Examen 1 (1-5) Flashcards
Flore intestinale synthétise …
- Vitamine K
Flore intestinale protège contre…
- C.difficile
Rôles des microorganismes dans l’économie et industrie…
- Synthèse de produits chimiques: Acétone, Glycérine, enzymes, alcool, médicaments
Industrie alimentaire: Bière, vin, yogourt, pain…
Rôles des microorganismes environnement…
- Eau douce: Base de la chaîne alimentaire
- Sol: Dégradation déchets, transformation matière organique
- Fixation et transformation de l’azote de l’air pour le rendre disponible aux plantes et animaux.
Définition de la microbiologie…
- Domaine des sciences qui a pour objet l’étude des microorgnismes, ie. des êtres vivants visibles seulement à l’aide de microscope optique ou électronique.
4 secteurs de la microbiologie…
- Bactériologie
- Virologie
- Mycologie
- Parasitologie
5 règnes des êtres vivants…
- Animal
- Végétal
- Protiste
- Mycète
- Monère
Classification des règnes selon 3 critères…
- Type cellulaire: Eu- vs Procaryote
- Organisation cellulaire:Unicellulaire vs pluricellulaire
- Processus nutritionnel: Autotrophe vs hétérotrophe (la plupart des microorganismes d’importance médicale…)
Règne animal…
- Pluricellulaire
- Eucaryote
- Hétérotrophe
Règme végétal…
- Pluricellulaire
- Eucaryote
- Autotrophe
Règne protiste…
- Généralement Unicellulaire
- Eucaryote
- Hétérotrophe
Règne mycètes…
- Unicellulaire(Levures), Pluricelulaire(moisissures)
- Eucaryotes
- Hétérotrophe
Règne monère…
- Unicellulaire
- Procaryote
- Hétérotrophe
(Bactéries photosynthétiques = Autotrophe)
Virus…..
- Acaryotes
- Parasites intracellulaires obligatoires
- ADN ou ARN
- Microscope électronique seulement
Cellule eucaryote…
- Noyau et membrane nucléaire
- Plusieurs chromosomes
- ADN est associé à des histones
- Pas toujours de paroi cellulaire, si présente ne contient pas de peptidoglycane
- Cytoplasme riche en organites
Cellule procaryote…
- Pas de noyau ni de membrane nucléaire
- Un seul chromosome
- Possède une paroi cellulaire
- Peu d’organites (Ribosomes, vacuoles…)
- Pas de mitochondries
Fonctions de la paroi cellulaire…
- Donne la forme des bactéries (ronde, allongée..)
- Protège des chocs osmotiques.
- Site d’action de certains antibiotiques.
- Site de fixation des bactériophages.
- Antigénique (antigène somatique O ).
- Différenciation par la coloration de Gram.
Structure de la paroi Gram + vs -
- Gram + : Beaucoup de peptidoglycane, Acide téichoique, 1-3%lipides
- Gram - : Couche mince de peptidoglycane, lipopolysaccharides, 11-22% lipides
Fonction de la membrane cellulaire…
- Perméabilité selective
Le chromosome bactérien…
- 1 seul choromosome circulaire.
- Pas d’histone.
- Libre dans le cytoplasme (région nucléaire).
- Division pas scissiparité (fission binaire)
Ribosomes…
- Synthèse des protéines (traduction de l’ARNm en protéines).
- Libres dans le cytoplasme bactérien.
- Composés d’ARNr et de protéines.
Structures présentes chez certaines bactéries…
- Capsule.
- Plasmide.
- Flagelle.
- Pili ou fimbrae.
- Pilus sexuel.
La capsule…
- Enveloppe qui entoure la paroi.
- Formée de polysaccharides.
- Protège contre la phagocytose.
- Facteur de virulence.
- Structure antigénique(antigène K).
Le plasmide…
- Petite molécule d’ADN indépendante du génome bactérien.
- Se réplique de façon autonome.
une ou plusieurs copies. - Contient gènes qui confère résistance aux antibiotiques.
- Contient gènes codant pour la production de certaines toxines.
- Facteur de virulence.
Flagelles…
- Permet mobilité des bactéries.
- Longs filaments formés de protéines: flagéllines.
- Attachés à la paroi cellulaire.
- Antigénique (Antigène K).
- Facteur de virulence.
Disposition des flagelles…
- Monotriche
- Lophotriche
- Amphitriche
- Péritriche
Pili ou fimbrae…
- Permets l’adhérence aux cellules (mucus par exemple).
- Petits filaments rigides constitués de pilines.
- Présents chez les bactéries Gram -.
- Facteur de virulence.
Pilus sexuel…
- Permet l’échange de matériel génétique(plasmide) entre deux bactéries par la conjugaison.
3 mécanismes de transfert de matériel génétique…
- Transformation
- Conjugaison
- Transduction
La transformation…
- Échange entre une bactérie donneuse à une bactérie réceptrice SANS contact.
- Fragment d’ADN ou plasmide provient d’une bactérie morte ou vivante.
- Entre bactéries compatibles(même espèce).
La conjugaison…
- Échange de plasmide entre bactéries AVEC contact via les pilis sexuels.
- Chez les Gram - et entre espèces différentes.
- Acquisition de résistance aux antibio ou toxines.
La transduction…
- Échange de matériel génétique entre une bactérie donneuse et une receveuse SANS contact, via un bactériophage.
- L’ADN est introduit dans le génome de la bactérie par recombinaison.
Structures présentes chez certaines bactéries dans certaines conditions…
- Granulations métachromatiques
- Endospores
Les granulations métachromatiques…
- Inclusions à l’intérieur de la cellule bactérienne.
- Réserve de phosphate inorganique.
- Utilisé par la bactérie lorsque le milieu d’appauvrit.
- Critère d’identification par coloration d’Albert.
Les endospores…
- Forme de résistance d’une bactérie (mode survie)
- Très résistantes à la déssication, à la chaleur et aux agents chimiques.
- En milieur défavorable = sporulation.
- En milieu favorable = germination.
Ex. Bacillus et Clostridium
Morphologie des endospores…
- Forme: Ronde, ovale, rectangulaire.
- Position: Centrale, terminale, sub-terminale.
- Taille: Déformante ou non.
Bactéries différentes…
- Chlamydia et rickettsies: Parasite intracellulaire obligatoire. Pas de croissance sur milieu artificiel.
Très petite taille (0.2-0.5um).
Microscope électronique seulement. - Mycoplasma: Pas de paroi cellulaire.
Croissance sur milieu artificiel.
Petite taille (0.2-0.5um).
Microscope électronique seulement.
Forme des bactéries…
- Cocci
- Bacilles
- Coccobacille
- Spirille
Cocci…
- Isolés.
- Diplocoques (réniformes ou lancéolés).
- Tétrades.
- En amas.
- En chaînette.
Flore vaginale protège contre…
- Les vaginites à Candida.
Niveau hiérarchiques des taxons…
- RECOF GE
Ordre et famille se termine toujours par…
- Ordre : ales
- Famille: aceae
Les sous-espèces…
- Biovar ou biotype: Diff. au niveau métabolisme biochimique. (ex. La plupart des souches de E.coli sont Lac+, mais certaines sont Lac-)
- Sérovar ou sérotype: Diff. au niveau des antigènes. (ex. E.coli O:157)
Nomenclature bactérienne…
- Genre et espèce
Nom de la bactérie doit être…
- Souligné ou en italique
Nom de l’espèce est parfois remplacé par…
- sp.
État frais permet d’observer…
- Mobilité
- Présence de levures ou de parasites à partir de sécrétions
- La forme
- L’arrangement (si possible…)
- La diversité (1 type ou plus)
Avantages et désavantages état frais…
- Avantage : Rapididité
-Désavatnages: Risque de contaminer microscope
Doit être lu rapidement
400X Max
Ne permet pas toujours de déterminer morphotype
2 types de colorations…
- Simple (Un seul colorant, pas d’étape de décoloration)
- Différentielle (Au moins 2 colorants, une étape de décoloration, Permet de distinguer une structure ou un type de bactérie en particulier)
Coloration de Gram, décoloration…
- Gram + : Déshydratation du paptidoglycane. Le complexe VC-lugol reste emprisonné dans la cellule.
- Gram - : Dissolution de la couche externe. Formation de petits trous dans la couche de peptidoglycane. Complexe VC-lugol se retire de la cellule. Cellule est incolore.
Étapes critiques de la coloration de Gram…
- Frottis fixé à la flamme
- Décoloration
Facteurs qui influencent la coloration de Gram…
- Âge des bactéries (culture < 24h)
- Séchage du frottis.
- Fixation du frottis.
- Décoloration (temps , souvent trop long)
- Prise d’antibiotiques.
Coloration de Ziehl-Neelson…
- Coloration différentielle des BAAR
- Basé sur la composition de la paroi riche en lipides (acides mycoliques et phospholipides)
- Colorant primaire appliqué en chauffant.
- En refroidissant, le colorant reste emprisonné dans la paroi.
Ziehl-Neelson, méthode…
1- Fuschine basique(colorant primaire), en chauffant.
2- Alcool-acide (BAAR résistent à la décoloration)
3- Bleu de méthylène ou vert de malachite (contre-colorant) colore les autres bactéries en bleu ou vert.
-Résultat: BAAR rose-rouge sur fond bleu-vert.
Coloration d’Albert…
- Coloration simple
- Mise en évidence des granulations métachromatiques.
- Chez Corynebacterium
- Permet d’identifier C.diphteriae
Albert, méthode…
1- Colorant (vert de malachite/bleu de toluidine/acide acétique-éthanol): Bactéries colorées en vert.
2- Lavage.
3- Lugol: Les granulations métachromatiques apparaissent en bleu foncé.
Encre de chine…
- Mise en évidence de la capsule.
- Coloration négative.
- Cryptococcus neoformans , Streptococcus pneumoniae
Encre de chine, méthode…
- 1 petite goutte d’encre à coté de goutte de suspension bactérienne.
- Lamelle.
- 400X
Coloration de Schaeffer-Fulton (Vert de malachite)…
- Mise en évidence des endospores.
- Coloration différentielle.
- Exemples à retenir: Clostridium et Bacillus
Schaeffer-Fulton (vert de malachite), méthode…
1- Vert de malachite(colorant primaire), avec chaleur
2- Lavage.
3- Safranine(contre-colorant), colore la bactérie.
- Résultat: Endospore en vert et bactérie en rose.
2 types de coloration par fluorescence…
- Spécifique
- Non-spécifique
Coloration par fluorescence non-spécifique…
- Substance fluorescente a une affinité pour certaines structures.
- Calcofluor
- Acridine orange
- Auramine-rhodamine
Calcofluor…
- Mise en évidence des champignons
- Se fixe sur la chitine présente dans la paroi des champignons.
- Ex. Candida albicans(levures)
Acridine-orange…
- Affinité avec les acides nucléiques.
- Colore toutes les cellules.
- Utilisé pour détecter les microorganismes dans un spécimen biologique.
- Bactéries:Orange
- Cellules: Vert
Auramine-rhodamine…
- Mise en évidence des BAAR.
- Affinité avec la paroi des BAAR.
- Confirmation avec Ziehl-Neelson
Coloration par fluorescence spécifique…
- Technique par immunofluorescence.
- Permet d’identifier une bactérie à l’aide d’un anticorps conjugué à un fluorochrome.
- Ex. Identification de Chlamydia.
Facteurs essentiels à la croissance des microorganismes…
- Construire les constituants cellulaires.
- Se reproduire.
- Se réparer.
- Se nourrir.
2 types de facteurs essentiels à la croissance…
- Facteurs physiques.
- Facteurs chimiques.
Facteurs physiques qui influencent la croissance bactérienne…
- Température.
- pH.
- Pression osmotique.
Température de croissance des bactéries…
- Optimale à 35°C
- Au frigo : La croissance est ralentit.
- 56°C : Dénaturation des protéines et enzymes.
- 100°C : 5-10mins pour tuer bactéries végétatives.
- 121°C : Spores tuées en 20 mins à l’autoclave.
- 165°C : Spores tuées en 2h au four Pasteur.
3 catégories de bactéries selon leur température optimale de croissance…
- Mésophile : 30-44°C. Moyenne de 35°C. La plupart des bactéries pathogènes pour l’humain.
- Psychrophile: 0-30°C. Eau froide et sol. Dégrade aliments au frigo.
- Thermophile: 50-80°C. Eau chaude et compost. Système refroidissement. Chauffe-eau.
pH…
- pH optimal de croissance près de la neutralité (6.5-7.2)
- Bactéries supportent mal un pH acide.
- Certaines bactéries supportent bien pH acide: Lactobacillus (flore vaginale normale) , H.pylori (cause ulcères gastriques)
pH et milieu de culture…
- Croissance des bactéries , génère produits acides, diminu pH.
- Ajout de solutions tampons et phosphates aux milieux de culture pour palier à cette acidification.
Pression osmotique…
- Hypo - Iso(Idéal 0.85% NaCl) - Hyper.
Bactéries halotolérantes/halophiles…
- Halotolérante: Peut se développer en présence de haute [ ] en sel. Staphylococcus pousse en présence de NaCl 7.5%.
- Halophile: Nécessite haute [ ] en sel pour croître. Vibrio cholerae.
Facteurs chimiques essentiels à la croissance bactérienne…
- Macroéléments.
- Oligoéléments.
- Eau.
- Facteurs organiques.
- Oxygène.
Macroéléments…
- C,N,P,S.
- Requis en grande quantité.
- Entrent dans la composition des macromolécules: Protéines, glucides, lipides, acides nucléiques, vitamines.
Rôles des macroéléments…
- C : Glucides, protéines, lipides, acides nucléiques, vitamines.
- N : Protéines, acides nucléiques, ATP.
- P : Acides nucléiques, phospholipides, ATP.
- S : Certains a.a.
Autres éléments nécessaires à la croissance des bactéries…
- K, Ca, Mg
- Rôles: Cofacteurs des enzymes
Essentiels aux activités enzymatiques.
Les oligoéléments…
- Fe, Mb, Zn
- Requis en petite quantité.
- Cofacteurs enzymatiques.
- Présents dans l’eau du robinet et dans les constituants des milieux de culture.
L’eau…
- Compose 80% de la cellule.
- Certaines bactéries supportent mal la dessication.
Facteurs de croissance…
- Certaines bactéries sont exigeantes/fastidieuses.
- On doit ajouter au milieux de culture : a.a. , purines et pyrimidines, vitamines.
4 types respiratoires…
- Aérobie strict.
- Anaérobie strict.
- Anaérobie facultative.
- Microaérophile.
Aérobie strict…
- Incapable de croître sans oxygène.
- Nécessite 18-21% d’oxygène.
Anaérobie strict…
- Incapable de se développer en présence d’O2
- Nécessite < 1% O2
Anaérobie facultatif…
- Croissance avec ou sans O2
- Optimale AVEC O2.