Marie Kannius Janson - Genreglering prokaryoter Flashcards
Genreglerande protein
Kallas även transkriptionsfaktorer (TF). Dessa styr transkriptionsinitiering genom att
- binda till DNA i genreglerande områden, sk promotorer, och till sekvenser som finns på långa avstånd från transkriptionsstarten.
- känna igen korta DNA-sekvenser, sk cis-element eller cis-reglerande sekvenser, vilka ger upphov till en struktur som gör att de kan binda.
TF domäner och bindning
TF har en DNA-bindande domän och en aktiveringsdomän. Många TF binder som dimerer eller heterodimerer. Bindning av TF påverkar ofta strukturen på DNA.
Negativ genreglering
Repressorer hindrar RNA-polymeraset från att binda till promotorerna. Vissa repressorer binder tillsammans med ligand, och andra släpper från DNA:t när en ligand binder in.
Positiv genreglering
Aktivatorer hjälper RNA-polymeraset att hitta svaga promotorer. Vissa aktivatorer binder tillsammans med ligand, andra släpper när en ligand binder in.
Lac-operonet: vad innehåller operonet
CAP-element - binder aktivatorn CAP som har liganden cAMP bunden till sig.
Promotor - binder RNA-polymeras.
Operator - binder Lac-repressorn.
Lac Z - kodar för betagalaktoridas som klyver laktos till glukos och galaktos.
Lac Y - kodar för laktospermeas vilket pumpar in laktos i cellen.
Lac A kodar för thiogalaktoside transacetylase vilket flyttar en acetylgrupp från acetyl-CoA till betagalaktosider.
Den primära kolkällan hos bakterier är glukos, och finns glukos transkriberas inte Lac-operonet.
Operon
Gener som kodar för proteiner som krävs för en viss funktion är samlade i sk operon. De transkriberas från en promotor och det bildas ett transkript som kodar för mer än ett protein - polycistroniskt RNA.
Lac-operonet reglering
Aktivatorn CAP behöver liganden cAMP för att kunna binda. När glukosnivån är hög så är cAMP-nivån låg, och CAP kommer därför inte kunna binda in.
Repressorn binder in utan ligand. När liganden allolaktos binder till repsressorn så släpper den.
Det behövs alltså låg glukosnivå och hög laktosnivå (och därmed hög allolaktosnivå) för att Lac-operonet ska transkriberas. När laktos bryts ner till glukos och galaktos så kommer glukos-nivån att öka och allolaktåsnivån att minska, och Lac-operonet kommer därför att sluta transkriberas.
Tryptofanoperon reglering
Repressor: kräver ligandbindning (tryprofan) för att binda.
Attenuator: i början av genen finns fyra delar som transkriberas: 1 (leader), 2, 3, och 4. Del 1 behöver två tryptofan för att translateras. Del 3 är kompletterande till del 2 och 4.
När det finns gott om tryptofan går translateringen av del 1 snabbt. Då hinner del 3 av mRNA inte baspara med del 2 av mRNA. Det kommer istället baspara med del 4. Detta är en attenuator, och kommer terminera transkriptionen.
Om det finns ont om tryptofan kommer translateringen av del 1 gå långsamt, och del 3 kommer hinna baspara med del 2. Detta är inte en attenuator, och transkriptionen kommer fortsätta.
