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session 2 génétique > génétique cours 4 > Flashcards

génétique cours 4 Flashcards

1
Q

la transcription nécessite___

A

enzymes synthétisant nouveau brin d”acides nucléiques complémentaire au brin matrice

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2
Q

différence entre la réplication et la transcription:

A

dans la transcription: brin constitués de ribonucléotides
ARN polymérase : ne requiert pas d’amorce
L’ARN ne reste pas apparié au brin matrice (enzyme déplace la chaine naissante)
transcription moins fidèle que la réplication

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3
Q

combien y a t-il d’ARN polymérase chez les bactéries?

A

une seule

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4
Q

combien y a t-il d’ARN polymérase chez les Eucaryotes?

A

3 ARN polymérase (pol I, pol II, pol III)
Pol I: transcrit précurseur de l’ARNr
Pol II: plupart des gènes (tous les gènes codants des protéines)
Pol III: ARNt et ARNr 5S

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5
Q

les polymérases procaryote et eucaryote sont très apparentées (vrai ou faux)

A

vrai

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6
Q

p. 6 les homologues de polymérases chez les procaryotes et chez les eucaryotes

A

p.6 sous-unités équivalentes

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7
Q

quelle sont les phase du cycle de transcription

A

initiation, élongation, terminaison

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8
Q

qu’est ce que le promoteur?

A

séquence ADN qui fixe l’ARN polymérase + facteurs d’initiation requis (SANS PROMOTEUR, IL N’Y A PAS DE TRANSCRIPTION)

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9
Q

Initiation de la transcription en 3 étapes:

A
  1. formation complexe fermé (ADN; double brin)
  2. formation complexe ouvert (ADN: simple-brin)
  3. Polymérase démarre transcription: détache du promoteur

synthèse initiale de Arn est inefficace (courts transcrits - de 10 nucléotides)
synthèse abortive

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10
Q

ARN polymérase synthétise des brins de quelle longueur?

A

court ARN d’environ 10 bases

Si ARN de plus de 10 bases : libération ARN polymérase

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11
Q

pendant la phase d’Élongation; combien de nucléotides par seconde ?

A

52 nucléotides par seconde (polymérase bactérienne)

-déroule ADN devant elle
-réassocie brins derrière complexe
-dissocie chaine ARN de la matrice durant progression
-corrige erreurs potentielles

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12
Q

le cycle de la transcription chez les bactéries ?

A

ARN polymérase minimale (5 sous-unités): peut initier transcription n’importe où sur l’ADN
(vrai in vitro mais pas in vivo)

p.10 addition d’un facteur sigma : converti l’enzyme minimale
“holoenzyme de l’ARN polymerase” : initie transcription uniquement aux promoteurs

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13
Q

Chez E. coli : facteur σ prédominant = σ70
Promoteurs reconnus par σ70 partagent:

A

Éléments -10 et -35 (chacun 6 nucléotides/ pb en longueur)
Pas identiques pour tous les gènes

**identifier séquence consensus d’u promoteur (c’est-à-dire la séquence la plus probable de se retrouver dans un promoteur)

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14
Q

élément UP?

A

élément additionnel qui augmente la liaison polymérase: permet interaction spécifique supplémentaire Enzyme/ ADN (ex: gène ARN ribo.)

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15
Q

Certains promoteurs σ70: pas élément -35 : Possèdent région -10 allongée
(ex. gènes gal )

+ récemment, élément discriminateur en aval de ___

A

-10

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16
Q

σ70: divisé en 4 régions (régions 1 à 4)

que fait chaque région?

A

Régions 2 et 4 : reconnaissent éléments -10 et -35
Région 4 : porte 2 hélices formant motif hélice-coude-hélice:
-1ère hélice: grand sillon ADN élément -35
-2ème hélice: située en travers au dessus du sillon: établit contacts avec squelette ADN

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17
Q

les autres régions du facteur σ:

A

Élément -10 : aussi reconnu par hélice α (région 2) : interaction moins caractérisée et + complexe Élément ‘-10 allongé’ (lorsque présent): reconnu par hélice α (région 3)
Élément ‘discriminateur’ (lorsque présent): reconnu par région 1.2

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18
Q

élément UP est reconnu par quoi?

A

Pas reconnu par une hélice σ, mais par domaine C-terminal de sous-unité α de polymérase:
αCTD
αCTD relié à αNTD par pont flexible

Régions σ liant ADN (σ2 et σ4): exposées à la surface de l’enzyme et non enchâssées
p.16

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19
Q

la transition pour passer de complexe fermé à complexe ouvert implique des modifications structurales dans l’ARN poly et le promoteur

A

-Transition complexe fermé (réversible) complexe ouvert (irréversible):
-Nécessite modification structurale de l’enzyme +séparation brins ADN (expose brin matrice + brin sens)
-Au niveau positions -11(amont) à +3(aval)

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20
Q

la transition pour passer de complexe fermé à complexe ouvert implique des modifications structurales dans l’ARN poly et le promoteur

changement dans polymérase + σ70 ?

A

Dans polymérase + σ70 : transition –isomérisation
Pas d’énergie de l’hydrolyse de l’ATP

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21
Q

les canaux d’entrée et de sortie du complexe ouvert. combien de canaux et quels sont ces canaux?

A

L’enzyme comporte 5 canaux:
Canal d’entrée des NTPs au centre actif (pas visible) Canal de sortie de l’ARN
3 autres canaux: permettent l’entrée et sortie de l’ADN

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22
Q

les canaux d’entrée et de sortie du complexe ouvert

quels sont les deux changements structuraux saisissants observés?

A

1-fermeture des machoires

2-déplacmement région N-terminale σ (σ1.1)
Dans complexe fermé: σ1.1 dans foyer catalytique
Dans complexe ouvert: σ1.1 est déplacé

Brins d’ADN se séparent à partir de +3 dans centre catalytique
Brin sens : quitte le centre actif par le canal NT
Brin matrice : suit parcours passant par centre catalytique puis canal brin matrice (T)
Double hélice se reforme en -11

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23
Q

initiation de la transcription:

A

ARN polymérase: initie synthèse d’ARN sur ADN matrice sans amorce
-1er ribonucléotide amené au site actif + maintenu stable sur la matrice
-2ème NTP présenté pour permettre à la polymérisation de se dérouler

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24
Q

qu’est ce qui est particulièrement difficile dans l’initiation de la transcription

A

Particulièrement difficile : ARN polymérase débute plupart transcrits par un A
-Se lie au nucléotide matrice (T) par seulement 2 liens H+
-Enzyme doit établir interactions spécifiques avec 1er et/ou 2ème nucléotide: maintient l’un ou les 2 fermement = permettre attaque chimique du NTP entrant
-Implique différentes parties de l’holoenzyme (linker3/4 de σ)

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25
Q

qu’est ce qui constitue à ce jour encore une énigme dans le mécanisme d’initiation de la transcription?

A

Mode de déplacement site actif sur matrice ADN (cycles avortés)

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26
Q

quest ce que le modèle « excursion transitoire »

A

Cycles translocation ARN polymérase avant/arrière

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27
Q

quest ce que le modèle « inchworming » (chenille arpenteuse)

A

Existerait élément flexible de polymérase
Permet au module (site actif) de se déplacer vers l’aval en synthétisant court transcrit avant de se rétracter dans le corps de l’enzyme (promoteur)

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28
Q

quest ce que le modèle de compression (« scrunching ») :

A

ADN en aval tiré et replié à l’intérieur de l’enzyme ADN s’y accumule (boucles simple brin)

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29
Q

quel modèle permet de mieux expliquer mécanisme d’initiation de la transcription

A

le modèle de compression (« scrunching ») : (+stable et + fréquent)

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30
Q

quest ce que la libération du promoteur implique?

A

briser des interactons polymérise-promoteur et noyaux de la polymérase σ

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31
Q

quest ce que la Transcription abortive?

A

phase initiale de transcription produisant courts transcrits (< 9 nucléotides)

Ensuite, la Polymérase va se libérer du promoteur —- phase d’élongation:
Lorsqu’elle parvient à synthétiser transcrit de 10 nucléotides
ARN naissant: ne peut pas rester contenu dans région où il s’hybride à l’ADN Commence à s’insérer dans le canal de sortie ARN

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32
Q

quelle région imite l’ARN?

A

Région du linker (lien) 3/4 qui imite l’ARN : joue rôle de mime moléculaire

À élongation: éjection de la région 3/4:

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33
Q

éjection de la région 3/4 a un impact sur quoi?

A

probablement responsable de la diminution de la force de liaison de σ à l’enzyme

σ se décroche du complexe d’élongation (après synthèse ARN ≈80 nucléotides)

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34
Q

lors de la libération du promoteur, comment est l’empilement de l’ADN dans l’enzyme (scrunching)

que permet ce processus?

A

inversé lors de la libération du promoteur

ADN est donc ré-enroulé:
Réduction bulle de transcription de 22-24 nucléotides à 12-14 nucléotides

ce processus: fournit énergie requise par polymérase pour: i) rompre interactions polymérase- promoteur et ii) libérer noyau de l’enzyme du facteur σ
Compression : entrepose+mobilise énergie durant l’initiation transcription
Libération énergie : permet polymérase détacher du promoteur + séparer σ de l’enzyme

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35
Q

quel type d’erreur survienne pendant l’élongation?

A

erreurs d’Incorporation
À tout moment: seul 8 ou 9 nucléotides chaine ARN naissante appariés à ADN matrice

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36
Q

ARN polymérase possède 2 fonctions correctrices?

A

1ère : correction pyrophospholytique
Catalyse enlèvement 1 ribonucléotide incorrect par incorporation PPi (P2O74-)
Incorporer autre nucléotide

2ème : correction hydrolytique
Enzyme recule un ou plusieurs nucléotides et clive ARN (d)

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37
Q

L’ARN polymérase peut être bloquée et doit alors être enlevée de la matrice

Cause courante blocage?

comment peut être la conséquence des arrêts?

A

brin d’ADN endommagé

les conséquences peuvent être catastrophiques
Obstruction pour autres polymérases essayant transcrire ce gène

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38
Q

machinerie qui enlève la polymérase bloquée et recrute enzymes de
réparation (endonucléase Uvr[A]BC)

cette réparation est couplée à la transcription, qui est assurée par une enzyme, laquelle?

A

TRCF (‘Transcription Repair Coupling Factor’)

TRCF: permet la réparation des dommages: recrute enzymes de réparation (endonucléase Uvr[A]BC)

39
Q

rôle de la TRCF (‘Transcription Repair Coupling Factor’)

A

-Lie ADN double brin en amont (derrière) polymérase
-Utilise moteur ATPase pour se déplacer sur -ADN rencontre l’ARN polymérase bloquée
Collision pousse la polymérase vers l’avant

**2 issus possibles?
Soit: reprend élongation ou se dissocie complexe ternaire (ARN pol/ADN matrice/ARN transcrit)

40
Q

de quoi dépend la terminaison de la transcription?

A

de signaux dans la séquence d’ARN
Séquences appelées « terminateurs »:
Conduisent polymérase en élongation à se dissocier ADN et à libérer l’ARN

41
Q

quels sont les 2 types de terminateurs chez les bactéries?

A

1er : Rho-dépendant : nécessite protéine Rho pour provoquer terminaison
2ème : Rho-indépendant : provoque terminaison sans autres facteurs

42
Q

qu’est ce que Rho?

A

anneau de 6 sous-unités identiques
Se fixe à l’ARN simple-brin dès qu’il sort de ARNpol (aux sites rut (Rho utilization))
Sites rut: ≈70 nucléotides sans structure secondaire: riches en C (situé près de fin gène)
**Rho possède activité ATPase
Énergie hydrolyse ATP requise pour terminaison
*Rho incapable de lier ARN en traduction
Rho induit terminaison uniquement des transcrits en cours de transcription au-delà de la fin
d’un gène (ou d’un opéron)

43
Q

quest ce que les sites rut?

A

≈70 nucléotides sans structure secondaire: riches en C (situé près de fin gène)

44
Q

quel est le modèle d’action de Rho

A

-Rho pousserait la polymérase en avant
-Rho arracherait l’ARN de la polymérase
-Rho atteint duplexe hybride ARN-ADN: sépare
ARN de ADN
-Rho induirait un changement de conformation de la polymérase

45
Q

Séquence d’un terminateur Rho-indépendant, aussi appelés Terminateurs intrinsèques

A

Deux éléments de séquence : Courte séquence répétée inversée + paires de bases A-T (≈8)
Fonctionnent sur ARN et non ADN

ARN en transcription:
Forme structure tige-boucle (« épingle à cheveux »)
Désorganisation complexe d’élongation Terminaison

46
Q

L’épingle à cheveux conduirait à la terminaison

A

Provoque déplacement vers l’avant de polymérase
Extirpe transcrit de la polymérase
Induit changement conformation dans polymérase
Fonctionne efficacement uniquement si elle est suivie par une série de bases T
(U dans l’ARN)

47
Q

chez les bactéries, la transcription nécessite une seule polymérase
Ne requiert qu’un seul facteur d’initiation additionnel : (σ)

chez les eucaryotes; possèdent 3 polymérases différentes : Pol I, Pol II et Pol III

A

Requiert plusieurs facteurs d’initiation = facteurs généraux de transcription (FGT)
Accomplissent les fonctions de σ dans transcription bactérienne
Aident Pol II à se fixer au promoteur + séparer brins ADN Aident Pol II détacher promoteur et engager élongation

Requiert également facteurs supplémentaires:
i) Protéines régulatrices liant ADN (facteurs de transcription/régulateurs)
ii) Complexe « Médiateur »
iii) Enzymes modification de la chromatine

48
Q

qu’est-ce que Le promoteur minimal Pol II?

quels sont les éléments

A

Promoteur minimal = plus petit ensemble d’éléments de séquence nécessaire pour assurer l’initiation de la transcription par la machinerie de Pol II in vitro

40-60 nucléotides en amont ou en aval du site d’initiation de la transcription

Élément reconnu par TFIIB (BRE)
Élément (boîte) TATA
Élément initiateur (Inr)
Éléments d’aval du promoteur (DPE, DCE et MTE)

49
Q

On en reconnaît différentes catégories selon: localisation, organisme concerné, fonction
1. Éléments proximaux du promoteur
2. Les séquences activatrices amont (UAS)
3. Les « enhancers » ou amplificateurs
4. D’autres éléments (« silencers », éléments frontière et isolateurs)

A
50
Q

Initiation de la transcription par l’ARN polymérase II

A

Initiation de la transcription par l’ARN polymérase II Requiert formation du complexe de préinitiation
(’PIC’):
Ensemble des FGTs + Pol II liés au promoteur
Boîte TATA (-30): TATA Reconnue par TFIID (critique pour initiation):

TFIID est un Complexe de sous-unités comprenant:
TBP (‘TATA binding protein’) + TAFs (‘TBP Associated Factors’)

Complexe TBP-TATA: fournit plateforme pour attirer sur le promoteur d’autres FGTs + pol II

TFIIA – TFIIB – TFIIF+polymérase – TFIIE – TFIIH

51
Q

que requiert la fusion ADN du promoteur?

quest ce qui stimule le déroulement de l’ADN ?

A

Requiert hydrolyse de l’ATP avec l’aide de TFIIH

hélicase; stimule déroulement ADN

Libération promoteur (eucaryotes) = 2 étapes absentes chez bactéries:
1. Hydrolyse d’ATP
(en + de hydrolyse ATP pour fusion ADN par TFIIH)
2. Phosphorylation de la Pol II
> sous-unité Pol II = domaine C-terminal (CTD): « queue »

Série de répétitions (52 homme) heptapeptide Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser
Phosphorylation CTD: aide Pol II à se défaire de la plupart des FGTs

52
Q

que permet la Phosphorylation CTD:

A

aide Pol II à se défaire de la plupart des FGTs

53
Q

Le complexe TBP-ADN

A

TBP: utilise large région constituée d’un feuillet β pour reconnaître petit sillon au niveau boîte TATA

Inhabituel: protéines lient ADN par hélice α dans > sillon

54
Q

Pour sélectionner TATA:

A

TBP se fie à la capacité de cette séquence de subir déformation structurale
TBP: interagit avec phosphates (-) armature ADN par résidus Lys + Arg (+)
Provoque élargissement < sillon jusqu’à configuration presque plane
Replie également ADN d’un angle ≈ 80°
Spécificité: dépend chaines latérales de 2 résidus phénylalanine = s’intercalent entre les
paires de bases aux extrémités TATA

55
Q

Les FGTs: TAF

et TBP forment___

A

TBP = associée à ≈ 10 TAF
Ensemble: forment le FGT TFIID

56
Q

quelles TAF ont des similitudes avec les histones?

A

TAF42 et TAF62

Proposé (pas démontré) : ces TAFs lient ADN de manière semblable aux histones
(ex: TAF42 et TAF62 (Droso): forment structure ressemblant tétramère H3/H4)

57
Q

quels TAF lient les éléments du promoteur ?

A

Deux (TAF42 et TAF62 (TAF2 et TAF6)) lient éléments promoteur (ex : Inr et éléments en amont ou en aval)

58
Q

Ces TAFs de type ‘histones’: présents dans TFIID mais aussi en association avec enzymes
modification des histones (complexe SAGA (levure))

A
59
Q

Les FGTs: TFIID (TBP+TAFs)

A
60
Q

qui interagit avec TBP/TFIID et stabilise complexe?

A

Deux chaines polypeptidiques : interagit avec TBP/TFIID et stabilise complexe

61
Q

Fonctions de TFIIA ?

A

i) Interaction TFIIA-TBP/TFIID: élimine interaction de répresseurs avec TBP qui empêchent formation du complexe d’initiation (PIC)
ii) Agit comme co-activateur pour certains activateurs

TFIIA:
Encodé par deux gènes distincts:
TFIIAα/β (TOA1): sous-unité 55kDa TFIIAγ (TOA2): sous-unité 12kDa

62
Q

avec qui interagit TFIIA ?

A

Interagit avec TBP et pas avec ADN

63
Q

Les FGTs: TFIIB
combien de chaine polypeptide et rejoint qui

A

Une seule chaine polypeptidique : rejoint complexe de préinitiation après TBP/TFIID et TFIIA

Structure cristalline :
Contacts spécifiques TFIIB-TBP et TFIIB-ADN

Interactions base-spécifiques avec:
> sillon en amont (BRE) et <sillon en aval de TATA

*Aussi: contacts avec Pol II dans complexe préinitiation
Des segments TFIIB: insérés dans canal de sortie ARN et gorge site actif de polymérase
Fait le lien entre TBP lié à la boîte TATA et la Pol II

64
Q

TFIIF

A

TFIIF=recruté sur promoteur déjà associé à Pol II

Humain: 2 sous-unités (essentielles) = RAP74 et RAP30 Levure: 3 sous-unités (essentielles) = Tfg1 (RAP74) et Tfg2 (RAP30)
(non-essentielle) = Tfg3

65
Q

Liaison de Pol II-TFIIF provoque quoi?

A

Stabilise complexe ADN-TBP-TFIIB
Nécessaire avant arrivée TFIIE et TFIIH dans complexe préinitiation
Croit ADN s’enroule 1x autour complexe préinitiation
*TFIIF: contribuerait maintenir enroulement serré ADN

66
Q

TFIIE (2 sous-unités) = se lie ensuite au complexe = recrute et régule TFIIH
TFIIH: contrôle transition complexe préinitiation (fermé) au complexe ouvert (dépendant de l’ATP) TFIIH: Plus gros et + complexe des FGTs : 10 sous-unités
Deux sous-unités TFIIH (XPD et XPB) = activité ATPase (hélicase) + activité protéine kinase :

A

Rôle dans fusion du promoteur et dans le détachement de PolII du promoteur
Impliqué dans réparation ADN (excision de nucléotide: NER (‘nucleotide excision repair’)

67
Q

In vivo: niveaux élevés transcription et la régulation de la transcription nécessitent:

A

Protéines régulatrices (facteurs de transcription)
Complexe Médiateur
Enzyme de modification des nucléosomes

Justification besoin:
ADN matrice in vivo empaqueté dans chromatine
Complique la liaison au promoteur de la Pol II et de ses facteurs associés

68
Q

le médiateur a-t-il beaucoup de sous-unité?
permet quoi?

A

Le médiateur : constitué de beaucoup de sous-unités Facilite initiation en régulant activité CTD kinase de TFIIH

Associé par une face à queue CTD de Pol II Délétion individuelle de certaines sous-unités :
Souvent réduction d’expression de seulement un < groupe de gènes
Différent pour chaque sous-unité affectée
Autres faces: interactions avec activateurs liés à ADN

69
Q

Comparaison des Médiateurs de la levure et de l’homme

A

Médiateur (levure + homme) possède + de 20 sous-unités (fonctions peu connues)
Une seule (Srb4/Med17) = indispensable pour transcription de presque tous les gènes Pol II in vivo Médiateurs levure + homme : organisés en modules
Modules peuvent être dissociés l’un de l’autre in vitro
Existe différentes formes de Médiateurs : régulation de différents groupes de gènes

70
Q

que se passe-t-il quand Pol II libérée promoteur et initie transcription

A

passe à phase d’élongation
Se débarasse plupart facteurs d’intiation (FGTs +Médiateur)
Nouveaux facteurs vont les remplacer : certains (tel TFIIS et hSPT5) = facteurs d’élongation D’autres = nécessaires pour maturation ARN
Enzymes impliquées sont recrutées au CTD Pol II
Préfèrent la forme phosphorylée de CTD

71
Q

qu’est ce qui est important pour stimulé l’élongation?

A

Kinase P-TEFb: adjointes Pol II par activateurs transcriptionnels

Phosphoryle résidu Ser 2 répétitions CTD Corrèle avec élongation
P-TEFb: recrute, phosphoryle + active autre protéine : TAT-SF1 = facteur d’élongation

72
Q

Facteur d’élongation de Pol II: ELL

A

Se lient à Pol II en phase d’élongation
Suppriment arrêts temporaires de l’enzyme (fréquent)
Améliore processivité de Pol II

73
Q

TFIIS joue un rôle …

autres fonctions?

A

TFIIS stimule taux élongation en temps de pause Pol II sur séquences qui ralentissent sa progression

Contribue à vérification de séquence par Pol II
Stimule activité RNase de la Pol II
Stratégie alternative pour éliminer bases incorrectes par hydrolyse limitée de l’ARN
Comparable à correction hydrolytique (bactéries) stimulée par Gre

74
Q

In vivo : Chromatine gêne la transcription
Identifié facteur FACT (FAcilitates Chromatin Transcription) :

A

Hétérodimère de 2 protéines très conservées : Spt16 et SSRP1

75
Q

Comment fonctionne FACT?

A

Spt16: lie à H2A/H2B SSRP1: lie tétramère H3/H4

76
Q

Ajout guanine (G) méthylée à quel extrémité

A

Ajout guanine (G) méthylée à extrémité 5’ ARN via
liaison particulière 5’-5’ impliquant 3 phosphates

3 étapes enzymatiques:
1ère étape : groupe phosphate enlevé extrémité 5’ ARN 2ème étape : ajout nucléotide GMP
3ème étape : méthylation du GMP

77
Q

après les 3 étapes de méthylation, que se passe-t-il?
(3 étapes enzymatiques:
1ère étape : groupe phosphate enlevé extrémité 5’ ARN 2ème étape : ajout nucléotide GMP
3ème étape : méthylation du GMP)

A

Addition de la coiffe: dès ARN émerge canal sortie de Pol II

78
Q

que se passe-t-il après l’ajout de la coiffe?

RÔLE DE LA COIFFE?

A

Déphosphorylation Ser5 du CTD: dissociation machinerie assemblage coiffe Phosphorylation Ser2 du CTD: assemblage de machinerie épissage

Stabilise ARNm (protège ribonucléases) -Export ARNm dans cytoplasme -Recrutement ribosome

79
Q

avec quoi vient la terminaison de la transcription?

A

Polyadénylation

80
Q

qu’est ce que la Polyadénylation?

A

Polyadénylation: intimement lié à la terminaison

Lorsque la Pol II atteint la fin d’un gène :
Rencontre séquence spécifique (AATAAA) transcrite ARN (AAUAAA): Stimule transfert enzymes de polyadénylation du CTD à l’ARN

*CE QUI CONDUIT À 4 ÉVÈNEMENTS:

  1. Clivage de ARNm
  2. Ajout d’un grand nb de résidus adénine à son extrémité 3’ 3. Dégradation de l’ARN encore associé à l’ARN Pol II
  3. Terminaison de la transcription
81
Q

quels sont les 2 complexes protéiques transportés par Pol II (CTD)
lorsqu’elle s’approche de fin du gène:

A

CPSF (Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor)
CstF (Cleavage Stimulation Factor)

82
Q

quest ce qui stimule transfert CPSF et
CstF à ARN

A

Signaux Poly-A: stimulent transfert CPSF et CstF à ARN
Clive ARN en aval signal AAUAAA

83
Q

rôle de CPSF:

A

recrute Poly-A-polymérase
Ajoute ≈200 As extrémité 3’ ARN clivé Recrutement des PABP (poly (A) binding proteins) Export ARNm mature au cytoplasme

84
Q

Pol II s’arrête quand?

A

ne s’arrête pas immédiatement après clivage et polyadénylation ARN
Déplace sur matrice = produisant 2ème molécule ARN
Plusieurs milliers nucléotides avant de s’arrêter

85
Q

découverte récente concernant polymérase?

A

enzyme dégradant 2ème ARN dès qu’il émerge de la polymérase a été identifiée
Cette enzyme stimule terminaison selon « modèle torpille » de la terminaison

86
Q

caractéristiques de Extrémité libre 2ème ARN

A

dépourvue d’une coiffe

Nouvel ARN : reconnu par RNase = Rat1 (levure) ou Xrn2 (humain)/positionnées par Rtt103 (CTD)

Rat1 = très processive : dégrade rapidement ARN 5’/3’ rattrape la Pol II en transcription Terminaison : ne requiert aucune interaction spécifique entre Rat1 et Pol II
Rat1/Xrn2: pousserait Pol II vers avant et/ou arracherait transcrit naissant

87
Q

Rat1/Xrn2: pousserait Pol II vers avant et/ou arracherait transcrit naissant = Modèle préféré

A
88
Q

Modèles de la terminaison: allostérique?

A

Terminaison: dépendrait modification structurale Pol II

Réduit caractère processif Pol II terminaison spontanée
Liée à la polyadénylation
Provoquée par transfert enzymes modifiant ARN (CPSF et CstF) de queue CTD Pol II à ARN

89
Q

Pol I et Pol III reconnaissent quoi ?

différence avec pol II?

A

Pol I et Pol III reconnaissent des promoteurs distincts mais nécessitant TBP

Pol I et Pol III : ressemblent à Pol II (partagent plusieurs sous-unités)

Toutefois Initient transcription sur promoteurs distincts de Pol II+ transcrivent gènes distincts de Pol II

**Codent des ARN spécialisés et non des protéines
TBP est cependant universelle :
Impliquée dans initiation de transcription par Pol I et Pol III aussi bien que Pol II

90
Q

Pol I utile où?

A

Nécessaire pour l’expression d’un seul gène : précurseur des ARNr

8Promoteur ARNr constitué de 2 parties :
Promoteur central + Élément de contrôle amont (UCE)

91
Q

Deux autres facteurs requis pour initiation : SL1 et UBF

A

Deux autres facteurs requis pour initiation : SL1 et UBF
SL1 : comprend TBP + 3 TAFs spécifiques = fixe promoteur central + requiert UBF pour liaison
UBF : lie UCE: recrute SL1 stimule transcription en recrutant Pol I

92
Q

Coeur du promoteur Pol III Promoteurs Pol III existent sous différentes formes

A

Certains contiennent boîte A et boîte B séparées par court élément (ex : gènes ARNt) D’autres portent boîte A et boîte C (ex : gène codant ARNr 5S)
D’autres portent boîte TATA

93
Q

qu’est-ce qui est différent dans la transcription in vitro vs in vivo?

A

la transcription in vivo requiert des protéines supplémentaires; médiateurs

-protéines régulatrices
-complexe médiateur
-enzyme de modification des nucléosomes

*Justification de ces besoins :
ADN matrice in vivo est empaqueté sous forme de chromatine
Complique la liaison au promoteur de la Pol II et de ses facteurs associés

session 2 génétique (7 decks)

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