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Maladies infectieuses > Microbiome et omique > Flashcards

Microbiome et omique Flashcards

1
Q

nommer les 4 niveaux d’analyses omique?

A

génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique

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Q

qu’est-ce que qu’on étudie grossièrement en génomique?

A

les gènes, le génome

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3
Q

dans quel(s) niveau(x) d’analyse omique utilise-t-on le séquencage?

A

génomique et transcriptomique

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4
Q

quel type d’appareil/méthode est utilisé par la protéomique et métabolomique?

A

spectrométrie de masse

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5
Q

à quoi fait-on référence (sujet principal) de la génomique?

A

encodage de l’information

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6
Q

qu’est-ce que représente pour l’organisme la protéomique et la métabolimique?

A

plus le côté phénotypique

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7
Q

quelle est la méthode intuitive et globale de la génomique?

A

détection de monomère à chaque position afin de séquencer le polymère complet

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8
Q

quelle fut la première méthode de séquençage utilisée?

A

séquençage de Sanger

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9
Q

quelle était la limite des méthodes de séquençage dans les début de la génomique?

A

nous ne pouvions faire qu’un seul séquençage à la fois

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10
Q

sur quoi se basait la méthode des nucléotides fluorescents?

A

basée sur la méthode de sanger, mais avec réactions combinées (électrophorèse + fluorescence)

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11
Q

qu’est-ce qui a permis d’améliorer la technique de séquençage de Sander?

A

le changement du gel par les nucléotides fluorescents

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12
Q

quelle technique d’époque à permit de séquencer le génome humain pour la première fois?

A

la technique des nucléotides fluorescents

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13
Q

quelle est la différence majeure entre les méthodes de séquençage à l’ancienne et celles actuelles (comme en parallèle)?

A

beaucoup moins d’étapes et de manipulations nécessaires pour séquencer un génome complet

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14
Q

qu’est-il nécessaire pour effectuer un séquençage en parallèle?

A

extraction de l’ADN ciblé d’un organisme, des adapteurs et mettre ca dans un séquenceur informatique

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15
Q

à quoi ça sert de séquencer les génomes?

A

comprendre les similarités entre différentes espèces, au sein d’une même espèce, au sein d’un même individu et au sein des cellules/tissus

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16
Q

nommer des exemples de choses que l’on peut mesurer avec le séquencage génomique?

A

séquence du génome directement, méthylation, association entre ADN et histones, etc

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17
Q

nommer les types de séquençages actuels?

A

génomique, transcriptomique, épigénomique et métagénomique

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18
Q

quel est le but de la protéomique?

A

permet d’identifier des protéines présentes dans un échantillon et les associer avec leur fonction

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19
Q

quelles étaient les techniques anciennes de protéomique?

A

séparation des protéines selon masse et charge dans un gel

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20
Q

à quoi sert principalement spectromètre de masse?

A

en analysant les fragments de protéines, celui en ressort des pics et on peut les comparer avec des banques de données connues pour identifier le contenu en protéines et leur quantité

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21
Q

quelles sont les 3 étapes majeures de la protéomique?

A

préparation de l’échantillon (digestion des protéines en peptides)
passage à la chromatographie (séparation des fragments selon charge et masse)
spectromètre de masse (donne le profil, par fragmentation des fragments pour nous dire leur séquence en protéines)
analyse (reconstitution des peptides et protéines présentes dans l’échantillon de base)

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22
Q

qu’est-ce que l’ontologie génique?

A

association des protéines avec leur fonction, leur classification

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23
Q

quelles sont les fonctions possibles des protéines?

A

transport, activité enzymatique, structurale, machinerie, etc

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24
Q

qu’est-ce qui est mesure par la métabolomique?

A

étude des petites molécules dans un fluide biologique

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25
Q

quel science omique recherche les liens entre le phénotype et le métabolisme?

A

la métabolomique

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26
Q

à quoi sert la spectrométrie de masse?

A

permet de mesurer des molécules ou métabolites présents dans un échantillon

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27
Q

de quoi est issu un métabolite?

A

d’un métabolisme, orquestré par les protéines

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28
Q

selon quels paramètres les métabolites vont-ils voyager dans la spectrométrie de masse?

A

la masse et la charge

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29
Q

qu’est-ce que le ratio m/z?

A

ratio de masse sur charge selon les conditions de l’expérimentation

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30
Q

nommer le processus par lequel passe un métabolite une fois dans le spectromètre de masse?

A

le métabolite traverse une source d’ions qui sont ensuite accélérés puis traversés par un champs magnétique pour frapper ensuite un détecteur à différente hauteur selon leur ratio masse/charge

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31
Q

qu’est-ce que permet de faire la métabolomique ciblée?

A

on veut identifier la présence et la quantité d’un métabolite connu et ciblé dans un échantillon

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32
Q

qu’est-ce que la métabolomique non-ciblée?

A

détection et quantification des métabolites dans un échantillon de façon non-ciblée et plus globale

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33
Q

quelle méthode de métabolomique nous permet de répondre à la question suivante: qu’elle est la distribution spatiale des métabolites dans ce tissus?

A

métabolomique 3D

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34
Q

qu’est-ce qu’un microbiote?

A

ensemble des organismes vivants dans un environnement donné (englobe bactéries, virus, protistes, levures, etc, mais on parle de bactéries généralement

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35
Q

quelle est la définition environnementale d’un microbiome?

A

représente le microbiote (les microorganismes) et son environnement (ce qui le compose)

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36
Q

quelle est la définition génotypique du microbiome?

A

représente le matériel génétique (génotype) des microorganismes composant le microbiote

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37
Q

vrai ou faux? chez un humain, le microbiote est sensiblement semblables dans toutes les parties du corps.

A

faux, très différent selon l’environnement de chaque microbes (ex: langue, aisselles, peau de la main, etc)

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38
Q

vrai ou faux? pour une même espèce (ex 2 humains) le microbiote est similaire.

A

faux, très différent d’une personne à l’autre

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39
Q

pourquoi dit-on que nous (l’humain) avons 2 génomes?

A

car le microbiote compte énormément d’espèce de bactéries qui portent beaucoup de gènes, ainsi notre microbiote est notre 2e génome

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40
Q

quelles sont les façons de mesurer un microbiome?

A

abondance relative, richesse et équitabilité

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41
Q

que représente l’abondance relative d’un microbiome?

A

c’est la distribution relative (en proportion de population) des espèces dans le microbiome.
ex: il y a 2 bleus, 4 vertes, 3 oranges, etc

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42
Q

quelle mesure du microbiome nous donne le nombre d’espèces présentes dans celui-ci?

A

richesse du microbiome

ex: 4 couleurs différentes

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43
Q

qu’est-ce qu’un microbiome équitable?

A

contient environ le même nombre de microorganismes de chaque espèce, les individus sont bien répartis dans le microbiome
ex: 4 bleus, 5 verts, 5 oranges, etc et non 12 bleus, 2 organes, 3 vertes…

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44
Q

qu’est-ce qu’un microbiome diversifié?

A

dépend du contexte dans lequel le mot diversifié est employé, mais représente la combinaison entre un microbiome riche (beaucoup d’espèces) et l’équitabilité (la répartition des individus)

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45
Q

qu’est-ce que permet de faire l’approche 16S?

A

identifier les bactéries présentes et corréler parfois avec leur fonction

46
Q

quelle méthodologie permet l’étude d’une seule bactérie à la fois?

A

culture microbienne

47
Q

quelle méthodologie rattachée au microbiome est la plus complète, expliquez.

A

la métagénomique, car permet à la fois de détecter des bactéries, identifier leur génome (propre à chacune) et leur fonction potentielle

48
Q

quelle méthodologie n’est pas toujours représentative?

A

la culture microbienne

49
Q

pourquoi comparer des microbiomes?

A

en connaitre 1 seul ne nous aide pas vraiment, mais en comparer plusieurs peut nous aider à comprendre mieux

50
Q

quel genre d’étude est fait pour la comparaison de microbiome?

A

comparaison du microbiome de 2 personnes différentes via leur matière fécale, lors d’un traitement aux antibiotiques (avant, fin et plusieurs jours après)

51
Q

qu’est-ce qui est le plus concluent entre la comparaison des familles de bactéries ou des espèces?

A

les espèces, car permet une meilleure discrimination entre individu

52
Q

vrai ou faux? notre microbiome (humain) ne varie pas beaucoup au cours de notre vie.

A

faux, il varie tout au long de notre vie lorsqu’on vieillit

53
Q

quel l’humain présente-t-il un microbiome similaire à ses semblables?

A

les nouveau-nés et les personnes plus âgées en raison de caractéristique précise, mais il n’existe pas cependant 1 microbiome de bb ou pour vieux

54
Q

comment se change de manière générale notre microbiome au fur et à mesure que l’on vieillit?

A

il augmente généralement en diversité et richesse

55
Q

quelle courbe représente la diversité du microbiome au sein de notre vie?

A

elle monte à partir de la naissance, reste relativement stable à la période adulte et redescend vers l’âge d’or

56
Q

lorsqu’un bb est encore dans le ventre de sa mère, à quoi ressemble le microbiote de sa peau?

A

ressemble à celui de son tractus digestif

57
Q

à la naissance d’un nouveau-né, qu’est-ce qui va influencer son microbiote?

A

son mode de naissance (naturelle ou césarienne)

58
Q

quelle est la différence d’inoculation d’un nouveau-né à la naissance selon le mode naturelle ou césarienne6

A

naturelle: inoculation par microbiote vaginal et fécal

césarienne: inoculation par microbiote de la peau et environnement

59
Q

quels sont les autres facteurs (autres que mode de naissance) qui peut avoir un impact sur le microbiome d’un nouveau-né?

A

âge gestationnel, si hospitalisation, utilisation d’antibiotiques, nutrition

60
Q

qu’y-a-t ‘il de différent entre la nutrition d,un nouveau-né au lait maternel et formule commercial?

A

lait maternel contient plus de bifidobactéries (plusieurs espèces) et enzymes qui coupent les glycans du lait et polysaccharides de plante
lait poudre: différentes bactéries et moins de glycan

61
Q

quelles sont les caractéristiques des oligosaccharides présents dans le lait humain?

A

ils ne sont pas directement absorbés par l’intestin et ont des effets probiotiques sur le microbiome

62
Q

quels sont les facteurs favorisant la différence entre le microbiome de différentes personnes âgées?

A

modification mode de vie, nutrition, maladies, médication et mode de vie (maison ou CHSLD)

63
Q

vrai ou faux? un changement dans le microbiome peut apporter des changements aussi au niveau de leur fonction.

A

faux, les fonctions sont généralement conservées même si changements de bactéries

64
Q

qu’est-ce qu’une dysbiose?

A

déséquilibre de l’écosystème bactérien qui entraine la diminution de la diversité microbienne

65
Q

quels sont les changements dans le microbiome qui peuvent entrainer une dysbiose?

A

si le microbiome est déstabilisé par un stress, une réduction des bactéries importantes ou une augmentation des bactéries opportunistes

66
Q

qu’ont en commun les pre, pro et postbiotiques?

A

ce sont des médicaments qui affectent le microbiome.

67
Q

de quelle façon les prébiotiques ont un rôle à jouer dans la flore microbienne?

A

ils modulent la flore en favorisant certaines bactéries plutôt que d’autres

68
Q

quel médicament est fait à partir de souches de bactéries bénéfiques?

A

probiotiques

69
Q

qu’est-ce qu’un postbiotique?

A

médicament à base de métabolites produits par les bactéries qui ont un impact sur l’hôte

70
Q

quelles sont les fonctions générales du microbiome?

A

contribution à la nutrition, développement du système immunitaire, effet barrière et axe cerveau-intestin

71
Q

comment le microbiome aide à la nutrition de l’hôte?

A

les bactéries peuvent digérer certains nutriments que l’hôte ne peut pas digérer ou par la produire des vitamines/autres molécules bénéfiques

72
Q

en quoi le microbiome aide au développement du système immunitaire?

A

interaction entre hôte et microbiome module son développement et a un lien avec les allergies

73
Q

comment le microbiome produit l’effet barrière?

A

en tapissant les parois intestinales par exemple et empêchent les pathogènes d’entrer ainsi que la colonisation

74
Q

vrai ou faux? les bactéries de l’intestin ne peuvent pas affecter le cerveau de l’hôte.

A

faux, elles peuvent affecter le cerveau et système nerveux en général

75
Q

les métabolites produits par les bactéries du microbiome vont de manière générale moduler quoi?

A

moduler le microbiote lui-même ou l’hôte

76
Q

quelles sont les fonctions possibles des métabolites créés par les bactéries?

A

favoriser le quorum sensing
contrôler le microbiote (sa composition)
compléter les fonctions de l’hôte (métabolisme, régulation immunitaire, barrière intestinale)

77
Q

vrai ou faux? les bactéries vont moduler la composition du microbiote pour nous aider et favoriser une belle flore.

A

faux, elles font oui de l’inhibition sélective de certains pathogènes, mais c’est plutôt pour améliorer leur propre environnement et se créer une niche écologique

78
Q

quels types de métabolites peuvent être créer par les bactéries du microbiome intestinales qui auront un effet sur leur propre composition?

A 
acide lactique (affecte pH)
peroxyde d'hydrogène (toxique pour certains)
79
Q

quelles sont les cellules immunitaires ciblées par les métabolites du microbiome?

A

cellules dendritiques, macrophages et lymphocytes

80
Q

comment les bactéries méchantes et gentilles vont-elles moduler la réponse immunitaire?

A

les gentilles réduisent l’inflammation intestinale et inhibant les cytokines et autres molécules inflammatoires
les méchantes font l’inverse

81
Q

de quelle façon les métabolites des bactéries peuvent-elles améliorer la barrière intestinale?

A

en favorisant la production de mucus protecteur, améliorant les jonctions serrées des cellules épithéliales ou favorisant la production de IgA

82
Q

comment se fait-il que le microbiome peut avoir un impact sur le système nerveux/cerveau?

A

car les bactéries produisent des analogues de neurotransmetteurs qui agiraient sur le nerf vague ou produirait des précurseurs qui pourraient traverser la barrière hémato-encéphalique

83
Q

quels composés provenant de notre alimentation modulent la composition et l’activité du microbiome intestinale?

A

les glycans (sucres complexes)

84
Q

en quoi le microbiome est-il essentiel pour la digestion des glycans?

A

car de nombreux glycans ne peuvent pas être dégrader par l’hôte, c’est les bactéries qui le font

85
Q

comment les glycans alimentaires peuvent-ils avoir un impact sur le microbiome?

A

car certaines bactéries peuvent dégrader certains glycans, donc les différents types de glycans ingérés lors des repas va changer la composition du microbiome

86
Q

de quelle façon le microbiome peut-il garder un semblant de stabilité malgré l’apport variable en certains types de glycans?

A

l’épithélium intestinal est recouvert d’un mucus composés de glycan, dont les bactéries se nourrissent

87
Q

nommer des sources de glycans possible dans l’alimentation?

A

bactéries (leur capsule), lait maternel, les plantes, la viande, mucus intestinale

88
Q

vrai ou faux? l’amidon est un glycan simple qui peut être importé directement dans les cellules intestinales.

A

faux, c’est un glycan qui doit être dégradé en oligosaccharides afin de traverser les membranes externes et internes des cellules intestinales

89
Q

vrai ou faux? chaque glycan peut possèder plusieiurs types de liaison qui nécessite différents types d’enzymes.

A

vrai

90
Q

en quoi pourrait contribuer le lait maternel chez le nouveau-né?

A

contribuer à la sélection des bactéries importantes qui persistent longtemps dans le microbiome via la présence d’une plus grande diversité des oligossacharides

91
Q

Que font lactobacillus et bifidobacterium?

A

ensemble, elles coopèrent à la digestion des glycans du laits maternels

92
Q

vrai ou faux? au sein de l’intestin les quantités de glycans sont relativement semblables partout.

A

faux, varie selon les endroit précis: solubilité et accessibilité

93
Q

vrai ou faux? les médicaments ont des effets sur le microbiome, mais l’inverse n’est pas vrai.

A

faux, le microbiome peut aussi avoir un impact sur les médicaments (leur effet et activité)

94
Q

donner un exemple de bactérie du microbiome qui modifie l’effet d’un médicament?

A

E.lenta produit une enzyme qui digère la digoxine en sa présence, donc si un patient prend se traitement, le médicament sera digéré et ne pourra pas faire son effet, sauf si patient prend diète forte en acides aminés (inhibe l’expression des enzymes)

95
Q

de façon générale, comment agissent les antibiotiques sur le microbiome?

A

en changeant leur composition pendant la durée du traitement, mais va redevenir normal par la suite

96
Q

vrai ou faux? les antibiotiques auront un effet négligeable sur les bactéries peu abondantes du microbiome.

A

faux, ils peuvent aussi les affecter

97
Q

vrai ou faux? en général une partie des effets des antibio sont reproductibles et prévisibles.

A

vrai, certaines bactéries sont affectées chez presque tout le monde

98
Q

comment est-ce possible de détecter l’influence du microbiome sur les effets de l’antibiotiques?

A

par l’émergence de nouveaux pathogènes et l’efficacité du retour à l’état initial

99
Q

vrai ou faux? les bactéries peu abondantes ne peuvent pas avoir d’effet sur les antibiotiques.

A

faux, même celles peu nombreuses peuvent avoir un effet

100
Q

quelles sont les étapes mettant en jeu le microbiome qui peuvent mener au cancer?

A

inflammation chronique, génotoxicité et cancer

101
Q

qu’est-ce qui serait observable dans un microbiome avec une grande diversité pendant un traitement antibiotique?

A

moins de changement que si la diversité était moindre

102
Q

qu’est-ce que la génotoxicité?

A

stress oxydatif produit par certaines molécules qui induisent mutations dans le génome et favorise le développement du cancer

103
Q

de quelles façons pourraient se produire une inflammation chronique de l’intestin et éventuellement un cancer?

A

apparition de nouveaux pathogènes dans le microbiome, dysbiose de celui-ci, bris de la barrière intestinale, colonisation et entrée des pathogènes qui induisent des mutations dans les cellules, etc

104
Q

vrai ou faux? il y aurait un lien entre le microbiome et l’obésité.

A

vrai, des tests chez les souris l’on confirmer

105
Q

quelles sont les caractéristiques des souris sans microbiome?

A

elles ont moins d’adiposité que les souris normales et ne vont pas développer d’obésité même si la diète est haute en gras

106
Q

le phénotype d’obésité peut-il se transmette vers une souris saine via les matières fécales?

A

oui

107
Q

de quelle façon le microbiote contribue-t’il à la favorisation de l’obésité?

A

augmente l’énergie générée par la diète
reprogramme les gènes du colon
modifie la production des molécules bioactives
augmente la perméabilité intestinale (laisse plus entrer les nutriments)
induit inflammation chronique

108
Q

quel type de molécule sont produite au sein d’un microbiome atteint de diabète type 2?

A

des molécules associées à la dysfonction métabolique: LPS et sulfate d’hydrogène

109
Q

quelles sont les caractéristiques d’un microbiome intestinal en santé (par rapport au molécule produite)?

A

production d’acides gras courtes chaines ayant des effets bénéfiques sur intégrité intestinale, homéostasie énergétique, réduction inflammation et réparation des tissus

110
Q

quelle molécule provenant du métabolisme du microbiome serait associé aux maladies cardiovasculaires?

A

TMAO

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