HC.6 Next generation sequencing Flashcards
Voor welke drie dingen kan NGS gebruikt worden?
- detectie kleine mutaties
- deleties en amplificaties
- translocaties en fusiegenen
Wat is de toepassing van NGS? (5 dingen)
- Differentiaal diagnostiek
- therapiekeuze
- clonaliteitsanalyse (metastase of 2e primaire tumor)
- onco-genentica: erfelijke tumorsyndromen
- Weefselindicatie
Welke base verbinding is steviger en waardoor komt dit?
Tussen C en G; drie waterstofbruggen
Tussen A en T: twee waterstofbruggen
Wat wordt bedoeld met single molecule?
Dat de sequentie van afzonderlijke moleculen bepaald wordt
Wat wordt bedoeld met Massively parallel?
Van een zeer groot aantal afzonderlijke moleculen wordt de sequentie tegelijk bepaald
Hoe kunnen we de patiënten die op dezelfde flowcell zitten uit elkaar houden?
Door aan een stukje van een patiënt een bepaalde sequentie met nucleotiden te hangen (voor en achter) –> herkennen
Wat is de variant allel frequentie?
Aantal keer dat een variant (nucleotide) op een specifieke positie is gevonden tov de referentie nucleotide (vaak in %)
Wat is de coverage?
Aantal keren dat een base positie (onafhankelijk) bepaald is dus hoe vaak heb je naar target regio gekeken
Wat is de relatie tussen coverage en deep?
Hoe hoger de coverage hoe deeper gesequenced
Wat is de relatie tussen coverage/deep en VAF?
Hoe hoger de coverage hoe deeper gesequenced hoe lager de VAF
Waarvan is de VAF afhankelijk?
- Type gen (oncogen vs tumorsuprressor gen)
- tumorcel%
Wat is de relatie tussen de coverage en het tumorcel%?
Hoe hoger tumorcel% hoe lager je coverage nodig is
Je ziet de mutatie al eerder
Wat is het verschil tussen amplicon enrichtment en hybridization enrichtment?
Hybridization enrichment is minder efficient, maar kan wel meerdere fragmenten van een bepaald gebied sequencen
Hoe groot moet de coverage zijn en waarom?
100x omdat er altijd wel ruis is en je wil niks missen
Wat is targeted sequencing?
Je richt je op een deel van de genen bvb bepaalde hotspots waar vaak (bekende) mutaties in voor komen
Welke drie soorten sequencing heb je?
- Targeted sequencing
- Whole genome sequencing
- Whole exome sequencing
Wat is het voordeel van TS tov WGS en WES?
WGS en WES kan je veel minder diep sequencing (<100x) omdat het veel meer is
TS is een specifiek gebied/beeld maar je kan dit wel heel diep sequencen
Waarom is de VAF afhankelijk van het type gen?
Bij oncogen maar 1 hit nodig
Tumor supressor gen: gezonde kopie is weg dus er is meer van die sequentie
Stel je hebt evenveel tumorcellen als normale cellen. Wat is dan de VAF?
50% tumorcellen en 50% normaal
tumorcellen hebben 1 wildtype en 1 mutant
Dus in 25% de variant vinden
Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
Aantal moleculen
SS: mix van molexulen
NGS: single molecule
Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
aantal fragmenten
SS: 1 fragment per analyse
NGS: duizenden fragmenten per analyse
Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
Output van basen
SS: max 1000
NGS: 1-20 x 10^9
Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
hoeveelheid DNA nodig
SS: veel
NGS: weinig
Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
gevoeligheid
SS: lage gevoeligheid (20%)
NGS: hoge gevoeligheid (1-2%)
Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
Analyse
SS: eenvoudig
NGS: bio-informatica vereist
Wat is het verschil tussen Sanger sequencing en NGS op het gebied van:
Poolen
SS: niet mogelijk
NGS: poolen van samples (barcode)
