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session 2 génétique > génétique cours 3 > Flashcards

génétique cours 3 Flashcards

1
Q

lors de la réplication de l’ADN, combien de pb par seconde sans erreur?

A

80 000 pb/ sec sans erreur

réplication de l’ADN prend 10h

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2
Q

pourquoi dit-on que la réplication de l’ADN est complexe?

A

parce qu’elle doit être rapide et fidèle
hautement spécialisée

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3
Q

que nécessite la réplication de l’ADN

A

-dNTP (desoxyribonucléotides triphosphates)
-jonction amorce: matrice (brin mère)

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4
Q

quel analogie pour l’ADN polymérase?

A

une main

la paume est parfaite pour l’affinité jonction amorce matrice parfaite

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5
Q

qu’y a -t-il dans la paume de la main de l’ADN polymérase?

A

la paume de la main correspond à la maison catalytique
2 ions métalliques divalents :
-modifient l’environnement chimique du 3 OH et du dNTP
- un des ions réduit le 3 OH en 3 O
-L’autre stabilise les phosphates B et Y

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6
Q

les mésappariemenets ralentissent la catalyse et vont diminuer l’affinité de l’ADN Pol pour la jonction amorce: matrice, cela entraine __

A

cela entraine la sortie de l’amorce du site actif

L’amorce se lie à l’exonucléase et l’ADN désapparié est enlevé.

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7
Q

que font les doigts de la main dans l’ADN polymérase?

A

doigt de la main = flexible et mobile (se referme)
lors de l’appariement correcte, les doigts de la main se referment sur le dNTP:
-rapproche le nucléotide des ions métalliques
-augmente la vitesse de catalyse

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8
Q

les doigts induisent une rotation laquelle?

A

rotation de 90 degrés entre la 1ere et la 2e base de la matrice: tout ce qu’il voit est la première disponible, ce qui est efficace
(cela empêche tout appariement d’un dNTP avec la 2e base)

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9
Q

le rôle du pouce?

A

le pouce n’aide pas à la catalyse
il maintient l’amorce et le site actif de la paume en position optimale
il permet de maintenir une association forte entre l’ADN polymérase et son substrat

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10
Q

étape limitante lors de ADN polymérase?

A

l’étape limitante devient alors la liaison de la polymérase à sa jonction amorce: matrice (1 sec) alors que l’ajout de nucléotides prend des millisecondes

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11
Q

que signifie fourche de réplication ?

A

L’endroit où l’ADN passe de 1 ADN bicaténaire à 2 ADN bicaténaires : La Fourche de réplication

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12
Q

la réplication se fait dans quel sens?

A

du sens 5’ vers 3’

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13
Q

comment appelle-t-on le fragment d’Okazaki?

A

le brin discontinu

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14
Q

comment appelle-t-on le brin discontinu?

A

fragment d’Okazaki ( 100 à 2000 nt)

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15
Q

l’ADN polymérase est incapable de faire l’amorce seule, besoin de __

A

primase: ARN polymérase consacrée à la fabrication d’amorces courtes sur la matrice monocaténaire (5-10 nt)

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16
Q

où trouve-t-on RNase H ?

A

dans l’élimination des amorces d’ARN.
-elle dégrade spécifiquement les ARN appariés à l’ADN
-Enlève tout, sauf le dernier ribonucléotide

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17
Q

lors de l’élimination des amorces d’ARN, qui enlève le dernier ribonucléotide

A

exonucléase 5’

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18
Q

qui remplit le trou crée lors de l’élimination des amorces d’ARN

qui répare la césure?

A

ADN polymérase

ADN ligase

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19
Q

qu’est-ce que les hélicases?

A

-hexamètre sous forme d’anneau
-processives
-polarité 5’ vers 3’ ou 3’ vers 5’ selon l’hélicase

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20
Q

que font les SSB?

A

protéines liant l’ADNsb pour la stabiliser
empêche le rappariement, la dégradation et la formation de boucles

**liaison coopérative: la liaison d’une SSB facilite la liaison d’une autre SSB

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21
Q

que font les topoisomérases?

A

elles coupent l’ADN et font passer les brins dans la coupure

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22
Q

quelles sont les protéines de La Fourche ?

A

-L’hélicase: séparer les brins d’ADNdb
-SSB: stabilise l’ADNsb
-primase: permet d’initier la synthèse sur n’Importe quel segment d’ADNsb
-ADN polymérase: allonger le 3’OH d’une amorce appariée à une matrice monocaténaire seulement
-topoisomérase: élimine le surenroulement généré par l’hélicase (coupe l’ADN et font passer les brins dans la coupure)

23
Q

spécialisation des ADN polymérase, quel type et leur rôle?

A

Pol alpha (a): synthèse des amorces pendant la réplication de l’ADN

Pol delta (s): synthèse du brin discontinu de l’ADN / réparation par excision de nucléotides (NER) et BER

Pol E: synthèse du brin continu l’ADN, NER et BER

24
Q

role de la primase/ pol a

A

initiation des brins neuf
primase fait l’amorce
pol a commence la réplication

progressivité faible

25
Q

role de la pol S et E

A

prennent le relais de la pol a
progressivité élevée
Pol S: brin discontinu
Pol E: brin continu

26
Q

rôle de l’anneau coulissant?

A

(entoure l’ADN et permet grande affinité pour ADN polymérase)

-augmente bcp la progressivité de l’ADN polymérase
-l’anneau coulissant est formé de plusieurs sous-unités (forme un beigne)
-encercle la double hélice d’ADN
-fortement lié à l’ADN polymérase

27
Q

l’ADN polymérase se détache quand ?
qu’est ce qui empêche l’ADN polymérase de s’éloigner?

A

toutes les 20-100 pb
l’anneau empêche l’ADN polymérase de s’éloigner (elle permet de garder l’ADN poly près de son substrat)

28
Q

ADN polymérase a une grande affinité avec l’anneau coulissant tant qu’elle est dans une jonction amorce: matrice

A
29
Q

quand l’ADN pol se détache, que se pass-t-il avec l’anneau coulissant?

A

anneau coulissant reste pour recruter d’autres protéines

30
Q

où retrouve-t-on l’anneau coulissant ?

A

procaryotes, virus et les eucaryotes
leur fonction est leur structure est conservée, ce qui témoigne de leur importance

31
Q

comment les anneaux coulissants sont-ils installés sur l’ADN?

A

par des poseurs d’anneaux coulissants à chaque jonction amorce: matrice (réplication et réparation)

32
Q

qu’est ce qui permet de garder tout ensemble dans l’ADN pol III?

A

holoenzyme

33
Q

fonctionnement de l’holoenzyme de l’ADN pol III

A

p.39, 40, 41

34
Q

qu’est ce que le réplisome ?

A

ADN pol holoenzyme
hélicase (se lie via les sous-unités tau)
primase (qui est associé à pro a): se lie faiblement à l’hélicase toutes les secondes

35
Q

la formation initiale d’une fourche de réplication nécessite quoi?

A

l’ouverture de la double hélice pour fixer l’hélicase

36
Q

où se déroule l’initiation de la réplication?

A

se fait au niveau des séquences internes des chromosomes

37
Q

comment sont sélectionnés les sites spécifiques où débute la réplication (origine de réplication)?

A

sélectionnées aléatoirement
Origine de réplication: leur nombre varie selon les espèces
- de une à plusieurs millier par chromosomes
-ches les eucaryotes: 1 origine de réplication/ 30 kpb

38
Q

quelles sont les 2 composantes de l’initiation?

A

le réplicateur: -séquences d’ADN suffisantes pour l’initiation de la réplication
-inclus des séquences de fixation de l’initiateur et des séquences facilement déroulées (AT riche)

l’initiateur:
-protéine qui reconnait spécifiquement une séquence du réplicateur
-active l’initiation de la réplication

39
Q

Rôles des initiateurs?

A

-lient l’ADN aux réplicateurs
-recrutent les protéines nécessaires à l’initiation de la réplication
-déforment ou dénaturent parfois la région adjacente à leur site actif

40
Q

comment se passe l’initiation de la réplication eucaryote?

A

2 évènements: moments différents du cycle cellulaire
1- sélection des réplicateurs:
en phase G1
identifie les séquences qui dirigent l’initiation
assemblage d’un complexe de protéines sur chaque réplicateur (mais ce n’est pas un démarrage)

2- Activation des origines de réplication
en phase S
sépare des brins aux réplicateurs et recrute les ADN pol

41
Q

comment se déroule la formation du préréplicatif? (pre-RC)

A

-reconnaissance du réplicateur par l’initiateur
-ORC recrute 2 poseurs d’hélicases (Cdc6 et Cdt 1)
-ce complexe recrute l’ADN hélicase

42
Q

comment se déroule l’assemblage des fourches?

A

-à l’entrée de la phase S
-phosphorylation (activation)des pre-RC et d’autres protéines par Cdk et Ddk
-recrutement des ADN pol

43
Q

qu’est-ce qui est essentiel pour partir l’origine de réplication?

A

poseur d’hélicase

44
Q

si l’activité de Cdk est basse…

A

pas d’activation de Pré-RC

45
Q

si l’activité de Cdk est élevée…

A

pas de formation de nouveaux Pré-Rc

46
Q

chromosome circulaire chez?

A

les procaryotes

47
Q

chez les chromosomes linéaires, sur le brin discontinu, on doit enlever les amorces d’ARN …

A

quelques nucléotides seulement
(après des millions de divisions, cela équivaut à des millions de nucléotides)

48
Q

comment appelle-t-on les extrémités des chromosomes?

A

télomères

séquences courtes répétées: 5’TTAGGG
répété des milliers de fois (5-15 kb par chromosome)

répétition bicaténaire possédant une extrémité 3’ monocaténaire
(cette structure recrute une polymérase unique: télomérase)

49
Q

info sur la télomérase?

A

-allonge l’extrémité 3’
-ADN pol qui n’a pas besoin de matrice exogène

**ribonucléoprotéine:
ARN qui sert de matrice
forme une jonction amorce: matrice pour la TERT

TERT:
sous-unité catalytique
reverse transcriptase
rétro-transcrit l’ARN en ADN

50
Q

info sur la télomérase?

A

-allonge l’extrémité 3’
-ADN pol qui n’a pas besoin de matrice exogène

**ribonucléoprotéine:
ARN qui sert de matrice
forme une jonction amorce: matrice pour la TERT

TERT:
sous-unité catalytique
reverse transcriptase
rétro-transcrit l’ARN en ADN

51
Q

fonctions de TERT:

A

sous-unité catalytique
reverse transcriptase
rétro-transcrit l’ARN en ADN

52
Q

extension des télomères

A

télomérase allonge en 3’
synthèse en 5’ assurée par la machinerie du brin discontinu
reste une extrémité 3’ monocaténaire

53
Q

quelles protéines inhibent la télomérase?

A

protéine liant l’ADNdb télomérique inhibent la télomérase

plus il y a de ces protéines, plus la télomérase est inhibée

session 2 génétique (7 decks)

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