Exam partiel 1 p2 Flashcards
Résistance antibiotiques
- Augmentation de la « pharmacorésistance » liée à une prescription abusive et inadaptée
- Utilisation massive d’antibiotiques dans les élevages industriels et dans le milieu hospitalier
- Apparition de bactéries multi-résistantes
- Nécessité de produire de nouvelles molécules
Principaux mécanismes de résistance
- Décomposition des antibiotiques par les enzymes (Pénicillinase)
- Modification de la perméabilité membranaire par réduction du nombre de porines
- Expulsion des antibiotiques hors de cellule bactérienne grâce à pompes d’efflux
- Modification ou remplacement de la cible thérapeutique
Résistance naturelle
- Synthèse d’une cellule B-lactamase (pénicillinase)
Résistance acquise
- Modification de gènes par mutation chromosomique
- Phénomène rare
- Acquisition de gènes de résistance
- Trois mécanismes principaux de transfert : transformation, conjugaison et transduction
- Phénomène de + en + fréquent
Mise sur le marché antibiotiques
- Pénicilline G (1942) -> Staphylocoque doré (1943)
- Méticilline G (1961)-> Staphylocoque doré (1962)
- Ampicilline G (1962)-> Entérobactéries (1964)
- Céphalosporines (1980)-> Entérobactéries (1981)
Contrôle de l’apparition de résistance
- Éviter l’usage abusif d’antibiotiques
- Respecter la posologie de l’antibiotique
- Prendre une combinaison d’antibiotiques efficaces
Synergie
Antagoniste - Changer l’antibiotique quand apparaît un organisme résistant
Propriétés idéales d’un antibiotique
- Il doit posséder une activité sélective, c’est-à-dire qu’il doit agir sur une réaction biochimique essentielle du pathogène mais non sur une réaction essentielle de l’hôte
- Il doit posséder un spectre d’activité qui n’inclut que le pathogène responsable de l’infection en cause. Il ne doit donc pas affecter la flore normale de l’hôte.
- Il doit être bactéricide plutôt que bactériostatique
- Il ne doit pas inclure une résistance de la part de la bactérie cible
- Il ne doit pas créer une allergie chez l’hôte
- Il doit conserver toute son activité au contact de n’importe quel tissu ou fluide du corps
- Il doit être stable et soluble dans l’eau
- Il doit pouvoir atteindre rapidement un taux sanguin bactéricide et pour le temps que doit durer le traitement
- Il doit pouvoir s’administrer par voie orale et par voie générale
- Il doit être éliminé facilement par le corps et ceci à un taux qui maintiendra son action bactéricide dans le sang
- Il doit être facilement disponible et d’un prix abordable
Agents anti-mycètes : définition
- L’effet thérapeutique obtenu est + faible que dans le cas des agents antibactériens
- Les effets secondaires sont + grands que dans le cas des agents antibactériens
- Utilisés actuellement ont de nombreuses cibles : la paroi cellulaire, la membrane plasmique, la synthèse d’ergostérol, l’ADN, l’ARN…
- Ils sont fongistatiques ou fongicides
Mode d’action et cible
Fluconazole, Amphotericine B
Mode d’action = Perméabilité de la membrane
Cible = Candida albicans
Mode d’action et cible
Flucytosine
Mode d’action = synthèse de l’ADN
Cible = Penicillium
Mode d’action et cible
Griseofulvine
Mode d’action = perméabilité de la membrane, synthèse de l’ADN
Cible = cryptococcus
Agents anti-viraux peu nombreux (explication)
Simplicité du virus qui n’offre que très peu de cibles
Les virus envahissent les cellules de l’hôte
Modes d’action agents anti-viraux
Un antiviral agit en perturbant chimiquement un moment précis du cycle de réplication d’un virus
Action directe sur le virus
Amplification de la réponse de l’hôte face au virus
Action sur le virus (agents anti-viraux)
Décapsidation (Amantadine)
Réplication et transcription du génome (AZT, Acyclovir, Vidarabine et Zidovudine)
Maturation et assemblage du virus (inhibiteurs de protéases)
Blocage des récepteurs cellulaires (stade des essais cliniques)
Amplification de la réponse de l’hôte (agents antiviraux)
Interféron (inhibition de la multiplication des virus, ribavarine)
Définition infectiologie
- Le domaine de la microbiologie médicale et de l’infectiologie s’intéresse au diagnostic et au traitement des maladies infectieuses, c’est-à-dire les maladies humaines causés par des microorganismes. Étant donné que ces maladies peuvent affecter l’ensemble des systèmes et des organes, les spécialistes de ce domaine doivent être prêts à traiter n’importe quelle partie du corps
Agents infectieux
- Maladies bactériennes : pneumonie, pyélonéphrites, ostéites, méningites…
- Maladies virales : VIH, hépatites, herpès, zona, …
- Maladies fongiques : candidoses, aspergilloses, ….
- Maladies parasitaires : paludisme, amibiaise, toxoplasmose, ….
Définition infections monospécifiques
- Maladie infectieuse spécifique correspondant à un agent pathogène spécifique
Postulat de Koch (4)
- Le microorganisme soupçonné de causer la maladie doit toujours être présente dans les lésions
- Il doit être possible de le cultiver en culture pure en laboratoire
- Il doit provoquer la même maladie chez un animal susceptible
- Il doit être possible de le ré-isoler chez l’animal expérimental
Infections mixtes
- Ces infections nécessitent la participation de deux ou plusieurs microorganismes différents, lesquels produisent peu ou pas d’effet lorsqu’ils agissent seuls
- Les infections au niveau de la bouche, des voies uro-génitales, du tractus respiratoire et du tractus intestinal sont souvent des infections mixtes.
Caractéristiques communes des infections mixtes
Les agents infectieux sont membres de la flore commensale
Les agents pris individuellement sont peu virulents
Des facteurs prédisposant jouent un rôle important
Un changement dans les conditions environnementales peut favoriser ces infections
Réservoir des agents infectieux
- Homme Un important réservoir de virus Agents pathogènes connus Bactéries opportunistes - Animaux Virus de la rage Bactéries pathogènes à l’homme (Salmonella) - Environnement Sol (spores de Clostridium tetani) Eaux et aliments (coliforme fécaux) Air
Mode de transmission des infections
- Directe
Sécrétion d’individus infectés (infections respiratoires)
Contact cutané ou muqueux (infections vénériennes)
Transfusion sanguine (hépatite B, SIDA) - Indirecte
Objets, eaux, aliments, poussières, insectes
Aliments : infections et empoisonnements alimentaires
Eaux : usines de traitement, humidificateurs, systèmes d’air conditionné, refroidisseurs d’eau
Insectes : morsures d’insectes (malaria)
Porte d’entrée des agents infectieux
- Aérienne : inhalation de microgouttelettes provenant de sécrétions
- Digestive : porte d’entrée des infections entériques (bactériennes, virales ou parasitaires)
- Cutanée : suite à une écorchure de la peau (blessures, piqûres, morsures ou plaies chirurgicales)
- Muqueuse : les muqueuses génitales sont la porte d’entrée des maladies vénériennes, de l’hépatite B et du SIDA
- In utero : transmission de la mère au fœtus via un passage transplacentaire
Réponse non-spécifique
- Barrières naturelles
Peau, épithélium gingival ou intestinal
Mucus au niveau des muqueuses respiratoires
Acide chlorhydrique au niveau de l’estomac
Lysozyme au niveau du liquide lacrymal - Immunité à médiation cellulaire
Constitue la première ligne de défense
Intervention des leucocytes et des macrophages qui gagnent le site de l’infection suite à une sécrétion de facteurs chimiotactiques (bactériens ou de l’hôte)
Les microbes sont phagocytés puis détruits par l’action d’enzymes (protéase, lysozyme, peroxydase)
Réponse immunitaire (immunité acquise)
- Intervention des lymphocytes B qui sécrètent des anticorps suite à leur activation
- Fixation des anticorps sur le microbe et intervention du système du complément qui conduit à la lyse cellulaire
Réponse immunitaire au niveau du parodonte
Se passe au niveau de la poche parodontale, implique plaque microbienne sous-gingivale
- > plaque dentaire dans poche pas enlevée = réponse immunitaire = inflammation poche & cellules gencives
- > si pas traitée -> destruction os gingival & perte dents
La réussite de l’agression de l’infection dépend de quoi?
- Dépend du nombre de microorganismes
Vibrio Cholera : 100 millions de bactéries
Shigella : quelques centaines
Chlostridium tetani : quelques spores - Dépend du site d’inoculation
- Dépend de la présence de facteurs de virulence chez le microorganisme
- Dépend de l’hôte auquel le pathogène est inoculé
Certaines espèces animales sont résistantes
Certains facteurs non liés au pathogène influencent la gravité de l’infection
Âge, état de fatigue, stress, malnutrition, maladie, prise médicaments
Étapes essentielles lors d’une infection
- Colonisation des tissus de l’hôte
- Croissance dans les conditions offertes par les tissus de l’hôte
- Résistance aux mécanismes de défense de l’hôte
- Synthèse de toxines ou enzymes pouvant causer des dommages aux tissus de l’hôte
Virus de l’immunodéficience humaine (VIH)
+ cellules cibles
- Le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) est un virus à ARN possédant une xb, responsable du syndrome de l’immunodéficience acquise (SIDA).
- Le virus VIH est très fragile et ne survit pas facilement à l’extérieur de l’organisme humain
- Cellules cibles du virus : les lymphocytes T4
Mode de transmission VIH
- Mode de transmission :
Voie sexuelle (sperme, sécrétions génitales)
Par voie sanguine (transfusions sanguines, utilisation de seringues contaminées)
Mécanisme d’infection
d’infection
- Stimulation du système immunitaire avec production d’anticorps anti-VIH. C’est la présence de ces anticorps qui est révélée lors d’un sérodiagnostic.
- Les virus, par l’intermédiaire de la molécule gp120 présente à sa surface, se fisent sur le récepteur CD4 présent sur le lymphocyte T4
- Fusion des membranes et introduction du contenu du virus dans le cytoplasme du lymphocyte
- Transformation de l’ARN viral en ADN par la transcriptase inverse du virus
- Intégration de l’ADN au génome cellulaire par l’action d’une intégrase
Phase d’infection
- Infection latente : aucun nouveau virus
- Infection active : le provirus va décider à un moment de commander la synthèse de nouveaux virus (raison mal connue)
- Phase SIDA : le stade SIDA est caractérisé par l’apparition de pathologies infectieuses ou tumorales opportunistes
Thérapie pour l’infection au VIH
- Traitement antiviral pour paralyser le VIH
AZT (Zidovudine) : analogue de la thymine qui inhibe la transcriptase inverse du virus
3TC (Lamivudine) : même cible que l’AZT
Saquinavir, Indinavir, RItonavir : inhibiteur de protéases qui interfèrent avec l’assemblage du virus - La thérapie actuelle associe l’AZT, le 3TC et un inhibiteur de protéases. Le coût annuel du traitement est d’environ 12 000$ / année / personne
- Traitement prophylactique pour empêcher développement d’infections opportunistes
Antibiotiques
Antifongiques
Les virus de l’hépatite
- Les hépatites se caractérisent par des inflammations aiguës du foie, liées aux dommages causés par des virus infectants les cellules hépatiques.
- La gravité des hépatites dépend de l’étendue des lésions causées par le virus
- Il existe au moins 5 virus causant des hépatites
- (Virus de l’hépatite A, B, C, D et E)
- Mode de transmission :
Les types A et E : par l’Eau et les aliments
Les types B, C et D : par les fluides biologiques (sang, salive)
Hépatite C
- Le virus de l’hépatite C est un virus à ARN possédant une enveloppe
Incidence Hépatite C
Ce virus est responsable d’environ la moitié des cas d’hépatites virales
Responsable d’environ 10 000 décès aux États-Unis
Traitements hépatite C
Il n’existe présentement aucun vaccin assurant une protection (grande capacité de mutation du virus de l’hépatite C)
Le traitement actuel conjugue l’interféron à un agent anti-viral (Ribavirin) et démontre un taux de succès de 30 à 40%.
Herpès labial (feux sauvages)
- L’agent étiologique est un virus à ADN possédant une enveloppe : Herpes simplex type 1 (le type 2 est au niveau génital)
Mode de transmission herpès labial
salive, sang (rarement)
mode d’infection herpès labial
- à la suite d’une première infection, le virus s’installe pour toujours à l’état latent à l’intérieur des ganglions (Primo-infection)
- Réactivation du virus suite à une période de stress, un déséquilibre hormonal ou une exposition prolongée au soleil. Le virus présent dans le ganglion se dirige à l’extrémité du nerf pour réinfecter la peau et accomplir son cycle
- 90% des adultes sont porteurs mais seulement 10% développent l’infection
Traitements herpès labial
les agents antiviraux (acyclovir) n’ont que peu d’effet sur l’évolution de l’infection qui dure 1 à 2 semaines
Localisation du virus herpes simplex de type 1
dans le ganglion du nerf trijumeau
Grippe
- Myxovirus influenzae est un virus à ARN possédant une enveloppe
Mode de transmission grippe
- microgouttelettes ou objets inanimés
- Le virus se multiplie au niveau du rhinopharynx et entraîne une inflammation locale des tissus et des symptômes tels la toux, la fièvre, des frissonnements et des douleurs musculaires
2 antigènes à surface virus grippe
Hémagglutinine (fixation aux cellules de l’hôte)
Neuraminidase (dégradation des mucoprotéines des voies respiratoires)
Rhume
- Le rhume commun est causé par une grande variété de virus à ARN (rhinovirus [105 types, sans enveloppe], coronavirus [avec enveloppe])
Mode de transmission rhume
microgouttelettes
Traitements rhume
Aucun vaccin efficace
Des substances antivirales (vaporisateur nasal) : inhibiteurs de l’absorption du virus aux cellules de l’hôte ou de la décapsidation. Efficaces si administrés très tôt après une contamination par le virus
Endocardite
- Maladies infectieuses qui résultent d’une colonisation par des bactéries des surfaces internes du cœur et de ses valves
- Les bactéries responsables sont dans 50% des cas des srteptocoques buccaux (S. sanguis, S. mutans, S. oralis, S. mitis)
- La dissémination de ces bactéries dans la circulation sanguine (bactériémie) peut s’effectuer suivant une mastication des aliments, un brossage des dents, une infection dentaire ou un traitement dentaire
- Susceptibilité plus grande des individus présentant des malformations congénitales du cœur ou qui possèdent des valves cardiaques
- Une antibiothérapie prophylactique doit être donnée à ces patients avant un traitement dentaire pour réduire les risques
Flore microbienne buccale
- La cavité buccale représenté un environnement idéal pour les microorganismes (température, humidité, nutriments)
- La cavité buccale est accessible aux microorganismes de l’eau, de la nourriture, de l’air, des objets et des mains
- Les espèces microbiennes les mieux adaptées à cet environnement vont pouvoir s’y établir
Écologie microbienne de la cavité buccale
- L’écologie est l’étude des relations des organismes entre eux et des organismes de leur environnement
- La cavité buccale est un écosystème composé d’une communauté biotique et d’un milieu abiotique
- Bactéries dans la cavité buccale
Plus de 700 espèces différentes
Quelques centaines non-cultivables
200 -300 espèces chez une même personne
10^8 bactéries par mg de plaque dentaire
10^8 – 10^9 bactéries par ml de salive - Compétitions interspécifiques et intraspécifiques à l’intérieur de la cavité buccale
Paramètres affectant l’écologie buccale
- Temps Naissance -> adolescence -> vieillissement Édentation Maladie Prise de médicaments - Sites anatomiques Dent Muqueuses Salive Sillon gingival - Paramètres physiques Débit salivaire Température Humidité pH Concentration en oxygène Potentiel d’oxydo-réduction
Paramètres affectant l’écologie buccale
- Facteurs nutritionnels
Exogènes (alimentation)
Endogènes (salive, fluide gingival, débris de cellules épithéliales)
Produits bactériens (acides gras, vitamines) - Facteurs d’inhibition
Biochimiques (lysozyme)
Immunologiques (IgA, IgG, système du compléments, leucocytes)
Produits bactériens (peroxyde d’hydrogène, bactériocines)
Diversité de la flore microbienne normale
- Bactéries
Gram-positif
Gram-négatif - Virus
Rhinovirus et coronavirus, Herpes simplex, Hépatite B, Epstein-Barr (principalement dans la salive et le fluide fluide créviculaire) - Mycètes
Candida (albicans, glabrata, tropicalis) - Protozoaires
Entamoeba gingvalis et Trichomonas tenax
Propriétés biologiques intrinsèques qui différent chez les microorganismes
- Dépendance à l’oxygène (aérobie vs anaérobie facultatif vs anaérobie strict)
- Source nutritive principale (sucres vs protéines)
- Réponse à une limitation de nutriments (mort vs latence)
- Mode de vie (biofilm vs planctonique)
Genres bactériens de la cavité buccale
-> Coques Gram +
Enterococcus
Streptococcus
Genres bactériens de la cavité buccale
-> Coques gram -
Veillonella
Genres bactériens de la cavité buccale
-> Bâtonnets Gram +
Actinomyces
Lactobacillus
Genres bactériens de la cavité buccale
-> Bâtonnets Gram -
Aggregatibacter Campylobacter Fusobacterium Porphyromonas Prevotella Tannerella Treponema
espèces buccales du genre streptococcus
Groupe mutans: S. mutans, S. sobrinus
Groupe oralis: S. Sanguinis
S. oligofermentans
Groupe salivarius: S. salivarius subsp. salivarius
Analyse de la microflore buccale
- Échantillonage
Curette, pointe absorbante, écouvillon, seringue
L’échantillon peut se contaminer par des bactéries des sites avoisinants - Transport au laboratoire
Milieu de transport approprié pour les bactéries anaérobies strictes
Absence de substances nutritives
Le temps de transport doit être le plus court possible - Observations microscopiques
Microscopie à contraste de phase et coloration de Gram
Permet de déterminer les proportions des différents morphotypes - Dispersion de l’échantillon
Vortex, ultrasons
Permet de séparer les agrégats en cellules individuelles
Les bactéries fragiles peuvent ne pas résister - Culture
Préparation de dilutions
Étalement sur milieux de culture
Incubation +/- O2 - Identification
Tests biochimiques
Systèmes commerciaux
Séquençage ARN ribosomal 16S
Étalement des échantillons
-> technique d’étalement en profondeur
- Mettre l’inoculum dans la boîte de Pétri
- Ajouter la gélose en phase liquide
- Agiter la boîte pour mélanger le contenu
- Des colonies se développent dans et sur le milieu solidifié
Étalement des échantillons
-> technique d’étalement en surface
- Inoculer la gélose placée dans une boîte de Pétri
- Étaler uniformément l’inoculum sur la surface
- Des colonies se développeent uniquement à la surface du milieu
Identification bactérienne phénotypique
- Morphologie cellulaire
Forme, arrangement, présence de spores, motilité - Coloration de Gram
- Réponse à l’oxygène
Aérobie stricte, anaérobie stricte, anaérobie facultative, microaérophile - Tests biochimiques
Fermentation de sucres, production de métabolites (indole, acides gras, etc.) et d’enzymes (protéases, glycosidases, catalase, etc.)
Séquençage du gène de l’ARN ribosomal 16S
- Isolement de l’ADN génomique de la bactérie à identifier
- Par utilisation d’amorces universelles, amplification (PCR) du gène codant pour l’ARNr 16 S
- Séquençage du gène
- Comparaison de la séquence avec des banques de données (GenBank)
- Identification avec % de certitude
Conservation des bactéries
- Congélation - 80 ˚C (congélateur) - 196 ˚C (azote liquide) - Lyophilisation Déshydratation sous vide Permet la conservation pendant plusieurs dizaines d’années
Établissement de la flore microbienne buccale
- La cavité buccale de l’enfant est stérile à la naissance
- Les bactéries buccales sont transmises à partir d’un réservoir (parents)
- Les premières espèces à s’installer sont Streptococcus salivarius et Streptococcus mitis
- À 5 mois, près de la moitié des espèces sont déjà acquises
- Avec l’éruption des dents, la flore microbienne va devenir plus complexe et les espèces cariogènes (Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus) vont s’établir
- Au fil des mois, de nouvelles espèces, dont plusieurs bactéries anaérobies strictes associées à la maladie parodontale, vont coloniser la cavité buccale
- Si édentation -> élimination des bactéries cariogènes et anaérobies strictes
Biofilm dentaire
- Les microorganismes colonisant les diverses surfaces buccales cohabitent sous la forme d’un biofilm
- Le biofilm est définie comme un ensemble de communautés de microorganismes attachés entre eux et à une surface et enrobés d’une matrice de matériel extracellulaire qui origine des microorganismes et de l’environnement
- Interactions microbiennes
Interactions d’adhérence
Interactions nutritionnelles (positives & négatives)
Communication interbactérienne
Propriétés du biofilm dentaire
- Organisation structurale favorisant les interactions métaboliques et la persistance des microorganismes
- Gradient d’oxygène
- Expression de nouveaux gènes via la production de phéromones (communication interbactérienne)
- Résistance accrue face aux agents antimicrobiens
Jusqu’à 1000 fois plus résistantes vs bactéries planctoniques
Pénétration limitée de l’agent - Résistance face au système de défense de l’hôte
- Transfert de résistances aux antibiotiques
Formation du biofilm
- Attachement
- Colonisation
- Développement du biofilm
Formation du biofilm dentaire
- Le biofilm mature montre la présence de canaux
Distribution des nutriments
Élimination des déchets
