Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

špeciálna genetika > cytogenetika > Flashcards

cytogenetika Flashcards

1
Q

cytogenetika

A

štúdium chromozómov (počet, morfológia, funcie, početné a štruktúrne aberacie, segrácia za normálnych aj patologických podmienok) + štúdium týchto nálezov s fenotypom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

čo objavil Mendel

A
  • jednotky dedičnosti (gény) sú materiálnej povahy
  • jednotky dedičnosti za nemiešajú (zákon segregácie)
  • jednotky dedičnosti sú párové a sú dvojakého charakteru (dominantné a recesívne)
  • dedičné jednotky sa prenášajú do ďalšej generácie pomocou pohlavných buniek
  • u heterozygota sa dve alely v priebehu tvorby gamét od seba oddeľujú (segregujú)
  • alely rôznych génov sa kombinujú nezávisle na sebe (zákon o voľnej kombinovateľnosti)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Mendelove pokusy

A
  • použil viac ako 27 tis rastliniek hrachu
  • pokusy vykonával v rokoch 1854-1863
  • prezentoval ich 8.2. a 8.3. 1865 na zasadaní Prírodovedeckého spolku v Brne
  • publikácia v roku 1866
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

prvé pozorovania chromozómov

A
  • Nageli pozoroval vlaknité útvary v bunkách rastlín
  • Flemming pozoroval mitózu u ľalií a mloka
  • Hartz použil názov “chromo soma”
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

chromozómová teória dedičnosti

A
  • chovanie chromozómov počas mitózy opisuje princípy segregácie a voľnej kombinovateľnosti génov (Boveri a Sutton)
  • TH Morgan preukázal na pokusoch s drozofilami (mutácia white na chromozóme X), že gény sú na chromozómoch (tiež vysvetlil väzbu génov)
  • teóriu definitívne preukázal Bridges
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

chromozómy a genetická diverzita

A
  • segregácia, kombinácia a rekombinácia génov
  • tvorba geneticky rozmanitých buniek
  • príčinou je správanie chromozómov v meióze
  • počet rôznych kombinácií chromozómov na úrovni gamét je 2^23, na úrovni zygóty je to 2^46 kombinácií + rekombinácia (spolu je to asi 6x10^46)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

štruktúrna variabilita genómu

A
  • CNV (1 kb - 5 Mb)
  • delécie, duplikácie, triplikácie, inzercie
  • ale existuje aj prirodzene sa vyskytujúci copy number polymorphism (odlišnosť 2 jedincov je cca 20 Mb)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

počet chromozómov hrachu siateho 2n

A

14

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

počet chromozómov arabidopsis thaliana 2n

A

10

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

počet chromozómov pšenice obecnej 2n

A

42

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

počet chromozómov drozofily 2n

A

8

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

počet chromozómov včely 2n

A

16, 32

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

história cytogenetiky

A
  • 1950 náhodný objav hypotónie - bunky naboptnajú a chromozómy sa od seba vzdialila a sú lepšie pozorovateľné
  • 1956 správne spočítanie (2n = 46) Tjio a Levan
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

podmienky rozvoja cytogenetiky

A
  • zdokonalenie techník kultivácie buniek in vitro
  • použitie hypotónie (0,075 M KCl)
  • zavedenie techniky roztlakov
  • využitie kolchicínu
  • farbenie 1 % orceínom
  • zavedenie mikrofotografie pre účely dokumentácie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

objav prvej chromozómovej abnormality

A
  • 1958
  • Jerome Lejeune
  • Downov syndróm 47, XX/XY (+ 21)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Cri du chat

A
  • delécia 5p
  • môžu byť potomkami prenášačov s translokáciou
  • PMR, srdcové vady, typický krik, hypotónie, hypotrofia
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Klineferterov syndróm

A
  • 47, XXY
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Patauov syndróm

A
  • 47, XX/XY (+ 13)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Edwardsov syndróm

A
  • 47, XX/XY (+ 18)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Turnerov syndróm

A
  • 45, X
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

klasifikácia chromozómov

A
  • denverská konferencia (1960)
  • triedy A - G
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Filadelfský chromozóm

A
  • translokácia medzi dlhým ramienkom chromozómu 22 a dlhým ramienkom chromozómu 9
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

prvý prečítaný chromozóm

A
  • 22
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

chromozómy s najvyššou hustotou génov

A
  • 19 a 22
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

chromozómy s najnižšou hustotou génov

A
  • 13 a Y
  • ale tiež málo majú 8, 18 a 21
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

klinické indikácie pre vyšetrenie karyotypu človeka

A
  • promblémy skorého rastu a vývoja
  • narodenie mŕtveho plodu a úmrtie novorodenca
  • problémy s fertilitou, opakované aborty
  • rodinná anamnéza
  • tehotné ženy s komplikáciami (vek, pozitívne biochemické a ultrazvukové nálezy)
  • nádorové ochorenia
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

čím sa zaoberá laboratórium prenatálnej diagnostiky

A
  • vyšetrenie karyotypu z amniocytov, choriových klkov, placenty, tiež z kožných fibroblastov plodu
  • a tiež vyšetrenie karyotypu potratených plodov
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

čím sa zaoberá laboratórium postnatálnej diagnostiky

A
  • stanovením VCA a ZCA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

čím sa zaoberá laboratórium nádorovej cytogenetiky

A
  • vyšetrenie karyotypu z kultivovaných buniek kostnej drene alebo nádorov
  • vyšetrenie prognosticky významných chromozómových zmien
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

použiti mikroskopu v cytogenetike

A
  • svetelný mikroskop
  • fázový kontrast (nefarbené preparáty)
  • fluorescenčný mikroskop (FISH)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

najčastejšie fluorochrómy používané v cytogenetike

A
  • AMCA (modrá)
  • FITC (zelená)
  • TRITC (červená)
  • Texas Red
  • Cy3 (červená)
  • Sprectrum Orange
  • Spectrum Green
  • Spectrum Aqua

farbenie pozadia
- DAPI
- HOECHST
- PI

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

svetelné zdroje fluorescenčného mikroskopu

A
  • ortuť
  • xenón
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

fluorescenčný mikroskop

A
  • flitračná kocka: emisných filter, excitačný filter, dichroické zrkadlo
  • zdroj svetla
  • okulár, objektív
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

dichroické zrkadlo

A
  • odráža krátlovlnné žiarenie
  • prepúšťa dlhovlnné žiarenie do objektívu
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

typy filtrov do FM

A
  • jednopásmové (zobrazuje len jednu farbu)
  • dvojpásmové (zobrazuje dve farby súčasne)
  • trojpásmové (tri farby)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

úzkopásmové filtre

A
  • používame, keď je preparát farbený viacerými fluorochrómami
  • je nutné presne odlíšiť jednotlivé farby
  • napr. M-FISH
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

nevýhody FM

A
  • photobleaching (výber fluorochrómu s minimálnym fadingom, zníženie intenzity excitovaného svetla, poižitie antifadeu
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

typy kamier pre mikroskopu

A
  • digitálne
  • založené na CCD čipu
  • farebné vs. čiernobiele
  • monochromatické (snímanie obrazu v cytogenetike je vždy čiernobiele)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

snímanie obrazu FM

A
  • snímanie obrazu po farbách
  • integrácia a vytvorenie farebného obrazu
  • úprava snímky
  • popis snímky
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

optický mikroskop časti

A
  • mechanická časť: statív, makrometrický a mikrometrický štoub, tubus (binokulárny alebo trinokulárny), stolček, objektivový revolver
  • osvetlenie: svetelný zdroj, kondenzor, zrkadlá, irisové clonky
  • optické časti: okuláry, objektívy
  • príslušenstvo pre FM: svtelná kocka - ortuťová výbojka a emisné a excitačné filtre
  • príslušenstvo pre fázový kontrast: kondenzory a objektívy PHACO, pomocný okulár
  • môže mať CCD kameru a farebný monitor
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

dôvody použitia imerzného oleja

A
  • predchádza stratám svetla
  • do objektívu dopadne väčšie množstvo paprskov
  • imerzné objektívy zachytia viac detailov
  • má vysokú hodnotu N (index lomu = optická hustota)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

aký obraz sa tvorí v mikroskope

A
  • zdanlivý, zvetšený, prevrátený
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

vady šošoviek

A
  • farebná vada (obrazy pre rôzne farby sú rôzne veľké)
  • guľová vada
  • astigmatická vada
  • vyklenutie zorného poľa
  • vady sú odstránené buď kombináciou okulárov a objektívov alebo už konštrukčne (plan-apo)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

typy objektívov

A
  • achromáty (korekcia farebnej vady a čiastočne guľovej vady)
  • fluorority (korekcia farebnej a guľovej vady)
  • apochromáty (farebná vada je korigovaná pre tri farby)
  • planachromáty a planapochromáty (odstránené vyklenutie zorného poľa, vhodné pre digitálne zobrazovacie metódy)
  • širokouhlé objektívy (korigovaná farebná vada a vyklenutie zorného poľa, väčšie zorné pole)
  • tiež sa môžu rozdeľovať na suché (NA<1) a imerzné (NA>1)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
45
Q

typy okulárov

A
  • Huygensov
  • kompenzačné (s apochromátmi)
  • periplanatické (s planachromátmi)
  • projektívy (projekcia a mikrofotografie)
  • širokouhlé
  • okuláry s dioptrickou korekciou
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
46
Q

kondenzor

A
  • sústreďuje paprsky pre dokonalé osvetlenie zorného poľa
  • mikroskop najlepšie rozlišuje ak sa NA objektívu a konsenzoru zhodujú
  • typy: Abbeho, aplanatický, aplanaticko-achromatický
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
47
Q

zisk a odber cytogenetického materiálu

A
  • na metafázne analýzy: intenzívne próoferujúce bunky (krvné, epiteliálne, sliznice, plodová voda, nádorové bunky)
  • médium pre kultiváciu
  • rastliny: koreňové špičky, peľové materské bunky, kalus
  • pre interfázne analýzy je možné použiť akékoľvek bunky
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
48
Q

jednotlivé kroky prípravy cytogenetických preparátov

A
  • predpôsobenie (fytohemaglutinín, potom kolchicín)
  • hypotónia (0,075 M KCl)
  • fixácia (zvyšuje kontrast, metanol + kys. octová 3:1)
  • u rastlín macerácia (= roztlaky)
  • kvapkanie (alebo roztlaky)
  • farbenie (Feulgenovo farbenie)
  • uzatváranie preparátov (nie u ľudských)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
49
Q

synchronizácia bunkových kultúr

A
  • získanie väčšieho počtu mitóz
  • amethopterín, 5-fluorodeoxyuridín
  • blokáda syntézy DNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
50
Q

zhotovenie parafínových rezov

A
  • odber
  • fixácia (formaldehyd)
  • dehydratácia etanolovou radou
  • prevedenie do xylénu
  • prevedenie do xylén-parafínu
  • prevedenie do parafínu
  • rezanie na mikrotomu
  • prevedenie rezov na sklíčko
  • deparafinácia (zahriatím)
  • farbenie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
51
Q

príprava parafínových rezov pre I-FISH

A
  • deparafinácia
  • denaturácia skiel
  • hybridizácia s DNA sondou
  • odmytie nenaviazanej sondy
  • pozorovanie a hodnotenie signálu
  • vyšetrenie aberácií
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
52
Q

materiál pre vyšetrenie karyotypu

A
  • periférne lymfocyty (T-lymfocyty)
  • fibroblasty
  • stery bukálnej sliznice
  • amniocyty
  • choriové klky
  • kostná dreň
  • nádorové tkanivo
  • periférna krv sa odoberá do skúmavky s heparínom
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
53
Q

neoptimálne prostredie pri vyhotovavaní cytogenetických preparátov

A
  • vysoká vlhkosť: kys. octová sa dlho vyparuje a dochádza k degradácii bunkových membrán, chromozómy sú rozsypané
  • nízka vlhkosť: kys. ocotová sa vyparuje rýchlo a chromozómy sú nedostatočne rozložené

-optimálne podmienky: 20 stupňov a 40 - 45 % vlhkosť

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
54
Q

využitie PC analýzy v cytogenetike

A
  • vhľadávačka mitóz
  • zostavenie karyotypu (software LUCIA)
  • databáza
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
55
Q

farbiace techniky chromozómov

A
  • konvenčné farbenie (Giemsa, acetoorceín)
  • prúžkovanie (Giemsa)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
56
Q

hybridizačné techniky v značení chromozómov

A
  • molekulárna cytogenetika: aCGH, FISH, M-FISH
  • použitie fluorescenčných sond
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
57
Q

triedy chromozómov

A
  • A: veľké metacentrické chromozómy (1, 2, 3)
  • B: veľké submetacentrické chromozómy (4, 5)
  • C: stredne veľké metacentrické alebo submetacentrické chromozómy (6 - 12, X)
  • D: stredne veľké akrocentrické chromozómy so satelitmi (13, 14, 15)
  • E: malé metacentrické alebo submetacentrické chromozómy (16, 17, 18)
  • F: malé metacentrické chromozómy (19, 20)
  • G: malé akrocentrické chromozómy so satelitmi (21, 22, Y - nemá satelit)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
58
Q

prúžkovacie metódy

A
  • G-pruhy
  • R-pruhy
  • Q-pruhy
  • C-pruhy
  • T-pruhy
  • NOR farbenie
  • D-pruhy
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
59
Q

farbenie heterochromatínu

A
  • Q-pruhy
  • C-pruhy
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
60
Q

farbenie euchromatínu

A
  • G-pruhy
  • R-pruhy
  • T-pruhy
  • Q-pruhy
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
61
Q

Q-pruhovanie

A
  • AT oblasti vysoká fluorescencia
  • GC oblasti nízka fluorescencia
  • detekcia eu- aj heterochromatínu
  • v praxi sa už nepoužíva
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
62
Q

DAPI pruhovanie

A
  • pseudo G-pruhy
  • používa sa u aCGH, SKY, FISH
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
63
Q

G-pruhovanie

A
  • interakcia s DNA po denaturácii proteínov (inkubácia v soľných roztokoch alebo pôsobením trypsínu)
  • trvalé preparáty
  • horšie farbenie distálnych častí
  • počet pruhov závisí na stupni kondenzácie chromozómov
  • tmavé pruhy = AT
  • svetlé pruhy = GC
  • zmes metylénovej modrej a eozínu
  • vysoké rozlíšenie - natiahnutie chromozómov - použitie EtBr (detekcia mikrodelécií, už sa nepoužíva, nahradené technikou FISH)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
64
Q

R-pruhovanie

A
  • reverzné ku G-pruhovaniu
  • používa sa k zobrazovaniu telomér
  • ale vyvinuli sa vylepšené T-pruhy
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
65
Q

C-pruhy

A
  • konštitutívny heterochromatín
  • výrazné C-pruhy na chromozómoch 1, 9, 16 a Y
  • ako doplnkové vyšetrenie pre identifikáciu centromér
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
66
Q

NOR-pruhovanie

A
  • farbenie oblastí, ktoré v interfáze tvoria jadierko
  • identifikácia akrocentrických chromozómov so satelitmi (13, 14, 15, 21, 22)
  • ako doplnkové vyšetrenie pre overenie pôvodu markerových chromozómov
  • detekcia oblasti NOR pomocou AgNO3
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
67
Q

D-pruhovanie

A
  • pôsobenie DNázou I, potom farbenie Giemsou
  • AT páry sú citlivejšie
  • zobrazenie inaktívneho chromozómu X
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
68
Q

kvalita pruhovania

A
  • KD menej pruhov (150 - 200 pruhov)
  • lymfocyty periférnej krvi viac pruhov (300 - 400 - 550 - 850 pruhov)
  • čím viac pruhov, tým vyššia kvalita
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
69
Q

hetefomorfizmus chromozómov

A
  • polymorfizmy v morfológii pruhovania
  • rozlične dlhé úseky heterochromatínu
  • distálne oblasti dlhých ramien Y
  • centromerické oblasti 1, 9, 16
  • krátke ramienka akrocentrických chromozómov
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
70
Q

FISH princíp

A
  1. denaturácia
    - 90 - 100 °C, formamid, močovina, vysoké pH-
    - dôležitá je teplota topenia DNA (Tm) - závisí na pH, zastúpení GC párov, iónovej sile, zložení roztoku
  2. hybridizácia
    - 30 - 45 °C (najčastejšie 37 °C)
  3. odmytie nešpecificky naviazaných sond
    - roztoky solí
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
71
Q

FISH materiál

A
  • metafázne chromozómy
  • interfázne jadrá
  • otisky nádorov
  • parafínové rezy (deparafinácia)
  • izolované DNA (= aCGH)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
72
Q

FISH typy DNA sond

A
  • centromerické - identifikácia a počítanie chromozómov
  • celochromozómové (maľovacie) - translokácie
  • lokusovo špecifické - mikrodelécie
  • celogenómové
  • telomerické, ramenovo špecifické, pruhovo špecifické
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
73
Q

FISH zdroje pre prípravu sond

A
  • klonované sekvencie inkorporované do plazmidov, BAC, YAC
  • somatické hybridné bunky
  • chromozómy získané flow cytometriou
  • mikrodisekcia chromozómov
  • sekvencie amplifikované pomocou PCR
  • syntetické oligonukleotidy
  • v praxi sa často využíva kombinácia dvoch sond (napr. lokusovo špecifická a centromerická)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
74
Q

FISH značenie sondy

A
  • rádioaktívne (trítium - rádioaktívny vodík)
  • fluorescenčne (FITC)
  • haptény (biotín + avidín)
  • priame vs. nepriame
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
75
Q

FISH značenie mechanizmy

A
  • enzýmy (vytvorí sa zlom, DNázou I sa úsek vyštiepi, náhrada značenými nt)
  • inkorporácia modifikovaných dUTP (počas PCR)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
76
Q

FISH využitie

A
  • klinické (prenatálna a postnatálna diagnostika, nádory)
  • evolučné štúdie karyotypu
  • mapovanie ľudského genómu
  • genetická toxikológia
  • analýza vírových infekcií
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
77
Q

FISH interpretácia výsledkov

A
  • hodnotenie 5 mitóz
  • 100 - 200 interfáznych jadier
  • % vyjadrenie, koľko jadier má pozitívny signál
  • inkorporovanie cut-off level
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
78
Q

I-FISH

A
  • dôležitý je počet a poloha signálu
  • štúdium štruktúrnych chromozómových aberácií
  • stanovuje sa pomer počtu signálov lokusu a centroméry (= kontroly), (napr. 1/2 je delécia; 5/2 amplifikácia) - - signálový index (menší ako 1 - delécia, väčší ako 1 amplifikácia)
    -fúzny signál vzniká translokáciou
  • štúdium početných aberácií pomocou centromerických sond, ale nemôžeme použiť na diagnostiku Downovho syndrómu pretože centromerická sonda k 21 kohybridizuje aj k 13
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
78
Q

I-FISH detekcia translokácií

A
  • splitové sondy (poznáme miesto translokácie) - normálne tvorí žltý signál, keď dôjde k translokácii signál sa rozštiepi na zelený a červený
  • translokačné sondy (poznáme chromozómy a gény) - normálne zelený a červený signál, pri translokácii fúzuje do žltého
  • teraz sa používajú sondy, kedy translokácia vytvorí 2 fúzne signály
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
78
Q

fiber FISH

A
  • mapovanie génov
78
Q

SKY

A
  • odlišný prístup ako M-FISH
  • analyzuje spektrá, každému je počítačom priradená pseudofarba
  • preto sa jednotlivé farby môžu prekrývať (využíva sa 5 farieb)
  • je potrebná špeciálna SKY kamera a SKY farbičky
  • kryptické translokácie, markery, pôvod translokácií, komplexné karyotypy
78
Q

fluorescenčné farbenie chromozómov

A
  • M-FISH
  • SKY
  • M-band
78
Q

značenie M-FISH

A
  • kombinatórne (5 fluorochrómov + DAPI, potrebujeme mikroskop so 6-úzkopásmovými filtrami)
  • pomerové
78
Q

M-BAND

A
  • detekcia intrachromozómových prestavieb
  • modifikácia M-FISH (použitie úzkopásmových filtrov)
  • farebné pruhy sú ovplyvnené kondenzáciou chromozómov
  • delécie, inverzie, inzencie
  • ale veľmi drahá metóda, nedokáže nahradiť G-pruhy
79
Q

metódy vyšetrenia chromozómových aberácií založených na izolácii DNA

A
  • CGH a aCGH
  • MLPA
  • NGS
80
Q

CGH

A
  • metóda založená na FISH, ktorá počas jednej hybridizačnej reakcie dokáže identifikovať zisky a straty v rámci celého genómu
  • nie je vhodná pre stanovenie ploidie a balancovaných zmien
  • po denaturácii prebieha hybridizácia na metafázne sklá s mitózami
  • kontrola (zelená) je genómová DNA zdravého jedinca
  • sonda (červená) je genómová DNA pacienta
  • kontrola aj sonda sú naštiepené a značené odlišnými fluorochrómami
  • aCGH hybridizuje na čip
81
Q

analýza výsledkov z CGH

A

analýza pomocou softwaru LUCIA CGH - vytvára grafický profil
- profil: zelená = delécia; červená = duplikácia; žltá = normál
- číselné hranice profilu CGH: 0,8 a menej (delécia, monozómia); 1,2 a viac (duplikácia, trizómia)

82
Q

kedy sa používala CGH

A
  • nemožnosť klasického vyšetrenia karyotypu
  • charakterizácia nebalancovaných CHA (delécie, duplikácie, markerové chromozómy)
  • identifikácia komplexných prestavieb
  • identifikácia kryptických prestavieb u pacientov s normálnym karyotypom
  • onkocytogenetické analýzy (celogenómový profil)
  • nebalancované zmeny v rozsahu 5 - 10 Mb
82
Q

zápis karyotypu z CGH

A
  • rev ish enh (1p11.1-p31, 1q, 2p23-pter, 12q22-qter, 17p11.1-p12, 17q) = zisk
  • rev ish dim (8p21-pter, 16q, X) = strata
82
Q

aCGH

A
  • sonda aj kontrola hybridizujú na čip (BAC, oligonukleotidy)
  • vyššie rozlíšenie
  • nemusí sa karyotipovať
  • snímanie scanerom
  • analýza pomocou softwaru
  • automatizácia
83
Q

typy DNA mikročipov

A
  • podľa značenia a počtu snímaných farieb: jednokanálové a dvojkanálové
  • podľa druhu sondy: BAC (150 - 200 kb), oligonukleotidové (napoužívanejšie, 60 kb)
  • podľa aplikácie: aCGH (CHA), SNP array (genotypovanie, detekcia mutácií a polymorfizmov), hybridné (
84
Q

na čom závisí rozlíšenie aCGH

A
  • typ a veľkosť klonov
  • počte a vzdialenosti sond
  • na konštrukcii DNA čipu
85
Q

analýza výsledkov aCGH

A
  • vyjadruje sa ako logaritmus
  • log2 (1/2) = -1 (delécia)
  • log2 (2/2) = 0 (normál)
  • log2 (3/2) = 0,56 (zisk)
86
Q

zápis karyotypu aCGH

A
  • arr(1-22,X)x2 - normálna žena
  • arr(1-22)x2,(XY)x1 - normálny muž
  • arr(21)x3 - Downův syndrom
  • arr(X)x2,(Y)x1 - Klineferterov syndróm
  • arr Xq25(126,228,413-126,535,347)x1 - delácia na Xq
87
Q

príklady vyšetrenia pomocou aCGH

A
  • preimplantačné vyšetrenie
  • prenatálna diagnostika
  • postnatálne vyšetrenie
  • onkocytogenetika
88
Q

prenatálna cytogenetická diagnostika

A
  • vyšetrenie karyotypu plodu u tehotných žien s rizikom
  • prevencia narodenia detí s poruchami duševného a telesného vývoja
  • cieľom je vylúčiť alebo diagnostikovať závažné genetické choroby
  • poskytuje genetické poradenstvo
  • odber plodovej vody, klkov choria, pupočníkovej krvi (alebo voľná fetálna DNA)
89
Q

umelé prerušenie tehotenstva z genetických príčin je možné vykonať do koľkého týždňa?

90
Q

PGD indikácie k vyšetreniu karyotypu

A
  • vek otca a matky (18 - 35)
  • anomálie zistené na UZ alebo biochemicky
  • nosičstvo balansovanej translokácie alebo inej aberácie
  • predchádzajúce narodenie dieťaťa s aberáciou
  • styk s mutagénmi alebo teratogénmi
91
Q

štatistiky PGD - najčastejšie diagnózy

A
  • Downov syndróm
  • Edwardsov syndróm
  • Patauov syndróm
  • iné CHA
  • gonozómové aberácie
92
Q

screening v tehotenstve

A
  • vyšetrenie predom definovanej skupiny ľudí s cieľom vyhľadávania chorôb v ich časných štádiách, keď pacient ešte nemá príznaky
93
Q

metódy PGD

A
  1. invazívne
    - amniocentéza
    - kodrocentéza
    - odber choriových klkov
    - fetoskopia
  2. neinvazívne
    - vyšetrenie počas 1. a 2. trimestra
    - odporučené každej tehotnej žene
    - nevyžadujú zásah do amnionu a neohrozujú plod
    - UZ vyšetrenie
    - biochemické markery: AFP, hCG, E3, PAPP-A
94
Q

UZ vyšetrenie plodu

A
  • počet, vitalita, nepriame znaky súvisiace s VVV (prejasnenie záhlavia plodu, rastová retardácia, zmeny postavenia palca na ruke)
  • nález je dôvodom k vyšetreniu karyotypu
    1. týždeň, 20. týždeň, 30. týždeň
95
Q

biochemický screening u PGD

A
  • alfa-fetoproteín: zníženie u trizómií
  • ľudský choriový gonádotropín: zvýšenie u DS
  • nekonjugovaný estriol: zníženie u DS a ES
  • pregnancy-associated plasma protein: zníženie u DS
96
Q

kedy sa robia screeningové vyšetrenia v tehotenstve

A
  • v prvom trimestri: vek, šijové prejasnenie, srdcová frekvencia, hCG, PAPP-A (odhalí 90% DS)
97
Q

PGD diagnostické testy

A
  • G-pruhy
  • aCGH, I-FISH
  • QF-PCR, NGS
98
Q

Downov syndróm

A
  • 47, XX/XY (+ 21)
  • guľatá tvár
  • malé ústa a veľký jazyk
  • mongoloidné očné štrbiny
  • široký koreň nosa
  • kožná riasa na zátylku
  • malá zavalitá postava
  • opičie ryhy na dlani
  • IQ 25 - 50
  • srdcové vady
  • náchylnosť k leukémiám
  • dožívajú sa 50 rokov
99
Q

príčiny vzniku Downovho syndrómu

A
  • hlavnou príčinou je nondisjunkcia pri meióze I = prostá trizómia
  • translokačná forma - Robertsonovská translokácia; der(14;21)
  • parciálna trizómia - zmnoženie kritickej oblasti pre DS (21q21)
  • mozaika
100
Q

štruktúrne aberácie chromozómov

A
  • stabilné vs. nestabilné
  • balancované (inverzie, inzercie, translokácie) vs .nebancované (delécie, duplikácie, ring, izochromozóm)
  • subchromatídové vs. chromatídové vs. chromozómové
  • intrachromozómové vs. interchromozómové
  • otvorené (delécie) vs. výmenné (translokácie)
101
Q

početné aberácie chromozómov

A
  • aneuploídie (monozómie, trizómie)
  • polyploídie (monoploídie, triploídie)
102
Q

klasifikácia VCA

A
  • podľa objaviteľa
  • podľa príznakov
  • podľa lokalizácie
103
Q

vznik štruktúrnych CHA

A
  1. spontánne - poškodenie DNA, poruchy reparácie
  2. indukciou - klastogénmi
  3. vrodené
  4. získané
  • rozhodujúcim momentom je vznik DSB
104
Q

molekulárne mechanizmy vzniku štruktúrnych CHA

A
  • poškodenie DNA a absencia opravy (vznik terminálnych delécií a fúznych chromozómov, duplikácie)
  • poškodenie DNA a poruchy pri reparácii
  • poruchy pri replikácii
  • poruchy pri rekombinácii
105
Q

mikrodelečné syndrómy

A
  • 2 - 4 Mb
  • nie sú detekovateľné klasickými cytogenetickými metódami
  • špecifické príznaky
  • podmnožina CNV = patogénne CNV
  • rekurentné (rovnaký rozsah delécie u nepríbuzných pacientov) vs. nerekurentné
106
Q

genetické dôsledky mikrodelécií

A
  • haploinsuficiencia
  • LOH
  • syndrómy naväzujúcich génov
  • neúplná penetrancia a variabilná expresivita
107
Q

syndróm cri du chat

A
  • del 5p
  • rôzny rozsah delécie (malý úsek až celé ramienko)
  • typický krik novorodenca
  • guľatá hlava, mikrocefália
  • srdcové vady
  • PMR
  • faciálna dysmorfia (pretiahnutá tvár, široký nos)
  • patrí medzi syndrómy s terminálnou deléciou
108
Q

DiGeorgov syndróm

A
  • del 22q11
  • AD s variabilnou expresivitou
  • C (cardiac): srdcové vady
  • A (abnormal facies): faciálna dysmorfia
  • T (thymus): hypoplázia týmusu
  • C (cleft palate): rozštepy
  • H (hypocalcemia): nedostatok vápnika, kŕče
  • imunodefekty
  • prenášané hlavne materským chromozómom
  • vo väčšine prípadov sa ale jedná o vznik de novo
  • vyšetrenie začína karyotypom, potom I-FISH, MLPA a aCGH
  • pri aCGH zistíme presnú veľkosť delécie
109
Q

Prader-Willi a Angelmanov syndróm

A
  • del 15q11-13
  • vplyv genomového imprintingu
110
Q

Prader-Willi genetické príčiny

A
  • delécia na paternálnom chromozóme
  • maternálna UPD
  • zmeny imprintingu
  • rôzne prestavby
111
Q

Angelman genetické príčiny

A
  • delécia na maternálnom chromozóme
  • paterálna UPD
  • zmeny imprintingu
  • rôzne chromozómové prestavby
  • delécia v géne UBE 3A
112
Q

Prader-Willi klinická manifestácia

A
  • znížená aktivita plodu
  • neprospievanie kojencov
  • hypotónia plodu
  • hyperfágia (problémy v hypotalame)
  • obezita
  • hypogenitalizmus/gonadizmus
  • PMR (IQ 60 - 80)
  • malá postava
  • problémy so správaním
114
Q

metódy pre stanovenie diagnózy P-W a Angelmana

A
  • karyotyp
  • I-FISH, aCGH, MLPA
  • PCR, metylačná analýza
114
Q

vznik duplikácií

A
  • NAHR
  • sekundárne pri segregácii
  • pri replikácii
  • brekage-fusion-bridge
114
Q

Angelman klinická manifestácia

A
  • happy puppet syndrome
  • vážna PMR
  • trhavé pohyby, zlá rovnováha
  • škúlenie
  • výkriky, šťastná povaha
  • epilepsia
  • hypotónia
  • hypopigmentácia
114
Q

Williams-Beurenov syndróm

A
  • del 7q11
  • AD
  • detekcia FISH, MLPA, aCGH
  • škriatkovitá tvár
  • malá postava
  • mikrocefália
  • stredná PMR
  • vadný skus
  • stenózy, hyperkalcémia
  • priateľská povaha, hyperaktivita, hrubý hlas
115
Q

druhy duplikácií

A
  • tandemová
  • reverzná
  • intrachromozomálna
  • interchrmozomálna
  • mutácia génu Bar u drozofily
116
Q

Charcot-Marie Tooth synróm

A
  • dup 17p
  • AD
  • efekt dávky génu (myelínový proteín)
  • neurologické ochorenie
  • kladívkovité prsty
  • atrofia svalov
  • bolesti a kŕče dolných končatín
  • poruchy rovnováhy
  • väčšina vzniká poruchou pri mužskej meióze
117
Q

markerové chromozómy

A
  • inv dup 15 (inverzia a duplikácia v centromérovej oblasti)
  • malé nadpočetné chromozómy, ktoré nie je možné analyzovať cytogenetickými pruhovacími metódami
  • neobsahujú centromérové sekvencie a aj napriek tomu sú stabilné (neocentroméry), nesú funkčné kinetochory a stabilne sa delia
  • často bez telomér (ring)
118
Q

klasifikácia markerových chromozómov

A
  • satelitné (najčastejšie 15, 13, 14, 21, 22)
  • nesatelitné (1, 9, 16)
  • odvodené od gonozómov (X)
119
Q

význam a identifikácia markerových chromozómov

A
  • bez euchromatínu (nemusia mať vplyv na fenotyp)
  • s euchromatínom (parciálne trizómie)
  • identifikácia: FISH, SKY pruhovanie,
120
Q

markerové chromozómy a korelácia genotyp-fenotyp

A

závisí to na
- množstve euchromatínu
- uniparentálnej dizómii
- mozaicizmom markerových chromozómov

121
Q

delenie neplodnosti

A
  • primárna (počas jedného roku nedošlo k otehotneniu)
  • sekundárna (nedošlo k otehotneniu aj keď už má žena dieťa)
122
Q

príčiny neplodnosti delenie

A
  • gynekologické alebo andrologické
  • hormonálne
  • imunologické
  • hematologické
  • genetické
123
Q

najčastejšie príčiny neplodnosti u žien

A
  • poškodenie vajcovodov
  • hormonálne poruchy
  • VVV delohy a vaječníkov
  • endometrióza
  • fajčenie
  • genetické faktory = 7 %
124
Q

najčastejšie príčiny neplodnosti u mužov

A
  • nízka kvalita spermatu
  • urogenitálne infekcie (chlamýdie)
  • varikokéla
  • poškodenie semenovodov
  • životný štýl (obezita, alkohol, fajčenie, stres, drogy)
  • genetické faktory = 15 %
125
Q

genetické príčiny neplodnosti

A
  • CHA (VCA a ZCA)
  • génové mutácie (mikrogelécie v oblasti ASF na Y, Leidenská mutácia, mutácia CFTR)
  • multifaktoriálne dedičné ochorenia
126
Q

genetické nálezy asociované s poruchami mužskej reprodukcie

A
  • Klineferterov syndróm
  • syndróm Jacobsonovej
  • muži s karyotypom 46, XX a 45, X
  • štruktúrne aberácie Y: delécie, ring, izochromozóm, inverzie, translokáce
  • tiež translokácie na autozómoch
127
Q

dôsledky inverzií

A
  • po rekombinácii je zvýšené riziko tvorby abnormálnych gamét
  • paracentrická inverzia - význam v evolúcii druhov
  • pericentrická
128
Q

genetické nálezy asociované s poruchami ženskej reprodukcie

A
  • Turnerov syndróm
  • 46, XX (del Xp)
  • Robertsonovské translokácie
  • reciproké translokácie
129
Q

translokácie (rozdelenie a detekcia)

A
  • balansované vs. nebalansované
  • Robertsonovské
  • komplexné
  • detekcia: G-pruhy, FISH, M-FSH, aCGH, I-FISH (fúzne signály)
  • balansované translokácie sú významnou príčinou sterility u prenášačov, vznikajú v dôsledku aberantnej segregácie
130
Q

dôsledky reciprokých translokácií

A
  • neplodnosť
  • dieťa môže zdediť úplne normálne chromozómy, rovnakú traslokáciu alebo nebalansovanú translokáciu
  • samovoľné potraty
131
Q

Robertsonovské translokácie

A
  • akrocentrické chromozómy
  • najčastejšia = t (13;14)
  • t (14;21) - dedičná forma DS (pravdepodobnosť manifestácie je 100 %)
132
Q

cytogenetické metódy v genetickej toxikológii

A
  • metafázne analýzy: klasické farbenie chromozómov, SCE, FISH
  • interfázne analýzy: mikrojadrový test
133
Q

klasické metódy v genetickej toxikológii

A
  • testovanie mutagenicity
  • biologické monitorovanie
134
Q

aký typ CHA vyvoláva ionizujúce žiarenie

A
  • chromatídové
  • najmä dicentrické chromozómy
135
Q

aký typ CHA vyvolávajú chemické mutagény

A
  • chromatídové
  • vznik najmä pri replikácii
136
Q

CAPL

A
  • najmä na účely biologického monitorovania
  • individuálny test
  • skupinový expozičný test
  • ZCA sú časným dôsledkom (deterministickým)
  • nádory sú neskorým (stochastickým)
  • práca v rizikovom prostredí
  • chemoterapia
  • zisťujeme konvenčným farbením, pretože pruhy by zakryli zlomy
  • udáva sa celkový počet aberantných chromozómov v %
  • typy aberácii: zlomy, acentrické fragmenty, di- a tricentrické chromozómy, translokácie
  • hodnotenie: skupina viac ako 200 osôb = 100 mitóz, jednotlivci a menšie skupiny = 200 mitóz
  • skupina do 2 % je normál, viac ako 4 % značí vysokú expozíciu
  • jednotlivec do 5 % norma
137
Q

faktory ovplyvňujúce spontánnu variabilitu v CHA

A
  • metabolické polymorfizmy
  • reparačné procesy
  • imunita
  • nededičné: životný štýl, ochorenia, kvalita prostredia
138
Q

využitie FISH v genetickej toxikológii

A
  • detekcia stabilných aberácii
  • tiež reciprokých translokácií
  • celochromózomé sondy (napr. požitie sond voči dvom chromozómom)
139
Q

využitie SCE v genetickej toxikológii

A
  • inkorporácia BrdU počas S fázy
  • farbenie chromozómov pomocou Giemsy (rozdielna farba s a bez BrdU)
  • harlekínske chromozómy
  • indikátor poškodenia pri replikácii
  • v praxi sa veľmi nevyužíva
  • mutágeny zvyšujú frekvenciu chromatídových výmen
140
Q

mikrojadrový test

A
  • blokovanie cytokinézy cytochalazínom
  • hodnotí sa mikrojadro
  • čím viac mikrojadier, tým viac je bunka poškodená
  • pôvod MJ: acentrické chromozómy, celé chromozómy
  • pomocou FISH vieme určiť pôvod mikrojadier
141
Q

objavitelia Ph chromozómu

A
  • Nowell
  • Hungerford
142
Q

terapia u pacientov s Ph chromozómom

A
  • glivec, imatinib, dasatinib
  • inhibítory tyrozín kinázy BCR-ABL
  • zabraňujú fosforylácii tým, že sa viažu do väzbového miesta pre ATP
143
Q

úloha cytogenetického vyšetrenia v onkológii

A
  • upresnenie diagnózy a stanovenie prognózy
  • stratifikácia pacientov, stanovenie liečebnej stratégie
  • diferenciálna diagnostika
  • monitorovanie liečby (predikcia citlivosti k liečbe)
  • sledovanie reziduálnej choroby po resekcii
  • predpoveď pravdepodobného vývinu ochorenia
  • lokalizácia protoonkogénov a tumor supresorových génov
144
Q

onkocytogenetické metódy

A
  • klasické vyšetrenie (G-pruhy)
  • FISH (najmä I-FISH)
  • M-FISH, SKY, M-BAND
  • aCGH
145
Q

G-pruhovanie v onkocytogenetike

A
  • najmä hematologické malignity
  • použité sú bunky kultivované in vitro, najmä bunky KD
  • nepoužíva sa PHA
  • úspešnosť okolo 80 %
  • horšia morfológia chromozómov, málo mitóz
  • hodnotí sa najmenej 20 mitóz
  • býva menej pruhov
146
Q

klonálne CHA u nádorov

A
  • bunkové populácie sú zostavené z heterogénnych buniek
  • väčšina zmien je klonálnych, ale existujú aj bunky s normálnym karyotypom
  • karyotyp sa postupne vyvíja
147
Q

nomenklatura v onkocytogenetike

A
  • musí byť zapísaný aj klon
  • uvádzajú sa len klonálne CHA v hranatých zátvorkách
  • 47~50,XX,dup(3)(p12), del(5)(q31), +8,der(11)t(6;11), +16,+17,+mar ) [cp 20]
  • u subklonov sa používa zápisu “idem” alebo sl (stem line) alebo sdl (side line) aby sa nepísalo to isté čo u hlavného klonu, za skratkou sa píše už len čo je naviac
148
Q

definícia klonu v onkocytogenetike

A
  • v 3 mitózach chýba rovnaký chromozóm
  • v 2 mitózach je nadpočetný rovnaký chromozóm alebo je tu rovnaká štruktúrna aberácia
149
Q

nádory sú typické mutáciami génov

A
  • súvisiacich so starnutím (telomeráza)
  • protoonkogénov (MYC, NEU, ABL, RAS, EGFR)
  • tumor supresorových génov (p53, Rb1) - typická je LOH
150
Q

základné rozdelenie CHA u nádorov

A
  • primárne: stoja na počiatku vzniku nádoru
  • sekundárne: objavujú sa počas karcinogenézy a poskytujú náhľad do štádia ochorenia, môžu byť prognostickým faktorom
  • špecifické: marker určitého typu nádoru (tiež vplyv na prognózu)
  • náhodné
151
Q

prediktívna vs. prognostická hodnota

A
  • prediktívna = vplyv na liečbu
  • prognostická = vplyv na prognózu
152
Q

aké typy CHA sa u nádorov vyskytujú

A
  • delécie
  • dupkilácie
  • inverzie
  • inzercie
  • translokácie
  • monozómie
  • trizómie
  • polypoidie
  • amplifikácie
153
Q

početné CHA u nádorov a ich dôsledky

A
  • hyperdiploídia = viac ako 46 chromozómov (CLL a mnohopočetný myelóm) - lepšia prognóza
  • hypodiploídia = menej ako 46 chromozómov - horšia prognóza
  • metódy vyšetrenia: klasická cytogenetika, I-FISH, flow cytometria, aCGH (nie polyploídie)
154
Q

vyšetrenie leukémií pomocou flow cytometrie

A
  • počíta sa DNA index = relatívny obsah DNA v bunkách počas G0/G1 fázy
  • index 1,16 zodpovedá hyperdiploidii a u ALL to vypovedá o dobrej prognóze
  • umožňuje stratifikáciu liečby podľa miery rizika
155
Q

dôsledky translokácie u nádorov

A
  • tvorba fúzneho génu zapojeného v malígnom procese
  • premiestnenie génu do oblasti silného promótoru, často TF
156
Q

podstata Ph chromozómu

A
  • t (9; 22)
  • CML
  • onkogén ABL z chromozómu 9 je premiestnený na chromozóm 22 do oblasti B-cell receptor, ktorý je intenzívne exprimovaný
  • vzniká fúzny gén BCR/ABL, ktoré produktom je hybridný proteín p210
157
Q

podstata fúzneho proteínu PML/RARA

A
  • t (15; 17)
  • AML
  • terapia kyselinou all-trans retinovou (ATRA)
158
Q

translokácie zahrnujúce c-MYC

A

t (8; 14)
- u ALL a lymfómov
- c-myc je presunutý do oblasti kódujúcej ťažký reťazec imunoglobulínu
t (2; 8), t (8; 22)
- presunutie do oblasti kódujúcej ľahký reťazec kappa

159
Q

dôsledky delécie u nádorov

A
  • často postihuje nádorové supresory
  • del 5q (AML, MDS) - gény riadiace normálnu hematopoézu
  • del 11q23 (AML, ALL) - gén MLL
  • monozómie (MDS) - 5 a 7
  • del 13q14 (retinoblastóm) - gén Rb1
  • del 11p13 (Wilmsov tumor) - gén WT1
  • del 1p36 (neuroblastóm)
  • del 17p13 - p53
160
Q

dôsledky duplikácií, trizómií u nádorov

A
  • časté sekundárne zmeny
  • progresia ochorenia
  • leukémie + 8, CLL + 12
161
Q

dôsledky amplifikácii u nádorov

A
  • časté u solídnych nádorov
  • zmnoženie protoonkogéno myc, HER2
  • double minutes, homogénne sa farbiace oblasti
  • vyšetrenie pomocou aCGH a I-FISH
  • diagnostický a prognostický význam
162
Q

komplexný karyotyp u nádorov

A
  • štruktúrne a početné aberácie zahrnujúce tri a viac chromozómov
  • dochádza k trom a viac zlomom
163
Q

chromotripsis

A
  • nový mechanizmus vzniku nádorov
  • desiatky až stovky prestavieb na jednom chromozóme, ktoré vznikli pri jednej katastrofickej udalosti
  • chromozóm je rozbitý na malé kúsky, a potom je pomocou reparačných mechanizmov poskladaný späť
  • bežne u 2- 3 % nádorov
  • ale u nádorov kostí až 25 %
  • horšia prognóza
164
Q

CML

A
  • u 95 % prítomný Ph chromozóm
  • v géne BCR existujú tri zlomové oblasti
  • najlepšiu prognózu majú pacienti, ktorý majú v čase diagnózy Ph ako jedinú zmenu
  • BCR/ABL detekcia pomocou I-FISH
  • zápis: nuc ish(ABL1x2),(BCRx2),(ABL1 con BCRx1)[400]
  • con = fúzny signál, v hranatej zátvorke je počet pozitívnych buniek buniek (môže sa uviesť aj pomer)
165
Q

AML

A
  • klonálne CHA
  • chromozómové zmeny, ktoré sú prítomné v dobre diagnózy počas liečby vymiznú, ale opäť sa objavia počas remisie, často s ďalšími sekundárnymi zmenami
  • t (8; 21) - ETO, AML1 (dobrá prognóza)
  • t (15; 17) - PML/RARA (dobrá prognóza)
  • inv (16), t (16; 16) - CBF/MYH11 (dobrá prognóza)
  • FISH s lokus špecifickou sondou
  • disrupcia génu MLL (11q23) - nepriaznivá prognóza - disrupčná DNA sonda
166
Q

MDS

A
  • del 5q
  • časté komplexné zmeny (krátka doba prežitia
  • FISH
167
Q

ALL

A
  • deti
  • typické sú početné abnormality
  • hyperdiploídia - dobrá prognóza
  • hypodiploídia - zlá prognóza
168
Q

CLL

A
  • trizómia 12 - lepšia odpoveď na chemoterapiu
  • del 13 (Rb) - horšia prognóza
  • del 17p (p53)
169
Q

mnohopočetný myelóm

A
  • staršie osoby
  • nevyliečiteľné ochorenie
  • malígna mutácia vo vývoji B-lmyfocytov
  • hypo a hyperdiploídia
  • translokácie zahnujúce IgH gén - zlá prognóza
  • delécia Rb
  • delécia p53
  • zisk 1q21 - zlá prognóza
170
Q

FICTION

A
  • ## používaná u pacientov s mnohopočetných myelómom
171
Q

materiály a metódy pre cytogenetiku solídnych nádorov

A
  • výpotek
  • uzlina
  • kultivácia nádorových buniek
  • odtlačky nádorov
  • parafínové rezy
  • metódy: najmä I-FISH (lokusovo špecifické sondy)
172
Q

problémy v cytogenetike solídnych nádorov

A
  • náročnosť dlhodobej kultivácie
  • nedostatok mitóz, kvalita preparátov
  • komplexita karyotypu
  • heterogenita nádorov
173
Q

personalizovaná medicína u nádoru prsníka

A
  • stanovenie amplifikácie EGFR
  • EGFR je významným prognostickým a terapeutickým markerom
  • 25 - 30 %
  • amplifikácia je spojená s o zlou prognózou (rýchla proliferácia)
  • terapia herceptínom (inhibítor HER2)
  • amplifikácia vo forme: polyzómie, pravej amplifikácie a double minutes
174
Q

cytogenetické zmeny u niektorých solídnych nádorov detí

A
  • del 13q14 (RB1) - retinoblastóm
  • del 11p13-15; del 16q (WT1) - Wilmsov tumor
  • t (11;22)(q24q12) - EWS-FLI1 - Ewingov sarkóm
  • neuroblastóm: amplifikácia n-myc, del 1p36, del 11q, gain 17q
  • meduloblastóm: amplifikácia c-myc (zlá prognóza)
175
Q

personalizovaná medicína u nemalobunkového nádoru pľúc

A
  • mutácie KRAS, EGFR, ALK
  • pacienti s mutáciou ALK a fúznym génom EML-ALK sú liečení inhibítorom kinázy ALK = critozinib
  • mutácia EGFR: gefitinib, erlotinib
176
Q

ako delíme euploídie

A
  • monoploídie vs. polyploídie
  • autopolyploídie (rovnaké genómy) vs. alopolyploídie (rôzne genómy)
  • orthopolyploídie (párne) vs. anorthopolyploídie (nepárne)
177
Q

ako delíme aneuploídie

A
  • nulizómia
  • monozómia
  • trizómia
  • tetrazómia
  • …
178
Q

význam polyploídie

A
  • častá u rastlín (50 % kvitnúcich rastlín, 70 % tráv)
  • spojená s vznikom nových druhov, väčšie rastliny, väčší objem plodu a rastliny bez kôstok
  • málo častá u živočíchov
  • ale existujú polyploidné jesetery, obojživelníky, lososy
  • bunky v niektorých tkanivách sú polyploidné
179
Q

príklady polyploídnych rastlín

A
  • zemiak (4n) - 48; auto
  • banán (3n) - 33; auto
  • arašíd (4n) - 40; auto
  • bavlník (4n) - 52; alo
  • pšenica (6n) - 41; alo
  • jahoda (8n) - 56; alo
180
Q

vznik polyploidov

A
  • spontánne
  • cielene pôsobením kolchicínu na deliace vretienko
  • cielenou hybridizáciou
  • fyzikálne faktory (tepelné šoky, žiarenie)
  • znížená plodnosť u anorthopolyploidov
181
Q

význam monoploídie u rastlín

A
  • ľahká identifikácia mutácií
  • po pôsobení kolchicínu, ľahké získanie homozygotov
182
Q

monoploídia u blanokrídlych

A
  • včely, osy, mravce
  • 2n = 32; n = 16
  • gaméty sú produkované mitózou
  • samice = AA; samce = A
  • u iných živočíchov letálne
183
Q

vznik autotriploida

A
  • spontánne poruchou meiózy (kombinácia diploidnej a haploidnej gaméty)
  • hybridizáciou autotetraploida a autodiploida
  • časté poruchy v meióze - sterilita
  • ovocie bez semien
184
Q

vznik autotetraploida

A
  • porucha meiózy, mitózy (nondisjunkcia celej sady)
  • pôsobením kolchicínu na diploida
  • polyploídia udržiava heterozygotnosť lepšie ako diploídia
185
Q

alopolyploídia

A
  • medzidruhová hybridizácia
  • jedince vznikajú na základe zmnoženia genómov rôznych druhov
  • vznikajú jedince heterogenómové = amfidiploidné
  • zdvojenie chromozómov sterilného hybrida (AB –> AABB)
  • moderná pšenica je alohexaplidom (vznikla z troch rôznych genómov)
186
Q

tkanivovo špecifická polyploídia a polyténia

A
  • pečeňové bunky stavovcov
  • megakaryocyty v KD
  • stonka a parenchým v apikálnej časti rastlín
  • polyténne chromozómy u diptera
187
Q

polyploídia u človeka

A
  • spontánne potraty
  • nádory

špeciálna genetika (4 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions