Examen 2 Flashcards
Comment peut-on identifier un clone spécifique à notre gène d’intérêt?
- Cribler la banque d’ADN génomique ou d’ADNc à l’Aide de sonde spécifique
QUel type de molécule peut reconnaitre une sonde?
- ADN
- Protéines
Quel type de blot est utilisé pour l’ADN, l’ARN et les protéines?
ADN : southern
ARN : Northern
Prot. : western
Grâce à quoi peut-on dénaturer des brins d’ADN?
- Chaleur
- OH-
Qu’est-ce que la stringence?
Décrit la sévérité des conditions sous lesquelles une hybridation est effectuée
Comment augmenter la stringence?
- Baisser les concentrations en sels et augmenter la température
Que permet d’augmenter la stringence?
- Permet de s’assurer que la sonde ne s’accroche pas n’importe où
- Permet l’appariement de séquences très similaires uniquement
DE quoi sont composé les sondes d’ADN?
Oligonucléotides homologues à la séquence du gène recherché
Comment est obtenu une sonde?
- Fragment d’ADN cloné du gène chez la même espèce à l’étude ou chez un autre espèce
- ADNc cloné qui sert de gabarit pour une sonde d’ARN
Avec quoi est marqué une sonde?
32P-dCTP ou à l’aide d’un nucléotide DIG-11-dUTP
Qu’est-ce que le digoxigenin?
Nucléotide qui contient un morceau supplémentaire lui permettant de faire une reconnaissance à l’aide d’anticorps
QUel type de marquage de sonde peut être effectué?
- Luminescence
- Fluorescence
- Colorimétrique
À quoi sert la pré-hybridation?
- Permet de saturer notre membrane d’ADN exogène pour que la sode puisse uniquement se coller à l’ADNc
À quoi servent les agents dénaturants dans la pré-hybridation?
- Formalmide, formaldéhyde
- Permettent d’empêcher les fragments d’ADN de s’attacher ensemble
Qu’est-ce que la luciférase?
Enzyme qui permet la lumière chez les lucioles
Elle dégrade la luciférine ce qui produit de la lumière
Qu’est-ce que le random primed labeling?
Technique utilisée pour marquer des fragments d’ADN avec des molécules radioactives ou des molécules fluorescentes
Comment fonctionne le random primed labeling?
- Les molécules d’ADN sont dénaturées
- Des amorces composés de 6 nucléotides différents
- La polymérase ajoute des nucléotides normaux et des dUTP marqués une fois de temps en temps
Que permet le random primed labeling?
- Identifier des séquences d’ADN spécifiques
- Créer des sondes d’ADN marqués
Quel est le principe du marquage par PCR?
On met les ingrédients normaux pour une PCR mais certain des nucléotides sont marqués (dUTP)
On amplifie et on obtient des molécules d’ADN marqués
Quel est le principe de la Nick translation?
- La DNase 1 va faire des coupure dans les brins d’ADN
- La polymérase va retirer un nucléotide pour le remplacer par un dUTP marqué
Quel est le principe du marquage en 3’ avec ajout d’environ 50 nucléotides?
La terminal-transférase ajoute des nucléotides marqués et non marqués pour former une queue poly-A
Quel est le principe du marquage en 3’ unique?
La terminal-transférase rajoute un seul nucléotide (dddUTP -) pas de OH)pour permettre de limiter les faux positif
Qu’est-ce que le marquage par sondes d’ARN?
- Utilise un plasmide avec un promoteur T7 devant la séquence d’intérêt
- ARNpolymérase synthétise un ARN messager avec des dUTP
Quelles sont les 2 méthodes de détection à la suite de l’hybridation de la sonde marquée avec la DIG?
- Cheluminescence ou réaction colorimétrique
- Fluorescence
Comment peut-on fabriquer un oligonucléotides pour une sonde à partir d’un séquence protéique?
- On identifie la séquence d’acide aminé
- On traduit le séquence en ADN
- On utilise la séquence avec le moins de dégénérescence pour fabriquer la sonde
À quoi correspond la région ayant le moins de dégénérescence dans une séquence protéique?
Le nombre de codon possible est réduit au mininum pour pour chaque A.A. qui la compose (peu de codon pour un même acide aminé)
Qu’est-ce que le clonage positionnel par marche sur le chromosome
- On débute en détectant une séquence A afin de trouvé le clone correspondant
- DANs se clon on isone un autre fragment qui se trouve à côté, on utilise se fragment pour trouver le prochain clone et ainsi de suite jusqu’à avoir la séquence complète
Qu’est-ce que le clonage d’un gène par étiquetage?
- À l’aide de Tag DNA
- Insertion d’un ADN qui transforme le gène pour étiqueté le gène et l’isoler
Est-ce que l’ADN peut être utilisé comme sonde?
oui
Lorsqu’on fait un gel d’électrophorèse avec des clones d’ADn digérés par enzyme de restriction, que signifie une bande qui serrait présente dans chaque clone?
Un plasmide
Qu’arrive-t-il quand on utilise de l’ADN génomique digérée par enzymes de restriction pour fair eun électrophorèse?
Il va y avoir un smear -) flou du à une grande quantité de morceaux de toutes les tailles
Que permet de faire un électrophorèse des clones d’ADN?
- On transfert sur une membrane
- Pour pouvoir
Quel est l’Étape à effectuer dans un southern ou un northern lorsqu’on obtient la membrane?
- Pré-hybridation
En quoi consiste l’étape de la pré-hybridation de la membrane?
- Saturation à l’aide d’ADN exogène
- Dénaturation avec formaldhéide + NaOH
Qu’est-ce que RpS7?
Protéine ribosomale toujour présente en quantité similaire dans les cellules qui sert de loading contrôle
QUe perment le séquençage d’ADN?
Déterminer la séquence d’un gène cloné à l’aide de didéoxynucléotides
Qu’est-ce qu’un didésoxynucléotides?
Nucléotide qui ne contient pas d’extrémité 3’-OH
Rien ne peut s’y accrocher
Combien de réactions sont nécessaire à la méthode de Fred Sanger?
4 réactions, une pour chaque nucléotide ATCG
Comment lire un gel d’électrophorèse de la éthode de Sanger?
On lit les bandes des plus petites aux plus grandes, chaque bande à une différence d’un nucléotide, ce qui permet de reconstruire la séquence
Jusqu’à combien de paire de base peut lire un séquenceur automatique de la méthode de Sanger?
1Kb
Par quoi est marqué l’ADN dans la méthode Sanger?
au 32P
Quel élément est nécessaire à la méthode de sanger?
- ADN simple brin
- Amorces
- ADNpolymérase
- dNTP
- ddNTP
Qu’est-ce que le pyroséquençage?
Technique de séquençage de l’ADN qui se base sur la détection de la libération de pyrophosphate (PPi) lorsqu’un nucléotide est incorporé dans une chaîne d’ADN en cours de synthèse
Sur quoi repose le pyroséquençage?
repose sur la détection de la lumière produite lors de la synthèse de l’ADN
Quels éléments sont nécessaire à ajouter dans un réaction de pyroséquençage?
- ADN polymérase
- ATP sulfurylase
- Luciférase
- Apyrase
- APS (adénosine 5’ phosphosulfate
- Luciférine
- Amorce
Qu’arrive-t-il lors de l’ajout d’un dNTP lors du pyroséquençage?
- l’ADN polymérase catalyse l’incorporation du nucléotide complémentaire, chaque incorporation mène à la libération de pyrophosphate (iPP)
Qu’arrive-t-il lors de la libération du PPi lors du pyroséquençage?
L’ATP sulfurylase convertit le PPi en ATP en présence d’adénosine 5’phosphosulffate (APS)
Qu’entraine la création d’une molécule d’ATP lors du pyroséquençage?
Conversion médiée par la luciférase de luciférine en oxyluciférine qui génère de la lumière visible
Par quoi est détectée la lumière produite dans le pyroséquençage?
Une caméra couplée (CCD)
À quoi est proportionnel la hauteur de chaque pic dans un pyrogram?
Au nombre de nucléotides incorporés
Qu’arrive-t-il aux nucléotides qui ne sont pas utilisés lors d’un cycle de pyroséquençage?
ILs sont dégradés par l’apyrase, en plus de l’ATP
Quel nucléotide particulier est utilisé dans le pyroséquençage et pourquoi?
- Désoxyadénosine alfa-thio triphosphae (dATP-S)
- Utilisée efficacement par l’ADN polymérase mais pas reconnue par la luciférase
Qu’est-ce qui est essentiel de connaitre avant de débuter un PCR?
La séquence au début du brin d’ADN
Quel type de PCR utilise le SYBR green?
Real-time PCR
Comment fonctionne le real-time PCR avec SYBR green?
La Taq polymérase synthétise un nouveau simple brin d’ADN
La formation d’un double brin permet au SYBR green de se lier et d’émettre de la lumière
La fluorescence augmente au fur et a mesure que le brin est formé et que le SYBR green est créé
DE quoi est composé la sonde TaqMan?
- Une séquence complémentaire à une séquence dans le brin d’ADN
- Un fluorophore en 5’
- Un quencher en 3’
Qu’arrive-t-il à la sonde TaqMan dans le PCR?
- AU départ, elle se fixe au brin d’ADN
- La Taq polymérase synthétise le brin jusqu’à ce qu’elle arrive à la sonde
- Elle la dégrade, séparant le fluorophore et le quencher
- La libération du fluorophore cause sa fluorescence
Comment le quencher peut inhiber la fluorescence du fluorophore?
Par effet de proximité lorsque la sonde est proche
Qu’est-ce que la RT-PCR?
PCR qui débute avec de l’ARN
Elle utilise la transcriptase inverse pour transformer l’ARN en ADNc, qui est ensuite utilisé dans le PCR
QUe permet la mutagénèse dirigée?
Permet de créer des mutations au niveau de n’importe quel site spécifique dans un gène dont on connaît la séquence de type sauvage
La mutagénèse est un principe d’utilisation de quoi?
D’oligonucléotides qui s’hybrident avec des fragments simple brin