Microbio - Diagnostic de laboratoire des infections Flashcards
Quelles sont les phases du cheminement diagnostique en microbiologie infectiologie?
Phase pré-analytique
Phase analytique
Phase post-analytique
Que ce passe-t-il lors de la phase pré-analytique?
- Pt consulte avec symptômes/signes cliniques = hypothèses diagnostiques
- Prescription de prélèvements
- Réception des prélèvements au laboratoire
Quels sont les types d’examens faits sur des prélèvements possibles?
Examens direct
Cultures
Détections antigéniques/PCR
Sérologie
Qu’est-ce qui est requis d’un prélèvement pour être acheminé au laboratoire?
Requête du prescripteur
Identification double du spécimen
Pour les cultures, il est nécessaire de connaître les germes recherchés ______ et ceux nécessitant une ____.
De routine
Demande spéciale
Donne un exemple de germes qui requièrent une demande spéciale pour une culture.
Mycobactériologie/mycologie
Qu’est-ce qui est indispensable pour un résultat diagnostique de qualité?
Qualité du prélèvement
Quelle est la première étape faite lors de la phase analytique?
Examen direct sur le prélèvement
Quelles sont les étapes d’une culture bactérienne?
Ensemencement/incubation
Isolement/épuration
Lecture périodique
Vrai ou faux: l’ensemencement/incubation dure 48h à 72h.
Vrai ET faux: pour certains pathogènes 48-72h suffit, mais pour d’autres il faut plus longtemps (ex: tuberculose prend 6 semaines)
Quel est l’objectif de l’ensemencement/incubation?
Culture pure
Pour les pathogènes usuels, il y a une lecture périodique à chaque ____h.
24h
Qu’est-ce qui est observé/effectué pour l’identification des pathogènes?
Aspect des colonies
Hémolyse sur gélose sang
Test biochimiques rapides
Aspect au Gram
Beta veut dire une hémolyse _____ alors qu’alpha veut dire une hémolyse _____.
Complète
Partielle
Quel est l’aspect au Gram des colonies…
a) Staphylocoques
b) Streptocoques
c) Entérobactéries
a) cocci gram + en amas
b) cocci gram + en chaînettes
c) bâtonnets gram -
Quels autres tests peuvent être faits si nécessaire pour l’identification d’un pathogène?
Analyse biochimique de l’isolat
Malditof
Antibiogramme
Qu’est-ce qu’un résultat critique?
Un résultat qui nécessite un rapport sans délai au prescripteur
Après les étapes analytiques, un ________ est fait.
Rapport préliminaire
Que se passe-t-il lors de la phase post-analytique?
Émission du rapport final validé par un microbiologiste infectiologue
Interprétation finale du médecin prescripteur
Quelles sont les deux notions d’importance pour le processus analytique microbiologique?
Validité du résultat
Délai de réalisation analytique
Vrai ou faux: quand un prélèvement a été fait à un site stérile, tous les germes identifiés doivent faire l’object d’une lecture attentive.
Vrai (car normalement il n’y a aucun germe)
Vrai ou faux: quand un prélèvement a été fait à un site non-stérile, tous les germes identifiés doivent faire l’object d’une lecture attentive.
Faux: il faut connaître les germes qui font partie de la flore normale et porter attention au germe qui n’y font pas partie ou qui sont reconnus pathogènes
Dans le vagin, la flore normale est composée de _____. La présence de ______ pourrait indiquer une ____.
Lactobacillus
Levures en grande quantité
Vaginite à Candida
Dans un prélèvement de selles, la flore normale est composée d’______. La présence de _____ pourrait indiquer une ______.
Entérobactéries
Campylobacter
Gastro-entérite
Qui a inventé la coloration de Gram? Quand?
Hans Christian Joachim Gram
1884
Vrai ou faux: la coloration de Gram est la coloration la plus utilisée pour l’examen microscopique des bactéries.
Vrai
Décris les 5 étapes de la coloration de Gram.
- 1er colorant: Crystal violet (15 sec)
- Lavage à l’eau puis iode (Lugol) comme mordant (15 sec)
- Acétone / alcool comme décolorant (15 sec)
- Lavage à l’eau
- Safranine comme contre-colorant (15 sec)
Quelles sont les limites de la coloration de Gram pour la sensibilité?
Densité bactérienne du prélèvement (il y a un densité bactérienne minimale)
Résolution optique (certaines bactéries ne sont pas visibles)
Type de paroi bactérienne (les mycobactéries ne sont pas visibles)
Quels sont les trois éléments qui expliquent le phénomène des Gram “variables”?
Conditions de cultures peuvent affecter bactéries
Exposition préalable au antibiotiques
Propriété des bactéries à se décolorer
Quelles sont les cinq utilités de la coloration de Gram?
- Reconnaître rapidement les bactéries pouvant être pathogènes dans le prélèvement et en informer le clinicien
- Évaluer la présence/l’absence de flore normale quand le prélèvement provient d’un site non stérile
- Évaluer la réponse inflammatoire car les globules blancs sont colorés dans le processus
- Quantifier de façon relative les polynucléaires vs les cellules mononucléées
- Aider à distinguer l’infection bactérienne et l’infection virale
Donne un exemple de coloration de Gram effectuée…
a) de routine, en urgence.
b) de routine, non urgente.
c) sur demande spéciale
a) liquide céphalo-rachidien
b) expectorations
c) prélèvement urinaire
Vrai ou faux: pour tous les prélèvements, une coloration de Gram est effectuée immédiatement après l’arrivée du spécimen au laboratoire.
Faux: pour les hémocultures, il faut incuber les bouteilles avant, car la densité bactérienne serait trop faible
Vrai ou faux: après l’incubation, une coloration de Gram est effectuée sur toutes les bouteilles d’hémocultures.
Faux: seulement celles qui sont ciblées positives par l’appareil (90% sont positives après 48h)
Vrai ou faux: un résultat positif à la coloration de Gram sur une hémoculture est un résultat critique et le médecin prescripteur doit être appelé.
Vrai
À quel type de bactéries s’adressent les colorations d’acido-alcoolo-résistance?
Bactéries dont la paroi est riche en acides mycoliques et qui sont difficile à colorer (notamment au Gram)
Les colorations d’acido-alcoolo-résistances sont des colorations où les bactéries résistent à une décoloration par ________ (_____ /____ dans le cas du Ziehl ou Kinyoun)
alcool acidifié
Éthanol / HCl
Quelles sont les bactéries soumises à des colorations d’acido-alcool-résistance?
Bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR)
Mycobactéries tuberculeuses et non tuberculeuses
Décris les trois étapes des colorations d’acido-alcool-résistance et le résultat.
- Lame colorée avec Carbol Fuchsine
- Décoloration avec alcool acidifié
- Contre-coloration au bleu de méthylène
Résultat: bactéries rouge sur fond bleuté
La coloration de Ziehl-Neelson est une coloration à ____ alors que la coloration de Kinyoun est une coloration à _____ .
Chaud
Froid
Les colorations de Ziehl-Neelson et de Kinyoun s’adressent à la recherche de quels microbes?
Mycobactéries
La coloration de Kinyoun modifiée s’adresse à la recherche de quels microbes?
Certaines espèces partiellement acido-alcoolo-résistantes (Nocardia notamment)
Quelle est la différence entre la coloration de Kinyoun et la coloration de Kinyoun modifiée?
La modifiée utilise un décolorant plus doux
En quoi consiste la coloration à l’auramine (rhodamine)?
Fluorochromes non spécifiques qui se lient au acides mycoloiques et résistent à la décoloration par de l’alcool acidifié
À quoi ressemble un résultat positif à l’auramine?
Bactéries (bâtonnets) fluorescentes jaunâtres sur fond noirâtre
Compare la valeur diagnostique et le temps de lecture de la coloration à l’auramine à celle de Ziehl-Neelson.
Auramine a une valeur diagnostique équivalente mais une lecture plus rapide pour le technicien
Nomme les colorations acido-alcoolo-résistantes.
Ziehl-Neelson
Kinyoun
Kinyoun modifiée
Auramine
Quelles sont les limites des colorations acido-alcoolo-résistantes?
Recherche de tuberculose: moins sensible dans les prélèvements extra-pulmonaires (10 à 30%) que dans les prélèvements respiratoires (50-60%)
Vrai ou faux: un prélèvement contenant des mycobactéries sera + Ziehl et Kinyoun modifié, mais un prélèvement contenant du Nocardia sera - Ziehl et + Kinyoun modifié.
Vrai
En quoi constiste l’immunofluorescence?
Anticorps combinés à un marqueur fluorescent qui se lient à un antigène spécifique
Observés au microscope à fluorescence
Donne un exemple de microbe observé à l’immunofluorescence.
Légionella
À quoi ressemble un résultat positif à l’immunofluorescence?
Bactéries vert pomme granulaire sur fond noirâtre
Vrai ou faux: l’immunofluorescence est de plus en plus utilisée.
Faux: de plus en plus remplacée par d’autres méthodes immunologiques et les PCR
À quoi sert le KOH?
Digérer la kératine des spécimens cliniques (ongles, peau, cheveux) et rendre les éléments fongiques mycéliens plus visibles
En quoi consiste le fond noir?
Utilisation de la diffraction de la lumière pour mettre en évidence les tréponèmes (syphilis et spirochètes)
Examen direct au microscope avec un condenseur dédié pour des prélèvements obtenus d’ulcères
À quoi ressemble un positif au fond noir?
Bactéries brillantes sur fond noir
Vrai ou faux: le fond noir tombe en désuétude.
Vrai
Qu’est-ce que le calcofluor?
Azurant optique qui se lie à la cellulose et à la chitine, fluorescent à une longueur d’onde dédiée aux UV
Le calcofluor est utilisé dans la détection de quoi?
Champignons
Amibes pathogènes
Le calcofluor est parfois utilisé concomitamment avec le ____.
KOH
À quoi ressemble un résultat positif au calcofluor?
Éléments fongiques blanc bleutés à verdâtre fluorescent sur fond noirâtre
Vrai ou faux: le calcofluor est une coloration spécifique et ainsi très fiable.
Faux: non spécifique alors il y a un risque de faux positifs avec des éléments tissulaires (collagène) ou de l’environnement (fibres de coton)
Quel est l’avantage des tests de détection rapide d’antigènes?
La rapidité du résultat
En quoi consiste les test biomoléculaires (PCR)?
Utilisation d’amorces et amplification d’une partie du génome de l’agent microbien à identifier = détection de la portion du génome
Quels sont les avantages du PCR?
Sensibilité et spécificité usuellement élevées
Rapidité / automatisation
Monoplex / multiplex
Quelles sont les limitations du PCR?
Coûts
Accessibilité des appareils
En quoi consiste la sérologie?
Détection d’anticorps spécifiques contre un agent infectieux, normalement dans le sérum
L’utilité la plus fréquente de la sérologie est dans les infections _____ et ______ , ainsi que dans le _____ .
Virales
Parasitaires
Dépistage d’immunité
Lors de la sérologie, un dosage est effectué pour quels anticorps?
IgM et IgG
Pourquoi est-ce que les IgM sont utiles en sérologie?
Permet le dx de l’infection aiguë si la technique est performante pour le germe recherché
Nécessite un seul sérum
Pourquoi est-ce que les IgG sont utiles en sérologie?
Peuvent signifier une immunité à long terme ou une exposition sans immunité
Spécificité élevée
Notion de séroconversion
Vrai ou faux: le dosage d’IgG nécessite deux sérums.
Vrai
Qu’est-ce que la notion de séroconversion?
Passage d’un test - au test + entre deux sérums analysés à 2 ou 3 semaines d’intervalles
OU
Le titre augmente significativement de 4 dilutions ou plus
Quelle est la différence entre un IgG neutralisant ou non?
Neutralisant: signe une immunité à long terme
Non neutralisant: signe une exposition sans immunité
