G1 Flashcards
Maladie monogenique vs trait complexe :
Gène cause la maladie ou modifie le risque?
Un ou plusieurs genes?
Mode de transmission?
Maladie rare ou fréquente ?
Exemples
Que permet de faire l’analyse genetique des traits complexes ?
2 types d’etudes d’association ?
Gène candidat et pangenomique (GWAS)
Etudes d’association : differences entre etude gene candidat vs pangenomique (GWAS)
Hypothèse ?
Besoin de genotypage?
Besoin de correction statistique?
Nombre de faux positif et cibles manquées ?
Differences entre une analyse de liaison vs d’association?
Liaison:
. besoind’un lien familial pr pedigree,
. S’applique aux traits rares et dominants
.fractions de recombinaison plutot que stats
Association:
. Individus n’ont pas besoin d’etre liés
. Associations statistiques
. Maladie fréquentes
Qu’est ce que le déséquilibre de liaison ?
3 exemples de designs possible d’étude d’association
Cas-contrôle
Cohortes
Trio (TDT)
Que fait le GWAS ?
2 prerequis au GwAS (etude d’association pangenomique)
GWAS identifie des associations de marqueurs (SNP) avec des conditions
. Nombre suffisamment grand de SNP (via communauté scientifiques et initiatives comme 1000 genomes, dbSNP, HapMap…) qui ont caracterisés des millins de SNPs et leur transmission en bloc d’halotypes
. Outils techno pour tester un grand nombre de SNP simultanement chez un grand nombre de patients
Ex. SNP ARRAY (ressemble à une micropuce)
7 Avantages GWAS
2 misconceptions du GWAS
5 limites du GWAS
À quoi ressemble un SNP array?
Micropuce
Nom du système d’associations avec caractwristiques physiques ?
À quoi il sert ?
Système Hiris-Plex
Formule des predictions de pigmentation, couleur des yeux, couleur des cheveux à partir d’un panel de 41 SNPs
Implication en archeologie et medecine legale (portraits robot avec chances d’avoir tel ou tel trait)
Qu’est ce que les scores polygeniques (PRS)?
Estimation de l’effet de olusieurs variations genetiques sur le phenotype d’un individu ou ses chances de developper une maladie
Predisposition genetique qui ne tient pas compte des facteurs environnementaux
Score composé et peut etre ajouté au risque environnemental pour donner un risque g’obal
Permet de stratifier les risques
*** 5 moments où le PRS (score polygenetique) est utile ?
Naissance : risk prediction
Debut sx : predire la gravité à venir
Pour supporter le diagnostique
Pour choix de traitement avec prediction des outcomes
Pour le prognostique: prediction de l’evolution de la maladie
*** Exemples d’utilitées cliniques des scores polygeniques PRS (PREVENTION et amelioration des modeles de risque connus)
MCAS (4)
FA (2)
Db type 2 (2)
TPP (1)
PRS en communauté
PRS chez une personne avec des sx
PRS chez une personne dont le diagnostic est deja etabli
*** Lien entre score polygenique PRS et GWAS
