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Biotechnologie > Examen TP 1 à 5 > Flashcards

Examen TP 1 à 5 Flashcards

1
Q

Quel endroit comporte la plus grande variété de microorganismes?

A

Le sol

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2
Q

Qu’est-ce qu’une culture mixte?

A

Plusieurs espèces de microorganismes qui croissent sur le même milieu de culture.

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3
Q

Qu’est-ce qu’une colonie?

A

Résultat visible à l’oeil de la multiplication d’une seule bactérie.

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4
Q

Compléter la phrase:

Le nombre de _________ est représentatif du nombre de __________ de l’échantillon

A

Colonies; bactéries

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5
Q

Une colonie correspond à des millions de bactéries de la même espèce ou d’espèces différentes?

A

De la même espèce

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6
Q

Qu’est-ce qu’une culture pure?

A

Une seule espèce bactérienne produisant 1 seul type de colonie.

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7
Q

Comment obtient-on une culture pure?

A

En touchant une seule colonie avec un fil de platine stérile et en déposant le prélèvement sur un nouveau milieu de culture.

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8
Q

Qu’est-ce qu’une gélose sang?

A

Milieu enrichi utilisé pour la culture des bactéries ou microorganismes qui ne se développent pas facilement.

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9
Q

Qu’est-ce que l’hémolyse?

A

Destruction des globules rouges

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10
Q

Qu’est-ce que l’hémoysine?

A

Anticorps provoquant des lésions dans la membrane des globules rouges et les détruit.

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11
Q

Qu’est-ce qui se trouve sur l’image?

A

Hémolyse partielle de type alpha

Zone verdâtre et translucide autour des colonies

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12
Q

Qu’est-ce qui se trouve sur l’image?

A

Hémolyse totale de type bêta

Zone autour des colonies devient transparente

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13
Q

Qu’est-ce qui est illustré sur l’image?

A

Bactérie non hémotylique

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14
Q

Lors du laboratoire, quelle gélose a été utilisée pour faire la culture de l’air, de la peau et du cuir chevelu?

A

La gélose TSA

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15
Q

Quel est le temps et la température d’incubation de la gélose TSA?

A

24h à 37ºC et réfrigérer

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16
Q

Quel type de gélose a été utilisée pour l’échantillon de terre lors du laboratoire?

A

Gélose SAB

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17
Q

Quel est le temps et la température d’incubation de la gélose SAB?

A

1 semaine à 22ºC

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18
Q

Qu’est-ce qu’une colonie bactérienne?

A

Une seule bactérie qui s’est multipliée. Une seule espèce visible à l’oeil nu.

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19
Q

À quoi servait la culture dans le nez et la gorge?

A

Vérifier la présence de streptocoque

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20
Q

Qu’est-ce que la couleur dans une gélose signifie?

A

La présence d’une moisissure

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21
Q

Qu’est-ce qu’une culture pure?

A

Ne contient qu’une seule espèce microbienne

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22
Q

Qu’est-ce qu’une culture mixte?

A

Contient un mélange de plusieurs espèces différentes.

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23
Q

Par quoi la croissance des microorganismes est limitée?

A
  • L’épuisement du milieu en ressources nutritives
  • L’accumulation des déchets métaboliques et de sous-produits toxiques
  • Acidification du milieu
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24
Q

Quels sont les deux types de croissances (milieu d’ensemensement)?

A

Gélose: colonie d’aspect caractéristique

Croissance en bouillon: turbidité, formation d’un dépot

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25
Q

Qu’est-ce qu’une colonie?

A

Petite masse visible sur ou dans un milieu solide qui provient de la multiplication d’une seule cellule isolée.

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26
Q

Quel est le nom de cette technique?

A

Technique de l’épuisement

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27
Q

Quel est le nom de cette technique?

A

Technique d’ensemencement par repiquage

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28
Q

Quel est le nom de cette technique?

A

Tapis bactérien

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29
Q

Comment savoir si l’ensemencement du bouillon a réussi?

A

Le bouillon est trouble ou il y a un culot de bactéries dans le fond du tube

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30
Q

Comment savoir si les bactéries de votre tube (bouillon) sont vivantes?

A

Il faut resemenser le bouillon dans un nouveau bouillon stérile (technique de repiquage). S’il y a de la croissance, alors les bactéries sont vivantes.

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31
Q

Pour savoir si les bactéries du tube sont vivantes (bouillon), serait-il possible de regarder au microscope pour avoir la réponse?

A

Oui on pourrait regarder, toutefois, il faudrait que les bactéries soient mobiles (avec flagelles) pour qu’on puisse observer leur mouvement. Il est toutefois possible que les bactéries ne bougent pas même si elles sont vivantes.

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32
Q

Dans la technique de l’épuisement, pourquoi faut-il éviter de recharger le fil de platine?

A

Pour avoir des colonies individuelles (isolées) dans la troisième section de la gélose. On veut épuiser, passer de miliers de bactéries à une seule.

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33
Q

Qu’est-ce que l’examen à l’état frais permet de noter?

A

La forme
Le mode de regroupement cellulaire
La mobilité de l’organisme

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34
Q

Lors de l’examen à l’état frais, qu’est-ce que la coloration permet?

A

Mieux voir la morphologie et le mode de regroupement

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35
Q

Que permet la technique de montage en milieu humide?

A

Observer des microorganismes vivants en suspension dans leur milieu.

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36
Q

Qu’est-ce que le mouvement réel?

A

Le microorganisme se déplace dans une direction grâce à une structure comme les flagelles.

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37
Q

Qu’est-ce que le mouvement brownien?

A

Dû au mouvement perpétuel des bactéries en suspension dans un liquide, vibrations des microorganismes.

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38
Q

Est-ce que les bactéries se déplacent au hasard dans leur environnement naturel? (Lien avec la notion de chimiotactisme)

A

Non elles ne se déplacent pas aléatoirement. Ils se rapprochent d’une source de nourriture ou d’oxygène (chimiotaxie positive) ou s’éloignent d’une substance toxique ou de chaleur (chimiotaxie négative).

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39
Q

Lors de la coloration de Gram, qu’est-ce que la coloration permet?

A
  • Mieux observer la morphologie des microorgasismes
  • Mettre en évidence certaines structures cellulaires
  • Établir des différences entre les microorganismes (faciliter l’identification)
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40
Q

Qu‘est-ce qu’une coloration simple?

A

Application d’un seul colorant sur le frottis pendant le temps requis.

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41
Q

Qu’est-ce qu’une coloration différentielle?

A

Application de plusieurs colorants aux réactifs sur le frottis.

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42
Q

La coloration de Gram permet de séparer rapidement les bactéries en 2 groupes (Gram + et Gram -) selon quel facteur?

A

La teneur en lipides de leur paroi.

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43
Q

Quels sont les réactif, en ordre, utilisés lors de la coloration de Gram?

A

Cristal violet
Iodine
Alcool
Safranine

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44
Q

Quel est l’effet du réactif cristal violet sur les bactéries?

A

Colorie les bactéries en violet.

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45
Q

Qu’est-ce que le réactif Iodine?

A

Mordant qui augmente l’affinité des bactéries pour le cristal violet

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46
Q

Quel est l’effet de l’iodine sur les bactéries Gram + et Gram - ?

A

Reste violet

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47
Q

À quoi sert l’alcool lors de la coloration de Gram?

A

C’est un décolorant qui dissout la membrane externe.

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48
Q

Quel est l’effet de l’alcool sur les bactéries Gram + ?

A

Dérhydrate la paroi: le complexe cristal violet-iodine ne peut sortir.

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49
Q

Quel est l’effet de l’alcool sur les bactéries Gram - ?

A

Dissout les lipides: le complexe cristal violet-iodine disparaît

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50
Q

Quel est l’effet de la safranine sur les bactéries Gram + ?

A

Reste violet

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51
Q

Quel est l’effet de la safranine sur les bactéries Gram - ?

A

Colorie en rouge (rose).

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52
Q

Qu’est-ce qu’un frottis?

A

Étalement de microorganismes déposés sur une lame avec un fil bouclé ou une pipette Pasteur.

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53
Q

Qu’est-ce qu’il fallait faire après avoir fait le frotti lors du laboratoire de la coloration de Gram?

A

Il faut laisser sécher la mince couche de liquide sur une plaque chauffante à 40ºC.

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54
Q

À quoi sert la fixation du frottis ?

A

Elle fait adhérer les microorganismes à la surface de la lame et tue les bactéries.
Si on ne faisait pas la fixation, les bactéries pourraient glisser sur la lame de verre.

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55
Q

Comment fait-on la fixation du frottis?

A

En passant rapidement 3 fois le frottis directement à la flamme du bruleur .

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56
Q

De quelle couleur apparaissent les bactéries Gram-positives?

A

Violettes

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57
Q

De quelle couleur apparaissent les bactéries Gram-négatives?

A

Rouge (rose)

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58
Q

VRAI OU FAUX?
Si deux bactéries ont la même forme, le même arrangement et qu’elles sont toutes deux mobiles, on peut affirmer qu’il s’agit de la même espèce.

A

FAUX

C’est possible mais pas obligatoire. Elles pourraient être Gram - ou Gram +.

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59
Q

Expliquer le rôle de l’alcool dans la coloration de Gram.

A

C’est un décolorant qui dissout la membrane externe de peptidoglycane pour les Gram +, afin d’emprisonner le cristal violet. Lorsqu’on ajoute la Safranine, on pourra voir une coloration violette ou rose.

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60
Q

Quels critères doit-on utiliser pour évaluer une coloration de Gram?

A
  • L’étalement doit être uniforme
  • Une seule couleur doit être visible (violette ou rouge/rose)
  • Respecter les étapes de coloration et le temps
  • Épaisseur paroi peptidoglycane et teneur en lipides
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61
Q

Que doit fournir aux microorganismes le milieu de culture idéal?

A
  • Substances nutritives nécessaires à leurs activités métaboliques
  • Respecter les conditions environnementales dans lesquelles croissent habituellement les microorganismes (température, pH, isotonicité, pression d’O2)
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62
Q

Quels sont les 3 types de milieux de culture basés sur la composition chimique?

A

Milieu synthétique
Milieu complexe
Milieu non-synthétique

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63
Q

Qu’est-ce qu’un milieu synthétique?

A

Milieu dont la composition chimique est déterminée avec précision.

64
Q

Que contient le milieu de culture synthétique?

A

Il peut contenir que des composés inorganiques ou un mélange de composés organiques et inorganiques.

65
Q

Pourquoi est utilisé le milieu synthétique?

A

il est utilisé entre autres pour des études métaboliques.

66
Q

Qu’est-ce qu’un milieu complexe?

A

C’est un milieu dont la composition chimique n’est pas déterminée avec précision. Il est fabriqué à partir d’extrait de substances complexes comme de la viande, du sang, ect. qui répondent aux besoins de plusieurs groupes de bactéries.

67
Q

Qu’est-ce qu’un milieu non-synthétique

A

Milieu dont on ne connait pas exactement la composition chimique.

68
Q

Quels sont les types de milieux basés sur leur utilisation?

A

Milieu enrichi
Milieu sélectif
Milieu différentiel
Milieu d’utilisation générale

69
Q

Qu’est-ce qu’un milieu enrichi?

A

Milieu qui favorise la croissance de certaines espèces données parmi d’autres présentes dans une culture mixte.

70
Q

Qu’est-ce qu’un milieu sélectif?

A

Joue le même rôle qu’un milieu enrichi, mais qui est basé sur un principe différent.
Il contient un ou plusieurs agents qui inhibent la croissance de microorganismes indésirables présents dans une culture mixte, et favorise la croissance de l’espèce voulue.

71
Q

Qu’est-ce qu’un milieu différentiel?

A

On utilise un milieu différentiel pour explorer les caractéristiques biochimiques ou métaboliques des souches. C’est un milieu utilisé à des fins d’identification.

72
Q

Qu’est-ce qu’un milieu d’identification générale?

A

Milieu favorisant une grande variété de microorganismes. (Pas toutes les espèces de microorganismes car plusieurs ont des besoins spécifiques).

73
Q

Quels sont les types de milieux de culture basés sur la texture du milieu?

A

Milieu liquide
Milieu solide
Milieu semi-solide

74
Q

Donner un exemple de milieu liquide.

A

Bouillons nutritifs

75
Q

Qu’est-ce qu’un milieu solide?

A

Bouillon nutritif solidifié par l’addition d’un extrait d’algue appelé Agar

76
Q

Pourquoi utilise-t-on de l’Agar pour solidifier un bouillon nutritif?

A

Car aucun microorganisme ne peut le dégrader

77
Q

Quelle est la composition d’un milieu minimum?

A
  • Glucose (source carbone et énergie)
  • Source potassium et phosphore
  • Source azote et soufre
  • Source Mg, Ca et fer
  • Source d’oligo-éléments
  • Source d’eau (eau distillée)
  • tampon pH
78
Q

Que se produit-il s’il manque l’un des composants d’un milieu minimum?

A

Les bactéries ne se développent pas, car elles ne peuvent synthétiser ces produits.

79
Q

Que contient le milieu Mannitol-Chapman?

A

Une forte teneur en NaCl, du mannitol et le rouge phénol (indicateur pH)

80
Q

Que permet la forte teneur en NaCl du milieu Mannitol-Chapman (nom bactérie)?

A

Il ne permet que la multiplication des Staphylocoques (bactérie halophile)

81
Q

Pourquoi le milieu Mannitol-Chapman est un milieu différentiel?

A

Les souches utilisant le mannitol et produisant un acide font réagir un indicateur pH et le milieu devient jaune.

82
Q

VRAI OU FAUX?

Le milieu Mannitol-Chapman est un milieu sélectif.

A

VRAI

Il contient un facteur (NaCl) chimique qui ne permet que la croissance de certaines souches.

83
Q

Milieu de culture:

Quel critère peut être utilisé pour distinguer le Staphylococcus aureus pathogène du Staphylooccus epidermidis?

A

Le milieu de culture Mannitol-Chapman.
Certains Staphylocoques fermentent le mannitol et acidifient le milieu = vire au jaune (Staphylococcus aureus, pathogène)
D’autres n’utilisent pas le mannitol = modifie pas la teinte rouge. (Staphylococcus epidermidis, non pathogène)

84
Q

Que contient le milieu Mac Conkey?

A
  • Lactose
  • Sels biliaires
  • Rouge neutre
  • Violet cristal
85
Q

Que permet le milieu Mac Conkey?

A

Il permet d’isoler les entérobactéries parmi d’autres bactéries.
Les entérobactéries vont croitre sur le milieu, alors que le cristal violet inhibe la croissance des autres bactéries.

86
Q

La gélose Mac Conkey est sélective à quel type de bactéries, Gram + ou Gram - ?

A

Gram -

87
Q

Dans le milieu Mac Conkey, de quelle couleur deviendront les colonies des entérobactéries qui utilisent le lactose (lactose +)?

A

Les colonies seront rouges brique entourées d’un halo opaque de sels biliaires précipités.

88
Q

Dans le milieu mac Conkey, de quelle couleur seront les colonies des bactéries qui n’utilisent pas le lactose (lactose -)?

A

Les colonies seront incolores

89
Q

Identifier les bactéries lactose + et lactose - sur la gélose Mac Conkey:

A
90
Q

Identifier les bactéries lactose - et lactose + sur la gélose Mac Conkey:

A
91
Q

Que contient le milieu Kligler?

A

Milieu complexe qui contient du lactose, du glucose, du sulfate ferreux et le rouge de phénol (indicateur pH)

92
Q

Le milieu Klingler est utilisé pour quelles bactéries?

A

Bactéries fermentatives, essentiellement les entérobactéries

93
Q

Qu’est-ce qui permet l’identification des bactéries dans le milieu Klingler?

A

La détermination du type de fermentation.

94
Q

Dans le milieu Klingler, on observe une croissance dans le culot.
Qu’est-ce que cela signifie, anaérobiose relative ou aérobiose relative?

A

Anaérobiose relative

95
Q

Dans le milieu klingler, on observe de la croissance dns le culot.
Si le culot est jaune = _______
Si le culot est inchangé = __________

A

Culot jaune = glucose +

Culot inchangé = glucose -

96
Q

Dans le milieu Klingler, on observe quelques bulles ou poche de gaz qui décolle complètement le milieu du fond du tube. Qu’est-ce que cela signifie?

A

Il y a un dégagement de gaz (CO2 ou H2) = Gaz +

97
Q

Dans le milieu Klingler, on observe une croissance dans la pente.
Est-il question d’anaérobiose relative ou d’aérobiose relative?

A

Aérobiose relative.

98
Q

Dans le milieu klingler, on observe une coissance dans la pente.

  • Pente jaunie = ________
  • Pente inchangée = ________
A

Pente jaunie = lactose +

Pente inchangée = lactose -

99
Q

Dans le milieu Klingler, on observe dans la zone joignant le culot:

  • un noircissement du milieu = ______
  • Pas de noircissement = _______
A

Noircissement du milieu = H2S +

Pas de noircissement = H2S -

100
Q

Donner les informations que l’on peut tirer de ce milieu Klingler.

A

Glucose - (culot inchangé)
Latose - (pente inchangée)
H2S - (pas de noircissement)

101
Q

Donner les informations que l’on peut tirer de ce milieu Klingler.

A

Glucose + (culot jaune)
Lactose + (pente jaune)
H2S - (pas de noircissement)

102
Q

Donner les informations que l’on peut tirer de ce milieu Klingler.

A

Glucose + (culot jaune)
Lactose - (pente inchangée)
H2S + (noircissement du milieu)

103
Q

Donner les informations que l’on peut tirer de ce milieu Klingler.

A

Glucose + (culot jaune)
Lactose - (pente inchangée)
H2S - (pas de noircissement)

104
Q

Identifier le type de bactéries selon la croissance (effet de l’O2).

A

Anaérobie facultative

105
Q

Identifier le type de bactéries selon la croissance (effet de l’O2).

A

Anaérobie stricte

106
Q

Identifier le type de bactéries selon la croissance (effet de l’O2).

A

Anaérobie facultative

107
Q

Identifier le type de bactéries selon la croissance (effet de l’O2).

A

Microaérophile

108
Q

Identifier le type de bactéries selon la croissance (effet de l’O2).

A

Aérobie stricte

109
Q

Identifier le résultat positif et le résultat négatif de la gélose amidonée

A
110
Q

Quel était l’objectif du laboratoire de l’hydrolyse de l’amidon?

A

Vérifier la production et la sécrétion d’enzymes capables d’hydrolyser l’amidon par des microorganismes du sol.

111
Q

Un grand nombre de microorganismes, bactéries ou mycètes produisent et sécrètent des ____________ qui digèrent l’amidon.

A

Exoenzymes

112
Q

L’amyloglucosidase produite par __________, une moisissure fréquente du sol, coupe les molécules de glucose à l’extrémité d’une chaîne.

A

Aspergillus

113
Q

Hydrolyse de la gélatine:
La solution de gélatine utilisée lors de cette expérience fait en sorte que le milieu est _______ à température ambiante et ________ dans un bain de glace.

A

Liquide

Solide

114
Q

Quel est le nom de l’enzyme qui dégrade la gélatine?

A

Gélatinase

115
Q

La gélatine est une _______ obtenue par l’hydrolyse du __________, une composante du tissu conjonctif des animaux.

A

Protéine

Collagène

116
Q

Comment fait-on pour savoir s’il y a présence de la gélatinase?

A

Le milieu restera liquide ou le deviendra

117
Q

Pourquoi le milieu est liquide lorsqu’il y a présence d’une enzyme protéolytique (gélatinase) dans le milieu?

A

La protéase scinde la protéine gélatine en acides aminés et en peptides et comme ceux-ci n’ont pas la propriété de prendre en gel, l’hydrolyse de la gélatine se traduira par le fait que le milieu restera liquide (ou le deviendra).

118
Q

Qu’est-ce qu’il fallait ajouter au milieu lors du laboratoire de l’hydrolyse de l’amidon pour révéler le résultat?

A

Le lugol

119
Q

Pour l’hydrolyse de l’amidon, on observe un résultat positif. Que veulent dire les zones pâles sur la gélose?

A

L’amylase, qui diffuse dans le milieu tout en digérant l’amidon est révélée.
La zone pâle correspond à l’hydrolyse de l’amidon.

120
Q

Quelle bactérie produit la gélatinase?

A

Serratia marcescens

121
Q

VRAI OU FAUX?

le rouge de phénol dans le milieu Klingler devient jaune en présence de métabolites acides.

A

VRAI

122
Q

Dans le milieu Klingler, on observe un dégagement de gaz dans le fond du tube. Pourquoi ce dégagement est visible dans le fond et non à la surface?

A

Ce gaz est produit en fermentation, donc en anaérobie —> dans le fond.

123
Q

Pourquoi la pente est de couleur rouge dans le milieu Klingler lorsqu’une bactérie est lactose - ?

A

Le milieu Klingler est un milieu avec une faible concentration en glucose. D’abord la pente devient jaune, car la bactérie consomme les glucides présents à faible concentration dans le milieu en premier. Ensuite, comme la bactérie ne peut pas métaboliser le lactose (lactose -) et que les glucides sont épuisés, la bactérie se tourne vers les acides aminés du milieu. Lorsqu’on dégrade des acides aminés, il y a libération de NH3 (amine) qui est basique. Le milieu devient donc basique et l’indicateur pH tourne au rouge. La pente devenue jaune redevient rouge. Ce changement de couleur se produit seulement dans la pente car il faut de l’O2 pour dégrader des acides aminés (aérobie).

124
Q

Quels sont les problèmes de l’extraction de l’ADN?

A

La quantité et la pureté

125
Q

Lors de la lyse des cellules, à quoi sont exposées les acides nucléiques qui sont libérés?

A

À des enzymes qui pourraient les hydrolyser; les nucléases

126
Q

Quel est l’effet de décongélations multiples sur les molécules d’ADN?

A

Risque de briser les molécules d’ADN

127
Q

Qu’est-ce que le SDS?

A

Détergent qui brise les membranes et suppriment les liaisons non-covalentes des protéines permettant leur dénaturation.

128
Q

Qu’est-ce que la protéinase K?

A

Enzyme qui détruit les protéines et permet d’éliminer les ADNase et les ARNase, enzymes présentent dans les cellules qui peuvent détruire l’ADN et l’ARN.

129
Q

Que sont les EDTA et quelle est leur fonction?

A

Ce sont des agents chélateurs qui neutralisent les nucléases en fixant le MG2+ (cofacteur).

130
Q

Quels moyens sont utilisés lors de l’extraction d’ADN pour protéger l’ADN des nucléases?

A
  • Protéinase K: enzyme qui détruit les protéines et élimine les enzymes dans les cellules qui peuvent détruire l’ADN et l’ARN.
  • Les agents chélateurs (EDTA) neutralisent les nucléases en fixant le Mg2+ (cofacteur).
131
Q

Lors de l’extraction d’ADN des bactéries Gram +, que faut-il ajouter lors de l’extraction d’ADN et pourquoi?

A

Les bactéries Gram + ont une épaisse couche de peptidoglycane et difficile à lyser. L’extraction de l’ADN nécessite l’ajout d’une enzyme (lysozyme) pour briser la paroi.

132
Q

Que permettent les tampons utilisés lors de l’extraction d’ADN?

A

Permettent une lyse directe des cellules suivie d’une liaison sélective de l’ADN à la membrane.

133
Q

Quels types de tissus faut-il éviter de prélever pour extraire l’ADN?

A
  • Tissus qui présentent une forte proportion de tissu conjonctif (fibreux ou adipeux)
  • Tissus qui ont une activité métabolique élevée et peuvent accumuler des métabolites qui pourraient contaminer nos acides nucléiques.
134
Q

Lors de l’extraction de l’ADN, les échantillons sont lysés en utilisant le tampon ATL ou AL.
Différencier les 2 tampons.

A

ATL: contient des lysozymes, il est conçu pour la lyse des cellules avec des parois et des capsules protectrices (T pour tissus)
AL: est conçu pour les cellules sans trop de protection.

135
Q

VRAI OU FAUX?

La protéinase K hydrolyse les acides nucléiques lors de l’extraction d’ADN.

A

FAUX

Elle n,a aucun effet d’hydrolyse sur les acides nucléiques

136
Q

Les tampons utilisés lors de l’extraction d’ADN ont une forte concentration de sels. Qu’est-ce que cela permet?

A

Favorise l’attachement sélectif de l’ADN au gel de silice formant la membrane pendant qu’une brève centrifugation assure de faire passer les contaminants à travers la membrane.

137
Q

Quel est le dernier tampon utilisé lors de l’extraction d’ADN?
Que permet ce tampon?

A

Tampon AE
Tampon à faible concentration de sels solubilise l’ADN et permet son élution. L’élution a pour but de détacher l’ADN du gel de silice.

138
Q

Que permer l’éthanol lors de l,extraction de l’ADN?

A

Permet la précipitation de l’ADN.

139
Q

Quels tampons utilisés lors de l’extraction d’ADN ont une forte concentration de sels?

A

Tampons AW (AW1 et AW2)

140
Q
A
141
Q

Que contiennent les tampons ATL et AL?

A

SDS: détergent qui brise les membranes
EDTA: agent chélateur qui fixe le Mg2+

142
Q
A
143
Q
A
144
Q
A
145
Q

Un ADN de qualité doit avoir un rapport DO 260 / DO 280 compris entre …..

A

1,8 et 2

146
Q

Pourquoi faut-il effectuer une seconde mesure à 280 nm lors de l’extraction d’ADN?

A

Il convient de chercher une éventuelle contamination protéique car les protéines absorbent non seulement à 260 nm mais aussi à 280 nm.

147
Q

Extraction de l’ADN:

À 260 nm, il y a absorbance de __________________.
À 280 nm, il y a absorbance des _________________.

A

De l’ADN et des protéines

Des protéines seulement

148
Q

Lors de l’extraction de l’ADN, quelles cellules offrent la meilleure qualité d’extraction?
Expliquer.

A

Théoriquement, la qualité devrait être la même pour les cellules hépatiques et les bactéries.
Expérimentalement, la qualité était meilleure pour les bactéries car il y a moins de contaminants chez les bactéries que dans les tissus. Moins de contaminants = meilleure qualité.

149
Q

Lors de l,extraction de l’ADN, quelles cellules offraient le meilleur rendement au niveau de la quantité?

A

Les cellules hépatiques car ce sont des cellules eucaryotes qui ont plus d’ADN au départ. Les cellules eucaryotes ont 23 paires de chromosomes, comparativement aux cellules bactériennes qui ont 1 seul chromosome.

150
Q

Quelle est la fonction dans l’extraction d’ADN de la protéinase K?

A

Enzymes qui dégradent toutes les protéines, dont les nucléases.

151
Q

Quelles sont les fonctions dans l’extraction d’ADN du tampon AW?

A
  • Tampon très salé qui sert à enlever les contaminants

- Fixer l’ADN au gel de silice formant la membrane pendant la centrifugation

152
Q

Quelles sont les fonctions du tampon ATL lors de l’extraction d’ADN?

A

SDS: détergent qui brise les membranes cellulaires (lipides) et supprime les liaisons non covalentes des protéines
EDTA: agent chélateur, fixe le Mg qui est un cofacteur des nucléases

153
Q

Lors de l’extraction de l’ADN, à quel moment l’ADN se retrouve-t-il dans le filtrat (éluat) dans le cas de l’extraction de l’ADN hépatique?

A

Lors de la dernière étape. Le tampon à faible concentration de sel permet de solubiliser l’ADN et provoque son élution.

154
Q

Comment calcule-t-on la concentration lors de l’extraction de l’ADN?
Quelles sont les unités?

A

Concentration = 50 * A260
50 car chaque unité d’absorbance à 260 nm équivaut à 50 ug d’ADN par mL

Unités: ug d’ADN par mL

155
Q

Comment calcule-t-on la quantité d’acide nucléique total lors de l’extraction de l’ADN?
Quelles sont les unités?

A

Quantité: concentration (50 * A260) * volume de l’éluat
Volume de l’éluat: 200 uL ou 0,2 mL

Unités: ug d’Acide nucléique total

156
Q

Extraction de l’ADN:

L’EDTA est un agent chélateur. Pourquoi ajouter cette molécule dans la solution d’extraction?

A

Il fixe le Mg qui est un cofacteur des nucléases. Cela rend l’enzyme innefficace et elle ne peut pas dégrader l’ADN.

157
Q

Extraction de l’ADN:

Pourrait-on améliorer le protocole d’extraction (hépatique et bactérien) si nous disposions d’une ARNase?

A

Oui on pourrait améliorer le protocole, car on enlèverait les contaminants d’ARN. On éliminerait l’ARN et on garderait seulement l’ADN. Cela améliorerait la qualité de l’échantillon.

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