husk b4 Flashcards
kromatin
DNA materialet i kernen - synligt ved farvning
Kromosomer
supercoiled DNA (med protein) arrangereret som stave er synlige under celledelin
Homologe kromsomer
de to kromsomer som dannes ved metafasen
Søsterkromatider
de to kromsomer bundet sammen af centromer
Profasen
duplikerede DNA-streng kondenseres og søsterkromatider holdes sammeni centromer til x formet struktur kromso, desuden påbegyndes udvikling af mitotisk spindle
Prometafasen
kernemembran opløses og den mitotiske spindle udvikles, tentrådene bindes til de enkelte kromsomer
Metaasen
Kromosomerne er placereret langs med cellens ækvator ( det er i denne fase kromsomannalyse sker
Anafase
søsterkromatider sepereres og bevæger sig til hver sin cellepol
Telofase
kromatider til hver sin cellepol, øvrigt materiale fordeles og cellemembranen afsnørres
karyogram
et billede af alle korsomserne fordelt efter størrelse, x og y til sidst
navngivning krosomer
- Kromsomnummer ift karyogram
- P eller q afhængig af om det er den korte arm (p for petit) eller den lange arm (q)
- Typen af forandring
metacentrisk
centromeren placeret midt på kromosome
submetacentrisk
centromeren placeret højt oppe
acrocentrisk
placeret lavt på krosomet Det acrocentriske del vil typisk ikke kode for noget men være hetrokromatin
karyotype
- Antal krosomer,
- Kønskromsomer
- Afvigende krosomer
Eksempel for mænd: 46,xy
Eksempel for kvinder 46,xx
For den abnormale karyotype skrives antal kromosomer, kønskromosomer og afvigelse som her vil indeholder kromosomnummer, p eller q arm, samt typen af forandrig evt med
x-inaktivering
alle kvinder inaktiverer det ene x i alle celler
Inaktiveringen sker som foster under 2. gestationsuge og sker normalt random
Alle efterkommere af den enkelte celle har samme x kromsom inaktiveret men der kan dog være enkelte områder som undergår inaktiveirng hvilket kan have betydning for sygdomme i gener på x-krosomet (x-bundne recessive lidelser)
Aneuoploider
1 kromsom ekstra eller mindre (risomeri eller monosomi)
Polyploider
hele karyotypen - 3 eller flere af alle krosomer (triplpoidi eller tetraploidi)
Balanceret
Alt kormsommateriale er til sted men evt ved en omorganisering fx ved inversion eller translokation
Ubalancereret
Overskud ( duplikation) eller tab (deletion9 af krosommateriale som oftest er patogen
Nodisjunction
mnaglende adskilleslse i meiosen enten 1. eller 2. meiotiske delinghvilket kan resultere i æg celler uden krosomer, eller celler med for mange krosmomer
strukturelle kromosom annomalier
enten intrakromosomalt eller interkromosoomalt vedrørrende flere krosmosomer
kan ske enten balancereret eller ubalancereret
reciprok translokation
parring af strukturel krosomfejl - lille hat som er udskiftes med andet kromosom
kommer der en skæv fordeling kaldes det adjacent - findes 2 udgaver hvis dleingen er en 2:2 segretion, er det 1:3 segretion vil alle 8 være ubalancereret
skrives med t i karyotype og så de to kromsomer some r udskiftet
Quadrivalent
meiotisk parringsfigur for reciprok translokation - 4 krosomer med fjel sat mod hinandne
robersonsk transloation
arm udskiftet mellem to krosomer, skrives som der er rob og så de to som er udskifte
sker mellem acrosoniske krosmomer(13,14,15,21 og 22)
der vil her komme trisomy eller monomi ud af det
mikroarray
samling af patient sna og reference DNA som så blandes ammen og hældes på plade - farve forskelle viser deletion og inseriton ift hvor patient dna er ekstra eller mangler
bruges til struktuelle ændringerpcr
strukturelle kromsomannomalier
Deletioner: fragment brækket af og miste
- Duplikationer: fragment dublikeres
- Insertioner: fragment skifter position
Inversioner: fragment sættes på igen i omvendt orden
- Isokromosomer: ene arm mistes, anden duplikeres spejlvendt
- Ring kromsomer
- Translokationer: grafmenter replaceres mellem to ikke-homologe krosomer
skæv rekombination medføre deletion eller duplikation
mosaik
Et individ med to eller flere cellelinjer som er derivereret fra en zygote eks mos 45,X/46,xx eller mos 47,xy,+21/46,xy
Mosaik er når kun dele af generne fejler noget
Dette kan ske på to måder
Her gælder det at der sker en fejl i celledelingen som resulterer i at dele af linjen få forskellige kromsomantal (nederst)
Mekanisme 2 er der allerede abnorm mængde celler men der sker en fejl således at dattercellen går tilbage til de rigtige 46 hvorved der igen er 46 kromsomer
Mosaikker er ofte mildere fænotyper end hvis samme anomali er i alle celler
imprinting
Imprinting er det fænomen, at nogle gener udtrykkes hhv ikke udtrykkes alt efter hvilken forælder det pågældende gen stammer fra
acrocentriske kromosomer
13,14,15,21,22
pcr
oligonucleotider tilføjes og foregår som en primer til målsekvensen
herefter denatueres DNA’et ved 95 grader i 1-3 min og 5 min hvis mere end 50% CG
anneealing: af primer ved 50-70 grader i 30 sek
elongering via taq polyemarse og dNTP i 73 grader i ca 30 sek
dna polymerasen som bygger op igen kaldes for en taq-poymerase og virker uden operator eller promotor regioner
bruges bla ved sygdomme med kendetegn af anticipation, protein defekter
det er vigtigt at have referencegenom for både vildtype o gsygdomsdisponerende variant
kvantitativ real time PCR
en pcr undersøgelse hvor man moniturer svarene underevjs, man benytter her ofte taqman probe hvor man måler quencer signalet og dermed de lysende signaler
realtime- taqman prober
en probe tilsættes en opløsning og binder til DNA strengen hvor den er kkomplementær, proben indeholder to reaktive grupper i hver sin ende - den ene er en repporter som kan fluoriserer i deres ende med den pågældende flurosens som de har fået tilføjet, i den anden ende er en quencer som tilbageholder reporteren fra at frigive i flurosens
når polymerasen opbygger nyt DNA og den så møder proben vil den kløve proben hvorved qunceren frigives og flurosensen frigives og lyser op
mængdne af lys afsløre hvor mange der er af dette område
cDNA
omskrivning fra mRNA til cDNA via revserse transkribtase
man tilsætter her til poly(A) halen en komplementær sekvens samt en primer hvorefter man genemføre reverse transkribtase
den indeholder dog kun exons
herefter vil man gennemføre PCR annalyse
MLPA
Metoden detektere deketiooner og duplikationer i et givent gen såvel som abnorme kopital
Måden det fungerer er at en probe binder 2 og 2 sammen til hvert af de analyserende fragmenter således de 2 prober ligger umiddelbart bed siden af hinanden
Proberne ligeres herefter hvor den samlede probe har termnal hybridiseringssites
Der tilsættes nu en universal PCR-primer og der udføres PCR
En af primerne er fluroscerende hvorefter alle fragmenterne amplificeres med samme effektivitet da de har samme PCR bindingasite for primerne
Intensiteten af bånd kan derefter blive sammenlignet med den normal individer
Er intensiteten x2 eller x1/2 svarer det til hhv duplikation eller deletion af det pågældende fragment
mikrosatelitter (SSR)
små sekvenser som har mange gentagelser og stor varriation mennesker imellem hvorfor de kan bruges som forskel seer
omtales også som short tandem repears
fragile x-annalyse
bestemmelse af fragile x syndrom som føre til sygdomme som autisme - på mikroskop ses det som om x kromosomet er knækket = navnet
next generation sequencing
- DNA ooprensning - freagmentering - ligering af adaptorer - PCR - Bridge amplifikation - sekventering - DNA alignment
Sampling DNA tilføjes adaptersekvenser indeholdende priemrer som danner streng senerer og capture som binder til flowcellen
- DNA’et sættes ind i flowcellen, denatuerer
- Dna binder til primerer i flowcellen som herefter danner en ny streng
- Den vil nu binde et nyt sted mens den stadig holder fast det gamle sted hvor den så igen danner streng
- Dette gentages mange gange indtil der er rigtig mange eksemplare af samme dna streng
- Strengene dnatereres og alle backward fjernes så der kun er forward strenge
- Den tilføjes nu til sekvenseringsmaskine som nu danner almindelig sekvensering af strengen med ddNTP forskellen er her dog at der tilføjes en ddntp, denne fjernes og normal puttes på herefter tilføjes den næste ddNTP, fjernes osv
missens mutation
patogen hvis sker i ændring i aktive sit og ændre konformation
nonsens mutationer
ændring til stop codon
splejs site mutationer
exon skipping - dvs når exonsene splejses sammen så springes en over hvorfor et helt gen glemmes
frameshift mutationer
detektioner af 4 baser patogen da man får ændring i læseramme, formodentligt som her efterfølges af termineirng
mednels 2 love
medels 1 lov: segretionsprincippet; de to alleler i et locus silles under meiosen og segregerer til hver sin dattercelle
medels 2. lov = fri rekombination - to forsellige monogene egenskaber nedarves uafhægig af hinanden forstået som loci der ikke lige på samme kromsom eller loci langt fra hinanden på samme kromsom
wild type
normal allel - allelebn i den ikke muterede population
hemizygot
En hemizygot person har kun én allel af det pågældende gen. Alle mænd er hemizygote for gener og DNA markører på X kromosomet.
Allelheterogenitet
samme sygdom forårsages af forskellige patogene alleler i samme locus
locusheterogenitet
samme sygdom forårsages af gener i to eller flere forskellige loci
monogene sygdomme
er de sygdomme som overvejende skyldes en mutation i et enkelt gen som nedarves gennem mendels ov
multifaktorielle sygdomme
er de sygdomme som overvejdende skyldes en mutation e et enkelt gen som nedarves gennem medels lov
genkendes gennem sekventeringsarrayannalyse eller mikroarray
fænokopi
En miljøbetinget ændring i fænotypen som har lighed med det genetiske eks sukkersyge type 1 og 2 vises ens men den ene er genetisk og den anden er mere miljø betinget
eksoressitivtet
graden af et gens manifestation i fænotypen feks variabel ekspressivitet - genotypen er her ens men fænotypen forskellig
penetrans
et udtryk for gennemslagskraft i fænotypen kan her både være fuld penetrans eller nedsat
founder variant
En relativt høj hyppighed af en bestemt genotype i en population kan skyldes at en (eller få) bærere af genotypen er ophav til en stor andel af mennesker i populationen, f.eks. fordi populationen i dag stammer fra ganske få mennesker, hvoraf bæreren (bærerne) var en væsentlig del.
homoplasmi
mtDNA-sekvens i en person
heteroplasmi
to/flere mitrokondrieDNA-sekvenser i en person
mitroknodrielle sygdomme
mitrokondriet indeholder DNA som er proteinkodende
energikrævende organer kan afficeres heren der CNS hjerte og muskler, og det nedarves til mor
imprintingssygdomme
Modifikation (prægning) af et gen eller en kromosomregion alt efter, hvilken forælder det er arvet fra, dvs. maternel eller paternel imprinting. Prægningen resulterer i inaktivering af genet hos afkommet.
dvs forskel på sygdommen alt efter om det kommer fra mor eller far
fitness vs selektion
fitness er et udtryk for hvor godt tilpasset en sygdom er mens selektion er et udtryk for hvor meget bedre den
beregn hyppighed af givent allel
p^2+q^2+2pq
hardy weinberg loven
benyttes til at beregne sandsynligheden for en givent allel udkom gennem firmlen p^2+q^2+2pq
allel frekvenser er konstante over generationer og genotypefrekvenser er konstante over generationer
forudsætnig for hardy weinberg
tilfældig partnervalg - panmixi
store befolkninger - ingen drift
ingen migrationsfrostyrrelser
ingen mutationsforstyrrelser
ingen selektionsforstyrrelser
balancereret ligevægt = der er balance mellem ny-mutationer og selektioner (ligevægt mellem fitness og selektioner
virale former for onkogener
vækst faktore, receptore/kinaser, cytoplasmisk tyrosin kinase/ G-protein, transkriptions faktore, telomerase
aktivering af onkkogener
mutationenkan ske u den kodende del gvilket resulterer i hyperaktiv protein men lavet i en almindelig mængde
mutationer kan ske ved gen. amplifikation gvor et almindleigt protein overproducerer sig selv
korsom omarrangering dette skyldes at regulatoriske DNA sekvenser forårsager at normale proteiner bliver overproducerede eller gennem fsio af aktivitet transkriberende gener producerer overproducerede fusion proteiner
knudson 2-hit teori
der sal to mutationer til for at Tumor supressor gener inaktiveres
dette kan enten ske ved at der sker en mutation i en normal celle og en deletion op det andet allel således den inaktiveres alternativt nedarves mutationen germline og så skal der en deletion til for at den anden inaktiveres
tab af heteroxygosity
krosomalt event som resulterer i tabet af et helt gen og omkringligende kormosmale område
udvikling af mutationer
normal celle -neuplasma - carcinoma - metastasis
polymorfism
Regelmæssig forekomst i befolkningen af mindst 2 forskellige alleler på et givent locus, hvor hvert allel har en vis hyppighed (sædvanligvis > 1% af befolkningens kromosomer; er hyppigheden sjældnere (=ikke regelmæssig) bruges betegnelsen DNA-variant, se denne). DNA-polymorfier anvendes bl.a. ved genetisk kortlægning, genetisk rådgivning mm. F.eks. mikrosatellitter, minisatellitter, restriktionsfragment polymorfier (se også DNA markør).
allel heterogenetitet
her vil der være tale om forskellige variationer af gen A som vil resulterer i sygdom A
locus hererogenitet
Her kan der være tale om flere udgaver;
- Variant 1; GEN A førende til sygdom A
- Variant 2, Gen B førende til sygdom A
- Variant 3; miljøfaktor C førende til sygdom A
multifaktoriel
disse genvarianter kan være hypppige her kan flere forskellige gen varianter træde ind for at udløse en sygdom eks
- Variant gen A, Variant gen B, Variant gen C, miljøfaktor F resulterer i sygdom A
- Variant gen A, Variant gen D, Variant gen E, miljøfaktor G føre til sygdom A
rekombinationsmulgiheder
rekombination, nonrekombination eller rekombination alt efter om alle generne rekombineres eller ikke rekombineres eller kun visse af dem bliver
rekombinationsfraktionen angives i %,
denne fraktion øges med afstanden mellem generne og giver et udtryk for sandsynligheden for at de kobles uafhægigt
om det er nonrekombinant, rekombinant eller fri rekombinant afhænger blandt andet af afstanden mellem generne
haplotyper
flere nedarvede gener fra samme forælder
centiMorgan
for rekombinationsfraktioner som er mindre end 10-15% er den observerede rekombination lig den genetiske afstand angivet i cM
transitioner
udskiftning puriner imellem eller pytimider imellem
ransitioner langt mere hyppige dette skyldes at cytosin ofte omdannes til thymin og derved gøør transitioner hyppigere
Måden denne reaktion finder sted er ved at en methyl gruppe påsættes cytosin efterfulgt af en deaminering af nh2
transversionter
udskiftning fra purin til pyrimidin
deletion, insertion og dymnaminsk mutationer hvordan
Deltion, insertion og dynamiske mutationer sker grundet fejl i replikationen hvis polymerasen hopper af, kan den i visse tilfælde hoppe på for langt fremme eller for langt tilbage og på den måde lave en deletion eller insertion
genfejl for hhv sædceller og ægceller
For æggene dannes de allerede ved fødslen hvorefter de ligger og venter på at blive lavet, de vil her bare ligge klar og vente hvorfor der er muglihed for mutationer her og også grunden til at der sker nindisjunction jo ældre man blider
Celledeling hos sædceller forøges med alderen hvorfor der kommer mulgihed for flere punktmutationer - det er derfor jo ældre man er jo større risiko for mutationssygt barn
mutationsraten afhænger af
- Genstørrelse
- Forældrenes alder
- Mutations hot spot ( steder som der ofte sker mutationer)
○ CG øer
○ Trunukleotid
○ Repeat expansion
○ Større repeat regioner
○ Formentligt flere mekanismer
○ Selekktionsfordel i cancer
hvilken mutations variant er mest almindleig
50% af sygdomstilfælde sker ve missens variationer
klassificering af genetiske varianter efter hvor patogene de er således at
C5=sikker patogen
C4= sandsynligvis patogen
C3= ukendt betydning
C2 = sandsynligvis ikke patogen eller ringe klinisk betydning
C1 = ikke patogen elle ruden klinisk betydning
populationsfrekvensen taler også ind - hvis den er hypppig taler det for højpenetrant
dynamiske mutationer
Mutationer, som er forlængelser af repeatområder i eller tæt ved gener, og hvor længden af repeatområdet hyppigt ændrer sig mellem generationer
DNA markør
Bruges både om en størrelses-markør (f.eks. ved elektroforese), og som betegnelse for et locus, som indeholder en karakteristisk DNA-sekvens eller en DNA-polymorfi/DNA-variant, som kan anvendes til at skelne mellem homologe kromosomer.
anticipation
forøgelse af repeat tal ned gennerationer - større og større sandsynlighed for sygdom
trioanalyse
Man tester mor far og barn
segregationsanalyse
Ved segregationsanalyse findes de individer i et stamtræ der har nedarvet en eller flere distinkte og gensidigt eksjklusive egenskaber med henblik på at teste om årsagen er identificer bar
FISH
- Man bygger farve molekyler in di koromsomerne
- Proberne er bygget op til at passe et bestemt sted of man så indbygger farven
- Man farver ofte også centromereren så man kan rienterer sig
- Man kan både farve specifikt eller mere åbent
- Man kan placerer en evt mutation in real time på krosomet
- Er til for at kende en specifik placering af et gen på et kromsom ved at hybridiserer en DNA sekvens med et komplementær DNA streng
- Man fixerer cellen
- Tilsætter prober som er komplementær til cellen som indeholder fluroisense
- Herefter denatuerer den og target dna cellen og proben binder til cellen
- Er der mutationer vil der ikke ske fluroisens og man kan derved lokaliserer placeringer af mutationer på kromsomet
krosom annalyse
- Der optages en blodprøve
- Den kommer i vækstmedie og fryses i mitosen således at den danner flotte krosmomer
- Den tilføjes en hypoton opløsning og fixeres hvilket skaber et karyogram
hvad æger risiko for arvning af multifaktoriel
- Sygdomsrisikoen øges når familiemedlemmer er smittet
- Jo fjerner man er beslægtet med given syg person, jo mindre er sandynligheden for at man selv bliver syg
- Hvis en sygdom forekommer i forskellige sværhedsgrader, så gælder det at j o svære udgave familiemedllemer har af sygdommen, jo større er risikoen for at en given sygdom rammer en
- Sygdomsrisikoen er høhjerer når slægtninge som er smittede tilhøre det mindre sansynlige køn af smittede
tærskelværdi
værdien som skal overtrædes for at blive syg med multifaktoriel sygdom - der kommer he roverload
heritabillitet undersøgelser
familiestudier - hvor ma undersøsger for gentagelsesrisiko
sgretionsanalyse ( nedarvningsmønster
tvilingestudier- sammenligning af tve og en ægget tvillinger
mikrosatelliter
DNA mikrosatelliter markør dvs polymorfe regioner i genomet der kan amplificeres med pcr ved brug af specifikke primere og dtekteres med kapilareelektroferese
den karakteriseres ved gentagelser af kohorte tandem repeat enheder
antallet af gange er meget variabelt for den enkelte mikrosatellit. DNA mikrosatelliter er endvidere karakteriseret ved deres store hyppighed og at de findes nogenlunde jævnt fordelt i hele geneomet
hvad er eukromatin og hvad er hetrokromatin og hvilke redigeringer findes
eukromatin - åbent for transkription, acetyleres for dette sker
hetrokromatin DNA - lukket - methylering
De 5 hallmarks
Øget vækssignalering
Nedsat følsomhed for væksthæmmere
Aktivering af invasion og metastasering
Replikativ udødelighed
Forøget anigogenese
Resistent overfor cellerdød
compund heterzygot
to alleler med mutationer to forskellige steder
uniparantal disomi
kun kopi af krosmom fra den ene forælder
kobling
kobling er udtryk for relationen mellem to loci på et kormosom - jo mindre afstand jo større kobling
gatekeeper
koder for proteiner involvereret i cellecyklus eller apoptose
konkordans
et udtryk for at tvilinger har samme fænotype
kromsom undersøgelser
relatereret til ændring på niveau med flere gener bruger til undersøgelse af numeriske ændringer
prænatal rådgivning og test
alder på barn angives i gestriationsalder
doubles test: udføres på blod taget fra moderen - måler tilstedeværelsen af to serum markører for down syndrom
moderkageprøve: lille grovnålsbiopsi taget af moderkagen
moderkagen består af et lag diffrentierede celler fra fosteret og prøvemateriale for mikroarray - har abortrisiko
fostervandsprøve:
udføres på celler i fostervand - cellerne i væsken kommer fra fostereret og fungerer somprøvemateriale til genetiske undersøgelser
