Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

špeciálna genetika > lekárska genetika > Flashcards

lekárska genetika Flashcards

1
Q

lekárska genetika ako odbor

A

analyzuje podiel dedičnosti, genetických zmien a vlastností prostredia v etiológii a patogenéze chorôb a vrodených vád

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

metódy v lekárskej genetike

A
  • genomické (početné a štruktúrne zmeny)
  • cytogenetické (početné a štruktúrne zmeny)
  • molekulárne genetické (mutácie)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

rozdelenie genetických ochorení

A
  • genómové - početné aberácie
  • chromozómové - štruktúrne aberácie
  • génové - mutačné zmeny
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

cytogenetika

A

vyšetrenie karyotypu z farbených metafáznych chromozómov

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

karyotyp

A
  • súbor všetkých chromozómov v jadre bunky
  • v rámci druhu je rovnaký ich počet, veľkosť a tvar
  • používa sa ako druhový znak
  • vyhotovenie vyžaduje kultiváciu buniek v špeciálnom médiu
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

molekulárna cytogenetika

A
  • FISH, aCGH, M-FISH
  • preukázanie malých zmien, ktoré nie sú klasickou cytogenetikou preukázateľné
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

molekulárna diagnostika

A
  • izolácia DNA zo vzorky (zmes chloroformu a fenolu alebo soľný roztok)
  • ale izolácia nám neposkytuje dostatok DNA - PCR
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

metódy molekulárnej diagnostiky

A
  • restrikčná analýza
  • hybridizácia s alelovo špecifickými oligonukleotidmi
  • ARMS (PCR s alelovo špecifickými prímermi)
  • analýza Tm pomocou real-time PCR
  • triplet primed PCR
  • MLPA
  • jednoreťazcový konformačný polymorfizmus
  • denaturačná geadientová elfo
  • heteroduplexná analýza
  • detekcia skráteného proteínu
  • denaturačná vysokotlaková kvapalinová chromatografia
  • analýza Tm s vysokým rozlíšením (HRM)
  • sekvenovanie
  • masívne paralelné sekvenovanie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

MPS

A
  • panelové sekvenovanie stoviek génov asociovaných s diagnózou
  • exómové sekvenovanie so zameraním na klinicky významné gény
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

postupy MPS

A
  • amplikónové sekvenovanie - využitie k ultrahlbokému sekvenovaniu
  • hybridization-based capture sequencing (Hyb-Seq) - alebo panelové sekvenovanie, využitie k ultraširokému sekvenovaniu
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

sekvenovanie tretej generácie

A
  • single molecule sekvenovanie
  • nevyužíva amplifikačný krok
  • skrátený čas prípravy a eliminácia chýb pochádzajúcich z PCR
  • nižšia cena
  • vyššia flexibilita v dĺžke čítania
  • presná kvantifikácia DNA molekúl, pretože je signál zaznamenávaný v reálnom čase
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

výhody MPS

A
  • presnosť: krátke čítania pre väčšinu aplikácií, priemerné sekvenčné pokrytie spoľahlivé pre detekciu bodových mutácii, dlhé čítania pre štrukturálne variácie, opakované expanzie, ale vysoká miera chýb pre detekciu variácie jednotiek nt
  • rýchlosť: krátke čítanie umožňuje sekvenaciu exómu a genómu počas pár dní, je možné osekvenovať tisíce genómov ročne, dlhé čítania stále trvajú dlhšiu dobu
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

interpretácia genetických analýz

A
  • problematická časť
  • len odborník
  • výpovedná hodnota sa líši u jednotlivých variant
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

predikčné programy patogenicity

A
  • CADD
  • Eigen
  • DANN
  • FitCons
  • PolyPhen
    -SIFT
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

klasifikácia variant (ACMG-AMP)

A
  1. benígna
  2. pravdepodobne benígna
  3. varianta nejasného významu
  4. pravdepodobne patogénna
  5. patogénna
  • zaradenie na základe 28 definovaných kritérií
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

detekcia mozaicizmu

A
  • je nutné vyšetriť všetky tri zárodočné listy
  • ektoderm: izolácia DNA z buláneho steru
  • mezoderm: izolácia DNA z periférnej krvi
  • endoderm: izolácia DNA z moči
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

prínosy molekulárnej diagnostiky

A
  1. genetický
  2. diagnostický
  3. prediktívny
  4. prognostický
  5. preventívny s minimalizáciou vedľajších účinkov
  6. terapeuticko indikačný
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Huntingtonova choroba

A
  • neurodegeneratívne AD ochorenie
  • polyglutamínová porucha
  • poruchy motoriky, zmeny osobnosti, demencia, smrť
  • gén HTT kódujúci proteín huntingtín
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Huntingtín

A
  • exprimovaný najmä v CNS
  • interakcia s TF
  • pravdepodobne má význam pri vývoji CNS
  • dôležitý pre normálny priebeh mitózy v CNS
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

podstata HD

A
  • zmnoženie tripletov CAG (glutamín)
  • normálne jedince 9 - 35 repetícií
  • postihnutí majú viac ako 40 repetícií
  • čím viac repetícií tým ochorenie nastupuje skôr
  • expandovaná repetícia sa dedí od postihnutého rodiča, častejšie muži
  • mutácia de novo u 25 % pacientov
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

diagnostika HD

A
  • genetické testovanie na prítomnosť expanzie
  • prenatálne
  • preimplantačné
  • liečba neexistuje
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

CF

A
  • najčastejšie AR ochorenie v Európe
  • multiorgánové ochorenie
  • nadmerné množstvo soli v pote
  • postihuje pľúca a DC, pankreas
  • mužská sterilita
  • príčina: mutácia v géne CFTR (chloridový kanál, na apikálnej strane epiteliálnych buniek)
  • najmä germinálne mutácie (missese)
  • nerovnováha iónového prostredia, porucha transportu vody, abnormálne viskózny hlienovitý sekrét na epiteloch
  • CFTR gén ma 2000 patologických variant
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

triedy CF

A
  1. narušená syntéza proteínu
  2. abnormálne spracovanie a intracelulárny transport proteínu
  3. porucha regulácie proteínu
  4. narušenie vodivosti chloridového kanálu
  5. redukovaná syntéza a zhoršený intracelulárny transport proteínu
  6. znížená stabilita proteínu
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

diagnostika CF

A
  • analýza Tm pomocou real-time PCR
  • fluorescenčná multiplex ARMS
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

liečba CF

A
  • ivafactor - mutácia triedy 3 (aktivuje nefunkčný kanál na povrchu buniek a otvára ho)
  • lumafactor- ak chloridový kanál chýba, korektory proteínu CFTR (uľahčuje transport proteínu na bunkovú membránu a interferuje s procesom skladania)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

srdcové kanálopatie

A
  • dedičné arytmigénne ochorenia
  • defektné iónové kanály, ich podjednotky alebo asociované proteíny
  • syndrómy: long QT syndromes, catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia, brugada syndrome
  • manifestácia: krátka pauza v srdcovom teple, chvenie srdca, závraty, náhla smrť
  • diagnostika: kardiologické a genetické vyšetrenie
  • genetické: NGS, Sanger
  • terapia: beta-blokátory, pacemaker, implantable cardioverter defibrilator
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

zdroje fetálnej DNA pri invazívnom prenatálnom vyšetrení

A
  • amniové fibroblasty
  • choriové klky
  • fetálne krvné bunky
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

zdroje fetálnej DNA pri neinvazívnom prenatálnom vyšetrení

A
  • voľná DNA (cfDNA)
  • fragmenty DNA pochádzajúce z odumretých a rozpadnutuch buniek
  • detské fragmenty tvoria asi 10 % všetkých voľných fragmentov
  • detekcia MPS
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

neinvazívny prenatálny screening

A
  • Rh faktor
  • pohlavie
  • monogénne choroby
  • detekcia pomocou MPS
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

riziko veku rodičov

A
  • žena: DS, chromozómové aberácie, kvôli porucham kohezínov a hormonálnej nerovnováhe (najmä poruchy segregácie)
  • muži: neuropsychiatrické poruchy (schizofrénia a autizmus), achondroplázia, detské rakoviny, vrodené vady srdca (mutačné zmeny v dôsledku vysokého počtu delení)
  • 80 % de novo mutácií je od otca
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

achondroplázia

A
  • AD
  • mutácie v transmembránovej doméne FGFR3
  • inhibícia proloferácie chondrocytov v rastovej platničke a diferenciácie progenitorových buniek kosti
  • 80 - 90 % je de novo
  • riziko stúpa s vekom otca
  • diagnostika: vyšetrenie fetálnej DNA z krvi matky, HRM
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

prístupy vyšetrení v molekulárne genetickej diagnostike

A
  • nepriame (gene tracing)
  • priame (direct testing)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

direct testing

A
  • musíme poznať sekvenciu mutovanej aj wt alely
  • detekcia známych mutácií (scoring) - detekcia kauzálnej mutácie (ARMS, MLPA, sondy)
  • detekcia neznámych mutácií (scanning), (analýza Tm, sekvenovanie)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

fragmentačná analýza

A
  • veľkostná separácia molekúl DNA
  • podobná elfo, ale miesto gélu sa využíva polymér a značí sa fluorescenčne (produktov aj hm. štandardu)
  • umožňuje analyzovať produkty predchádzajúcich reakcií
  • hm. štandard obsahuje fluorescenčne značené fragmenty o definovanej veľkosti
  • zistená veľkosť sa odčítava od markeru
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

MLPA

A
  • založená na kvantitatívnej multiplexnej PCR
  • princíp: amplifikácia sond závislá na ligácii
  • účel: kvantifikácia počtu kópií úsekov, identifikácia genómových zmien, najmä rozsiahlejších delécií, duplikáciím tiež stanovenie SNP a metylácie v promótorovej oblasti
  • postup: denaturácia, hybridizácia, ligácia, amplifikácia, fragmentačná analýza, vyhodnotenie
  • amplifikujú sa sondy a nie DNA
  • fragmentačná analýza prebieha tak, že fluorescenčne značené produkty sú separované na kapilárnej elfo
  • software coffalyser
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

výhody MLPA

A
  • dokáže analyzovať až 50 rôznych sekvencií
  • vyžaduje minimum DNA
  • dokáže odhaliť zmenu aj v jednom nt
  • rovnaký protokol sa dá použiť pre rôzne aplikácie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

nevýhody MLPA

A
  • deteguje len relatívne množstvo, takže nedokáže rozlíšiť diploídiu od triploídie
  • musí byť aspoň 50 % buniek nesúcich danú prestavbu
  • vysoká citlivosť ku kontaminácii
  • vysoká náročnosť na zostavenie sond
  • SNP v mieste ligácie môžu viesť ku falošne pozitívnym výsledkom (preto sa výsledok overuje inou metódou alebo sekvenovať)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

Duchennova svalová dystrofia

A
  • progradujúca svalová slabosť (kostrové svalstvo, dýchacie svaly, srdcový sval)
  • postihnutými sú muži
  • nástup príznakov okolo 2. - 6. roku
    1. rok - vozík
    1. rok - smrť
  • diagnostika: MLPA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

príčiny DMD

A
  • defetky v géne pre dystrofín (rozsiahly gén)
  • dystrofín sprostredkúva interakciu medzi aktínom a ECM
  • XR (Xp21)
  • delécie/duplikácie menia čítací rámec a dochádza k nonsens mutáciám
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

ARMS

A
  • PCR s alelovo špecifickými primermi
  • princíp: mismatch primerov na 3’ konci znemožňuje amplifikáciu
  • 2 x forward primer (pre wt a mutantnú alelu)
  • 1 x reverse primer
  • metóda rozdelená do dvoch PCR (wt + R a mt + R)
  • hodnotí sa prítomnosť/neprítomnosť produktov
  • môžeme robiť aj multiplexné reakcie (viacej trojíc)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

expanzia trinukleotidových repetícií

A
  • môže sa jednať o prekladané aj neprekladané oblasti
  • nestabilita závisí na dĺžke repetície a type sekvencie
  • ak sú vnútri ORF: narušujú štruktúru proteínov (HD)
  • ak sú mimo ORF (v 3’ alebo 5’ UTR): narušujú expresiu proteínov (syndróm fragílneho X)
  • vznikajú skĺznutím polymerázy, repetície vytvárajú sekundárne útvary (vlásenky), ktoré sú neskôr odstránené, ale oblasť repetície sa rozšíri
  • klinická anticipácia - postupné rozširovanie repetícií a zhoršovanie prejavu ochorenia
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

choroby asociované s expanziou trinukleotidov

A
  • HD
  • fragílne X
  • myotonická dystrofia
  • Kenedyho choroba
  • spinicerebrálna ataxia 1
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

syndróm fragílneho X

A
  • druhá najčastejšia MR
  • XD, neúplná penetrancia
  • znížené IQ, hyperaktivita, retardácia vývoja, pretiahnutá tvár s veľkou bradou a veľkými odstávajúcimi ušami, veľké semenníky
  • nekontrolovateľná triaška (pripomína PD), nedokonalá funkcia vaječníkov (sterilita)
  • efekt anticipácie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

príčiny FXS

A
  • zúženie chromozómu X v distálnej časti
  • toto zúžené miesto tvoria 3-nt repetície narúšajúce štruktúru chromatínu
  • plná mutácia je nad 200 repetícií, dochádza k metylácii úseku a potlačeniu expresie génu FMR1
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
45
Q

diagnostika FXS

A
  • triplet primed PCS
  • analýza kriviek topenia
  • využitie anterkalačného farbiva SybrGreen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
46
Q

triplet primed PCR

A
  • prvý primer nasadá na hranicu opakovania (P1)
  • druhý primer do vnútra repetície (P4)
  • P4 má nekomplementárny koniec, na ktorý sa viaže P3
  • P1 a P3 amplifikujú produkty P4
  • potvrdenie prítomnosti repetície ale nevieme jej dĺžku
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
47
Q

qPCR

A
  • kvantifikácia PCR produktu v priebehu reakcie
  • princíp: detekcia a kvantifikácia fluorescenčného signálu (závisí na množstve PCR produktu)
  • značenie: interkalačné farbivá, fluorescenčné sondy, fluorescenčne značené primery
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
48
Q

interkalačné farbivá pre qPCR

A
  • SybrGreen
  • väzba nezávislá na sekvencii
  • fluo signál po väzbe na DNA rastie až 1000 x
  • nevýhody: nepoužiteľné pre multiplexné reakcie, nemožno odlíšiť nešpecifické produkty
  • výhody: jednoduchý návrh oligont, lacnejšie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
49
Q

fluorescenčne značené sondy

A
  • viažu sa do strednej časti amplifikovaného produktu
  • dva typy:
    1. hydrolizačné (TaqMan) - ukončenie zhášania exonukleázovou aktivitou
    2. hybridizačné (FRET) - prenos energie od donora k akceptoru
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
50
Q

kvantifikácia qPCR

A
  1. absolútna - vzhľadom k štandardu
  2. relatívna - vzhľadom k housekeepingovým génom, vzniká normalizovaný pomer (ale tie v niektorých prípadoch nemusia byť konštantné)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
51
Q

HRM

A
  • analýza kriviek topenia s vysokým rozlíšením
  • so zvyšujúcou sa teplotou sa reťazce DNA od seba oddeľujú a uvoľňujú interkalačné farbivo alebo FRET sondy, nastáva pokles fluo
  • vznikajú krivky topenia na základe poklesu fluo
  • dokáže zachytiť aj 1nt zmenu
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
52
Q

teplota topenia (Tm)

A
  • teplota, pri ktorej u polovice dsDNA dôjde k denaturácii za vzniku ssDNA
  • závisí na: sekvencii, obsahu CG a dĺžke fragmentu
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
53
Q

využitie HRM

A
  1. scanning - interkalačné farbivo, porovanie kriviek wt a testovanej vzorky, ak sa odlišujú - sekvenácia
  2. scoring - sekvenčne špecifické fluorescenčné sondy, porovnanie kriviek wt a mt - genotypizácia
    -diagnostika CF
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
54
Q

DNA polymorfizmy

A
  • niekoľko možných alel
  • rozdielnosť jedincov
  • SNP
  • VNTR
  • STR
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
55
Q

SNP

A
  • jeden SNP na 1000 báz
  • ľudský genóm asi 1,5 milióna SNP
  • v intrónoch, extraexónových oblastiach
  • detekcia: analýzy restrikčných fragmentov, sekvenácia, čipy, qPCR analýza Tm
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
56
Q

STR = mikrosatelity

A
  • základná repetícia: 2 - 6 bp
  • dĺžka opakovania: 2 - 100 bp
  • rovnomerne rozptýlené
  • ležia v intrónoch, nie sú translatované
  • tvoria vzorce bez vzťahu k fenotypu
  • nie sú príčinou chorôb
  • medzi jednotlivcami sa značne líšia
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
57
Q

využitie mikrosatelitov

A
  • nepriama diagnostika monogénnych chorôb
  • identifikácia osôb
  • určovanie paternity
  • analýza aneuploídií
  • genetická genealógia
58
Q

QF-PCR

A
  • izolácia DNA z AMC, CVS
  • PCR s fluo primermi (lokus špecifickými)
  • kvantifikácia aneuploídií (najmä u tehotných)
  • chromozómovo špecifické STR markery
  • prenatálna aj postnatálna diagnostika
  • analýza potratených plodov
  • amnioPCR
  • detekcia trizómie najmä 13, 18, 21, X, Y
  • vyhodnocovanie relatívneho množstva daných STR (pre každý chromozóm 7) - pomery medzi peakmi (problém: homozygot vs. monozomik)
59
Q

artefakty QF-PCR

A
  • stutter peaky: malé peaky, ktoré môžu vzniknúť skĺznutím polymerázy
  • split peaky: menší peak je o 1 bp kratší ako hlavný, nižšia aktivita Taq polymerázy, menšie peaky zahrňujeme do výpočtu
  • alelický drop out: strata jednej z dvoch alel, falošné výsledky
  • pull up peaky: malé peaky nachádzajúce sa v mieste hlavného peaku, vznikajú príliš silným signálom hlavného peaku, musia byť vylúčené
  • spikes: ostré peaky, ktoré sa objavujú v niekoľkých farebných kanáloch a majú rovnakú intenzitu fluo, vylúčenie
60
Q

výhody QF-PCR

A
  • nemusia sa overovať nejasné výsledky, pretože každý chromozóm je analyzovaný niekoľkými STR súčasne
  • pre každý chromozóm sú zahrnuté aj veľmi krátke STR, ktoré umožňujú analýzu aj čiastočne degradovanej DNA
  • odhaľuje kontamináciu rodičovskou DNA
  • odhaľuje mozaicizmus
  • deteguje Turnerov syndróm
  • reagencie v alikvotoch znižujú riziko kontaminácie
  • rýchla analýza (5 h, hands on 90 min)
61
Q

kedy používame nepriamu DNA diagnostiku

A
  • keď vieme v akom mieste došlo k mutácii, ale nevieme o akú mutáciu sa presne jedná (scanning)
  • sledujeme segregáciu markeru viazaného na gén záujmu, dedí sa spoločne s ním
  • gélová a kapilárna elfo
  • určuje sa haplotyp v asociácii s neznámou mutáciou
  • nutné vyšetriť čo najväčší okruh rodiny
  • mnoho nevýhod a jej význam postupne klesá
62
Q

faktory ovplyvňujúce spoľahlivosť nepriamej DNA diagnostiky

A
  • spoľahlivosť klinickej diagnózy
  • možnosť rekombinácie medzi markerom a génom záujmu
  • spoľahlivosť biologických vzťahov v rodokmeni
63
Q

oblasti využitia DNA fingerprintingu

A
  • riešenie trestných činov
  • identifikácia obetí nešťastia
  • identifikácia vojakov vo vojne
  • paternitné testovanie
  • príbuzenské vzťahy
  • vyhľadávanie hľadaných osôb
  • vytváranie databáz usvedčených zločincov
64
Q

CODIS loci

A
  • DNA lokusy, ktoré využíva FBI
  • dohodnutý štandard ukladania genetických profilov osôb
  • paternitné testy - 16 oblastí
65
Q

novorodenecký screening

A
  • analýza suchej kvapky krvi z päty novorodenca
  • 13 chorôb
  • napr. fenylketonúria, kongenitálna hypotyreóza, kongenitálna adrenálna hyperplázia, CF, SMA, ťažké vrodené imunodeficientné stavy
  • celoplošný a dobrovoľný
66
Q

databázy variant

A
  • OMIM
  • OrphaNet
  • VarSome
  • ClinVar
67
Q

PCOS

A
  • oligomenorhea/anovulácia
  • obezita
  • nadmerné ochlpenie (fúzy)
  • sonografický nález
  • gén PCOS1
68
Q

Karagenerov syndróm

A
  • primárna ciliálna dyskinéza
  • AR
  • väčšie narušenie u mužov ako u žien
  • riešenie: ICSI
69
Q

Syndróm rezistencie k androgénom

A
  • gén AR
  • XR
  • poruchami v géne kódujúci androgénny receptor
  • karyotyp 46;XY (muži môžu vyzerať ako ženy)
  • infertilita
70
Q

genetické vyšetrenie neplodnosti

A
  • vyšetrenie karyotypu
  • numerické aj štrukturálne CHA
  • nosiči balansovanej translokácie môžu mať potomkov s vážnymi VVV
  • pozitívny nález je indikáciou k preimplantačnej alebo prenatálnej diagnostike
71
Q

AZF

A
  • Yq11.23
  • zodpovedá za správny priebeh spermatogenézy
  • ## rozsiahle delécie
72
Q

trombofilné mutácie a neplodnosť

A
  • Leidenská mutácia - zvýšené riziko tromboembolizmu, potraty
  • MTHFR
  • mutácia génu pre protrombín - tromboembolizmus, potraty, preeklampsia
73
Q

metódy vyšetrenia párov v prípade potratu a narodenia dieťaťa s VVV

A
  • karyotyp
    -QF-PCR
  • aCGH
    -WES
74
Q

choroby vyšetrované u darcov gamét

A
  • CF
  • hluchota
  • SMA
  • karyotyp
  • nálezy XR chorôb u darkýň je dôvod k vyradeniu
75
Q

screeningové genetické vyšetrenie

A
  • nejedná sa o diagnostické vyšetrenie
  • nutné upozorniť na riziko nálezov nejasného významu
  • neodstraňuje všetky genetické riziká
76
Q

priebeh IVF

A
  1. hormonálna stimulácia - dozrievanie vajíčok
  2. podanie gonádotropínu stimulujúceho rast folikulov a dozrievanie vajíčok = ovulácia
  3. odber oocytov a spermií
  4. fertilizácia
  5. embryotransfer
77
Q

metódy asistovanej reprodukcie

A
  • ICSI: intracytoplazmatická injekcia spermií
  • predĺženie kultivácie embrya (do blastocysty)
  • asisted hatching: otvorenie zona pellucida laserom
  • rôzne metódy odberu spermií
78
Q

kritériá porúch intelektu a vývoja (IDD)

A
  1. deficity v intelektuálnych funkciách (IQ test)
  2. deficity v adaptívnych funkciách
  3. nástup príznakov v detstve
79
Q

ľahké vs. ťažké IDD

A
  • ľahké asociované so socioekonomickým znevýhodnením
  • ťažké naprieč všetkými triedami
80
Q

syndromické vs. nesyndromické IDD

A
  • syndromické sú asociované s pridruženými VVV alebo PAS
  • nesyndromické sú bez VVV a bez alebo s miernou stigmatizáciou
81
Q

etiológia IDD

A
  • komplexná etiológia
  • negenetické príčiny (prenatálne, perinatálne, postnatálne)
  • genetické príčiny (monogénne, chromozómové, multifaktorálne)
82
Q

negenetické príčiny IDD v prenatálnom období

A
  • fyzikálne faktory: RTG žiarenie, ionizujúce žiarenie, vysoká teplota
  • chemické faktory: chemikálie (DDT), návykové látky (drogy, alkohol), lieky (cytostatiká, antiepileptiká, antibiotiká, warfarín)
83
Q

FAS

A
  • chronické ale aj nárazové užívanie alkoholu matkou
  • rastová retardácia plodu
  • kraniofaciálna dysmorfia
  • poškodenie CNS (mentálna retardácia)
84
Q

negenetické biologické príčiny IDD v prenatálnom období

A

T: toxoplazmóza
O: ostatné (treponema pallidum, HIV, …)
R: rubivirus (zarděnky)
C: cytomegalovirus
H: herpesvirus
- ohrozujúce sú najmä primoinfencie
- chronické ochorenia matky: DM, fenylketonúria, tyreopatie, astma, epilepsia

85
Q

negenetické príčiny IDD v perinatálnom období

A
  • komplikácie počas pôrodu (krvácanie do mozgu, hypoxia)
  • predčasný pôrod, nedonosenosť
  • nízka pôrodná hmotnosť
86
Q

negenetické príčiny IDD v postnatálnom období

A
  • infekcie
  • úraz hlavy
  • intoxikácia (olovo, ťažké kovy)
  • zlá výživa
87
Q

prevencia vzniku IDD negenetickými príčinami

A
  • primárna: predchádzanie vzniku (plánované rodičovstvo)
  • sekundárna: predchádzanie narodenia dieťaťa s IDD
88
Q

genetické príčiny IDD

A
  • monogénne choroby
  • poruchy chromozómov (aneuploídie, CNV)
  • multifaktorálne poruchy
  • epigenetika
89
Q

monogénne choroby asciované s IDD

A
  • AD: Schinzel-Giedion
  • AR: fenylketonúria, metabolické poruchy
  • XR: FXS
90
Q

fenylketonúria

A
  • porucha metabolizmu fenylalanínu
  • mutácia v géne kódujúcom fenylalanín hydroxylázu
  • nedokáže premieňať fenylalanín na tyrozín
  • hromadenie toxického fenylpyruvátu
  • poškodenie vývinu mozgu
  • len mierna stigmatizácia
  • liečba: špeciálna diéta
91
Q

početné chromozómové aberácie asociované s IDD

A
  • DS
  • Edwardsov syndróm
  • Patauov syndróm
  • Turnerov syndróm
  • Klineferterov syndróm
  • syndróm Jacobsnovej
  • triple X
  • monozómia 8
92
Q

štruktúrne CHA asociované s IDD

A
  • DiGeorge
  • Prader-Willi/Angelman
  • aberácie v subtelomerických oblastiach
  • nerekurentné vs. rekurentné
93
Q

postupy pri vyšetrovaní príčin IDD

A
  • genealogická analýza
  • osobná analýza
  • fyzické zhodnotenie fenotypu
  • klinická diagnóza (cielené - FISH MLPA; necielené - aCGH, NGS/WES, OGM a špecializované vyšetrenie)
  • konečná diagnóza
94
Q

SNP čipy

A
  • genotypovanie
  • stanovenie homozygotných oblastí: detekcia UPD, LOH a AOH
  • AA = 0; Aa = 1; aa = 0
95
Q

databázy

A
  • fenotyp: OMIM, decipher, orphanet
  • CHA: DGV, decipher, UCSC genome browser
  • mutačné zmeny: locus-specific mutation database
  • podpora rodine: mencap, unique, orphanet
96
Q

asistovaná reprodukcia

A
  • techniky založené na manipulácii so zárodočnými bunkami alebo embryami za účelom liečby neplodnosti ženy alebo muža
  • založené na technikách IVF
97
Q

metódy asistovanej reprodukcie

A
  • intrauterinná inseminácia (IUI)
  • IVF
    -ICSI (PICSI)
  • chirurgická aspirácia spermií (RETA, PESA, TESA)
98
Q

chromozómové aberácie u embryí

A
  • poruchy meiózy, porucha kohezínu
  • predčasné rozdelenie sesterských chromatíd v M1
  • nondisjunkcia
  • najčastejšie početné CHA
  • ale časté sú aj štruktúrne CHA, preto analýza len aneuploídií nestačí
99
Q

preimplantačné genetické testovanie

A
  • testovanie monogénnych chorôb
  • voľba pohlavia u X-viazaných chorôb
  • vrodené štruktúrne abnormality (translokácie)
  • detekcia aneuploídií
100
Q

preimplantačné genetické testovanie - metódy

A
  • I-FISH, aCGH
  • PCR (QF-PCR na trizómie)
  • SNP čipy (karyomapping), NGS
101
Q

biopsia embryí

A
  1. štádium blastoméry
    - analýza 1 - 2 buniek
    - 30 - 60 % strata implantačného potenciálu
    - vyššie riziko mozaicizmu
    - časový nátlak
  2. štádium blastoméry
    - analýza 5 - 10 buniek
    - nižšie riziko mozaicizmu
    - možnosť vitrifikácie embryí (dosť času pre vyšetrenie)
    - ale nie všetky embryá dosiahnu štádium blastocysty
102
Q

genetické testovanie embryí

A
  • využitie celogenómových metód (aCGH, SNP čipy, NGS)
103
Q

karyomapping

A
  • SNP profilovanie rodičov a embryí
  • komplexný pohľad (detekcia aneuploídií aj monogénnych chorôb)
  • výhody: rýchle a efektívne, detekcia štruktúrnych aj početných CHA
  • nevýhody: patentované, cenovo náročné, problémy ak nemáme referenčnú DNA
104
Q

NGS a IVF

A
  • veľké množstvo vzoriek v jednom experimente
  • využívané na veľkých klinikách pre detekciu aneuploídií a možnosť komplexného pohľahu
  • illumina, ion torrent,
105
Q

dedičné poruchy metabolizmu

A
  • genetické poruchy s vyjadreným biochemickým fenotypom
  • incidencia je individuálne vzácna, ale kolektívne pomerne vysoká
  • väčšinou sa jedná o monogénne choroby
  • ale môže byť aj multifaktoriálna dedičnosť alebo mt dedičnosť
106
Q

manifestácia dedičných porúch metabolizmu

A
  • akútne epizódy v novorodeneckom období
  • subakútne epizódy v prvom roku života
  • formy s neskorým nástupom
107
Q

dedičné poruchy metabolizmu - metódy

A
  • chromatografia
  • chromatografia v kombinácii s MS
  • tandemová MS
108
Q

liečba dedičných porúch metabolizmu

A
  • klasická: diéta
  • suportívna: vitamíny, hepatoprotektíva
  • špecifická
  • nové trendy: enzyme replacement therapy, gene therapy, orgánové transplantácie, kombinácie
109
Q

RNA v diagnostike

A
  • detekcia infekčných agens
  • priama RNA diagnostika (screening kódujúcej oblasti génu)
  • analýza génovej expresie: diferenciačná diagnostika u nádorov, detekcia cirkulujúcich nádorových buniek v krvi, monitorovanie priebehu liečby a detekcia reziduálnej choroby, kontrola štepu pred autológnou transplantáciou
110
Q

izolácia RNA

A
  • pre selektívnu izoláciu mRNA sa využíva jej polyadenylácie - použitie pevného nosiča, na ktorom je pevne naviazaný oligoT –> hybridizácie –> elúcia
111
Q

nestabilita RNA

A
  • prítomnosť veľmi stabilných RNáz (nevyžadujú kofaktory, účinné v nízkych koncentráciách, ťažká inaktivácia - pozor na kontamináciu)
  • dôležitá je rýchla stabilizácia vzorky pri odbere (-20; -70 °C, stabilizačné roztoky - RNA later)
112
Q

používané RT pre RNA diagnostiku

A
  • M-MuLV
  • AMV
  • Tth
113
Q

používané primery pre RNA diagnostiku

A
  • špecifické oligont
  • zmes náhodných hexant
  • oligo(dT)
114
Q

priama RNA diagnostika

A
  • sekvenácia cDNA
115
Q

výhody a nevýhody RNA diagnostiky

A

výhody:
- jednoduchší a rýchlejší screening multiexónových génov
- záchyt zostrihových mutácií v intrónoch
- záchyt synonymných variant spôsobených spôsobených poruchou zostrihu
- záchyt delécie celého exónu na jednej alele génu
- nižšie ekonomické náklady
nevýhody:
- zložitejší obder krvi pre izoláciu
- nižšia stabilita RNA
- u dlhých úsekov ťažšia elfo separácia a sekvenácia
- RNA antisense decay (regulácia expresie)

116
Q

NF1 príznaky

A
  • škvrny bielej kávy
  • neurofibrómy (benígne)
  • nádor optického nervu u detí
  • malé škvrny na dúhovkách
  • migrény, nádory mozgu (vzácne), zmeny osobnosti, slabosť na jednej strane tela, problémy s koordináciou
  • vznik malígneho nádoru periférneho nervu
117
Q

NF1 z pohľadu genetiky

A
  • AD
  • lokus 17q
  • proteín neurofibromín (tumor supresor)
118
Q

problémy pri diagnostike NF1

A
  • veľký gén až 350 kb, 60 exónov
  • neexistujú hotspot mutácie, preto je nutná sekvenácia celého génu
  • nejasná korelácia medzi typom mutácie a mierou postihnutia
  • u neurofibromínu je známa funkcia len jeho centrálnej domény
  • variabilná expresivita
119
Q

diagnostika NF1

A

sekvenácia cDNA

120
Q

analýza génovej expresie v onkológii

A
  • využitie RT-PCR
  • hľadaným znakom epiteliálnych nádorových buniek je mRNA
121
Q

onkomarkery

A
  • látky produkované nádorovými bunkami alebo organizmom ako odpoveď na nádorové bujenie
  • od látok produkovaných normálnymi bunkami sa líšia kvalitatívne ale aj kvantitatívne
122
Q

štatistické pojmy pre vyhodnocovanie onkomarkerov

A
  • cut-off: hodnota markeru, pod ktorou leží zdravá populácia alebo pacienti s benígnou formou
  • senzitivita markeru: percento správne pozitívnych výsledkov
  • špecifita markeru: percento správne negatívnych výsledkov
  • pozitívna prediktívna hodnota: s akou pravdepodobnosťou bude mať pacient danú chorobu ak bude test pozitívny (%)
  • negatívna prediktívna hodnota: s akou pravdepodobnosťou pacient nebude mať danú chorobu ak bude test negatívny (%)
123
Q

kritériá ideálneho onkomarkeru

A
  • je produkovaný len u malígnych ochorení
  • je orgánovo špecifický
  • vyskytuje sa vo vysokých koncentráciách v biologických tekutinách
  • hladina koreluje s veľkosťou nádoru
  • hladina koreluje so štádiom ochorenia
  • hladina koreluje s prognózou
  • hladina koreluje s efektom liečby
  • umožňuje preukázanie reziduálneho nádorového tkaniva
124
Q

rozdelenie onkomarkerov podľa biochemickej štruktúry alebo biologickej funkcie

A
  • onkofetálne antigény
  • enzýmy
  • hormóny
  • intracelulárne onkomarkery
  • ostatné nešpecifikované látky
125
Q

aplikácia a využitie onkomarkerov v klinickej praxi

A
  • screening
  • primárna diagnostika
  • diferenciálna diagnostika
  • staging
  • sledovanie účinnosti terapie
  • hodnotenie liečebnej odpovedi
  • sledovanie priebehu choroby
  • autológna transplantácia
  • prognóza
  • predikcia
126
Q

metódy detekcie onkomarkerov

A
  • cDNA
  • kvantifikácia absolútna alebo relatívna
  • u relatívnej vzniká normalizovaný pomer
127
Q

metódy detekcie MRD u nádorov

A
  • RT-PCR s cDNA (špecifické primery)
128
Q

cfDNA

A
  • voľná cirkulujúca DNA
  • voľne vypúšťaná bunkami, apoptózou, nekrózou
  • množstvo sa líši u zdravých a chorých jedincov, môže napovedať o štádiu ochorenia
  • zvýšené množstvo u patologických stavov ako je zápal a autoimunitné ochorenia
  • nachádza sa najmä na povrchu krvných buniek
  • dvojreťazcové molekuly s významným zastúpením GC párov (5’ koniec je bohatý na C, 3’ koniec je bohatý na G)
  • v porovnaní plazmy a séra, v plazme je jej menej, ale je stabilnejšia (je lepšia pre analýzy)
129
Q

využitie cfDNA

A
  • prenatálna diagnostika - vyšetrenie aneuploídií
  • onkológia - diagnóza a prognóza
  • neinvazívne vyšetrenie
130
Q

zdroje cfDNA

A
  • apoptóza - približne 180 bp dlhé fragmenty
  • nekróza
  • aktívne uvoľňovanie bunkami - uvoľňujú predovšetkým novo nasyntetizovanú DNA
131
Q

využitie cfDNA v onkológii

A
  • výrazný nárast je pozorovaný predovšetkým v pokročilých štádiách ochorenia
  • cfDNA je uvoľňovaná nekrózou z primárneho nádoru a metastáz
  • stanovenie: kvantitatívne, kvalitatívne (detekcia genetických a epigenetických zmien)
  • potenciál v diagnostika, prognóze, monitorovaní priebehu, odpovedi na liečbu
132
Q

zdroje nádorovo špecifickej DNA v krvnom obehu

A
  • tumor circulating cells
  • tumor cfDNA
133
Q

tekutá biopsia

A
  • neinvazívna metóda
  • menej bolestivá
  • rýchla
  • menej riziková
  • citlivá a špecifická - diagnostika
  • zistenie zmien primárnej aj metastatickej populácie
  • ale nevhodná pre detekciu mozgových nádorov (BBB)
134
Q

organelové genómov

A

chloroplasty
- 20 - 200 kb
- 20 - 200 proteínov
- cyanobaktéria
mitochondrie
- 6 - 400 kb
- 3 - 67 proteínov
- alfa-proteobaktéria

135
Q

ľudský mt genóm

A
  • 16,6 kb
  • 37 génov
  • 2 x gény rRNA; 22 x gény tRNA; 13 x štruktúrne gény
  • má odlišné kódovanie
136
Q

štrukturálne gény kódované mt genómom

A
  1. cytochróm b (1x)
  2. podjednotky NADH dehydrogenázy (2x)
  3. podjednotky NADH dehydrogenázy (3x)
  4. podjednotky cytochróm c oxidázy (1x)
  5. podjednotky ATP syntázy (2x)
  6. podjednotky cytochróm c oxidázy (2x)
  7. podjednotky NADH dehydrogenázy (2x)
137
Q

hlavné pravidlá HGVS nomenklatúry

A
  • vždy uveď referenčnú sekvenciu
  • vždy uveď typ sekvencie
  • používaj oficiálne symboly
138
Q

zápis HGVS

A
  1. číslo a verzie referenčnej sekvencie
    NM_000020.2
    :
  2. predpona podľa typu ref sek
    c.
  3. pozícia zmeny
    [1232
  4. typ zmeny
    G>A]
    ;[=]
139
Q

typy referenčnej sekvencie HGVS

A
  • DNA (označenie: g. (genomická), c. (kódujúca)
  • RNA (označenie: r.)
  • proteín (označenie: p.)
140
Q

číslovanie rezíduí HGVS

A
  • číslo 0 sa nepoužíva
  • začiatok sekvencie je označený 1 (ATG –> A = 1)
  • nekódujúce sekvencie pred štart kodónom sú záporné
  • za terminačným kodónom pridávame *
141
Q

užívané značky a skratky HGVS

A

+ číslovanie nt
- číslovanie nt
* číslovanie nt
_ rozmedzie
[ ] pre alely
; oddeľuje rôzne varianty alebo alely
: oddeľuje ref sek od zápisu varianty
( ) označenie neistoty alebo predikcií
? označenie neznámej pozície
> substitúcia
= bezo zmeny
del delécia
dup duplikácia
ins inzercia
inv inverzia
fs frame shift

špeciálna genetika (4 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions