hérédité Flashcards
définition acide nucléiques
polymères de nucléotides
différence entre ribose et déoxyribose
ribose possède un Oxygène de plus que le déoxyribose
Ribose trois liens OH
deoxyribose deux lien OH
Quelles sont les purines (+ structure de base)
adénine et guanine
un cycle de 6 et un cycle de 5 (possède 4 N en tout)
quelles sont les Pyrimidines (+ structure)
thymine
uracile
Cytosine
Structure cycle de 6, 3 double liaison, 2 N
Particularités de chacune des structures des bases azotées.
adénine (fct NH2 sur le sur cycle à 6)
guanine (fct cétone à la place du NH2 de l’adénine + NH2 en bas à gauche)
Cytosine (cétone en haut, NH2 en bas gauche)
Uracile ( cétone en haut et en bas à gauche)
Thymine (Cétone en haut et en bas à gauche + CH3 en haut à droite)
Qu’est ce qu’un nucléotide
sucre à 5 carbones (ribose/déoxyribose)
Avec qui se fait le lien beta glycosidique
purine: N9 avec C1 du sucre
pyrimidines: N1 avec C1 du sucre
Quelles sont les deux autres types de liens
lien phopho-ester
lien phopho-anhydryde RICHE EN ÉNERGIE
Quelle est la base azoté qui a seulement un role dans ARN
Uracile
qu’est ce qu’un déoxyribonucléotide (composante)
base azoté
deoxyribose (un lien OH)
phosphate
- même chose pour un ribonucléotide (sauf ribose car deux lien OH)
Les nucléotides tri phosphate sont des ..
Les nucléotides cycliques sont des…
- monnaies énergétiques
- messagers intracellulaires + régulateur métabolisme et reproduction
Caractéristiques principales des bases azotés triphosphate
ATP: énergie
GTP: participe synthèse prots
CTP: participe synthèse lipide
UTP: Impliqué métabolisme glucide
règle de chargaff
A/T = C/G = 1
A+T pas égal C+G
Watson et Crick on créé un modèle
A = T
G = C
orientation de la liaison phosphodiester
5’ à 3’
nb de liaisons entre A-T et C-G
2: A-T, OH et NH
3: C-G, OH, NH, OH
caractéristique double hélice ADN
5’ à 3’
extrémité 5’ = phosphate
extrémité 3’ = OH
base sont perpendiculaires aux montants
torsion engendré par noyau des bases
incrément = 10,4 pbs
à pH neutre comment agit le nucléotide
sera un polyanions associés avec du Mg ou protéines cationiques (K ou R)
Quelles sont les forces qui stabilisent la double hélice
hydrophobes
van de Waals entre bases
liaison H entre bases
interactions électrostatiques (entre P, Mg ou protéines cationiques)
*ADN monocaténaire moins stable que bicaténaire
ADN et la vie sont basé sur quoi
phi , angle entre les deux pentagone (36 degré) de l’un des cotés
qu’est ce que le nombre d’or
ce qui nous plait le mieux
quels sont les types d’agents dénaturants
In vivo (réplication ou transcription)
In vitro (augmentation température, agent chaotropiques ex: urée ou chlorure de guanidium)
plus la température est élevé plus il y a de … dans le génome
de base C et G
Qu’elles sont les trois conformations de l’ADN
A: adn encore plus tordu
B: pu tant de diff entre sillons, pas problème
Z: detwister cela fait apparaitre encore plus les bases, plus facile pour prots de lire la séquence
Qu’elles sont la grandeur des conformations
A = + petit
B = moyen
Z = + long
Quels sont les trois types ADN
ADN génomique
ADN mitochondriale
ADN chloroplaste
quelle est la structure des polynucléotides monocaténaires quand ils sont stable
ils veulent former des épingles/boucles
ARN structure
sucre= ribose
T remplacé par U
brins monocaténaires peuvent s’apparier et former régions bicaténaires (DUPLEX)
Différent type ARN et proportion
ARNr = 80%
ARNt = 15%
ARNm = 3%
snRNA= activités catalytiques, maturations grands ARN
Qu’est ce qui se passe chez l’eucaryote en lien avec ADN
2m ADN dans un noyau de 5um
condensation 100 000x
stade compression ADN
ADN à interphase
perle sur une corde - solénoïde (6 nucleosome par tour) - loop (50 tour par loop)
ADN chromosomique
miniband (18 loops) - Chromosome (empilement minibands)
Étape collier de perle (interphase et compression ADN)
ADN + histones (octamère d’histones)
histones : H1, H2A, H2B, H3 et H4
prots basiques riche en R et K
séquence aa bien conservé
146pbs
54pbs + H1 va venir sceller le tout
2 autres Étapes interphase
- solénoïde : = chromatine
- boucle de chromatine associés au prots non-histoniques
Que vont faire le R et K dans la compression de ADN
neutraliser les charges négatives du phosphate
ADN des bactéries et archéobactéries sont associés à ..
des protéines non-histoniques (=prots chargé +)
la réplication de l’ADN est …
semi-conservatrice
elle est faite par machinerie protéique
Réplication de l’ADN chromosomique chez E.Coli (caractéristique)
bidirectionnel
origine et terminaison unique
20-30min
Réplication de l’ADN génomique chez eucaryote
plusieurs bulles de réplications donc multiples origines et terminaisons
1h
enzymes de réplication chez E.coli (réplication et/réparation ADN)
ADN pol 1 : les deux
ADN pol 2 :juste réparation
ADN pol 3 : juste réplication
rx élongation d’une chaine par adn pol (fct)
1.appariement du NTP
2. attaque nucléophile phosphore alpha par le 3’ OH libre
3. formation lien phosphodiester et élimination groupe pyrophosphate (formation IRRÉVERSIBLE)
4.enzyme saute nucléotide suivant
Que nécessite ADN pol 3
une matrice et une amorce avec extrémité 3’OH
caractéristique de ADN pol 3
enzyme processive (contre la distributivité)
av: besoin de peut pour copier entièreté du génome
TRÈS VITE
Quelles sont les deux activités de l’ADN pol 3
activité polymérase 5’ à 3’
activité exonucléase 3’ à 5’
- elle est capable de défaire ce qu’elle fait
** erreur cumulative arrive chez E.coli avant Eucaryote
on lit de … à …
on tricote de … à …
- 3’ à 5’
- 5’ à 3’
Au fur et à mesure de la réplication il y aura des…
brins discontinues
avec quoi on fait la synthèse d’un amorce d’ARN
avec quoi on fait la synthèse d’un ADNsb (sb= simple brin)
la primase du primosome
ADN pol 3
Role ADN pol 1
activité exonucléase :
-éliminer amorce de l’ARN 5’-3’
-lecture d’épreuve 3’-5’ (détacher mauvais duo de base)
activité polymérase : synthèse adn 5’-3’
ADN ligase role et condition de fctionnement
role: éliminer des brèches , essentiels entre fragments d’okazaki
conditions; 3’ OH-ADN et 5’ P-ADN
et de ATP chez eucaryote/bactériophagies et NAD+ chez bactéries
Quelle est le deuxième problème dans La Fourche de réplication et cet on le gère
déroulement entraine des torsions en aval
détorsion par les topoisomérase (comme gyrase)
hélicase sépare les brins
** nécessite ATP
quelles est le troisième problème dans La Fourche de réplication et cet on le gère
éviter formation d’épingles a cheveux
SSB ou prots qui se fixe sur le brin monocaténaire empêche ADN de se réapparier
qu’est ce qu’un SSB
tétramères
qui se fixe coopérativements (recouvre 32 nts)
quelles est 4e problème dans La Fourche de réplication et cet on le gère
formation d’une boucle pour la synthèse du brin retardé
la lenteur de la réplication est causé par quoi
par les histones lié à ADN pendant la réplication
conséquence d’un mutation chez uni et pluricellulaire
unicellulaire: transmis à descendance
destruction Dun gène peut entrainer mort organisme
pluricellulaire: pas transmis par descendance sauf si elle touche génome d’une cellule germinale
destruction d’un gène peur entrainer : tumeur ou perte de fct avec mort cellulaire
cause des modifications chimique
conséquence
Radiation ionisantes
Rayon UV: conséquence Xeroderma pigmentosium cela cause des érythèmes (maladie de peau), maladie autosome récessive, déficience de la photolyase
quels sont les types de modifications chimiques lors de la réparation de ADN
Méthylation
Désamination
Dépurination
Dépyrimidination
Agents intercalaires (bromure d ’éthidium, acridine orange, actinomycine D)
=> déformation de la double hélice
Les 3 mécanismes de réparation
- par excision-réparation
-endonucléase
-helicase + exonucléase
-ADN pol 1
-ADN ligase - dimères de thymidine
-enzyme photoactivatrice - désamination d’une cytosine en uracile
-ADN pol 1
-ADN ligase
- uracile N-glycosylase
-endonucléase
que font les ADN glycosylases
retire les bases endommagés
diff entre nucléotide et nucléoside
nucléoside n’a pas de phosphate seulement base et sucre
ou est l’hydorxyl manquant sur le deoxyribose
sur le 2 Carbone
lien phospho anhydre
phospho ester
phospho diester
- P-O-P
- P-O-C
- C-O-P-O-C
définition gène
séquence d’ADN transcrite
Qui à le + de gènes entre eucaryotes et procaryote
eucaryote
Le facteur transcripteur et facteur promoteur
qui est cis et qui est trans
transporteur = trans
promoteur = cis
structure de arn polymérase chez E.coli
alpha,beta,beta’, sigma,
a: assemblage de enzyme
b’: fixe enzyme ADN
b: lie NTP
sigma: initie transcription
structure arn polymérase chez eucaryote
ARN pol 1: transcription grand ARNr
ARN pol 2 : transcription ARNm
ARN pol 3 : transcription ARNt et petit ARNr
Qu’Est ce qu’il y a entre procaryote et eucaryote
ancêtre commun d’ARN polymérase
principale diff entre ARN pol et ADN pol
ARN pol n’a pas de lecture d’épreuve et n’a pas d’amorce. L’ARN pol est moins vite et à plus de taux d’erreur que ADN pol
diff entre eucaryote et E.coli pour la séquence promotrice
E.coli: un promoteur mais PLUSIEURS séquence codantes
Eucaryote: un promoteur pour UNE séquence codante
structure promoteur chez E.coli
+1 initiateur
-10 taatat box
-35 cat box
qu’est ce qu’un promoteur puissant implique
un fort taux de transcription et plusieurs ARN en arrête de poisson
fct initiation à transcription
sigma s’attache car reconnait une séquence et amène ARN pol
attire NTP qui s’attache, à ce moment sigma se détache
ARN pol va avancer de plus en plus en ouvrant ADN
qu’est ce qu’une ouverture de 18 pbs
une bulle de transcription
*ouverture de hélice demande bcp énergie
de quelle façon le ribonucléotide 3P arrive il
par diffusion (formera lien H)
pourquoi les 1er nts polymérisés restent plus longtemps sur ADN
car il y a une formation double hélice ADNsb-ARN transitoire
2 produits qui inhibe ARN polymérase du procaryote
rifampicine: inhibe translocation ARN pol de ADN matrice
rifamycine: se lie Beta et empêche l’entrée du nts au site initiation
utilise 2 produits contre tuberculose et infections gram+
** n’affecte pas ARN eucaryote
vitesse d’élongation est plus lente chez région riche en C-G pourquoi
3 liaisons H plus long que 2 liaisons H
Pendant l’élongation sigma qui l’ARN pol pour l’arrivé de…
Nus A
fct terminaison de transcription
riche en CG = site de pause
role de Nus A = facteur terminaison (suivi séquence riche en A)
formation épingle à cheveux (site palindromiques) déstabilisent hybride ARN-ADN
nommer deux mécanismes de terminaisons
épingle à cheveux + fréquent
à l’aide de rho (hélicase ATP dépendante)
se fixe sur 5’ fait tout ADN et bump ARN pol
les deux diff co-inducteur
lactose (inhibiteur)
catabolite (activateur)
structure d’un opéron
opérateur-promoteur-structure
Le CAP protéine est importante pour quoi et qu’est ce qui active le CAP protéine
pour attirer l’ARN pol
l’AMPc active le CAP
quelles sont les types de remaniements de transcrits primaires
ajout nucléotides
soustraction nucléotides
modifier covalente de certaines base
** but rendre ARN plus stable
comment on fait la maturation des ARNt et ARNr chez E.coli
par RNA P
par RNA D
par ARN nucléotidyl transférase (ajout CCA en 3’ à ARNt)
fct maturation chez e.coli
RNA P va couper à 5’ dautres endonucléase vont couper à d’autres endroit.
RNA D va couper 3’ et gruger jusqu’à temps de trouver CCA ou jusqu’à homoduplexe de l’ARN.
si pas trouver ARNt nucléotidyl Transférase va venir greffer le CCA
précurseurs commun pour ARNr chez procaryotes
par la Ribonucléase 3
grosseur petite et grande sous-unités
petite = 16s
grande = 23s
diff entre maturation ARNm chez procaryote et eucaryote
pas dépissage chez procaryote (5’pppA et 3’ OH)
pas simultané chez eucaryote pour transcription et traduction.(5’ GTP coiffe et 3’ queue polyA)
la coiffe protège l’ARNm de quoi chez les eucaryote
des exonucléases
le G6P à un effet inhibiteur sur la glucokinase (foie et pancréas) Vrai su faux
faux seulement sur hexokinase
comment se nomme l’enzyme qui phosphoyl la PFK 2
protéine kinase
+ tu as de CG + ADN sera…
solide et les bases seront plus rapproché
par quoi la torsion est engendré dans ADN
les noyaux hydrophobes
qui est hyperchromique entre sb et db
simple brin car c’est les bases qui captent la lumière
le collier de perles est possible grâce à..
les prots basiques qui veut s’attacher à ADN acide
*histones importantes = prots qui ont un role de contentement
nucléosome =
octamère (H1 + pesant et H4 - pesant)
2x H2A
2x H2B
2x H3
2x H4
+ H1
définition solénoïde
fibre de chromatine de 30nm
forme adn bactéries
ronde
Chez eucrayote on a plusieurs…
fourche de réplication
qui fait réplication ADN chez bactérie
ADN pol 3
e: correction
a; synthèse
têta; active correction
ADN pol 3 nécessite quoi
matrice et une amorce avec extrémité 3’OH
**eucaryote moins … que E.coli
erreurs
la primase est une …
amorce
la longueur des fragments d’okazaki sont plus long chez
procaryote
que fait ADN pol 1
remplace ARN des amorce (10 nts)
4eme problème de réplication
qu’il n’ait pas de boucle du brin discontinu si yen a pas peut causer de diffusion des enzymes d’ADN pol 3
les dimères de thymine sont situé sur le…
même brin
role intron
augmenter répertoire des protéines pour coder sur un seul gêne
mais on transcrit pas
la transcription se base sur combien de brin
1
la région promoteur est avant ou après le gêne
avant
la transcription des procaryotes se fait ou
cytoplasme
**eucaryote noyau transcription et cytoplasme traduction
quelle sont les deux exceptions pour qui le code génétique n’est pas dégénéré
Trop
Met
les codons avec une pyrimidines en position 2 codent pour quel type de aa
hydrophobes
qu’est ce qu’un isoaccepteur
codon qui peut reconnaitre le mm aa
quel est la tige acceptrice pour la traduction
CCA 3’
forme de ARNt en 3D
L
fct amynoacyl ARNt synthétase
reconnait aa.
se fait activer par ATP
après ARNt se lie au aa sur le complexe de aminoacyl-ARNt synthétase.
ca va libérer AMP.
et ensuite libérer le aa activé
** LE LIEN ESTER SE FAIT POSITION 3’ du ribose
structure ribosome procaryote et eucaryote
procaryote:
g; 50 (ARNr 23s) p;30 (ARNr16s) M; 70
eucaryote:
g;60 (ARNr 5,8s ou 28s) p;40 (ARNr 18s) M;80
les différents sites sur le ribosome
Site A: entrée ARNt amino-acylé
Site P : ancrage chaine polypeptidique naissante
Site E
étape de la traduction et le facteur associé à l’étape
initiation (if)
élongation (ef)
terminaison (rrf)
différence traduction pour procaryote et eucaryote
initiateur doit être formylé pour procaryote. ajout du groupe formyl par methionyl-ARNtf met formyltransférase.
***Chez eucaryote un SEUL TYPE aminoacyl ARNt synthétase
facteur initiation traduction chez pro et eucaryote
eucaryote: eif1-8
procaryote :IF1 = attache sous unité amplifie if2 et if3
IF2= sélection arnti et repousse autre aminoacyl-ARNt
IF3 = empêche fixation grosse unité
aligne Fmet-ARNtmet sur site P
chez eucaryote la transcription ou traduction qui est plus rapide
transcription
terminaison de la traduction
facteur de largage
rf1; Reconnait UAA UAG
rf2; Reconnait UAA UGA
rf3; fixe GTP et augmente efficacité des 2 autres
chez eucaryote combien de facteur de relargage pour traduction
1 = RF
une fois la fin de la traduction l’hydrolyse va briser quoi
le lien COO
quel énergie ca prend pour activation de aa et pour l’enchainement de aa
activation = 2ATP
enchainement = 2 GTP
pk avec un faible taux de glucose on a un haut taux de lactose et haut taux AMPc
car on fait de la glycolyse anaréobique
