Genkartläggning & sjukdomsgenetik Flashcards
Beskriv kortfattat en metod för fysisk genkartläggning?
FISH
- Gör det möjligt att visualisera en intressant sond på kromosomen
- Kan upptäcka/detektera både DNA- och RNA-molekyler
Beskrivning av metoden:
- Förbered kromosomer på ett objektglas
- Behöver en DNA-sond som innehåller genen av intresse
- Märk sonden med fluorescens
- Hybridisera till kromosom bilden
- Tvätta med rätt stränghet
- Observera platsen för hybridisering av sonden
Vad är LAD?
Mutationer i ITGB2-genen
Har immunförsvaret försämrats?
- Vita blodkroppar saknar den vidhäftningsförmåga som behövs för att angripa bakterier mm.
Symtom?
- Bakteriella infektioner - återkommande, livshotande
- Försämrad sårläkning
Nedärvning?
- Recessiv
- Ej könsbunden
Vad är MCOA syndrom?
- Bra ex på pleiotropi
- Medfödd, icke-progressiv ögonsjukdom
- Beskrivs för första gången hos Rocky Mountain Horse - rasen
- Kopplad till pälsfärgen Silver
Ofullständig dominant som arvsform?
MCOA-syndrom
- Två distinkta okulära fenotyper av olika svårighetsgrad - har effekt
MCOA fenotyp - AA - Flera avvikelser
Cyst fenotyp - Aa - Mindre form av okulära avvikelser
Cyst fenotyp?
- Cystor med ursprung i ciliarkroppen, näthinnan eller iris
- Avlossning av näthinnan
- Underutvecklad näthinna
MCOA fenotyp?
- Iris hypoplasi
- Gråstarr
- Utvidgad utskjutande hornhinna
- Pupiller med minskad eller ingen ljusreaktion
Kartläggning av den orsakade mutationen?
Först måste vi hitta kromosom regionen genom att söka i hela genomet
- Kopplingsstudier (familjebaserade, stora regioner)
- Studie av associationer till hela genomet (GWAS) mha SNP-chip (Befolkningsbaserad, vanligtvis korta regioner)
Sedan måste vi hitta den kortaste haplotypen (regionen) som är gemensam för alla sjuka individer (AA, Aa)
I. Välj markörer (SNPs eller mikrosatelliter) mha en genomwebbläsare
II. Utforma och beställa primers som kan amplifiera dessa markörer
III. Genotypmarkörer
IV. Analysera data och försök att hitta det intervall som hyser den orsakade mutationen
Genetiska kartor bygger på?
Meiotiska rekombinationer
Fysiska kartor pekar ut?
Den fysiska positionen direkt på kromosomen/DNA
Den slutgiltiga fysiska kartan är?
Genomsekvensen
Kandidatgenmetoden kan testas om?
Mycket likartade fenotyper förekommer
Genom-breda associationsstudier (GWAS) möjliggör?
Genkartläggning i obesläktade individer
Kartläggning av homozygositet kan vara användbar för?
Kartläggning av sällsynta recessiva egenskaper
I vissa fall kan selektiva svepningar användas för?
Genkartläggning
Förklara genetisk genkartläggning?
- Baseras på rekombinationshändelser under meiosen.
- Man är beroende av familjer för kartläggningen
- Det beskriver den relativa ordningen av markörer
- Avstånd i centiMorgan
Hur går genetisk genkartläggning till?
4 steg
- Definiera pedigree
- Testa om markörer är heterozygota hos föräldrardjuren
- Hundratals avkommor ska genotypas
- Utför statistiskt test
Förklara fysisk genkartläggning
En genkarta som visar platsen av olika DNA-fragment på kromosomen och det fysiska avståndet mellan dem
Beskriv kortfattat en metod för fysisk genkartläggning
6 steg
FISH
1. Sprid ut metafas-kromosomer på en glasplatta
2. Välj ut DNA-fragment (s.k probe) som man vill kartlägga
3. Märk proben med fluorescens
4. Hybridisera (låt fästa) proben till kromosomerna
5. Tvätta bort icke-hybridiserad probe
6. Observera var proben fäst in
Förklara vad en kandidatgenapproach är och när den är tillämpbar
Om man ser exakt samma fenotyp/sjukdom som hos en annan art kan man undersöka den genen direkt utan någon genkarteringsmetod
T.ex. CLAD hos hund eller LAD hos människa
Beskriv kortfattat vad en genome-wide association study (GWAS) är
6 steg
- Samla in prover och definiera en grupp individer med egenskapen man vill kartlägga och en kontrollgrupp (friska) av individer
- Vanligtvis hundratals individer i varje grupp hos husdjur (bör helst vara obesläktade)
- Isolera DNA från proverna
- Genotypa proverna med ett SNP-chip
- Kvalitetskontroll av genotypdatan
- Utför statistiska tester (chi2) för att leta efter skillnader mellan grupperna. Där skillnad finns kan genen av intresse ligga.
Vad är en haplotyp?
En haplotyp är en kombination av alleler längs en kromosom
Förklara vad homozygotimapping är
Baseras på en jämförelse av genetiska markörer (t.ex. SNPs) hos sjuka och friska individer. Överlappande homozygota region hos de sjuka individerna, men inte hos de friska, bör innehålla sjukdomsgenen
Vad är genetisk genkartering?
- Baseras på rekombinationshändelser som sker under meiosen
- Beroende av pedigree/familjer för mappingen
- Beskriver den relativa ordningen av genetiska markörer i kopplingsgrupper
- Avståndet mellan markörer mäts i centiMorgan (cM) och baseras på rekombinationsfraktionen (andelen rekombinanter).
- 1 cM motsvarar en rekombinationsfrekvens på 0,01.
- 1 cM motsvarar ungefär 1 Mb DNA hos människa (autosomalt euchromatin)
