Human genome project Flashcards
¿Qué animal fue seleccionado como modelo para evaluar y perfeccionar las metodologías de secuenciación genómica?
Drosophila melanogaster
¿Por qué se uso la Drosophila?
- tiempo de desarrollo (10 años)
- ↓ tamaño → gran # de individuos
- mantenimiento de bajo costo
Inicio y fin del HGP
de 1990-2003
13 años
Objetivos del HGP (2)
- organizar y almacenar la info en bases de datos
- desarrolla tecnologías y herramientas para secuenciar + rapido
Se quería determinar la secuencia de ____ millones de nucleótidos en el HGP
3,000
¿Qué querían conocer, caracterizar y clasificar en el HGP?
la totalidad de genes contenidos en el genoma humano
¿Cómo fueron las muestras biologicas del proyecto del genoma humano?
- donadores (21)
- sangre y semen
- se hicieron clonas de los fragmentos utilizadas respecto a la calidad
¿Qué es una librería?
- técnica de aislamiento de fragmentos de ADN de BAC
- para visualizar se usó la tecnica de Sanger ABI PRISM 3700 ADN Analyzer
BAC: cromosoma bacteriano artificial
¿Cuál fue la técnica de secuenciación del HGP?
librerías
¿Qué pasa con los errores no identificados en la secuenciación del HGP?
podrían reducir la efectividad del ensamblaje
¿Cómo era el control de calidad del HGP? (especificidad y verificación)
- especificidad del 99.5%
- verificacion de contaminacion con E. Coli o ADN mitocondrial
secuencia promedio de 543pb
Fun fact sobre la E.coli en el HGP
E. coli se usa en labs para clonar fragmentos de ADN. En el PGH, los fragmentos de ADN genómico se clonaban en vectores (como plásmidos) que se introducían en E. coli para su replicación y mantenimiento. Verificar la ausencia de contaminación con E. coli aseguraba que los fragmentos de ADN clonados eran puros y específicos para el humano.
¿Qué pasa en 1990 con el HGP?
proyecto fue lanzado en EE.UU
$3 billones
¿Qué pasa en 2003 con el HGP?
finalizacion de la secuenciacion del genoma humano
¿Cuáles fueron los 2 conjuntos de datos que se usaron para la estrategia y caracterización del ensamblaje del genoma?
-
celera genomics (fondos privados)
→ 27.27 millones de lecturas de 543pb de 16 librerias -
HGP (fondos publicos)
→ derivado de librerias ABC
