Genomin luento: DNA:sta proteiiniksi

Question 1

Transkription aloitus

Answer 1

DNA:ssa kiinni TATA-boksi, joka on osa promoottoria. TFIID kiinnittyy TATA-boksiin, johon RNA polymeraasi II voi kiinnittyä. (muut TFIIF,E,H… auttavat RNA polymeraasia toimimaan)

Promoottori ilmoittaa aloituskohdan -> helikaasi avaa DNA:n -> Eukaryootilla RNA polymeraasi (II) liittää ribonukleotidejä esiaste RNA:ksi (esiaste RNA on koodaavaa juostetta vastaava, eli se rakennetaan mallijuosteen rinnalle)

Question 2

Mitä eroa DNA:ssa ja RNA:ssa?

Answer 2

1. sokeriosa: DNA:n deoksiriboosin toisessa hiilessä pelkkä H, RNA:n riboosin toisessa hiilessä OH.
2. DNA:ssa tymiini emäs, RNA:ssa urasiili

Question 3

Mitä RNA tyyppiä on eniten solussa?

Answer 3

rRNA:ta eli ribosomaalista RNA:ta (n. 80%)

sen jälkeen eniten on ncRNA eli non-coding RNA:ta (15%)

Question 4

snRNA

Answer 4

small nuclear RNA -> tarvitaan silmukoinnissa

Question 5

miRNA

Answer 5

micro RNA -> voi estää RNA sekvenssin translaation

Question 6

siRNA

Answer 6

small interfering RNA -> voi aiheuttaa geenin inaktivaation

Question 7

lncRNA

Answer 7

long noncoding RNA -> osallistuu X-kromosomin inaktivaatioon

Question 8

Promoottori ja transkriptiotekijät

Answer 8

DNA:ssa kiinni TATA-boksi, joka on osa promoottoria. TFIID kiinnittyy TATA-boksiin, johon RNA polymeraasi II voi kiinnittyä. (muut TFIIF,E,H… auttavat RNA polymeraasia toimimaan)

Question 9

Yleiset transkriptiotekijät

Answer 9

muut TFIIF,E,H… auttavat RNA polymeraasia toimimaan

Question 10

Aktivaattori, mediaattori ja repressori

Answer 10

Aktivaattorit sitoutuvat tehostajajaksoihin, jolla säädellään proteiinisynteesiä. Aktivaattorit sitoutuvat (taipuvat kiinni) mediaattoriin, joka on kiinni RNA-polymeraasissa kiinni.

Question 11

RNA-polymeraasit, prokaryootteissa ja eukryootteissa

Answer 11

1. tekee ribosomaalista RNA:ta
2. tekee lähetti RNA:ta
3. tekee siirtäjä RNA:ta

Question 12

Transkription entsyymit

Answer 12

Promoottori ilmoittaa aloituskohdan -> helikaasi avaa DNA:n -> Eukaryootilla RNA polymeraasi (II) liittää ribonukleotidejä esiaste RNA:ksi (esiaste RNA on koodaavaa juostetta vastaava, eli se rakennetaan mallijuosteen rinnalle)

Question 13

pre-mRNA-mRNA muokkaus

Answer 13

x

Question 14

Introni ja eksoni

Answer 14

Introni = turhaa
Eksoni = sisältää

Question 15

Spliseosomi

Answer 15

The splicing machine

Question 16

Silmukointi

Answer 16

esiasteRNA:sta lähettiRNA:ta, splisesomi tekee silmukoinnin, snRNA:t tunnistaa intronin alun ja lopun

Question 17

Vaihtoehtoinen silmukointi

Answer 17

yhestä geenistä voi tehdä erilaisia proteiineja kun esiasteRNA:ta splicetaan eri tavalla, jopa 95% geeneistä voi koodata usempaa eri proteiinia

Question 18

mRNA huputus (cap), poly-a-häntä ja kuljetus

Answer 18

1. lakitus/huputus
   - 7-metyyliguanosiini-trifosfaati lakki
   - merkki ehjästä 5 ́-päästä.
   - lisätään transkription alkuna.
   - tarvitaan kuljetukseen ulos tumasta ja proteiini translaation aloitukseen.
2. RNA-polymeraasin CTD
   - CTD C-terminal-domain
   - Kantaa lakitus-,silmukointi-ja 3’-pään muokkaus proteiineja

Question 19

Translaation eri vaiheet, aloitus, pidennys ja lopetus

Answer 19

x

Question 20

Ribosomi ja ribosomin proteiinit.

Answer 20

x

Question 21

Geneettinen koodi (universaalinen koodi, mikä on kodoni ja antikodoni)

Answer 21

x

Question 22

Translaation jälkeiset proteiinimodifikaatiot ja proteiinien elinkaari

Answer 22

x

Question 23

Transkription erot eukaryootteissa ja prokaryootteissa

Answer 23

x

Question 24

Proteiinisynteesin inhibiittorit, antibiootit, α-amanitiini

Answer 24

x

Question 25

Proteasomi

Answer 25

x

Question 26

Chaperonit (kaitsijaproteiinit)

Answer 26

x

Question 27

RNA polymeraasi 1, 2 ja 3 erot

Answer 27

1. tekee ribosomaalista RNA:ta
2. tekee lähetti RNA:ta
3. tekee siirtäjä RNA:ta