Fylogeni

Question 1

Forklar prinsippet bak metoden maksimal “parsimony” i fylogenetiske analyse.

Answer 1

Parsimony er en fylogenetisk analyse som er brukt til å velge den ekleste og mest sannsynlige forklaringen på evolusjonære endringer mellom arter/organismer. Maksimal parsimony er nyttig når det er mange mulige trær som kan forklare dataene. Maksimal parsimony i en fylogenetisk analyse betyr at man søker å finne den fylogenetiske treet som har færrest antall endringer (for eksempel mutasjoner eller tap av egenskaper) som må ha skjedd for å forklare de observerte evolusjonære relasjonene mellom artene.

Question 2

Forklar teorien bak molekylære klokker. Hvordan kan en slik klokke kalibreres? To arter skilte lag fra en felles stamfar og har gått gjennom henholdsvis 140 og 150
baseparendringer per 10000 sekvenserte basepar. Gitt en gjennomsnittlig
substitusjonsrate på 2.0*10-9 per år per basepar – kalkuler absolutt tid siden de skilte lag. (se også sp. 2 kap. 10)

Question 3

Definer begrepene: mono-, para- og polyfyletiske grupper

Answer 3

Monofyletisk gruppe inneholder en stamfar/stammor og alle dens etterkommere

Parafyletiske grupper inneholder en felles formor, men alle artene som har denne formoren er ikke en del av gruppen. Der en av gruppene har utviklet seg så forskjellig fra modergruppen at den ikke lenger blir regnet som en del av den.

Polyfyletiske grupper består av medlemmer hvor felles forfar ikke er med i gruppa. Medlemmene av en polyfyletisk gruppe er ofte ikke nært beslektet. Hunder, katter, kuer og sauer er eksempler på dyr som ofte kalles for husdyr. Husdyr er en polyfyletisk gruppe. En polyfyletisk gruppe inneholder flere monofyletiske grupper.