Microbiologie UA2 Flashcards
Pourquoi la recherche et identification de la souche bactérienne responsable d’une maladie? pt.1
Déterminer la meilleure thérapie (antibiotique) pour traiter l’infection
Comment? pt.2
En les identifiant par leurs caractères :
- Morphologiques (critères phénotypiques)
- Moléculaires/ Génétiques (critères génotypiques)
- Métaboliques (ensemble des réactions dans une cellule anabolisme et catabolisme)
- Sensibilité aux antibiotiques
Phénotype
Ensemble des caractères apparents d’un individu
Génotype
Composition génétique d’un individu
Étapes de diagnostique bactérienne
- Prélèvement
- Transport
- Mise en culture et isolation
- Identification
Comment identifié morphologie des bactéries Macroscopique vs. Microscopique
- Forme de la colonie
- Couleur
- Élévation
- Rebords
- État frais/coloration
- Mobilité
- Forme de la bactérie
- Regroupement
Identification moléculaire
- Matériel génétique utilisé pour identifier les bactéries
- Identifier les caractéristiques antigéniques de la bactérie
- Présence ou non de toxine
Identification métabolique
- Identification grâce aux fonctions
métaboliques de la bactérie - Besoins pour la croissance
– Température
– pH
– Oxygène
– Nutriments
Diagnostique directe
Permet d’isoler et d’identifier l’agent responsable à partir d’un produit pathologique. Permet un diagnostic de certitude car il permet de visualiser l’agent infectieux en question
Diagnostic indirect
Permet de détecter les anticorps antibactériens spécifiques dans le sérum du malade (Quelle globule blanche est plus présente)
Prélèvement directe
Pris directement du tissu stérile :
Tissu hépatique
Liquide cérébrospinal (LCS), Liquide céphalo-rachidien (LCR)
Sang
Prélèvement indirecte
Prélever un exsudat inflammatoire ayant traversé une région envahi par le microbiote normal (bactéries vivantes avec nous). Exemples: Crachat, urine…
Ce procédé s’accompagne d’un risque élevé d’erreur d’interprétation car l’échantillon peut être contaminé par les germes de la flore normale.
Pour éviter ce genre d’erreur on fait une lecture sélective :
1. Soit ignorer les autres agents infectieux qu’on sait saprophyte
2. Soit utiliser des inhibiteurs de croissance des autres bactéries
Transport des échantillons
Écouvillonnage stérile est le plus utilisé afin de prélever un échantillon
Sauf que cette technique fournit des conditions de survie très pauvre.
Divers milieux de transport peuvent être utilisés afin d’augmenter la viabilité de
certains agents infectieux:
➢ Liquide tampon
➢ Un milieu de transport semi-liquide, contenant les nutriments minimaux
➢ Un milieu de transport pauvre en oxygène
Avoir un bon échantillon:
- En quantité
- Éviter sa contamination en se concentrant sur le tissu malade
- Prélever avant l’instauration du traitement
- Transport rapide de l’échantillon et dans de bonnes conditions
- Température
- Milieu de transport
Préparé l’échantillon
1- on prend une goutte mince de l’échantillon et on l’étale sur une lame :
Frottis
2- examen direct du frottis : état frais
Nous donnons une idée sur la présence bactérienne, la forme et la mobilité
3- Examen après coloration :
Permet une meilleure visualisation des bactéries et/ou des éléments cellulaire.
Avant la coloration il faut faire une fixation du frottis :
Entraine la mort de l’agent infectieux
Permet son adhérence à la lame
Évite également sa déformation
Comment se fait la fixation?
Faire sécher la lame à l’air ou bien la chauffer rapidement en utilisant la
flamme d’un bec Bunsen
Milieu de culture
- Milieu conventionnel
Culture généralisée - Milieu sélectif
Surtout utile pour l’ensemencement d’un échantillon contenant plusieurs
microorganismes
Sélection d’un microorganisme d’intérêt
On utilise parfois les antibiotiques - Milieu sélectif et différentiel
Faire la différence entre deux types de microorganisme
résistance au antibiotique
Antibiogramme : Technique de laboratoire visant à tester la sensibilité d’une souche bactérienne à un ou plusieurs antibiotiques.
* Méthode de diffusion (à disques)
– Antibiotiques diffusent sur une gélose ensemencée
– Gradient de concentration
Diamètre petit/absent = Résistance
Diagnostique virale
Antigènes viraux (exemple : ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) littéralement « technique d’immunoadsorption par enzyme liée , pouvant être utilisé tant pour
évaluer la présence d’un antigène que celle d’un anticorps dans un échantillon)
Acide nucléique viral (exemple : PCR: Polymerase Chain Reaction) réaction de
polymérisation en chaîne, est une méthode de biologie moléculaire permettant d’obtenir rapidement, in vitro, un grand nombre de segments d’ADN identiques, à partir d’une séquence initiale
Diagnostic sérologique
Permet de déceler les anticorps anti-protéines virales. C’est un moyen de diagnostic indirect. Il faut savoir que ces tests peuvent être positifs alors que l’infection est passée: immunité acquise
Test de diagnostique virale
- Test PCR
- Elisa