Les enzymes coupant l'ADN

Question 1

Quels sont les deux types d’enzyme qui sont en mesure de couper l’ADN?

Answer 1

L’endonucléase et l’exonucléase.

Question 2

En quoi consiste les enzymes endonucléases?

Answer 2

Enzymes capables de cliver les liaisons phosphodiester entre deux nucléotides à l’INTÉRIEUR d’une séquence d’acide nucléique.

Question 3

En quoi consiste les enzymes exonucléases?

Answer 3

Enzymes qui dégradent la molécule d’ADN à partir d’une de ses extrémités (3’-OH ou 5’-P).

Question 4

Nommez 4 généralités des enzymes de restriction.

Answer 4

1- Appartiennent à la classe des endonucléases
2-Utilisées en labo pour cliver l’ADN
3- La coupure de l’ADN se fait en un site spécifique reconnu par l’enzyme
4- Les séquences reconnues sont dites PALINDROMIQUES (4-10 paires de base)

Question 5

Qu’est-ce qu’une séquence palindromique?

Answer 5

Ce sont des séquences dont la succession des nucléotides lue dans le sens 5’-3’ pour le 1er brin est identique à la séquence lue dans le sens 5’-3’ pour le 2e brin.

Question 6

Vrai ou faux, les enzymes de restriction sont capables de cliver des ADN étrangers.

Answer 6

Vrai.

Question 7

De quelle origine proviennent les enzymes de restriction?

Answer 7

Extraites de microorganismes (bactérie).

Question 8

Lors que des enzymes de restriction sont retirées de la bactérie, qu’arrive-t-il?

Answer 8

Modification ou absence des sites de restriction correspondant à ces enzymes.

Question 9

Nommez les 5 règles à suivre pour la nomenclature des enzymes de restriction.

Answer 9

1- 3 ou 4 lettres
2- 1er lettre majuscule (désigne le genre de la bactérie d’ou vient l’enzyme)
3-La 2e et 3e lettre en minuscule (espèce)
4- Des fois il peut avoir une 4e lettre en majuscule (souche)
5- Un chiffre romain (ordre de caractérisation)

Question 10

Comment se nomme l’enzyme de restriction de Escherichia coli RYB (nomenclature)?

Answer 10

Eco RI.

Question 11

Qu’est-ce qu’un isoschizomère?

Answer 11

Ce sont des enzymes de restriction différentes reconnaissant les mêmes sites spécifiques, mais ne laisse pas nécessairement les mêmes extrémités.

Question 12

Vrai ou faux; Les isoschizomères ne laissent pas nécessairement les mêmes extrémités donc elles vont pouvoir s’assembler entre elles.

Answer 12

Faux, elles ne pourront pas s’assembler entre elles si leurs extrémités sont différentes. Exemple diapo 30.

Question 13

Nommez les deux types de coupure réalisée par l’enzyme de restriction.

Answer 13

1- La coupure à bouts cohésifs

2- La coupure à bouts francs

Question 14

En quoi consiste la coupure à bouts cohésifs?

Answer 14

Correspond à une coupure qui se fait de part et d’autre du centre de symétrie.

Question 15

Vrai ou faux; Lors des coupures à bouts cohésifs, lorsque la flèche pointe du côté gauche de l’axe central, les protubérantes 5’ sont présentes.

Answer 15

Vrai. Exemple diapo 31

Question 16

Vrai ou faux; Les extrémités de l’ADN sont 5’ protubérantes mais TOUJOURS cohésives.

Answer 16

Faux, les extrémités sont 3’ protubérantes mais toujours cohésives.

Question 17

Qu’arrive-t-il si lors d’une coupure à bouts cohésifs, les flèches pointent directement au centre?

Answer 17

Cela signifie qu’il n’a pas de protubérantes.

Question 18

En quoi consiste la coupure à bouts francs?

Answer 18

Coupure au milieu de la séquence palindromique.

Question 19

Vrai ou faux; La coupure à bouts francs est cohésive.

Answer 19

Faux, elle est non-cohésive.

Question 20

Comment les sites de restriction sont repérés dans l’ADN?

Answer 20

Par l’enzyme qui coupe autant de fois qu’il a de sites.

Question 21

Une coupure se fait dans de positions différentes sur l’ADN. Cela dépend de quoi?

Answer 21

Dépend de l’enzyme choisie.

Question 22

Vrai ou faux; Lorsque l’ADN est découpé, les fragments sont de tailles variés.

Answer 22

Vrai.

Question 23

Qu’est-ce qu’une carte de restriction?

Answer 23

Représentent les molécules d’ADN avec les points de clivage (des sites) obtenus grâce à des enzymes de restriction. Diapo 35

Question 24

Nommez les trois classes d’enzymes de restriction.

Answer 24

1- Type I
2-Type II
3-Type III

Question 25

Quel est le rôle des enzymes de restriction de type I?

Answer 25

Reconnaît une séquence d’ADN, puis se déplace, s’arrête 1000 à 5000 paires de bases plus loin et libère quelques dizaines de nucléotides. Pas très prévisible donc peu utilisés.

Question 26

Quel est le rôle des enzymes de restriction de type II?

Answer 26

Coupe l’ADN au niveau de la séquence reconnue.

Question 27

Quel est le rôle des enzymes de restriction de type III?

Answer 27

Coupe une vingtaine de nucléotide plus loin que le site de reconnaissance.

Question 28

Quel type d’enzyme de restriction sont couramment utilisée en laboratoire?

Answer 28

Type II.

Question 29

Qu’est-ce que les enzymes de restriction de type II font précisément?

Answer 29

Clivant spécifiquement les deux brins de l’ADN au niveau d’une séquence (palindromique en général), parfaitement définie (4 à 10 nucléotides).

Question 30

En d’autres mots, la méthylation des sites de restriction servent à les ___.

Answer 30

À les protéger.

Question 31

Quel est le rôle des méthylases bactériennes?

Answer 31

Interviennent pour éviter l’auto-destruction.

Question 32

Comment fonctionne la méthylation des sites de restriction?

Answer 32

L’ADN de la bactérie est méthylé au niveau de certaines séquences bien spécifiques (les A et C), ce qui empêche les enzymes de restriction de reconnaître l’ADN bactérien.

Question 33

Pourquoi la méthylation des sites de restriction a lieu?

Answer 33

Parce que l’ADN bactérien présente des sites de restriction susceptibles d’être repérés par les enzymes de restriction.

Question 34

Quand est-ce qu’on peut dire que deux enzymes de restriction sont compatibles?

Answer 34

Quand elles génèrent après digestion des fragments aux extrémités cohésives complémentaires (fragments faciles à ligaturer).

Question 35

Nommez une enzyme assurant la ligature.

Answer 35

Les ligases.

Question 36

Quel est le rôle d’une ligase?

Answer 36

Elles sont capables de lier par une liaison ester un fragment avec un groupement phosphate en 5’ et un groupement OH en 3’ et ceci en présence d’ATP. Voir figure diapo 39.

Question 37

Expliquez le processus de l’utilisation des endonucléases et ligase pou le clonage (2 étapes).

Answer 37

1- L’ADN du vecteur est coupé avec une enzyme
2- Coupage de l’ADN de la molécule d’ADN que l’on veut insérer dans le vecteur avec la même enzyme (les deux fragments doivent avoir des extrémités compatibles).

Question 38

Nommez les 5 étapes du clonage (voir schéma diapo 41).

Answer 38

1- Obtenir un vecteur et un fragment ayant des extrémités compatibles
2- Ligaturer le fragment dans le vecteur
3- Transformer le vecteur dans les bactéries
4- Sélectionner les bactéries contenant le vecteur
5- Sélectionner les bactéries contenant le vecteur et l’insert

Question 39

Nommez les trois composantes minimales d’un vecteur.

Answer 39

1- Une origine de réplication (ori)
2- Un gène de résistance à un antibiotique
3- Un site de clonage multiple (MCS)