Kretschmer Flashcards
Aufbau einer Riboswitch-kontrollierten RNA?
- 5’-UTR (Position des eigentlichen Riboswitch)
- coding region
- 3’-UTR
Welche Bestandteile hat ein Riboswitch?
- Expressionsplattform (moduliert Transkription/Translation)
- Switching-Sequence
- Aptamerdomäne (Bindung des Liganden)
Kategorisierung von Riboswitches?
Familie: Gruppe Riboswitch-RNAs, die den gleiche Liganden binden
Klasse: Riboswitches einer Klasse besitzen die gleiche 2D/3D-Struktur
Welche Nukleotid-Paarungen sind im ROSE-Element sind für das Thermosensing verantwortlich?
Nicht-Watson-Crick-Paarungen
Unterschied zw. RNA-Thermometer (Heat-Shock) und RNA-Switch (Cold-Shock)
Heat-Shock: graduelles Aufschmelzen der basengepaarten Region
Cold-Shock: Ausbildung von 2 sich auschließenden Strukturen
Welche Funktionen hat trans-codierte sRNA?
- Inhibition der Translation (Maskierung der RBS)
- mRNA Degradation (vermittelt u.a. durch Hfq)
- Aktivierung der Translation (eher selten)
mRNA Degradation durch sRNA?
Hfq (Host factor for Bacteriophage q) vermittelt:
- Bindung von sRNA an prox. Fläche (Schutz vor Nukleasen etc.)
- Bindung des mRNA-targets an distaler Fläche
- Duplexbildung an lateraler Seite
Rekrutierung des Degradosoms (RNase E, PNPase, RhlB, Enolase)
Welche RNA spaltet RNase III?
dsRNA, Vermittlung auch durch Hfq möglich
Welche Phasen werden in der CRISPR/Cas Abwehr unterschieden?
- Akquisition
- CRISPR-Expression
- Interferenz
Klassen von CRISPR/Cas-Systemen
- Klasse 1: Interferez durch mehrere Proteine vermittelt (Cas3 und Cas10) => crRNAs besitzen 3’- und 5’-handle
- Klasse 2. Inerferenz durch ein Effektorprotein (Cas9) => crRNA ist mit tracrRNA gepaart
RNA Inerferenz?
spezifisch für komplementäre mRNA
=> sehr effizient, wenige Moleküle ausreichend für mRNA Degradation
Eigenschaften von siRNA-Molekülen?
5’-Ende: Monophosphatgruppe
3’-Ende: 2nt Überhang und 3’-Hydroxygruppe
Spaltstelle liegt 10-11 nt vom 5’-Ende der guide RNA
