Marie Kannius Janson - RNA-processing

Question 1

Primärt transkript

Answer 1

Hos eukaryoter bildas ett primärt transkript som sedan processas till mRNA, som transporteras till cytoplasman där det translateras. Hos prokaryoter bildas mRNA direkt vid transkription, och translation kan ske samtidigt som transkriptionen är igång.

Question 2

RNA-processing metoder

Answer 2

Splicing - tar bort icke-kodande introner, så att endast exoner är kvar.
5’-cap - en metylerad guanin sätts på i 5’-änden.
3’-polyadenylering - 150-250 adeniner sätts på 3’-änden.

Question 3

Vad händer när CTD-svansen på RNA-polymeraset fosforyleras?

Answer 3

Följande protein binder in:
Capping-proteiner
Splicing-proteiner
3’-processande proteiner

Question 4

5’-cap RNA-processing

Answer 4

När det nysyntetiserade RNA:t fått en längd på ca 25 nukleotider modifieras 5’-änden (den fria änden) med en metylerad guanin-nukleotid. Detta för mRNA unikt och kan därmed urskiljas från andra RNA-molekyler. Till 5’-cap binder ett protein komplex CBC (cap binding complex).

Question 5

Splicing

Answer 5

Introner tas bort så att enbart exoner är kvar. Det sker med hjälp av ett stort komplex som kallas spliceosome, och består av fem olika RNA-molekyler och ett 50-tal proteiner.
Splicing involverar tre positioner i RNA:t: 5’-splice-punkten, brytpunkten i intronet, och 3’splice-punkten.

Question 6

CBC

Answer 6

Cap binding complex. Ett proteinkomplex som binder till 5’-cap.

Question 7

Spliceosome

Answer 7

Ett proteinkomplex som består av fem olika RNA-molekyler och ett 50-tal proteiner. Splicear det primära transkriptet.

Question 8

Alternativ splicing

Answer 8

Även exonsekvenser kan tas bort under splicing. Detta gör att eukaryoter får storre kodningspotential, eftersom att olika proteiner kan bildas från samma DNA-bit.

Question 9

Polyadenylering

Answer 9

Faktorerna CPSF och CstF följer med RNA-polymeraset. Dessa känner igen klyvnings- och polyadenyleringssekvenserna i transkriptet och initierar klyvning.
Poly-A-polymeras (PAP) sätter sedan på 150-250 adeniner (en i taget) till den klyvda 3’-änden.
Poly-A bindande proteiner binder till poly-A-svansen

Question 10

Alternativa 3’-polyadenyleringssignaler

Answer 10

α-tropomyosingenen har tre alternativa 3’-polyadenyleringssignaler, vilket gör det till olika typer av muskelceller.

Question 11

Transkriptionsterminering eukaryoter

Answer 11

RNA-polymeraset fortsätter att transkribera även efter klyvning. Det finns två teorier om vad som terminerar det:
1. Ett 5’-3’-exonukleas binder när transkriptet ska klyvas och bryter succesivt ner den bortklippta RNA-molekylen, hinner ifatt RNA-polymeraset och påverkar dess inbindning till DNA.
2. När CstF och CPSF hoppar av CTD-svansen på RNA-polymeraset vid 3’-polyadenyleringen sker en konformationsändring som gör att RNA-polymerasets bindning till DNA påverkas.

Question 12

Export av mRNA till cytoplasman

Answer 12

Sker via kärnporkomplex som endast känner igen mRNA som:
- har 5’-cap med ett CBC
-saknar introner
-har 3’-poly-A-svans

Question 13

Komplexa transkriptionsenheter

Answer 13

Gener som kan ge upphov till flera olika mRNA. Detta kan ske genom
- alternativ splicing
-att olika poly-A-signaler används