Hybridation génomique comparative sur micropuce

Question 1

Définition d’un CNC

Answer 1

Définition : changement ou perte de + de 1 000 pb par rapport au génome de référence. (Peut être biaisé car référence est un caucasien d’origine européenne). CNV en anglais.
- Environ 1000 CNC/individu, affectant environ 20 millions de pb (0,4 % du génome)

Question 2

Nommer les types de CNC

Answer 2

Délétion
Duplication en tandem ou non continue
Duplication multiallélique
Complexe : inversion du segment avec duplication et délétion

Question 3

Décrire les étapes d’un aCGH

Answer 3

Étape 1 à 3 : l’ADN du patient et celui contrôle sont identifié par un colorant fluorescent et appliqué sur la micropuce.
Étape 4 : L’ADN du patient et celui contrôle compétition pour s’attacher ou s’hybrider sur la micropuce.
Étape 5 : la micropuce est scanner pour mesurer le signal fluorescent.
Étape 6 : le logiciel analyse les données et génère un graphique.

Question 4

Nommer d’où proviennent les effets pathologiques d’un CNC

Answer 4

-CNC qui touche un gène haploinsuffisant
-CNC qui touche un gène triplosensitif : avoir 3 copies du gène
-CNC qui touche un gène récessif
-CNC qui touche un ensemble de gènes (syndrome associé à des gènes contigus)
-Certaines caractéristiques du génome prédisposent à des délétions ou duplications d’ensembles de gènes entier.
-CNC enlève un élément régulateur
-CNC est une duplication, mais l’insertion est distante

Question 5

Que sont les réarrangements génomiques récurrents

Answer 5

-Le génome contient des séquences répétées qui se regroupent et se ressemblent. Low copy repeat ou LCr → remplisse le génome / facilite l’appariement
-Lors de la réplication de l’ADN à méiose, des erreurs d’appariement peuvent se produire et causer des délétions ou duplications qui sont récurrentes.

Question 6

Quels sont les considérations à avoir sur les CNC récurrents

Answer 6

1.Microduplication vs micro-délétion
2.Pénétrance peut être incomplète
3.Expressivité peut être variable

Question 7

Importance des cassures simple brin de l’ADN

Answer 7

Réplication en absence de réparation de la fourche peut mener à la formation d’un CNC
- Réparation par recombinaison homologue initiée si chromatide sœurs disponible
- MMBIR : réplication induite par un bris et médiée par la microhomologie

Question 8

Qu’est-ce qu’un CNC sporadiques (non récurrents)

Answer 8

-Causés par une réparation erronée d’une fourche de réplication cassée
-Se produit dans la lignée germinale
-Pas de points de cassures uniques → chacun est différent
-Majorité des CNC sporadiques probablement formé de cette façon → d’autres mécanisme comme la NHEJ peut former des anomalies chromosomiques

Question 9

Les micropuces à SNP

Answer 9

-Oligo attaché sur le support
-2 oligos diffèrent uniquement à une position pour permettre le génotypage
Le mésappariement à une position empêche l’hybridation efficace de l’oligo « allèle A » avec l’ADN « allèle B » et vice versa.
Le logiciel d’analyse permet de quantifier la fluorescence de l’allèle A et B

Question 10

Différence entre les CNC récurrents et sporadiques

Answer 10

CNC récurrents
Formés par recombinaison non-allélique
Plusieurs régions génomiques à risque de donner un CNC pathologique récurrent
Caractère pathologique généralement bien connu
CNC sporadiques
Formés principalement par la réparation erronée de fourches de réplication cassées
Peuvent se produire environ n’importe où dans le génome
Caractère pathologique parfois clair
Caractère pathologique parfois incertain
Limiter par les connaissances sur les fonctions

Question 11

aCGH permet la détection de quel remaniement

Answer 11

ceux déséquilibrés
aCGH ne détecte pas les réarrangements équilibrés (inversion, translocation ou inversion balancée, triploïde)