Leerdoelen pag. 4

Question 1

Transformatie

Answer 1

Nadat het gewenste plasmide is gemaakt kan deze worden ingebracht in een bacteriële cel waardoor deze vermeerderd wordt. De bacteriële cellen vermenigvuldigen namelijk snel, zo krijg je veel kopieën van je gewenste plasmide. Dit inbrengen van een stukje DNA om het te vermeerderen wordt transformeren genoemd.

Question 2

5 technieken van transformatie

Answer 2

Chemische transformatie 
Electroporatie
Gene gun
Bacteriofaag 
Agrobacterium tumefaciens

Question 3

chemische transformatie

transformatie

Answer 3

Bij chemische transformatie moeten eerst te cellen competent worden gemaakt om het DNA op te kunnen nemen. Dit gebeurd door kleine gaatjes te maken in de celmembraan, hierdoor kan het DNA in de cel treden. Deze procedure is nog best lastig om uit te voeren aangezien bacteriën die gaten in hun membraan hebben niet stabiel zijn waardoor ze snel dood gaan. Deze zijn dan niet meer bruikbaar.

Question 4

electroporatie

transformatie

Answer 4

Bij electroporatie wordt een korte spanningspuls op de cel gezet waardoor (bij de juiste spanning) kleine poriën in het celmembraan ontstaan. Bij hoge plasmide concentraties worden deze dan opgenomen door de cel.

Question 5

gene gun

transformatie

Answer 5

Bij gene gun wordt het DNA gecoat aan goeden of wolfraam bolletjes. Deze kleine bolletjes worden dan de cel ingeschoten. DNA in de cel kan worden gerepliceerd en getranscribeerd.

Question 6

lygenic weg of de lytic weg. (bacteriofaag)

transformatie

Answer 6

Bij de lysogenic weg wordt DNA in genomisch DNA ingebouwd. Deze replicatie gaat gepaard met de celdeling.
Bij de lytic weg worden grote hoeveelheden bacteriofagen geproduceerd, deze worden uiteindelijk losgelaten en losgelaten.

Question 7

Agrobacterium tumefaciens

transformatie

Answer 7

Bij Agrobacterium tumefaciens kunnen agrobacteriën recombinant DNA in een gastheer brengen. Agrobacteriën infecteren planten, ze induceren de celdeling van plantencellen.

Question 8

Een cloning vector

Answer 8

Vector die wordt gebruikt voor het kloneren van het DNA/RNA wat het bevat

Question 9

Een expression vector

Answer 9

is een plasmide of viraal DNA dat is bedoeld voor het uitvoeren van de genexpressie in cellen. De vector wordt gebruikt voor het introduceren van specifieke genen in een target cel, deze kan dan de mechanismen in de cel besturen en zo zorgen voor de eiwit synthese om eiwitten te produceren die coderen voor het gewenste gen (dus het ingebrachte gen).

Question 10

Een plasmide

Answer 10

is cirkelvormig DNA die zich buiten het chromosomaal DNA bevindt van sommige eencellige organismen zoals bacteriën. Deze kunnen tussen soorten worden uitgewisseld.

Question 11

Een cosmide

Answer 11

is een type plasmide dat een lambda faag (cos) sequentie bevat. Deze worden vaak gebruikt als cloning vector.

Question 12

M13

Answer 12

is een bacteriofaag dat bestaat uit circulair enkelstrengs DNA. Deze infecteert E. coli waar het kan vermeerderen.

Question 13

YACs

Answer 13

worden gebruikt om databanken te maken van eukaryoot DNA. Deze chromosomen worden gemaakt uit het DNA van gist. Deze kunnen worden gebruikt om eukaryote eiwitten die posttranslationale modificatie nodig hebben, tot expressie brengen.

Question 14

BACs

Answer 14

worden gebruikt voor het kloneren van vreemd DNA in bacteriën, voornamelijk in de bacterie E. coli. De bacteriofaag lambda is een bacterieel virus die de bacterie soort E. coli infecteert.

Question 15

Een selectable marker

Answer 15

is een gen die is geïntroduceerd aan een cel, vooral in een bacterie of in een celcultuur die het mogelijk maken om een selectie uit te voeren.

Question 16

Ampicilline marker functie

Answer 16

Remt de synthese van de celwand bij Gram-negatieve bacteriën.

Question 17

Tetracycline marker functie

Answer 17

Bindt aan ribosomale 30S subunit en blokkeert hierdoor de translocatie van ribosoom langs mRNA; het remt de eiwitsynthese

Question 18

Chloramphenicol marker functie

Answer 18

Bindt aan ribosomale 50S unit en remt de

eiwitsynthese

Question 19

Kanamycine/neomycine marker functie

Answer 19

Bindt aan ribosomale componenten en remt de eiwitsynthese

Question 20

Bleomycine marker functie

Answer 20

Bindt aan DNA en remt DNA- RNA synthese

Question 21

Hygromycine B marker functie

Answer 21

Remt de translocatie van ribosoom langs mRNA; remt eiwitsynthese

Question 22

reverse transcriptase PCR

Answer 22

Bij reverse transcriptase PCR moet er cDNA worden gemaakt door het reverse transcripteren van de RNA templates met behulp van het enzym reverse transcriptase. Deze techniek wordt gebruikt voor het kwantitatief bestuderen van de gen expressie. Ook kan het worden gecombineerd met Real Time PCR om de RNA niveaus te kunnen bestuderen.

Question 23

Real Time PCR

Answer 23

Een Real Time PCR is een techniek waarmee gen expressie gemeten kan worden. De Real Time PCR moet worden uitgevoerd met cDNA, daarom is het belangrijk om dit cDNA te maken vanuit het mRNA. Vervolgens wordt de PCR reactie uitgevoerd. Hierbij wordt gebruik gemaakt van fluorescent gelabelde deeltjes. Er wordt dus een PCR uitgevoerd waarbij het DNA wordt geamplificeerd.

Question 24

Een Genomische bibliotheek

Answer 24

Is een verzameling van het totale genomische DNA van één enkel organisme. Het DNA is onderverdeeld en opgeslagen in verschillende populaties van op elkaar lijkende vectoren.

Question 25

Een cDNA bibliotheek

Answer 25

is een combinatie van gekloneerde cDNA fragmenten die zijn ingebracht in een collectie van host cellen. Al het opgeslagen genetische materiaal dat is verkregen door de omzetting van mRNA van een specifiek monster naar DNA fragmenten die gekloneerd kunnen worden in een geschikte vector.

Question 26

Bij reverse transcriptase

Answer 26

wordt mRNA omgezet naar cDNA.

Question 27

RNase H

Answer 27

zorgt ervoor dat het mRNA wordt afgebroken van de complementaire streng zodat het cDNA kan worden gevormd.

Question 28

Een mutatie

Answer 28

is een verandering in het erfelijke materiaal van een organisme waardoor er één of meer eigenschappen veranderen. Het kan spontaan gebeuren of optreden door factoren van buitenaf, door bijvoorbeeld chemische stoffen (te veel octanol opsnuiven op het lab) of straling.

Question 29

Een silent mutatie

Answer 29

is een mutatie waarbij het nieuwe codon codeert voor hetzelfde aminozuur, dit heeft dus geen gevolgen voor het fenotype.

Question 30

Een missense mutatie

Answer 30

een mutatie waarbij het nieuwe codon codeert voor een ander aminozuur.

Question 31

Een nonsense mutatie

Answer 31

is een mutatie waarbij het nieuwe codon codeert voor een stopcodon, het eiwit wordt dan dus ingekort.

Question 32

Een frame shift mutatie

Answer 32

is een mutatie waarbij er 1 nucleotide wordt weggehaald of bijgevoegd. Hierdoor wordt de hele eiwitvolgorde veranderd en ontstaan er compleet andere aminozuren.

Question 33

Bacteriofagen

Answer 33

Bacteriofagen kunnen recombinant DNA in een gastheercel brengen. Dit kan gebeuren volgens de lygenic weg of de lytic weg.

Question 34

Mutagenisis

Answer 34

je wilt een mutatie maken in hen gen dat codeerd voor een eiwit, dit doe je om te kijken naar de functies van eiwitten en soms te verbeteren. Hier zijn verschillende technieken voor.