Human genome project Flashcards
¿Qué animal fue seleccionado como modelo para evaluar y perfeccionar las metodologías de secuenciación genómica?
Drosophila melanogaster
¿Por qué se uso la Drosophila?
- tiempo de desarrollo (10 años)
- ↓ tamaño → gran # de individuos
- mantenimiento de bajo costo
Inicio y fin del HGP
de 1990-2003
13 años
Objetivos del HGP (2)
- organizar y almacenar la info en bases de datos
- desarrolla tecnologías y herramientas para secuenciar + rapido
Se quería determinar la secuencia de ____ millones de nucleótidos en el HGP
3,000
¿Qué querían conocer, caracterizar y clasificar en el HGP?
la totalidad de genes contenidos en el genoma humano
¿Cómo fueron las muestras biologicas del proyecto del genoma humano?
- donadores (21)
- sangre y semen
- se hicieron clonas de los fragmentos utilizadas respecto a la calidad
¿Qué es una librería?
- técnica de aislamiento de fragmentos de ADN de BAC
- para visualizar se usó la tecnica de Sanger ABI PRISM 3700 ADN Analyzer
BAC: cromosoma bacteriano artificial
¿Cuál fue la técnica de secuenciación del HGP?
librerías
¿Qué pasa con los errores no identificados en la secuenciación del HGP?
podrían reducir la efectividad del ensamblaje
¿Cómo era el control de calidad del HGP? (especificidad y verificación)
- especificidad del 99.5%
- verificacion de contaminacion con E. Coli o ADN mitocondrial
secuencia promedio de 543pb
Fun fact sobre la E.coli en el HGP
E. coli se usa en labs para clonar fragmentos de ADN. En el PGH, los fragmentos de ADN genómico se clonaban en vectores (como plásmidos) que se introducían en E. coli para su replicación y mantenimiento. Verificar la ausencia de contaminación con E. coli aseguraba que los fragmentos de ADN clonados eran puros y específicos para el humano.
¿Qué pasa en 1990 con el HGP?
proyecto fue lanzado en EE.UU
$3 billones
¿Qué pasa en 2003 con el HGP?
finalizacion de la secuenciacion del genoma humano
¿Cuáles fueron los 2 conjuntos de datos que se usaron para la estrategia y caracterización del ensamblaje del genoma?
-
celera genomics (fondos privados)
→ 27.27 millones de lecturas de 543pb de 16 librerias -
HGP (fondos publicos)
→ derivado de librerias ABC
¿Cómo fue el ensamblaje del genoma humano?
comparando fragmentos de librerias y debian sobrelaparse por lo menos 40pb y no debian tener + de 6% de diferencia entre ellas
¿Cómo fue la anotacion de genes?
- marcadores de secuencia expresada: marcadores donde se expresa algo
- islas CpG: despues de la region promotora se expresaban C y G no metiladas
¿Cómo fue la prediccion de genes?
pensaban que habian 30,000-40,000 en todo el cuerpo, sin embargo, se encontraron 100,000 tan solo en el cerebro
¿Qué es el mapeo citogenético?
marcar bandas C y G en los cromosomas con giemnsa en el centrómero, telómeros, etc.
¿Qué es el mapeo de ligamiento?
ubicación relativa de genes en cromosomas y cómo se relacionan entre sí analizando los patrones de herencia (marcadores genéticos)
¿Qué son las islas CpG?
- regiones ADN no metilado
- gran cantidad C y G
- hay entre 30,000-45,000
- dan mas firmeza
¿Cuál es el cromosoma que tiene más elementos repetidos?
cromosoma 19
Porcentajes del genoma humano con respecto a sus secuencias
- 80% del genoma es no codificante
- 70% del genoma son copias únicas
- 30-40% son secuencias altamente repetitivas
secuencias repetitivas: para escenas de crimen o para saber tus orígenes
¿Dónde se concentran las regiones no codificantes y codificantes en el cromosoma?
- codificantes: regiones subtelomericas
- no codificantes: heterocromáticas y centroméricas
