La traduction Flashcards
Quels enzymes font partie de la machinerie de la traduction?
Les aminoacyl-ARNt synthétase
Quelle est la matrice pour la traduction?
L’ARNm
Comment appelle-t-on une série ordonnée de 3 nucléotides?
Un codon
Quel est le rôle général de l’ARNt?
Sert d’interface entre les codons de l’ARNm et les acides aminés
Quel est le rôle général des aminoacyl-ARNt synthétases?
Servent à lier les acides aminés aux ARNt spécifiques à un codon
Quels sont les 2 rôles généraux du ribosome?
- Coordonne la reconnaissance de l’ARNm par chaque ARNt
- Catalyse la formation des liens peptidiques
Dans quel sens se fait la traduction sur l’ARNm?
De 5’ en 3’
Quel est le codon d’initiation eucaryote?
5’-AUG-3’
Quels sont les 3 codons stops eucaryotes?
UAG
UGA
UAA
Vrai ou faux. Il y a plusieurs bons cadres de lecture possibles.
Faux, il y en a seulement un
Combien y a-t-il d’ORF par ARNm chez les procaryotes et les eucaryotes?
Procaryotes: un ou plusieurs
Eucaryotes: un seul
Comment appelle-t-on un ARNm qui ne possède qu’un seul ORF?
Monocistronique
Que signifient en amont et en aval?
Amont = arrière Aval = devant
Qu’est-ce qu’un ORF (cadre de lecture ouvert)?
Région de l’ARNm qui code la protéine
Quelles sont les 2 fonctions du codon d’inititation?
- Définit le cadre de lecture des codons suivants
- Spécifie le premier acide aminé qui doit être incorporé
En quoi consiste la coiffe 5’?
Nucléotide guanine méthylé lié à l’extrémité 5’ de l’ARNm (liaison inhabituelle 5’-5’)
Par quoi sont liés la guanine de la coiffe et l’extrémité 5’ de l’ARNm?
3 groupements phosphates
Quel est le rôle de la coiffe 5’?
Participe au recrutement du ribosome
Qu’est-ce que le scanning?
Le ribosome se déplace dans la direction 5’-3’ sur l’ARNm jusqu’à ce qu’il atteigne le codon d’initiation
Quelle caractéristique de l’ARNm eucaryote favorise un recyclage efficace des ribosomes?
La présence d’une queue poly-A à l’extrémité 3’ de l’ARNm
Quelle est la séquence de Kozak?
5’- (G/A)NNAUGG - 3’
Quel est le rôle de la séquence de Kozak?
Augmenter l’efficacité de la traduction
Où se situe le site de liaison des ribosomes (RBS)?
3 à 9 nucléotides en amont du codon d’inititation
Quelle est la longueur moyenne d’un ARNt?
75 à 95 nucléotides
Quelle est la séquence retrouvée à l’extrémité de tous les ARNt?
5’ - CCA - 3’
À quoi ressemble la structure secondaire des ARNt?
Un trèfle
À quoi ressemble la structure tertiaire des ARNt?
Un L
Quelles bases inhabituelles retrouve-t-on dans les ARNt?
- Pseudouridine
- Dihydruridine
Comment sont créées les bases inhabituelles?
Après la transcription par modifications enzymatiques
Quel est le rôle des bases inhabituelles de l’ARNt?
Elles améliorent la fonction des ARNt
Quelles sont les 4 boucles de l’ARNt?
- Boucle D
- Boucle de l’anticodon
- Boucle variable
- Boucle Ψ (psi)
Qu’est-ce que l’anticodon?
Groupe de 3 nucléotides dans les ARNt qui reconnait l’ARNm complémentaire
Qu’entraîne une absence de bases inhabituelles dans les ARNt?
Une vitesse de croissance réduite
Quel type de structure est formé par le trèfle de l’ARNt?
Une structure tige-boucle
Combien de bases retrouve-t-on dans la boucle variable?
3 à 21 bases
Quels sont les 3 types d’interactions qui stabilisent la forme en L des ARNt?
- Interactions d’empilement des bases
- Liaisons hydrogènes entre des bases de différentes régions hélicoïdales rapprochées
- Interactions entre bases et montants sucres-phosphates
Qu’est-ce qu’un ARNt chargé?
ARNt sur lequel un acide aminé a été attaché
Quel type de liaison y a-t-il entre l’adénosine du bras accepteur et l’acide aminé?
Liaison acyle
Quelle partie de l’adénosine du bras accepteur de l’ARNt participe à la liaison acyle?
Le groupement hydroxyle 2’/3’
Quelle partie de l’acide aminé participe à la liaison acyle?
Le groupement carboxyle
Quels sont les 2 étapes du chargement des ARNt?
- Adénylylation
- Liaison à l’acide aminé
Où se situent les déterminants qui assurent la spécificité de l’enzyme aminoacyl-ARNt synthétase?
Rassemblés au bras accepteur et à la boucle de l’anticodon
En quoi consiste l’adénylylation?
L’ajout d’un groupe AMP à l’acide aminé
Combien existe-t-il d’aminoacyl-ARNt synthétases différentes?
20, car il y a 20 acides aminés
Qu’est-ce qui ajoute un niveau de fidélité supplémentaire pour le chargement des ARNt?
Une poche d’édition à côté de la cavité catalytique qui permet de vérifier les produits
Comment les aminoacyl-ARNt synthétases de classe II attachent-ils l’acides aminés à l’ARNt?
Attachent l’acide aminé au OH en 3’ de l’ARNt
Comment les aminoacyl-ARNt synthétases de classe I attachent-ils l’acides aminés à l’ARNt?
Attachent l’acide aminé au OH en 2’ de l’ARNt
Quelles structures peuvent avoir les aminoacyl-ARNt synthétases de classe I?
Monomériques ou dimériques
Quelles structures peuvent avoir les aminoacyl-ARNt synthétases de classe II?
Dimériques ou tétramériques
Quel est le taux d’erreur des ARNt synthétase pour un acide aminé?
1% sans la poche d’édition, 0,01% avec la poche d’édition
Vrai ou faux. Un ribosome fait la différence entre un ARNt correctement et incorrectement apparié.
Faux.
Quelle structure permet de garantir que l’acide aminé qui est à l’extrémité de l’ARNt correspond bien au bon anticodon?
L’enzyme aminoacyl-ARNt synthétase
Quelle est la vitesse de la traduction par le ribosome?
2 à 20 acides aminés par seconde
Comparer les vitesses de traduction et de réplication.
La traduction est beaucoup plus lente que la réplication
Comment est le ribosome en comparaison avec la machinerie de synthèse de l’ADN?
Plus gros et plus complexe
De quelles molécules est composé le ribosome?
4 molécules d’ARN et plus de 80 protéines
Quelle est la masse moléculaire du ribosome eucaryote?
4.2 MDa
En quelle unité se mesure la vitesse de sédimentation du ribosome?
Svedberg
À quel endroit a lieu la transcription?
Noyau
À quel endroit a lieu la traduction?
Cytoplasme
Quelles sont les 3 sous-unités ribosomiques procaryotes?
Petite: 30S
Grande: 50S
Totale: 70S
Quels sont les 3 sous-unités ribosomiques eucaryotes?
Petite: 40S
Grande: 60s
Totale: 80S
Quelle est la plus grande composante de la masse du ribosome?
L’ARNr
Quel est le rôle de la grande sous-unité du ribosome?
Formation des liens peptidiques (centre peptidyl-transférase)
Quel est le rôle de la petite sous-unité du ribosome?
Lieu où les ARNt chargés lisent les codons de l’ARNm (centre de décodage)
Vrai ou faux. Un ribosome peut synthétiser plus d’un polypeptide à la fois.
Faux, il ne peut qu’en synthétiser un à la fois
Vrai ou faux. Un ARNm peut être traduit par plus d’un ribosome à la fois.
Vrai! (Polyribosome)
Quel type de liaison est catalysé par le ribosome?
Liaison peptidique
Combien y a-t-il de ribosomes par ARNm?
1 ribosome tous les 80 nucléotides de l’ARNm
Comment appelle-t-on la réaction de formation d’une nouvelle liaison peptidique?
La réaction peptidyl-transférase
Que se passe-t-il dans la réaction peptidyl-transférase?
Le peptide est transféré du peptidyl-ARNt au aminoacyl-ARNt
À quoi est attaché l’extrémité 3’ de l’aminoacyl-ARNt?
Au groupement carboxyle de l’acide aminé
À quoi est attaché l’extrémité 3’ du peptidyl-ARNt?
La chaîne peptidique en croissance
Quelles sont les 2 conséquences de la méthode de croissance des protéines?
- L’extrémité amine de la protéine doit être synthétisée avant le carboxyle
- La chaîne polypeptidique doit être transférée du peptidyl-ARNt au aminoacyl-ARNt
Quelle partie du ribosome catalyse la formation de liaisons peptidiques?
Les peptidyltransférases (ARNr)
Quels sont les 3 sites de liaisons pour les ARNt dans le ribosome?
- Site A
- Site P
- Site E
Où se situent les canaux d’entrée et de sortie de l’ARNm?
Dans la petite sous-unité du ribosome
À quoi sert le canal de la grande sous-unité du ribosome?
Sortie de la chaîne polypeptidique nouvellement synthétisée
Pourquoi la structure 3D des polypeptides est-elle seulement acquise à la sortie du ribosome?
Car le canal de sortie du polypeptide ne permet que la formation d’hélices alpha
À quoi sert l’angle entre les codons des 2 sites de liaisons (A et P)?
Empêcher l’accès de l’ARNt aux codons de l’ARNm des autres sites
Quel acide aminé retrouve-t-on sur l’ARNt initiateur procaryote?
Forme modifiée de la méthyonine (N-formylméthionine) ou fMet
Qu’est-ce qu’une déformylase?
Enzyme qui enlève le groupe formyle de la méthionine
Quelles sont les 3 étapes de l’initiation de la traduction procaryote?
- Recrutement de la petite sous unité du ribosome sur l’ARNm
- Insertion de l’ARNt initiateur au site P
- Positionnement précis du ribosome au site d’initiation de l’ARNm
Qu’est-ce qui entraîne la circularisation de l’ARNm eucaryote?
Des interactions entre eIF4G et la protéine de liaison au poly-A
Quel facteur d’élongation apporte l’aminoacyl-ARNt vers le site A?
EF-Tu-GTP
Vrai ou faux. EF-Tu-GTP masque l’acide aminé.
Vrai
Quels 3 mécanismes garantissent un appariement correct entre l’ARNt et l’ARNm?
- Si appariement correct, liaisons hydrogènes supplémentaires sont formées entre 2 résidus adénine de l’ARNr et le petit sillon du couple codon-anticodon
- Si appariement correct, facteur EF-Tu lié à l’aminoacyl-ARNt interagit avec le centre des facteurs, ce qui provoque l’hydrolyse du GTP et la libération de EF-Tu
- Seuls les aminoacyl-ARNt correctement appariés au codon restent associés au codon lors du pivotement
Qu’arrive-t-il avec la vitesse de synthèse du peptide s’il y a présence de protéines mutantes L27?
La vitesse de synthèse du peptide est de 30-50% la vitesse normale
Quel ARNr catalyse la liaison peptidique?
ARNr 23S
Où se lie le facteur d’élongation EF-F-GTP?
Dans le centre de liaison des facteurs
Qu’est-ce qui entraîne la translocation ARNt du site A vers le site P et qui tire l’ARNm de 3 nucléotides?
Le changement conformationnel du facteur EF-F-GTP
Quelle est la différence structurelle entre EF-Tu-GTP et EF-G-GDP?
EF-G-GDP occupe tout l’espace disponible dans le site A
Qu’entraîne l’élimination du groupement 2’-OH de l’ARNt au site P par mutation?
Diminution de 10*6 de la catalyse
Quel est le rôle du ribosome dans la translocation?
Entraîne une rotation de la petite sous-unité (sens contraire des aiguilles d’une montre)
Bien que le facteur EF-F-GDP ne soit pas lié à un ARNt, comment explique-t-on qu’il recouvre tout le site A?
Parce qu’il imite la structure du facteur EF-Tu-GTP-ARNt (mime moléculaire)
Quels sont les facteurs de terminaisons de classe I chez les eucaryotes et procaryotes?
- Eucaryotes: eRF1
- Procaryotes: RF1 et RF2
À quel site est lié eRF1?
Au site A
Quel est le facteur de terminaison de classe II chez les eucaryotes?
eRF3
Quel est le rôle principal de eRF1?
Active la séparation du polypeptide du peptidyl-ARNt
Quel facteur permet la dissociation de eRF1 du ribosome?
eRF3
Après la terminaison, le ribosome est lié à quoi?
À l’ARNm et à 2 ARNt désacylés
Quel facteur est lié au site A après la fin de la terminaison?
RRF
Quel facteur est recruté par RRF?
EF-G-GDP
Qu’est-ce qui est relâché du ribosome lors du déplacement de RRF dans le site P par EF-G?
- ARNt
- RRF
- EF-G
À quoi sert IF3?
Participe à la libération de l’ARNm et la dissociation des sous-unités du ribosome
Par quoi est reconnu le codon STOP?
Par RF1 / eRF1
Combien y a-t-il de codons possibles?
64
Pourquoi dit-on que le code génétique est dégénéré?
Car plusieurs acides aminés sont codés par plus d’un codon
Comment appelle-t-on un acide aminé encodé par 2 codons?
2 fois dégénéré
Quels types d’acides aminés sont formés lorsqu’il y a une pyrimidine (C,U) en 2e position?
Des acides aminés hydrophobes (sauf sérine et thréonine)
Quels types d’acides aminés sont formés lorsqu’il y a une purine (A,G) en 2e position?
Des acides aminés polaires
Qu’est-ce que l’appariement canonique?
Appariement entre paires de bases en position 35 et 36 de l’ARNt et le codon de l’ARNm (type Watson-Crick)
Qu’est-ce que l’appariement bancal?
Interactions entre nucléotides distincts des appariements Watson-Crick (base 34)
Quelles bases forment l’anticodon?
34 à 36
Qu’est-ce qu’une mutation faux-sens?
Changement d’un acide aminé pour un autre
Qu’est-ce qu’une mutation non sens?
Création d’un codon stop
Qu’est-ce qu’une mutation par décalage du code de lecture?
Déletion ou insertions de bases dans l’ARNm
Quelles bases de l’ARNt subissent un empilement aromatique important?
34-37
Un G dans l’anticodon peut lier quelle base dans le codon?
U ou C
Un C dans l’anticodon peut lier quelle base dans le codon?
G
Un A dans l’anticodon peut lier quelle base dans le codon?
U
Un U dans l’anticodon peut lier quelle base dans le codon?
A ou G
Un I dans l’anticodon peut lier quelle base dans le codon?
A, U ou C
Qu’est-ce qu’une mutation silencieuse?
Mutation qui ne change pas l’acide aminé produit
