sa localisation
certains appellent le microbiote notre deuxième génome, pourquoi?
parce-qu’il y aurait plus de genes dans notre microbiote intestinale que dan notre génome
quel est l’abondance relative d’un microbiome?
la distribution relative des espèces dans le microbiome
quel est la richesse du microbiome?
nombre d’espèces trouvés dans un microbiome
quel est l’équitabilité du microbiome?
répartition des individus dans le microbiome
quel est une bonne équitabilité dans un microbiome?
lorsque tout les bactéries se ressemble en nombre, il ne doit pas en avoir une qui domine
la diversité microbienne combine quel notions?
notions d’équitabilité et de richesse
en quoi consiste l’identification des espèces bactériennes par le 16S?
comparer leur ARNr 16s et comme ca on est capable des identifier et de connaitre combien il en a
l’analyse métagénomique est utiliser pour faire quoi?
- déterminer a qui appartient les différents fragments et donc d’identifier les bactéries présente
pourquoi est-ce que la culture microbienne ne donne pas toujours des résultats représentatifs ?
parce-que certaine bactérie sont très représenté en culture mais ils sont peu abondant dans le microbiome
vrai ou faux: connaitre un seul microbiome peut en dire beaucoup?
faux
quel sont les rangs taxonomiques de général à spécifique ?
phylum, classe, ordre, famille, genre, espèce
a la naissance notre microbiome est dominé par quel bactéries?
bifidobactéries
a l’age adulte notre microbiome est dominé par quoi?
bacteriodetes et firmicutes
à des âges avancés la diversité du microbiome ___________
diminue
inoculation de la peau du bebe est faite par quoi lors d’une naissance naturelle? une césarienne?
- microbiome vaginal et fécal de la mere
- peau de la mère et environnement
le microbiome du nouveau-né dépend de quoi?
- mode de naissance
- âge gestationnel
- hospitalisation
- antibiotiques
-nutrition
lors de l’allaitement, le lait est enrichi en quoi?
bifidobactéries
les olisaccharides du lait humain a un effet pré biotique sur le microbiome, pour quoi?
parce-qu’ils ne sont pas directement absorbés par l’intestin donc le microbiome va sélectionner des bactéries qui vont digérer les oligosaccharides pour que l’enfant puissent les absorber
il y’a une différence entre les gens et les âges selon quoi?
- modification du mode de vie
- comportements nutritionnels
- maladies
- médication
-environnement de vie
lors d’un dysbiose le microbiome est déstabilisé par quoi?
un stress, réduction des bactéries importantes, augmentation des bactéries opportunistes
que sont les prébiotique, pro biotique, et les post biotique ?
pré: nutriment qui module la flore microbienne
pro: souche de bactérie considérée comme bénéfique utilisée pour prévention ou comme médicament
post: métabolites produits par les bactéries qui ont un effet sur l’hôte
quels sont les fonctions du microbiome?
- contribuent à la nutrition
- développement du système immunitaire
- effet barrière (protection contre pathogènes)
- axe cerveau-intestin (
quel sont les fonctions possible des métabolites produites par le microbiote?
- favoriser communication entre bactéries pour qu’Elles collaborent
- controler la composition du microbiote
- complementer les fonctions de l’hôte (métabolisme, immunité
comment est-ce que le microbiote peut contrôler sa composition? avec quels métabolites?
les microbes résidentes vont inhiber certains pathogénes, avec de l’Acide lactique, peroxyde d’hydrogène, bacteriocines, et autres antimicrobiens
comment est ce que les bactéries du microbiote peuvent réguler la fonction immunitaire ?
-certaines bactéries sécrètent des métabolites qui vont moduler les cellules immunitaires (macrophages, cellules dendritique, lymphocytes)
- batteries gentilles vont aussi réduire l’inflammation intestinale en émoussant l’effet de cytokines et autres molécules pro-inflammatoire
comment est ce que les bactéries du microbiome améliore la barrière intestinale ?
sécrétes metabolites qui modulent la fonction des cellules épithéliales de l’intestin
de metabolites peuvent moduler la fonction des cellules épithéliales de l’intestin en faisant quoi?
- favorisant la sécrétion de mucus protecteur
- améliorant la jonction entre les cellules
- favorisant la sécrétion de molecules comme les IgA
la dégradation des sucres complexes est _______________________ du microbiome
une fonction importante
l’influx de glycans alimentaires module quoi?
la composition et activité du microbiote
quels sont les étapes de la digestion de l’Amidon ?
- amidon est brisé en oligosaccharides
- oligo sont importés entre les membranes externes et internes via un pore membranaire
- oligo sont briser en monosaccharide
- monosaccharides sont importés par un pore dans la membrane interne
pourquoi avons- nous besoin de l’aide des bactéries pour digérer certaine glycans ?
parce-que nous n’avons pas tout les enzymes nécessaires pour digérer tout les glycans
quels bactéries coopèrent pour digérer les glycans du lait maternel? ils métabolisent quoi exactement?
lactobacillus ( monosaccharides) et bifidobacterium (oligosaccharides)
lorsqu’on donne la Digoxine comme médicament on recommande de manger quoi en meme temps? pourquoi?
diète riche en acides-aminés et protéines parce que ca réduit l’Expression de l’enzyme qui dégrade la digoxine ce qui peut être mortel
un microbiote avec une diversité basse ou haute sera affecter le plus par un antibiotique ?
diversité basse
quels sont les trois étapes facile du microbiome et le cancer?
- inflammation chronique
- génotoxicité
- cancer
quel est le lien entre le micorbiome et le cancer colorectal?
lorsque le microbiote changera il y aura un dysbiose et des bactérie associés avec le cancer colorectal vont apparaitre, l’épithélium du colon sera détériorer et il y aura infiltration de mauvaise bactéries qui vont favoriser des mutations dans l’épithelium
qu’est-ce qui a été démontré par les souris sans microbiome et l’obésité ?
pas de microbiome = pas d’obésité
quel sont les mécanismes d’Action du microbiote qui favorise l’obésité?
- augmente énergie générée par diete
- reprogramme genes du colon
- modifie production des molecules bioactives
- augmente perméabilité intestinale
- induit inflammation chronique
une microbiome intestinal en santé va produire des acides gras à courte chaine qui favorisent quoi?
- intégrité intestinale
- homeostasie energetique
-reduction de l’inflammation
-réparation des tissus
un microbiome intestinal du diabète de type 2 va produire quel molécule associés avec la dysfonctionnelle métabolique et l’inflammation?
LPS, sulfate hydrogène
