F3

Question 1

Tegn peptidbinding.
Er den fri i rotation, hvorfor/hvorfor ikke?

Answer 1

Ikke fri i rotation grundet dens dobbeltbindingskarakter

Question 2

Hvad er forskellen på cis og trans konfiguration, og i hvilken konfiguration findes peptidbindingen i naturen?

Answer 2

I transkonfigurationen er sidekæderne vendt fra hinanden, i cis vender de mod hinanden (støder sammen, steric clash)

Question 3

Alfa-helix:
Den simpleste konformation som en polypeptidkæde kan lave, og samtidig opnå maksimal dannelse af hydrogenbindinger.
Hvad stabiliserer den?
Hvad danner rygraden?
Hvor stikker sidekæderne hen?
Hvor mange aminosyrer pr. omdrejning?

Answer 3

Stabiliseres af hydrogenbindinger
Peptidbindingerne og alfa-kulstofatomerne danner rygraden i helixen
Sidekæder stikker ud til siderne
3,6 aminosyrer pr. omdrejning

Question 4

Hydrogenbindingerne i en alfa-helix:

Answer 4

Question 5

Beta-sheets er den næsthyppigste sekundære struktur. Popypeptidkæden danner en “zig-zag” foldet plade (beta-sheet)
Hvor stikker sidekæderne hen?
Hvad holder dem sammen?
Hvad menes der med parallelle og antiparallelle?

Answer 5

Sidekæderne stikker op eller ned fra beta-sheet’ets plan
Hydrogenbindinger holder betasheetet sammen
Strengene ligger i samme retning=parallelle
Strengene ligger i modsat retning= Antiparallelle

Question 6

Hvad hedder et protein som udelukkende består af alfa-helixer, udelukkende af beta-sheets, og blandet
Og hvad kaldes drejninger mellem beta-sheets?

Answer 6

All-alfa
All-beta
mixed sheets

beta-turns

Question 7

Subunit: Definer
Protein dimer: Definer

Answer 7

Subunit= en polypeptidkæde
Protein dimer består af 2 subunits

Question 8

Proteiner med mere end 200 rester har typisk to eller flere domæner. I hver domæne kan polypeptidkæden gå frem og tilbage adskillige gange, men mellem domænerne går kæden kun frem og tilbage få gange.
De er strukturelt uafgængige enheder, der ofte folder uafhængigt af hinanden.
Hvor ligger bindingssites for små molekyler, ofte?
Er et domæne en funktionel enhed?

Answer 8

Binding sites for små molekyler i multidomæne proteiner er ofte mellem domænerne (f.eks. trypsin).
Et domæne udgør ofte en funktionel enhed.

Question 9

Primære struktur definer:

Answer 9

Sekvensen af aminosyrer

Question 10

Sekundær struktur, definer:

Answer 10

Hyppigt forekommende stabile lokale foldningsmønstre i et protein.
Alfa-helix
Beta-sheet
Beta turn

Question 11

Tertiær struktur, definer:

Answer 11

En enkelt polypeptidskædes 3D-struktur og alle den atomer.
Herunder den rummelige placering af alle aminosyrerne i den enkelte polypeptidkæde, og deres interaktion med hinanden på de forskellige afstande derimellem (også dem som sidder langt fra hinanden i primærstrukturen)

Question 12

Kvarternær struktur, definer:

Answer 12

Kun proteiner der består af flere polypeptidkæder (subunits)
Angiver 3D-strukturen for de forskellige polypeptider, der er bundet sammen til hinanden via nonkovalente bindinger