HC 7 - proteomics, metabolics, miRNA's en RNAi screens Flashcards
Wat is het voordeel van proteomics?
De hoeveelheid eiwit is een goede maat voor de genexpressie maar bepalen is lang en duur
Hoe gaat eiwit identificatie mbv massa spectrometrie?
eiwit(mengsel) -> trypsine digestie -> analyse mbv massa spectometrie -> data vergelijking -. identificatie eiwit
Hoe gaat de digestie mbv trypsine?
Trypsine knipt het eiwit op precieze posities -> tryptische fragmenten
Hoe gaat het meten mbv massa spectrometrie?
een sample plaat met eiwitmengels -> hier komt een laserpuls op -> gas vorming -> aangetrokken door negatieve plaat -> in vacuümbuis tegen detector aan
Hoe gaat de data vergelijking?
met data beschikbaar in de database, hierin bevinden zich tryptische fragmenten van alle mogelijke eiwitten
hoe gaat de identificatie van de eiwitten?
Aan de hand van de molecuulmassa’s
Hoe meet je eiwit-interacties?
bijv p53:
antilichaam bindt aan p53 eiwit en alle eiwitten die hieraan gebonden zitten, massa spectometrie laat de eiwitten zien
Wat kan je met de eiwit/eiwit interacties?
Interactiemap maken
Hoe gaat de eiwit modificatie?
Eiwitmengsel -> trypsine digestie -> verrijk voor fosfopeptiden -> identificeer m.b.v. spectrometrie (door p-groep wordt eiwit zwaarder)
Hoe doe je metabolomics (analyse metabolieten in bloed)?
- sample preparation
- massa spectrometrie
3.identificatie mbv computer - herkennen van patroon
- wat is de piomarker?
waarom is mRNA niet voorspellend voor eiwitactiviteit?
- Niet alles wordt getransleerd
- Afbraak eiwit
- Controle activiteit eiwit
Hoe gaat de regulatie van translatie
beïnvloed door micro-RNA (stukjes RNA in stukken geknipt door Drosha en Dicer +- 20 nucleotiden ingebouwd in RISC complex) hierdoor wordt mRNA niet omgezet in eiwit. mRNA komt veel voor in knakner
Wat is positief aan de analyse van micro rna?
- Goede diagnostische en prognostische waardes
- Geeft veel informatie
Wat is siRNA’s?
deze maak je zelf en hier zet je selectief mRNA uit
