génétique cours 3 Flashcards
lors de la réplication de l’ADN, combien de pb par seconde sans erreur?
80 000 pb/ sec sans erreur
réplication de l’ADN prend 10h
pourquoi dit-on que la réplication de l’ADN est complexe?
parce qu’elle doit être rapide et fidèle
hautement spécialisée
que nécessite la réplication de l’ADN
-dNTP (desoxyribonucléotides triphosphates)
-jonction amorce: matrice (brin mère)
quel analogie pour l’ADN polymérase?
une main
la paume est parfaite pour l’affinité jonction amorce matrice parfaite
qu’y a -t-il dans la paume de la main de l’ADN polymérase?
la paume de la main correspond à la maison catalytique
2 ions métalliques divalents :
-modifient l’environnement chimique du 3 OH et du dNTP
- un des ions réduit le 3 OH en 3 O
-L’autre stabilise les phosphates B et Y
les mésappariemenets ralentissent la catalyse et vont diminuer l’affinité de l’ADN Pol pour la jonction amorce: matrice, cela entraine __
cela entraine la sortie de l’amorce du site actif
L’amorce se lie à l’exonucléase et l’ADN désapparié est enlevé.
que font les doigts de la main dans l’ADN polymérase?
doigt de la main = flexible et mobile (se referme)
lors de l’appariement correcte, les doigts de la main se referment sur le dNTP:
-rapproche le nucléotide des ions métalliques
-augmente la vitesse de catalyse
les doigts induisent une rotation laquelle?
rotation de 90 degrés entre la 1ere et la 2e base de la matrice: tout ce qu’il voit est la première disponible, ce qui est efficace
(cela empêche tout appariement d’un dNTP avec la 2e base)
le rôle du pouce?
le pouce n’aide pas à la catalyse
il maintient l’amorce et le site actif de la paume en position optimale
il permet de maintenir une association forte entre l’ADN polymérase et son substrat
étape limitante lors de ADN polymérase?
l’étape limitante devient alors la liaison de la polymérase à sa jonction amorce: matrice (1 sec) alors que l’ajout de nucléotides prend des millisecondes
que signifie fourche de réplication ?
L’endroit où l’ADN passe de 1 ADN bicaténaire à 2 ADN bicaténaires : La Fourche de réplication
la réplication se fait dans quel sens?
du sens 5’ vers 3’
comment appelle-t-on le fragment d’Okazaki?
le brin discontinu
comment appelle-t-on le brin discontinu?
fragment d’Okazaki ( 100 à 2000 nt)
l’ADN polymérase est incapable de faire l’amorce seule, besoin de __
primase: ARN polymérase consacrée à la fabrication d’amorces courtes sur la matrice monocaténaire (5-10 nt)
où trouve-t-on RNase H ?
dans l’élimination des amorces d’ARN.
-elle dégrade spécifiquement les ARN appariés à l’ADN
-Enlève tout, sauf le dernier ribonucléotide
lors de l’élimination des amorces d’ARN, qui enlève le dernier ribonucléotide
exonucléase 5’
qui remplit le trou crée lors de l’élimination des amorces d’ARN
qui répare la césure?
ADN polymérase
ADN ligase
qu’est-ce que les hélicases?
-hexamètre sous forme d’anneau
-processives
-polarité 5’ vers 3’ ou 3’ vers 5’ selon l’hélicase
que font les SSB?
protéines liant l’ADNsb pour la stabiliser
empêche le rappariement, la dégradation et la formation de boucles
**liaison coopérative: la liaison d’une SSB facilite la liaison d’une autre SSB
que font les topoisomérases?
elles coupent l’ADN et font passer les brins dans la coupure
quelles sont les protéines de La Fourche ?
-L’hélicase: séparer les brins d’ADNdb
-SSB: stabilise l’ADNsb
-primase: permet d’initier la synthèse sur n’Importe quel segment d’ADNsb
-ADN polymérase: allonger le 3’OH d’une amorce appariée à une matrice monocaténaire seulement
-topoisomérase: élimine le surenroulement généré par l’hélicase (coupe l’ADN et font passer les brins dans la coupure)
spécialisation des ADN polymérase, quel type et leur rôle?
Pol alpha (a): synthèse des amorces pendant la réplication de l’ADN
Pol delta (s): synthèse du brin discontinu de l’ADN / réparation par excision de nucléotides (NER) et BER
Pol E: synthèse du brin continu l’ADN, NER et BER
role de la primase/ pol a
initiation des brins neuf
primase fait l’amorce
pol a commence la réplication
progressivité faible
role de la pol S et E
prennent le relais de la pol a
progressivité élevée
Pol S: brin discontinu
Pol E: brin continu
rôle de l’anneau coulissant?
(entoure l’ADN et permet grande affinité pour ADN polymérase)
-augmente bcp la progressivité de l’ADN polymérase
-l’anneau coulissant est formé de plusieurs sous-unités (forme un beigne)
-encercle la double hélice d’ADN
-fortement lié à l’ADN polymérase
l’ADN polymérase se détache quand ?
qu’est ce qui empêche l’ADN polymérase de s’éloigner?
toutes les 20-100 pb
l’anneau empêche l’ADN polymérase de s’éloigner (elle permet de garder l’ADN poly près de son substrat)
ADN polymérase a une grande affinité avec l’anneau coulissant tant qu’elle est dans une jonction amorce: matrice
quand l’ADN pol se détache, que se pass-t-il avec l’anneau coulissant?
anneau coulissant reste pour recruter d’autres protéines
où retrouve-t-on l’anneau coulissant ?
procaryotes, virus et les eucaryotes
leur fonction est leur structure est conservée, ce qui témoigne de leur importance
comment les anneaux coulissants sont-ils installés sur l’ADN?
par des poseurs d’anneaux coulissants à chaque jonction amorce: matrice (réplication et réparation)
qu’est ce qui permet de garder tout ensemble dans l’ADN pol III?
holoenzyme
fonctionnement de l’holoenzyme de l’ADN pol III
p.39, 40, 41
qu’est ce que le réplisome ?
ADN pol holoenzyme
hélicase (se lie via les sous-unités tau)
primase (qui est associé à pro a): se lie faiblement à l’hélicase toutes les secondes
la formation initiale d’une fourche de réplication nécessite quoi?
l’ouverture de la double hélice pour fixer l’hélicase
où se déroule l’initiation de la réplication?
se fait au niveau des séquences internes des chromosomes
comment sont sélectionnés les sites spécifiques où débute la réplication (origine de réplication)?
sélectionnées aléatoirement
Origine de réplication: leur nombre varie selon les espèces
- de une à plusieurs millier par chromosomes
-ches les eucaryotes: 1 origine de réplication/ 30 kpb
quelles sont les 2 composantes de l’initiation?
le réplicateur: -séquences d’ADN suffisantes pour l’initiation de la réplication
-inclus des séquences de fixation de l’initiateur et des séquences facilement déroulées (AT riche)
l’initiateur:
-protéine qui reconnait spécifiquement une séquence du réplicateur
-active l’initiation de la réplication
Rôles des initiateurs?
-lient l’ADN aux réplicateurs
-recrutent les protéines nécessaires à l’initiation de la réplication
-déforment ou dénaturent parfois la région adjacente à leur site actif
comment se passe l’initiation de la réplication eucaryote?
2 évènements: moments différents du cycle cellulaire
1- sélection des réplicateurs:
en phase G1
identifie les séquences qui dirigent l’initiation
assemblage d’un complexe de protéines sur chaque réplicateur (mais ce n’est pas un démarrage)
2- Activation des origines de réplication
en phase S
sépare des brins aux réplicateurs et recrute les ADN pol
comment se déroule la formation du préréplicatif? (pre-RC)
-reconnaissance du réplicateur par l’initiateur
-ORC recrute 2 poseurs d’hélicases (Cdc6 et Cdt 1)
-ce complexe recrute l’ADN hélicase
comment se déroule l’assemblage des fourches?
-à l’entrée de la phase S
-phosphorylation (activation)des pre-RC et d’autres protéines par Cdk et Ddk
-recrutement des ADN pol
qu’est-ce qui est essentiel pour partir l’origine de réplication?
poseur d’hélicase
si l’activité de Cdk est basse…
pas d’activation de Pré-RC
si l’activité de Cdk est élevée…
pas de formation de nouveaux Pré-Rc
chromosome circulaire chez?
les procaryotes
chez les chromosomes linéaires, sur le brin discontinu, on doit enlever les amorces d’ARN …
quelques nucléotides seulement
(après des millions de divisions, cela équivaut à des millions de nucléotides)
comment appelle-t-on les extrémités des chromosomes?
télomères
séquences courtes répétées: 5’TTAGGG
répété des milliers de fois (5-15 kb par chromosome)
répétition bicaténaire possédant une extrémité 3’ monocaténaire
(cette structure recrute une polymérase unique: télomérase)
info sur la télomérase?
-allonge l’extrémité 3’
-ADN pol qui n’a pas besoin de matrice exogène
**ribonucléoprotéine:
ARN qui sert de matrice
forme une jonction amorce: matrice pour la TERT
TERT:
sous-unité catalytique
reverse transcriptase
rétro-transcrit l’ARN en ADN
info sur la télomérase?
-allonge l’extrémité 3’
-ADN pol qui n’a pas besoin de matrice exogène
**ribonucléoprotéine:
ARN qui sert de matrice
forme une jonction amorce: matrice pour la TERT
TERT:
sous-unité catalytique
reverse transcriptase
rétro-transcrit l’ARN en ADN
fonctions de TERT:
sous-unité catalytique
reverse transcriptase
rétro-transcrit l’ARN en ADN
extension des télomères
télomérase allonge en 3’
synthèse en 5’ assurée par la machinerie du brin discontinu
reste une extrémité 3’ monocaténaire
quelles protéines inhibent la télomérase?
protéine liant l’ADNdb télomérique inhibent la télomérase
plus il y a de ces protéines, plus la télomérase est inhibée
