husk b4 Flashcards
kromatin
DNA materialet i kernen - synligt ved farvning
Kromosomer
supercoiled DNA (med protein) arrangereret som stave er synlige under celledelin
Homologe kromsomer
de to kromsomer som dannes ved metafasen
Søsterkromatider
de to kromsomer bundet sammen af centromer
Profasen
duplikerede DNA-streng kondenseres og søsterkromatider holdes sammeni centromer til x formet struktur kromso, desuden påbegyndes udvikling af mitotisk spindle
Prometafasen
kernemembran opløses og den mitotiske spindle udvikles, tentrådene bindes til de enkelte kromsomer
Metaasen
Kromosomerne er placereret langs med cellens ækvator ( det er i denne fase kromsomannalyse sker
Anafase
søsterkromatider sepereres og bevæger sig til hver sin cellepol
Telofase
kromatider til hver sin cellepol, øvrigt materiale fordeles og cellemembranen afsnørres
karyogram
et billede af alle korsomserne fordelt efter størrelse, x og y til sidst
navngivning krosomer
- Kromsomnummer ift karyogram
- P eller q afhængig af om det er den korte arm (p for petit) eller den lange arm (q)
- Typen af forandring
metacentrisk
centromeren placeret midt på kromosome
submetacentrisk
centromeren placeret højt oppe
acrocentrisk
placeret lavt på krosomet Det acrocentriske del vil typisk ikke kode for noget men være hetrokromatin
karyotype
- Antal krosomer,
- Kønskromsomer
- Afvigende krosomer
Eksempel for mænd: 46,xy
Eksempel for kvinder 46,xx
For den abnormale karyotype skrives antal kromosomer, kønskromosomer og afvigelse som her vil indeholder kromosomnummer, p eller q arm, samt typen af forandrig evt med
x-inaktivering
alle kvinder inaktiverer det ene x i alle celler
Inaktiveringen sker som foster under 2. gestationsuge og sker normalt random
Alle efterkommere af den enkelte celle har samme x kromsom inaktiveret men der kan dog være enkelte områder som undergår inaktiveirng hvilket kan have betydning for sygdomme i gener på x-krosomet (x-bundne recessive lidelser)
Aneuoploider
1 kromsom ekstra eller mindre (risomeri eller monosomi)
Polyploider
hele karyotypen - 3 eller flere af alle krosomer (triplpoidi eller tetraploidi)
Balanceret
Alt kormsommateriale er til sted men evt ved en omorganisering fx ved inversion eller translokation
Ubalancereret
Overskud ( duplikation) eller tab (deletion9 af krosommateriale som oftest er patogen
Nodisjunction
mnaglende adskilleslse i meiosen enten 1. eller 2. meiotiske delinghvilket kan resultere i æg celler uden krosomer, eller celler med for mange krosmomer
strukturelle kromosom annomalier
enten intrakromosomalt eller interkromosoomalt vedrørrende flere krosmosomer
kan ske enten balancereret eller ubalancereret
reciprok translokation
parring af strukturel krosomfejl - lille hat som er udskiftes med andet kromosom
kommer der en skæv fordeling kaldes det adjacent - findes 2 udgaver hvis dleingen er en 2:2 segretion, er det 1:3 segretion vil alle 8 være ubalancereret
skrives med t i karyotype og så de to kromsomer some r udskiftet
Quadrivalent
meiotisk parringsfigur for reciprok translokation - 4 krosomer med fjel sat mod hinandne
robersonsk transloation
arm udskiftet mellem to krosomer, skrives som der er rob og så de to som er udskifte
sker mellem acrosoniske krosmomer(13,14,15,21 og 22)
der vil her komme trisomy eller monomi ud af det
mikroarray
samling af patient sna og reference DNA som så blandes ammen og hældes på plade - farve forskelle viser deletion og inseriton ift hvor patient dna er ekstra eller mangler
bruges til struktuelle ændringerpcr
strukturelle kromsomannomalier
Deletioner: fragment brækket af og miste
- Duplikationer: fragment dublikeres
- Insertioner: fragment skifter position
Inversioner: fragment sættes på igen i omvendt orden
- Isokromosomer: ene arm mistes, anden duplikeres spejlvendt
- Ring kromsomer
- Translokationer: grafmenter replaceres mellem to ikke-homologe krosomer
skæv rekombination medføre deletion eller duplikation
mosaik
Et individ med to eller flere cellelinjer som er derivereret fra en zygote eks mos 45,X/46,xx eller mos 47,xy,+21/46,xy
Mosaik er når kun dele af generne fejler noget
Dette kan ske på to måder
Her gælder det at der sker en fejl i celledelingen som resulterer i at dele af linjen få forskellige kromsomantal (nederst)
Mekanisme 2 er der allerede abnorm mængde celler men der sker en fejl således at dattercellen går tilbage til de rigtige 46 hvorved der igen er 46 kromsomer
Mosaikker er ofte mildere fænotyper end hvis samme anomali er i alle celler
imprinting
Imprinting er det fænomen, at nogle gener udtrykkes hhv ikke udtrykkes alt efter hvilken forælder det pågældende gen stammer fra
acrocentriske kromosomer
13,14,15,21,22
pcr
oligonucleotider tilføjes og foregår som en primer til målsekvensen
herefter denatueres DNA’et ved 95 grader i 1-3 min og 5 min hvis mere end 50% CG
anneealing: af primer ved 50-70 grader i 30 sek
elongering via taq polyemarse og dNTP i 73 grader i ca 30 sek
dna polymerasen som bygger op igen kaldes for en taq-poymerase og virker uden operator eller promotor regioner
bruges bla ved sygdomme med kendetegn af anticipation, protein defekter
det er vigtigt at have referencegenom for både vildtype o gsygdomsdisponerende variant
kvantitativ real time PCR
en pcr undersøgelse hvor man moniturer svarene underevjs, man benytter her ofte taqman probe hvor man måler quencer signalet og dermed de lysende signaler
realtime- taqman prober
en probe tilsættes en opløsning og binder til DNA strengen hvor den er kkomplementær, proben indeholder to reaktive grupper i hver sin ende - den ene er en repporter som kan fluoriserer i deres ende med den pågældende flurosens som de har fået tilføjet, i den anden ende er en quencer som tilbageholder reporteren fra at frigive i flurosens
når polymerasen opbygger nyt DNA og den så møder proben vil den kløve proben hvorved qunceren frigives og flurosensen frigives og lyser op
mængdne af lys afsløre hvor mange der er af dette område
cDNA
omskrivning fra mRNA til cDNA via revserse transkribtase
man tilsætter her til poly(A) halen en komplementær sekvens samt en primer hvorefter man genemføre reverse transkribtase
den indeholder dog kun exons
herefter vil man gennemføre PCR annalyse
MLPA
Metoden detektere deketiooner og duplikationer i et givent gen såvel som abnorme kopital
Måden det fungerer er at en probe binder 2 og 2 sammen til hvert af de analyserende fragmenter således de 2 prober ligger umiddelbart bed siden af hinanden
Proberne ligeres herefter hvor den samlede probe har termnal hybridiseringssites
Der tilsættes nu en universal PCR-primer og der udføres PCR
En af primerne er fluroscerende hvorefter alle fragmenterne amplificeres med samme effektivitet da de har samme PCR bindingasite for primerne
Intensiteten af bånd kan derefter blive sammenlignet med den normal individer
Er intensiteten x2 eller x1/2 svarer det til hhv duplikation eller deletion af det pågældende fragment
mikrosatelitter (SSR)
små sekvenser som har mange gentagelser og stor varriation mennesker imellem hvorfor de kan bruges som forskel seer
omtales også som short tandem repears
fragile x-annalyse
bestemmelse af fragile x syndrom som føre til sygdomme som autisme - på mikroskop ses det som om x kromosomet er knækket = navnet
next generation sequencing
- DNA ooprensning - freagmentering - ligering af adaptorer - PCR - Bridge amplifikation - sekventering - DNA alignment
Sampling DNA tilføjes adaptersekvenser indeholdende priemrer som danner streng senerer og capture som binder til flowcellen
- DNA’et sættes ind i flowcellen, denatuerer
- Dna binder til primerer i flowcellen som herefter danner en ny streng
- Den vil nu binde et nyt sted mens den stadig holder fast det gamle sted hvor den så igen danner streng
- Dette gentages mange gange indtil der er rigtig mange eksemplare af samme dna streng
- Strengene dnatereres og alle backward fjernes så der kun er forward strenge
- Den tilføjes nu til sekvenseringsmaskine som nu danner almindelig sekvensering af strengen med ddNTP forskellen er her dog at der tilføjes en ddntp, denne fjernes og normal puttes på herefter tilføjes den næste ddNTP, fjernes osv
missens mutation
patogen hvis sker i ændring i aktive sit og ændre konformation
nonsens mutationer
ændring til stop codon