górecki

Question 1

co oznacza duże delta H

Answer 1

oddziaływania specyficzne

Question 2

co to jest H

Answer 2

entalpia

Question 3

duża zmiana entropii

Answer 3

zmiany solwatacji w obrębie kieszeni wiążącej

Question 4

itc co to

Answer 4

izometryczne miareczkowanie kalorymetryczne

Question 5

itc co można zobaczyć

Answer 5

daje delta H - specyficzność wiązania, wypieranie wody

można porównać efekt różnych ligandów

Question 6

jakie metody dostarczają informajci o II rzędowej strukturze

Answer 6

IR, CD

Question 7

jakie metody dostraczają informajci o III rzędowej strukturze

Answer 7

CD, DSC, spektroskopia fluorescencyjna (anizotropia, FRET, wygaszanie)

Question 8

metody z rozdzielczością atomową

Answer 8

NMR, krystalografia RTG, cryo-EM

Question 9

zalety tryptofanu

Answer 9

• naturalnie występujący, można go wprowadzić,
• selektywnie wzbudzić,
• jest go mało - wiemy skąd pochodzi sygnał,
• wrażliwy na mikrootoczenie (w otoczeniu cząsteczek wody, widmo emisji wykazuje przesunięcie w kierunku większych długości fali),
• eksponowany do rozpuszczalnika zmniejsza intensywność fluorescencji (gaszenie)

Question 10

wygaszacze

Answer 10

akrylamid, tlen, Cs, I-

Question 11

więcej niż jedna klasa fluorofora

Answer 11

zależność fluorescencji początkowej od fluorescenji z wygaszaczem nie jest liniowa

Question 12

dlaczego wzrost/spadek fluo niekoniecznie oznacza rozwinięcie/zwinięcie białka?

Answer 12

fluorofor mógł się przemieścić w miejsce gdzie jest/nie jest wygaszany przez wygaszacz

Question 13

anizotropia fluorescejncji

Answer 13

ruch całej/fragmentu cząsteczki koreluje z funkcjonalnością - wolniesza/szybsza rotacja

Question 14

czas półtrwania - regóła N-końca

Answer 14

chodzi o aminokwas na końcu, dla różnych organizmów różnie

lizyna, leucyna - trwałe u ssaków, nietrwałe w drożdżach e.coli

Question 15

po co nam białko stabilen w wysokiej temperaturze

Answer 15

• możliwość funkcjonowania w wysokiej temperaturze
• gdy bierze udział w procesach gdzie jest wysoka temp (PCR)
• zwiększnie rozpuszczalności substratów, zwiększenie ich stężenia
• zmniejszenie zanieczyszcenie mikrobiologicznego
• łatwe oczyszanie (po podniesieniu temp białko zostaje w nadsączu)
• wydłużenie czasu półtrwania

Question 16

łączniki w białkach fuzyjnych: co brać

Answer 16

pro, ser, gly, thr, ala, asn, asp

Question 17

łączniki w białkach fuzyjnych: czego nie brać

Answer 17

arg, lys

Question 18

strategie stabilizacji: racjonalne projektowanie - co robisz

Answer 18

• zwiększyć entropię - dodać proline, zamienić glicynę na cokolwiek
• dodawanie cystyn (czyli dwie cysteiny połączone przez mostek siarczkowy
• mostki solne

Question 19

sprawdzenie termostabilnosci białka

Answer 19

DSC - przy modyfikacji reszt pik może się przesunąć
CD
DSF - (różnicowa fluorymetria skaningowa) mierzymy własności fluoroforu dodanego do roztworu białka zwiększajac temperaturę (niskie wartości - białko zwnięte, wysokie - rozwinięte), można zrobić płytce 96

Question 20

Indeks niestabilności:

Answer 20

jeżeli jest mniejszy niż 40, białko jest stabilne

Question 21

co daje wielopodjednostkowość

Answer 21

łatwiejszą renaturację