Gene Editing Therapies Flashcards by Setareh Zahedi

Qual é o papel da Cas9 no sistema CRISPR?
a) Substituição de bases no RNA
b) Corta o DNA em locais específicos
c) Inibe a transcrição gênica
d) Atua como vetor viral

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Qual técnica utiliza endonucleases como “tesouras moleculares”?
a) Terapia gênica aditiva
b) Edição gênica CRISPR
c) Terapia suicida
d) Imunoterapia

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O que caracteriza o mecanismo de reparo NHEJ (Non-Homologous End Joining)?
a) Uso de molde de homologia
b) Adição de bases ao DNA
c) Colagem imprecisa da cadeia de DNA
d) Substituição específica de sequências

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Quais são os principais desafios do sistema CRISPR?
a) Fidelidade e off-targets
b) Alta imunogenicidade
c) Redução da transdução
d) Baixo número de vetores virais disponíveis

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Qual aplicação da edição gênica foi pioneira no tratamento de HIV?
a) Silenciamento de proteínas
b) Knockout do gene CCR5
c) Substituição de oncogenes
d) Expressão de retrovírus integrados

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Por que os vetores lentivirais são usados para CRISPR?
a) Tropismo restrito
b) Alta capacidade de carga
c) Integram-se no DNA
d) Não possuem envelope

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Como a Cas9 inativa pode ser usada em terapia?
a) Aumentando a expressão de proteínas
b) Silenciando transcrição gênica
c) Inserindo vírus oncolíticos
d) Removendo segmentos mutantes

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Qual é uma aplicação direta do CRISPR em medicina personalizada?
a) Tratamento de doenças raras
b) Redução da carga viral em tumores
c) Expressão de genes supressores
d) Alteração de glicoproteínas

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Qual ferramenta bioinformática auxilia no design de gRNA?
a) RNAase
b) NHEJ editor
c) CRISPR-Bio
d) Programas de busca de PAMs

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Qual é o principal mecanismo de edição gênica utilizado pelo CRISPR-Cas9?
a) Reparação direta de DNA danificado
b) Corte de DNA em locais específicos e edição por reparo
c) Integração de plasmídeos recombinantes
d) Silenciamento permanente de RNA

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Quais moléculas compõem o sistema CRISPR-Cas9?
a) Cas9, DNA guia, PAM
b) Cas9, gRNA, sequência PAM
c) Cas9, RNA polimerase, vetor viral
d) Cas9, proteínas recombinantes e RNA

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O que é um sítio PAM (Protospacer Adjacent Motif)?
a) Região que inativa a Cas9
b) Sequência necessária para Cas9 reconhecer o DNA-alvo
c) Um fragmento de RNA guia
d) Local de reparo no DNA

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Qual técnica de edição gênica utiliza proteínas TALENs?
a) Sequenciamento de RNA
b) Modificação de DNA por nucleases de ligação a sequências específicas
c) Transdução viral
d) Silenciamento gênico com RNAi

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O que diferencia as nucleases ZFN (Zinc Finger Nucleases) das TALENs?
a) ZFNs são mais precisas
b) ZFNs utilizam domínios de dedos de zinco para reconhecimento
c) TALENs requerem uso de CRISPR
d) TALENs atuam apenas em RNA

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Qual enzima é responsável por reparar o DNA no mecanismo HDR?
a) DNA polimerase
b) DNA ligase
c) Cas9
d) RNAase

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Qual é uma limitação do CRISPR-Cas9?
a) Baixa precisão no corte
b) Possibilidade de off-targets
c) Alta toxicidade em células
d) Falta de reconhecimento de RNA

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O que caracteriza o sistema CRISPR-Cas12?
a) Corta apenas RNA
b) Reconhece sequências de DNA e gera cortes
c) Depende de integrases virais
d) Funciona apenas em células procarióticas

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Qual é a vantagem do sistema CRISPR-Cas13?
a) Atua exclusivamente em DNA mitocondrial
b) Substitui mutações em genes
c) Atua em RNA, permitindo o silenciamento gênico
d) É mais eficiente na integração viral

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Qual das seguintes técnicas permite a edição sem causar quebras no DNA?
a) CRISPR-Cas12
b) Edição de bases (Base Editing)
c) Knockout gênico
d) RNA interference (RNAi)

O que é uma “edição prime” (Prime Editing) no contexto de CRISPR?
a) Técnica de silenciamento específico
b) Edição precisa de DNA sem criar quebras duplas
c) Reparo do DNA mitocondrial
d) Modificação direta de RNA

O que diferencia o CRISPR-Cas9 de sistemas como ZFNs e TALENs?
a) Uso de RNA guia para reconhecimento de DNA
b) Utiliza proteínas TAL como enzimas
c) Maior complexidade na modulação de genes
d) Alta especificidade em reconhecimento de DNA

Qual método pode ser utilizado para “knockout” de um gene específico?
a) TALENs
b) ZFN
c) CRISPR-Cas9
d) Todas as anteriores

Qual estratégia permite substituir apenas uma única base nitrogenada no DNA?
a) CRISPR-Cas9 clássico
b) HDR com reparo longo
c) Edição de bases (Base Editing)
d) Silenciamento de RNA

O que acontece após um corte de DNA promovido pelo CRISPR-Cas9?
a) O DNA é imediatamente eliminado
b) O reparo ocorre por NHEJ ou HDR
c) Há formação de novos transgenes
d) A célula entra em apoptose

O que é o sistema CRISPR-Cas9 “dead” (dCas9)? a) Variante não funcional de Cas9 b) Variante que remove vetores virais c) Cas9 incapaz de cortar DNA, mas útil para regulação gênica d) Cas9 com integração imprecisa

Quais células são mais desafiadoras para a edição com CRISPR-Cas9? a) Células tumorais b) Células não mitóticas c) Células embrionárias d) Células somáticas

Qual ferramenta é usada para minimizar off-targets no CRISPR? a) RNA guia inespecífico b) Design otimizado de gRNA e variantes de Cas9 de alta fidelidade c) Vetores virais modificados d) Uso de proteínas TALENs adicionais

O que caracteriza a abordagem de edição gênica chamada “knock-in”? a) Silenciamento permanente do gene b) Exclusão de uma sequência gênica c) Inserção de uma sequência específica de DNA no genoma d) Bloqueio temporário do gene

Quais ferramentas permitem a edição gênica direta no RNA? a) CRISPR-Cas9 e TALENs b) ZFNs e CRISPR-Cas12 c) CRISPR-Cas13 e RNA interference (RNAi) d) Vetores retrovirais

Qual é a principal característica do sistema CRISPR-Cas9? a) Atua especificamente em RNA b) Realiza cortes no DNA de fita dupla em locais específicos c) Substitui diretamente bases nitrogenadas no DNA d) Atua exclusivamente em células procarióticas

Qual é a funcionalidade principal do sistema CRISPR-Cas12? a) Substituir um gene defeituoso por um funcional b) Edição direta do RNA, sem interferir no DNA c) Corta especificamente o DNA de fita simples e dupla d) Silencia a expressão gênica por meio de RNAi

O que diferencia o sistema CRISPR-Cas13 dos outros sistemas CRISPR? a) Atua em DNA mitocondrial b) Atua exclusivamente no RNA, permitindo o silenciamento gênico c) Utiliza apenas proteínas TALENs para reconhecimento d) Promove integração precisa no genoma celular

Qual é uma aplicação interessante do sistema CRISPR-Cas12 além da edição gênica? a) Modificação do epigenoma em células germinativas b) Substituição de bases no RNA com alta fidelidade c) Detecção de sequências de DNA como ferramenta diagnóstica d) Integração de DNA em regiões específicas do genoma

Por que o sistema CRISPR-Cas9 “dead” (dCas9) é útil em biotecnologia? a) Produz cortes de DNA mais eficientes em locais específicos b) Atua como ferramenta de regulação gênica sem causar cortes no DNA c) Realiza edição gênica em RNA de fita dupla d) Elimina a necessidade de vetores virais no transporte de gRNA

O que caracteriza o sistema CRISPR-Ri (CRISPR RNA interference)? a) Realiza cortes precisos no DNA de fita dupla b) Substitui diretamente bases no DNA utilizando homologia c) Regula a expressão gênica através do bloqueio da transcrição d) Integra sequências genéticas no genoma hospedeiro

Como o sistema CRISPR-Ri atua para bloquear a expressão gênica? a) Degrada a fita dupla de DNA por nucleases b) Substitui o promotor do gene defeituoso c) Usa a proteína dCas9 para se ligar a regiões promotoras e impedir a transcrição d) Corta a sequência de RNA transcrito no citoplasma

Qual é a vantagem do sistema CRISPR-Ri em comparação com o CRISPR-Cas9 convencional? a) É mais eficiente no corte de DNA b) Permite silenciar genes sem causar quebras no DNA c) Facilita a inserção de transgenes específicos d) Aumenta a precisão do HDR no reparo do DNA

Quais moléculas são essenciais no funcionamento do sistema CRISPR-Ri? a) RNA guia e Cas12 b) RNA guia e RNAi c) RNA guia e dCas9 d) RNAi e proteínas TALEN

Em que aplicações o CRISPR-Ri é mais vantajoso em comparação a outras técnicas? a) Edição direta de RNA b) Edição precisa do genoma por HDR c) Regulação temporária ou reversível da expressão gênica d) Substituição de sequências mutantes no DNA

A maior parte dos medicamentos aprovados pela EMA ou pela FDA em terapias in vivo utiliza que tipo de vetores?

AAV

A maior parte dos medicamentos aprovados pela EMA ou pela FDA em terapias ex vivo utiliza que tipo de vetores?

A: Retrovírus (Gamma ou Lentivírus). Normalmente para doenças do sangue ou relacionadas, já que utilizam células da linhagem hematopoiética.

Quais são os mecanismos de reparação endógena do DNA?

União terminal não homóloga (NHEJ); Reparação mediada por homologia (HDR).

Em que consiste a União terminal não homóloga (NHEJ)?

Recolagem direta das extremidades do DNA cortado; Frequentemente adiciona ou elimina nucleotídeos para criar micro-homologia; Pode gerar mutações indels (inserção ou deleção); Útil para criar codões STOP prematuros.

Em que consiste a Reparação mediada por homologia (HDR)?

Requer um molde de DNA homólogo para guiar o reparo; Permite introduzir ou substituir sequências específicas no genoma; Atualmente apresenta desafios no controle do design do molde de reparo exógeno.

As nucleases usadas em edição gênica devem cortar ambas as cadeias de DNA, ser específicas e redirecionáveis. Quais tipos de nucleases possuem essas características?

ZFNs (Zinc Finger Nucleases): Usam domínios de dedos de zinco para reconhecimento e clivagem. TALENs (Transcription Activator-Like Effector Nucleases): Reconhecem sequências específicas usando domínios TAL. CRISPR-Cas: Utilizam RNA guia para direcionar a clivagem pelo Cas9 ou variantes.